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程实

作品数：5 被引量：12H指数：2
供职机构：军事医学科学院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室更多>>
发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治专项更多>>
相关领域：生物学医药卫生理学更多>>

合作作者

文献类型

  • 3篇期刊文章
  • 1篇学位论文
  • 1篇会议论文

领域

  • 2篇生物学
  • 2篇医药卫生
  • 1篇理学

主题

  • 3篇测序
  • 1篇指环
  • 1篇生物信息
  • 1篇生物学
  • 1篇生物学特性
  • 1篇噬菌体
  • 1篇输血传播
  • 1篇输血传播病毒
  • 1篇球菌
  • 1篇全基因
  • 1篇全基因组
  • 1篇全基因组测序
  • 1篇全基因组分析
  • 1篇微生物
  • 1篇微生物感染
  • 1篇微生物检测
  • 1篇细菌
  • 1篇细菌基因组
  • 1篇菌体
  • 1篇扩增

机构

  • 4篇军事医学科学...
  • 2篇安徽医科大学
  • 1篇河北师范大学

作者

  • 5篇程实
  • 4篇童贻刚
  • 4篇安小平
  • 4篇米志强
  • 3篇裴广倩
  • 2篇孙强
  • 2篇范航
  • 2篇黄勇
  • 1篇舒鹏
  • 1篇王伟
  • 1篇方云
  • 1篇张志毅
  • 1篇刘文丽

传媒

  • 1篇生物技术通讯
  • 1篇微生物学通报
  • 1篇中国病原生物...

年份

  • 2篇2017
  • 3篇2016
共 5 条 记 录，以下是 1-5
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排序方式：
我国人群感染指环病毒的高通量测序分析被引量：2
2016年
目的分析我国人群感染指环病毒的多样性,为研究指环病毒科的感染与不同疾病发生以及宿主免疫状态之间的关系提供基础资料。方法从33份血液标本中提取病毒核酸,使用多重置换扩增技术富集指环病毒核酸,然后使用Ion Torrent PGM平台进行高通量测序,并进行生物信息学分析。结果共得到226个新的指环病毒序列,包括130条全序和96个ORF1。受检血液标本均检出包括TTV,TTMDV和TTMV等指环病毒;测序显示指环病毒中81.9%为TTV,48.5%的标本感染两个属以上的指环病毒。指环病毒ORF1至少81.13%发生变异,其中TTV属内也存在75.66%的变异,13.27%的序列在NCBI的核酸数据库中同源比对未成功。进化分析显示TTV基因3型又可分为3.1、3.2、3.3等3个亚型,以往命名的基因2型是基因3.3型的一个子分枝。新型TTV中51.9%属于基因3型。结论我国人群普遍感染指环病毒,以基因3型感染居多且基因组多样性高。
程实范航孙强裴广倩安小平米志强张湘莉兰黄勇童贻刚
粪肠球菌噬菌体vB_EfaP_IME195的生物学特性及其全基因组分析被引量：8
2017年
【目的】以粪肠球菌为宿主菌,从医院的污水中筛选出相应的粪肠球菌噬菌体v B_Efa P_IME195,简称IME195,研究其生物学特性;并通过高通量测序得到其全基因组,深入研究其基因组学特征。【方法】以临床的耐药粪肠球菌为宿主菌,利用医院污水筛选噬菌体并纯化;对噬菌体IME195生物学特性进行了深入研究,包括电镜观察噬菌体形态、最佳感染复数、一步生长曲线、噬菌体IME195对紫外线的敏感度、对温度的耐受程度、对p H的耐受程度、对氯仿是否敏感;通过蛋白酶K/SDS法提取噬菌体IME195全基因组;Ion Torrent高通量测序;测序后进行噬菌体全基因组序列组装、注释、进化分析和比较分析。【结果】通过噬菌体梯度稀释,双层培养基平板法得到噬菌斑边缘分明、斑体透明的裂解性噬菌体IME195,最佳感染复数为0.01,一步生长曲线显示IME195的潜伏期为30 min,暴发量为11。该噬菌体对紫外线比较敏感,对5%浓度的氯仿不敏感,噬菌体对高温比较敏感,该噬菌体在p H 6.0-8.0范围内具有良好的裂解活性;电镜观察结果显示该噬菌体属于尾病毒目短尾噬菌体科;全基因组分析表明:噬菌体IME195基因组大小只有18 607 bp(Gen Bank登录号为KT932700),G+C含量仅为33%。BLASTn比对结果表明,该噬菌体和Gen Bank中的噬菌体v B_Efae230P-4只有82%的相似性。对噬菌体IME195进行了全基因组功能注释和进化分析。【结论】分离鉴定了一株粪肠球菌噬菌体,进行了生物学特性、全基因组测序和生物信息学深入分析,为噬菌体治疗多重耐药细菌奠定了基础。
邢少贞张湘莉兰裴广倩方云程实米志强安小平童贻刚
关键词：粪肠球菌噬菌体生物学特性全基因组测序基因组分析
难提取细菌基因组DNA提取方法的比较与优化被引量：2
2016年
目的:比较并优化2种试剂盒提取以巨型球菌为代表的难提取细菌基因组DNA的方法,以获得高质量的DNA用于高通量测序,探索高通量测序样品的前期处理方法。方法:用Life Technologies公司的Charge Switchg DNA Mini Bacteria Kit和Roche公司的High Pure PCR Template Preparation Kit提取制备困难的巨型球菌基因组DNA,然后通过添加溶葡球菌酶和增加溶菌酶、RNase A、Protein K的投入量及延长消化时间优化2个试剂盒,对4种方法提取的细菌基因组DNA进行浓度、纯度和基因组完整性测定,选取质量良好的基因组进行高通量测序。结果:改良后的2个试剂盒提取的巨型球菌DNA浓度较高,分别达到78.4和67.8 ng/μL,可满足高通量测序的需求,并获得基因组全序列。结论:改良后的2种方法是提取制备困难的巨型球菌基因组DNA更好的方法。
程实刘文丽舒鹏米志强安小平童贻刚
关键词：高通量测序细菌基因组DNA提取方法
Identification and genotyping of human anelloviruses in China using high throughput sequencing
Background: Infection by family Anelloviridae has been implicated in various diseases and host immune statuses...
程实范航孙强王伟裴广倩安小平米志强黄勇张志毅张湘莉兰童贻刚
深度测序用于临床微生物检测的方法研究
高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称深度测序，下一代测序技术[1]（Next-generation sequencing technology，NGS），在过去十年中快速发展。测序通...
程实
关键词：微生物感染生物信息微生物检测
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