王雪飞
- 作品数：7 被引量：9H指数：2
- 供职机构：云南农业大学动物科学技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金云南省应用基础研究基金云南省应用基础研究计划面上项目更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 版纳微型猪近交系RNF148基因生物信息分析、组织差异表达及亚细胞定位
- 2018年
- 指环蛋白RNF148与睾丸形成和精子发生密切相关。本研究以猪及其他近缘物种的RNF148 mRNA为参考序列,设计特异引物从版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)睾丸组织中扩增RNF148基因完全编码序列;对RNF148蛋白质序列进行生物信息学分析,预测其功能,并构建RNF148的多物种系统进化树;应用实时荧光定量PCR技术检测BMI 15个重要组织的RNF148 mRNA转录表达水平;构建真核表达载体,转染猪睾丸细胞系,并进行亚细胞定位分析,检测该蛋白在细胞中的表达部位。结果表明:扩增得到BMI RNF148编码区序列长912bp,编码303个氨基酸;RNF148包含3个保守结构域PA_GRAIL_like、RING_Ubox和zf-rbx1超家族,存在1个跨膜螺旋结构,有N端信号肽序列,二级结构以α螺旋为主,N末端和C末端均疏水,有4类功能活性位点,在进化中高度保守,91.4%位于细胞质中;在睾丸中特异高表达,在心、肝等其他14个组织中相对低表达;成功构建了融合的绿色荧光蛋白真核表达载体,并确定RNF148多在细胞质中表达。研究结果为探索RNF148基因在BMI公猪繁殖性能方面的作用奠定了基础。
- 张霞王配梁六金霍金龙宋雪霍海龙李罗刚王雪飞
- 关键词：亚细胞定位
- 猪类无精症缺失基因DAZL的cDNA全长克隆、组织表达和亚细胞定位被引量：2
- 2021年
- 旨在获得猪类无精症缺失基因DAZL cDNA全长序列,阐明该基因的序列、mRNA组织表达模式、蛋白质结构特征及亚细胞定位情况。本研究以版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)10月龄成年公猪为研究对象,屠宰收集组织样,利用RACE和RT-PCR技术获得DAZL基因cDNA全长序列;使用实时荧光定量PCR(qPCR)技术检测其mRNA多组织表达谱;在线分析蛋白质的结构特点和保守结构域;用体外细胞转染技术鉴定其在ST猪睾丸细胞中的定位。结果表明,BMI DAZL cDNA全长2985 bp(KU705632),包含888 bp的CDS区,编码295个氨基酸(AOC89050);该基因位于猪13号染色体,含11个外显子。qPCR结果显示,DAZL mRNA在睾丸中特异高表达。生物信息学分析表明,猪DAZL蛋白含有哺乳动物RMP和DAZ同源区,无规则卷曲在二级结构中超过50%。进化分析表明,BMI DAZL氨基酸序列高度保守,与牛科的亲缘关系最为接近。pEGFP-C1-DAZL转染ST细胞后的荧光共定位结果显示,DAZL蛋白主要分布在细胞核中。本研究分别从DNA、mRNA和蛋白质层面阐明了BMI DAZL基因的序列特征、表达、蛋白质结构和定位,为进一步研究DAZL在BMI精子发生方面的功能奠定基础。
- 王配王丽娜霍海龙张霞赵筱王雪飞霍金龙
- 关键词：亚细胞定位
- 版纳微型猪近交系STRA8基因克隆及功能生物信息学分析被引量：1
- 2019年
- 【目的】以版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line, BMI)为材料,初步研究STRA8基因的功能,为该基因在猪精子形成过程的作用研究奠定基础。【方法】以GenBank下载的猪STRA8基因序列JQ965783及多条猪EST序列为参考序列,设计特异性引物扩增版纳微型猪近交系(BMI) STRA8基因。对STRA8蛋白质进行理化特性和功能生物信息学分析,包括二级结构、蛋白功能域、疏水性、跨膜结构、信号肽、亚细胞定位、磷酸化位点以及蛋白质功能分析;搜索并下载其他物种的STRA8蛋白质序列构建多物种系统进化树。应用实时荧光定量PCR技术检测BMI STRA8在版纳微型猪近交系15个组织中的mRNA转录表达水平。【结果】获得了包含编码序列1 101 bp的全长序列1 316 bp,编码366个氨基酸,序列已提交GenBank,基因登录号KU705622,蛋白质分子量(Mw) 41.06 ku,等电点(pI) 4.52。STRA8二级结构中α螺旋含量最高,占52.19%;含有1个蛋白功能域;在氨基端有1个HLH结构域和1个卷曲螺旋区域,在羧基端有2个低复杂度区域;疏水性结果表明STRA8基因N末端、C末端均亲水;无跨膜结构,无信号肽序列;该蛋白质位于细胞核中的概率是56.5%;STRA8蛋白共有34个磷酸化位点;系统进化结果表明:BMI与羊、水牛的相似度最高。STRA8基因mRNA在检测的BMI 15个组织中呈现差异表达现象,睾丸中表达量最高。【结论】结果将为进一步研究STRA8基因在猪精子发生方面的作用及功能提供参考。
- 李罗刚王淑燕王淑燕王配潘伟荣王雪飞王配
- 关键词：生物信息学
- 版纳微型猪近交系细胞色素P450家族基因CYP1A1克隆及生物信息学分析
- 2017年
- 【目的】克隆版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)细胞色素P450家族基因CYP1A1的编码区序列,并对其进行生物信息学分析。【方法】利用RT-PCR方法获得CYP1A1基因的全长CDS序列,运用生物信息学对其核酸及蛋白序列进行分析,构建系统进化树。【结果】获得的BMI CYP1A1 CDS长度为1551 bp,编码516个氨基酸,蛋白质分子量为58.39 ku,等电点为7.83,位于内质网的概率是94.1%。CYP1A1蛋白质含有1个细胞色素P450半胱氨酸血红素配体位点,1个N-豆蔻酰化位点,1个酰胺化作用位点,2个N-糖基化位点、6个蛋白酶C磷酸化位点和5个蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点。11个物种构建的系统进化分析表明,BMI(猪)CYP1A1与牛和山羊的关系最近。【结论】以上结果将为进一步研究版纳微型猪近交系CYP1A1基因功能奠定基础。
- 王淑燕王配霍金龙查星琴潘伟荣张霞王雪飞
- 关键词：生物信息学药物代谢
- 版纳微型猪近交系雄激素受体AR基因的克隆和表达分析被引量：2
- 2018年
- 为探讨猪雄激素受体(Androgen receptor,AR)基因的序列、结构、表达和功能,以版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)睾丸组织为材料,用RT-PCR技术获得猪AR基因cDNA序列,进行生物信息学分析,应用荧光定量技术明确其mRNA的多组织表达特征。结果表明:BMI AR基因cDNA长3 257bp(GenBank登录号:KU705631),包含2 688bp的全长编码区,位于猪X染色体,含有9个外显子和8个内含子;推导出的BMI AR蛋白含有1个核定位信号、1个DBD结构域和1个LBD结构域,无信号肽,无跨膜螺旋;与黄牛、山羊、人、猩猩、大鼠和小鼠的AR蛋白依次有94.2%、94.0%、90.2%、89.0%、88.1%和87.5%的同源性;其二级结构中以无规则卷曲和α螺旋为主,延伸链和β转角只在局部出现;在二级结构预测结果的基础上利用同源建模构建了其三级结构;AR基因mRNA在被检测的BMI 15个组织中呈现差异表达现象,表达量最高的组织为睾丸。该研究结果为进一步研究AR基因在BMI中的生理功能及调节机制提供了依据。
- 王配李罗刚张霞张霞王淑燕霍海龙刘民王雪飞王雪飞
- 关键词：雄激素受体组织表达谱生物信息学
- 版纳微型猪近交系CPN10克隆、亚细胞定位、组织表达和生物信息学分析被引量：1
- 2019年
- 【目的】以版纳微型猪近交系(BMI)为材料克隆CPN10基因,从亚细胞、m RNA水平及生物信息学方面初步探索其结构及功能特性,为该基因在猪—人异种器官移植免疫排斥中的作用研究奠定基础。【方法】采用RT-PCR方法获得CPN10基因c DNA序列,应用分子克隆技术构建目的基因和报告基因EGFP的重组真核表达载体pEGFP-C1-CPN10,将其转染猪肾细胞PK15进行瞬时表达,通过EGFP示踪CPN10在PK15细胞中的表达和定位。进一步应用荧光定量技术明确其mRNA的多组织表达特征。最后利用生物信息学分析CPN10蛋白质的结构特征。【结果】得到BMI CPN10 CDS 309 bp序列(GenBank登录号:KM098149),成功构建了BMI CPN10基因的绿色荧光蛋白融合表达载体pEGFP-C1-CPN10,转染PK15细胞且主要在细胞质中检测到绿色荧光蛋白表达。多组织荧光定量表达分析表明:BMI CPN10 mRNA在皮肤中具有最高表达量,在肝和肾上腺中的表达量较高,在其余各组织中呈中低度表达或几乎不表达。生物信息学分析表明:CPN10编码102个氨基酸,其蛋白分子量为10.93 ku,等电点为8.89,含1个CPN10保守结构域和5个磷酸化位点,二级结构以延伸链结构为主,无跨膜螺旋结构和信号肽。【结论】CPN10基因定位在细胞质中,在皮肤中高表达,该研究结果为进一步研究该基因在免疫排斥方面的功能奠定了理论基础。
- 宋雪秦彩艳霍金龙王配李罗刚张霞张霞王淑燕
- 关键词：异种移植亚细胞定位生物信息学
