- 环状RNAhsa＿circ＿0082626的特征分析及过表达载体构建被引量：3
- 2019年
- 目的环状RNA是目前非编码RNA的研究热点,文章旨在研究由抗病毒基因ZC3HAV1基因转录而来的环状RNA hsa_circ_0082626的基本特征以及过表达载体的表达效果。方法利用反向剪切位点的验证、RNA酶消化试验和提取细胞质、细胞核RNA进行细胞内分布定位研究了hsa_circ_0082626的基本特征,RNA酶消化试验中将样品分为RNase R处理组与对照组,RNase R处理组加入20 U(2 U/μg)的RNase R,对照组用等量ddH2O替代,以此检测经RNA酶处理后的表达量变化。转染24、48和72 h后分别收集以转染重组质粒的细胞为过表达组、未经转染的细胞作为阴性对照组,RT-qPCR检测环状RNA表达效果。结果与对照组比较,RNase R处理组ZC3HAV1、GAPDH表达均降低(0.144±0.002 vs 1.000±0.016,0.772±0.058 vs 1.000±0.122,0.077±0.009 vs 1.000±0.164,P<0.05)。hsa_circ_0082626可以抵抗RNase R的处理,主要分布于细胞质。过表达组的hsa_circ_0082626表达量明显较阴性对照组明显增高,而且在转染48 h时的表达量最高(表达量约为对照组的1000倍)。结论成功分析了hsa_circ_0082626的反向剪切位点、RNA酶的抵抗性和在细胞中的表达定位等特征,证明了hsa_circ_0082626确实具有环状结构及成功构建了hsa_circ_0082626的过表达载体,为深入研究环状RNA hsa_circ_0082626的生物功能和机制提供了实验基础。
- 潘劲辉姚文霞林海牛秋玲罗远卫梁敏周新科
- 胃癌相关基因的生物信息学分析及蛋白互作网络构建被引量：5
- 2016年
- 目的分析胃癌和癌旁组织间差异表达基因的功能及其编码蛋白的相互作用,筛选出胃癌相关的关键基因。方法从NCBI(美国国立生物技术信息中心)公共数据平台GEO(Gene Expression Omnibus)下载胃癌基因芯片数据GSE79973,采用R Bioconductor3.2.4软件对数据进行处理和分析,输出差异表达基因,并通过生物信息学工具DAVID、String、Cytoscape对差异表达基因进行生物学功能及其编码蛋白的互作分析。结果通过分析GSE79973芯片数据,一共获得567个表达差异明显的基因,其中表达上调的有384个,表达下调的有183个,这些基因主要富集于细胞外区、细胞外基质、胶原蛋白、基底膜等,主要参与细胞增殖、周期以及粘附等生物学过程,并且在细胞外基质受体、局部粘附以及细胞色素P450代谢等肿瘤相关通路明显富集。初步鉴定了COL4A1、IL6、IL8、COL1A2、ITGA2、THBS1、COL5A1、COL3A1、ITGA1、COL2A1、COL4A2、BIRC5为胃癌相关的关键基因。结论基因芯片结合生物信息学方法能够有效分析胃癌和癌旁组织间差异表达基因,并筛选出胃癌相关的关键基因,为进一步研究胃癌发病的分子机制提供指导。
- 罗远卫梁敏石波云牛秋玲刘兆宇周新科
- 关键词：胃癌基因芯片差异表达基因生物信息学
