邱伟
- 作品数：2 被引量：4H指数：1
- 供职机构：贵州医科大学更多>>
- 发文基金：中国博士后科学基金国家自然科学基金教育部科学技术研究重点项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 未成熟树突状细胞与成熟树突状细胞的细胞骨架调控相关基因表达的差异分析被引量：3
- 2018年
- 分析未成熟树突状细胞（immature dendritic cells,im DCs）向成熟的树突状细胞（mature dendritic cells,m DCs）分化的过程中,细胞骨架的调控相关基因及信号通路的表达变化,为进一步理解不同分化阶段树突状细胞（dendritic cells,DCs）的生物物理学特性、迁移能力和免疫学相关功能的改变。利用CEO数据库获得经CD14^＋单核细胞（monocytos,monos）诱导而成的im DCs和m DCs的m RNA的表达数据（芯片编号：GSE15076）,通过R语言软件对原始数据进行处理,筛选差异表达基因（Log｜FC｜≥2,p〈0.05）,利用STRING online-工具对差异表达基因进一步筛选（可信度≥0.4）;Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络图（protein-protein interaction network,PPI）,通过Cluster ONE对筛选后的差异表达基因进行聚类分析,筛选功能相关性密切的差异表达基因,并利用DAVID在线分析进一步进行GO分析和KEGG信号通路分析。m DCs相对于im DCs差异表达的基因共3 351个,上调基因1 801个,下调基因1 550个,其中C-C趋化因子受体活性、G-蛋白偶联的嘌呤核苷酸受体活性和异源三聚体G蛋白复合物等与细胞骨架调控密切相关。主要涉及的信号通路包括趋化因子/趋化因子受体信号通路、Rap1信号通路、Jak-STAT信号通路和PI3K-Akt信号通路等,其中的相关基因与细胞骨架的调控关系密切。这对进一步深入理解DCs的生物物理学特性、迁移能力和免疫学功能有一定的帮助。
- 蒙富雪董蓉吴翠芳吴翠芳胡祖权谭诚邱伟胡祖权周静刘丽娜曾柱
- 关键词：未成熟树突状细胞成熟树突状细胞细胞骨架生物信息学基因芯片分析
- 单核细胞与未成熟树突细胞的细胞骨架相关的核心差异基因表达的生物信息学分析被引量：1
- 2017年
- 为进一步深入理解不同分化阶段树突状细胞(dendritic cells,DCs)的生物物理学特性和免疫学功能的差异。从CEO数据库获得CD14^+单核细胞(monocytes,mon)及其诱导而成的未成熟DCs(immature DCs,im DCs)的m RNA表达数据(芯片编号:GSE15076),利用R语言软件(RGui 3.2.3)解析原始数据并筛选差异基因。进一步利用STRING online工具筛选核心差异基因(可信度≥0.4),Cytoscape软件构造蛋白质相互作用网络图。对STRING online工具筛选核心差异基因进行京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析。实时荧光定量PCR技术检测mon及im DCs部分核心差异基因CCNB1、CDK5、IL-6和TNF在基因水平上的表达情况。im DCs相对于mon表达的差异的基因共3 371个(im DCs与mon对比,表达变化倍数≥2,p值<0.05),其中上调基因为2 396个,下调基因为975个,通过进一步筛选后获得上调基因655个,下调基因110个,主要涉及m TOR信号通路、细胞代谢、细胞粘附等功能。其中上调基因中CDK5、CCNB1等差异基因与细胞骨架改变密切相关,而下调基因中IL-6、TNF、CXCR4等差异基因与细胞骨架改变密切相关,这对进一步深入理解im DCs独特的生物物理学特性和免疫学功能来说具有重要意义。
- 谭诚胡祖权龙金华邱伟刘丽娜贾义曾柱
- 关键词：单核细胞未成熟树突状细胞基因芯片分析生物信息学细胞骨架
