姚文霞
- 作品数：14 被引量：21H指数：3
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- 相关领域：医药卫生文化科学生物学更多>>
- SOX13基因来源环状RNA hsacirc0004777的特征分析及功能预测
- 2022年
- 目的探索SOX13基因来源的环状RNA hsairc004777的特征分析及功能预测。方法探究了hsairc004777的基本特征, 包括验证反向剪接位点, RNase R消化实验, 细胞内RNA的胞质胞核分布, 蛋白翻译潜能的预测。此外, 使用生物信息学方法, 预测hsairc004777结合的微小RNA(microRNA, miRNA)以及miRNA的靶基因, 并且构建了circRNA-miRNA-mRNA的网络图。再对预测到的miRNA的靶基因进行基因本体论(gene ontology, GO)功能富集分析和信号通路富集分析。结果 hsairc004777的形成是由SOX13基因第4号外显子反向剪接至第2号外显子, hsairc004777能抵抗RNase R处理, 主要分布在细胞质。生信预测hsairc004777通过作为hsa-miR-1225-3p、hsa-miR-637、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-145-5p、hsa-miR-384、hsa-miR-660-5p、hsa-miR-942-5p、hsa-miR-331-3p这8个miRNA的海绵来发挥作用;hsairc004777潜在结合的8个miRNA的靶基因在对聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、DNA模板、骨骼肌细胞分化等生物过程显著富集。结论成功探索了SOX13基因来源的环状RNA hsairc004777的特征, 并且从circRNA-miRNA-mRNA网络图中预测了它的功能, 为进一步研究hsairc004777奠定了基础, 也为更深入研究SOX13提供了思路。
- 肖瑶姚文霞周新科潘劲辉林铭珍李本黄伟梁敏
- 高突足襞蛞蝓提取物多糖特征分析及其抗氧化活性研究被引量：5
- 2018年
- 目的分析高突足襞蛞蝓提取物多糖特征并对其抗氧化活性。方法采用水提、Sevage法除蛋白得到受试物;气相色谱-质谱(GC-MS)、高效液相色谱(HPLC)分析受试物单糖组成,凝胶渗透色谱(GPC)分析相对分子质量及其分布; CSE暴露诱导气道上皮细胞氧化应激观察受试物抗氧化效果。结果高突足襞蛞蝓提取物中多糖是由核糖、鼠李糖、阿拉伯糖、木糖、甘露糖、葡萄糖和半乳糖组成,经脱蛋白处理后单糖组成不变,质量分数有所差别;受试物多糖数均相对分子质量(Mn)为1. 33×10~4,重均分子量(Mw)为3. 90×10~5;脱蛋白受试物多糖M n为4. 57×10~3,Mw为1. 40×10~4;受试物能降低烟草烟雾提取物(CSE)诱导的气道上皮细胞ROS生成,增加SOD酶活力(P <0. 01)。结论蛞蝓提取物含有多种单糖组成的杂多糖,且具有显著抗CSE诱导的气道上皮氧化应激作用。
- 刘兆宇姚文霞梁雪
- 关键词：多糖单糖组成抗氧化
- 抗病毒基因HERC5新型环状RNA hsa＿circ＿0001426的特征分析及鉴定被引量：3
- 2019年
- 目的旨在研究来源于抗病毒基因HERC5的新型环状RNA hsa_circ_0001426的特征,并探索该环状RNA真核过表达载体的构建和鉴定。方法从反向剪切位点的验证、蛋白翻译的潜能、对RNase R处理的抵抗性、在细胞内的胞质胞核分布情况四个方面来研究hsa_circ_0001426的特征。此外,还利用环状RNA克隆构建试剂盒来构建hsa_circ_0001426的过表达载体,并验证其表达效果。结果 hsa_circ_0001426是由HERC5基因第18号外显子反向剪切至第12号外显子形成,其序列中包含一条可翻译318个氨基酸的开放阅读框,其抵抗Rnase R的处理,主要分布于细胞质。针对该环状RNA的过表达载体构建成功,其在转染HEK293T细胞后48 h的表达量最高。结论首次成功分析了抗病毒基因HERC5的新型环状RNA hsa_circ_0001426的特征,并利用试剂盒首次成功构建了hsa_circ_0001426的真核过表达载体,并可在细胞中高效表达;为深入研究hsa_circ_0001426的特征和功能奠定基础,并进一步扩充了HERC5基因的相关研究。
- 姚文霞潘劲辉梁雪林海梁敏刘兆宇周新科
- 探索m6A相关lncRNAs预测胃腺癌患者总体生存率
- 2023年
- 目的:胃腺癌是胃癌最常见的亚型。N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)和长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)在胃腺癌的预后价值中起着至关重要的作用。因此,辨别与m6A相关的lncRNA在胃腺癌研究中至关重要。方法:本研究从TCGA数据库中获取了胃腺癌研究的RNA序列转录组数据、相关临床信息。使用R语言的“limma”包对15 901个lncRNAs按肿瘤组织和正常组织分组进行差异表达分析。采用单因素Cox回归分析从TCGA数据集中的347个与m6A相关lncRNAs中筛选出与预后相关的基因67个(P <0.05)。使用R包“glmnet”对67个入选lncRNAs进行LASSO Cox回归分析,确定12个m6A相关的lncRNAs与胃腺癌患者的总生存期明显相关,并采用多因素Cox回归分析建立起m6A相关的lncRNAs风险评分模型。单因素和多因素回归分析结果表明风险评分模型是患者预后的独立影响因素(HR=3.45,95%CI为2.46~4.99,P <0.001)。分析风险评分与肿瘤免疫微环境细胞浸润的关系。最后,基于独立的预后影响因素(年龄、性别、风险评分、T分期、N分期)建立列线图。结果:确定12个m6A相关的lncRNAs与胃腺癌患者的总生存期明显相关,建立起m6A相关的lncRNAs风险评分模型。并证明该模型与肿瘤微环境细胞浸润存在相关性。基于独立的预后影响因素建立列线图,模型的C-index为0.73,模型预测有效性较高。结论:通过对lncRNAs风险模型的反复验证,证实了12个m6A相关lncRNAs可以作为胃腺癌患者风险预测的指标。
- 潘辉姚文霞梁敏周新科
- 关键词：胃腺癌预后生物标志物
- 环状RNAhsa＿circ＿0082626的特征分析及过表达载体构建被引量：3
- 2019年
- 目的环状RNA是目前非编码RNA的研究热点,文章旨在研究由抗病毒基因ZC3HAV1基因转录而来的环状RNA hsa_circ_0082626的基本特征以及过表达载体的表达效果。方法利用反向剪切位点的验证、RNA酶消化试验和提取细胞质、细胞核RNA进行细胞内分布定位研究了hsa_circ_0082626的基本特征,RNA酶消化试验中将样品分为RNase R处理组与对照组,RNase R处理组加入20 U(2 U/μg)的RNase R,对照组用等量ddH2O替代,以此检测经RNA酶处理后的表达量变化。转染24、48和72 h后分别收集以转染重组质粒的细胞为过表达组、未经转染的细胞作为阴性对照组,RT-qPCR检测环状RNA表达效果。结果与对照组比较,RNase R处理组ZC3HAV1、GAPDH表达均降低(0.144±0.002 vs 1.000±0.016,0.772±0.058 vs 1.000±0.122,0.077±0.009 vs 1.000±0.164,P<0.05)。hsa_circ_0082626可以抵抗RNase R的处理,主要分布于细胞质。过表达组的hsa_circ_0082626表达量明显较阴性对照组明显增高,而且在转染48 h时的表达量最高(表达量约为对照组的1000倍)。结论成功分析了hsa_circ_0082626的反向剪切位点、RNA酶的抵抗性和在细胞中的表达定位等特征,证明了hsa_circ_0082626确实具有环状结构及成功构建了hsa_circ_0082626的过表达载体,为深入研究环状RNA hsa_circ_0082626的生物功能和机制提供了实验基础。
- 潘劲辉姚文霞林海牛秋玲罗远卫梁敏周新科
- 印迹基因GRB10来源的环状RNA hsa_circ_0008334的特征分析及功能预测
- 2021年
- 目的旨在研究由印迹基因GRB10转录而来的环状RNA hsacirc0008334的基本特征和功能预测。方法通过PCR扩增和一代测序、RNase R处理以及细胞质细胞核分布来研究hsacirc0008334的基本特征。此外,利用生物信息学方法预测hsacirc0008334上结合的miRNA,并进而预测miRNA的靶基因,构建circRNA-miRNA-mRNA网络,利用STRING数据库构建靶基因蛋白的交互作用网络,并对靶基因进行功能富集分析。结果hsacirc0008334是由GRB10基因第5号外显子反向剪接至第4号外显子形成,抵抗RNase R处理,主要分布于细胞质中。生信预测hsacirc0008334通过作为hsa-miR-1265、hsa-miR-187-3p、hsa-miR-586、hsa-miR-604、hsa-miR-941五个miRNA的海绵来发挥作用;五个miRNA的靶基因在对凋亡、细胞程序性死亡、代谢过程等的正向调控和负向调控的生物过程显著富集。结论成功分析了GRB10基因的新型环状RNA hsacirc0008334的基本特征,从circRNA-miRNA-mRNA角度为hsacirc0008334的功能研究提供了新的见解,扩充了GRB10基因的相关研究。
- 姚文霞董志杰潘劲辉林铭珍蔡华梁雪
- 关键词：MIRNA
- 一种检测胃癌相关circRNA基因的FISH探针、试剂盒及应用
- 本发明属于基因检测技术领域，具体涉及一种检测胃癌相关circRNA基因的FISH探针，同时涉及其制备的试剂盒及其应用。本发明的检测胃癌相关circRNA基因的FISH探针，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；本发明...
- 梁敏姚文霞肖瑶周新科林映琳彭彬屈高文蒋昭筠
- 锌指蛋白基因ZMYM2来源环状RNA hsa_circ_0029625的 特征分析和功能预测被引量：2
- 2022年
- 目的环状RNA(circRNA)在多种生理病理过程中均发挥重要作用,但仍有许多circRNAs的功能尚待发掘,文章旨在研究锌指蛋白基因ZMYM2转录形成的环状RNA hsa_circ_0029625的主要特征,并对其进行功能预测和初步探究。方法从反向剪接位点及全长测序验证、核糖核酸酶R(RNase R)抵抗实验(细胞样本分为RNase R组和对照组)、细胞核质RNA分离实验、翻译蛋白潜能四个方面探究该circRNA的基本特征。利用荧光实时定量PCR实验初步探究该circRNA在胃癌中的表达。通过生物信息学预测circRNA上潜在结合的微小RNA(miRNA),并应用基因本体论(GO)对下游靶基因进行功能注释,初步验证下游靶基因,筛选和分析下游关键基因。结果hsa_circ_0029625是由ZMYM2转录本NM_003453反向剪接形成,全长测序比对结果符合预期。hsa_circ_0029625可耐受RNase R,主要位于细胞质。蛋白翻译分析显示:hsa_circ_0029625可能编码多肽。RNA定量分析显示:该circRNA在胃癌组织中较癌旁组织明显下调。荧光实时定量PCR实验验证5个下游靶基因在胃癌组织中表达下调。GO功能注释显示:靶基因主要涉及转录等生物过程以及转录调节活性等分子功能。结论锌指蛋白基因ZMYM2来源环状RNA hsa_circ_0029625具有环状RNA的基本特征,有编码多肽潜能,可能通过海绵miRNAs参与多种生物学过程及功能,在胃癌样本中低表达及生物信息学预测提示其可作为胃癌潜在靶点。
- 林铭珍周新科姚文霞潘劲辉董志杰王知源肖瑶黄伟梁敏
- 关键词：MIRNA胃癌
- 应用SPOC、SP教学法培养医学生沟通能力的效果被引量：7
- 2020年
- 目的 通过探讨在临床实践阶段医学生医患沟通能力培养中应用小规模私密性在线课程(SPOC)结合标准化病人(SP)的教学方法 ,旨在研究临床实践阶段医学生医患沟通能力的最优培训方法 .方法 将2018年进入医院临床实践的113名医学生作为研究对象电脑随机分为2组,采用类实验研究方法 ,对照组采用传统的专题讲座法而观察组采用SPOC结合SP教学方法;2组医学生接诊新患者时,均由接受过统一培训的评价教师采用国际量表《医患沟通技能评价表》进行医患沟通技能评价.结果 观察组在医患沟通技能评价得分高于对照组,差异有统计学意义﹙P<0.05﹚.结论 SPOC结合SP教学方法 可以显著提高临床实践阶段医学生的医患沟通能力.
- 张素敏邬丽满姚文霞
- 关键词：SP医学生医患沟通能力沟通技巧
- 环状RNA在胃癌中的研究现状被引量：1
- 2019年
- 环状RNA是一种以闭合共价环结构为特征的非编码RNA,广泛存在于各种真核生物中。近年研究表明,环状RNA并非简单的剪接副产物,其具有丰富的生物学作用,在多种肿瘤和慢性疾病的发生、发展中起到重要作用。胃癌是世界范围内普遍的癌症之一,尽管近年来胃癌的病死率有所下降,但仍是发病率居第4的恶性肿瘤以及癌症相关死亡的第3大原因。有研究表明,环状RNA与胃癌的发生、发展密切相关,该文就环状RNA在胃癌发生、发展过程中的作用以及作为胃癌诊断与预后的新型标志物方面作一综述。
- 潘劲辉姚文霞周新科
- 关键词：胃肿瘤
