杨铁柱
- 作品数：20 被引量：21H指数：2
- 供职机构：上海海洋大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学轻工技术与工程更多>>
- 瘤背石磺Os-NMHC的克隆、表达分析以及NMHC进化节点探讨被引量：1
- 2018年
- 本研究以石磺科贝类转录组数据库为基础,克隆出一条Ⅱ型非肌肉型肌球蛋白重链（NMHCⅡ）基因的全长c DNA,将其命名为Os-NMHC。该序列全长为6 057 bp,包括5 733 bp的开放阅读框,236 bp的5＇端非翻译区,88 bp的3＇端非翻译区,共编码1 910个氨基酸。预测蛋白质等电点为5.26,相对分子质量为220.46 k D。通过Phyre2程序和Pymol软件构建蛋白质三级结构图,预测蛋白质二级结构以α螺旋和β折叠为主;通过Clustalx和dna MAN软件进行氨基酸序列比对,发现其与爪蟾NMHCⅡA序列一致度为60.37%,其与爪蟾NMHCⅡB序列相似度为61.47%;通过Bayes软件构建系统进化树,发现其与加州海兔亲缘关系最近。通过q RT-PCR技术检测,发现该基因在四种石磺的背部、腹部、腹足部、肺囊、心脏、神经节中均有不同程度的表达。种间表达水平与进化趋势相一致,依次为：瘤背石磺≥平疣桑椹石磺〉里氏拟石磺〉紫色疣石磺。
- 李杰史艳梅沈和定杨铁柱顾冰宁许国绿
- 关键词：石磺
- 四种石磺的脂质及脂肪酸组成分析被引量：1
- 2016年
- 为比较分析紫色疣石磺、瘤背石磺、里氏拟石磺和平疣桑椹石磺4种石磺科贝类的脂质和脂肪酸组成,实验采用气相色谱/质谱法对4种石磺的脂肪酸组成进行分析研究。结果显示:1 4种石磺科贝类肌肉组织总脂(TL)主要由磷脂(PL)、游离脂肪酸(FFA)、胆固醇(Cho)和甘油三酯(TG)组成;紫色疣石磺肌肉组织中的PL/TL高达73.12%,显著高于其他3种石磺(P<0.05);瘤背石磺肌肉组织中的TG/TL达2.75%,显著高于其他3种石磺(P<0.05);紫色疣石磺肌肉组织中的FFA/TL高达19.16%,显著高于其他3种石磺(P<0.05);2 4种石磺肌肉组织中的脂肪酸组成较为平衡;瘤背石磺和紫色疣石磺肌肉组织中的总饱和脂肪酸(ΣSFA)含量均达35%以上;总单不饱和脂肪酸(ΣMUFA)含量从大到小的顺序依次是瘤背石磺(20.63%)、紫色疣石磺(20.49%)、里氏拟石磺(19.61%)、平疣桑椹石磺(19.42%);平疣桑椹石磺肌肉组织中的总多不饱和脂肪酸含量(ΣPUFA)达34.25%,显著高于其他3种石磺(P<0.05)。4种石磺中的C20∶5n3(EPA)含量均大于C22∶6n3(DHA)的含量。研究表明,4种石磺的脂质和脂肪酸组成存在较大差异,可能与其生存环境以及生活习性的差异有关,4种石磺的肌肉组织具有较高的脂类营养价值。其中,紫色疣石磺和瘤背石磺含有丰富的人体必需脂肪酸,且营养均衡,适宜食用;里氏拟石磺具有特殊生理活性的脂肪酸成分含量较高。
- 姚理想杨铁柱朱敏沈和定李柏航刁亚
- 关键词：石磺脂质脂肪酸GC-MS
- 瘤背石磺钙/钙调蛋白依赖性蛋白激酶Ⅳ(CaMKⅣ)基因的克隆及组织表达被引量：1
- 2019年
- 钙/钙调蛋白依赖性蛋白激酶Ⅳ(CaMKⅣ)是一种广泛存在于真核生物中的调控因子,在生物体内具有多种生理功能。为了探究瘤背石磺中CaMKⅣ的作用和分子机制,为进一步阐述CaMKⅣ的生理功能提供科学的理论依据。本实验以瘤背石磺神经节为实验材料,利用RACE-PCR技术克隆得到CaMKⅣ基因的cDNA序列,并进行生物信息学分析和qRT-PCR实验。结果显示,瘤背石磺CaMKⅣ基因的cDNA全长1603bp,开放阅读框为1032bp,5′非编码区315bp,3′非编码区256bp,共编码343个氨基酸;预测该基因编码的多肽链原子数量是5490,分子量约为3.87ku,理论等电点6.12,分子式为C1741H2768N452O514S15,N端信号肽由1~29个氨基酸组成。氨基酸序列比对及系统进化树结果显示,瘤背石磺CaMKⅣ基因与加州海兔、光滑双脐螺CaMKⅣ基因的亲缘关系最为接近,其系统进化分析与传统的形态学分类相吻合。荧光定量PCR结果显示,CaMKⅣ基因在各个组织均有表达,其中在腹足的相对表达量最高,其次是背部皮肤、口器,而在神经节组织、蛋白腺、肠、肝胰腺等脏器组织的相对表达量较低,初步推测,该基因在瘤背石磺的神经调节中发挥重要作用,或为生物机体感知外界环境变量因素的分子基础。本实验为今后进一步了解瘤背石磺神经结构生理功能的调节以及与CaMKⅣ基因功能研究奠定理论支撑,也为探究海洋动物由海洋向陆地进化过程中对环境的适应机制提供参考。
- 梁威杨铁柱沈和定许国绿顾冰宁薛宝宝
- 关键词：瘤背石磺基因克隆实时荧光定量PCR组织表达分析
- 基于Illumina HiseqTM 2000高通量转录组测序的里氏拟石磺SSR标记开发被引量：2
- 2015年
- 为给石磺科贝类系统进化研究和资源保育工作提供更有效的分子标记,使用Illumina Hiseq TM2000高通量测序技术对里氏拟石磺进行转录组测序,以所得的拼接序列为基础,利用MISA和SSR Hunter1.3软件进行微卫星序列的查找,对选出的51个微卫星位点进行引物设计,经PCR扩增得到单一清晰扩增条带的位点24个,研究湛江里氏拟石磺群体扩增。结果表明,其中14个位点表现多态性。14个多态性位点得到的等位基因数为2~4,其中观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）分别为0.031 3~0.714 3和0.031 3~0.708 4,多态性信息含量（PIC）为0.089 5~0.640 5,14个位点中的2个位点表现为高度多态性（PIC〉0.5）,10个位点表现为中度多态性（0.5〉PIC〉0.25）,另外2个位点表现为低度多态性（PIC〈0.25）。经Sequential Bonferroni校正的Hardy-Weinberg平衡检验,9个位点不偏离平衡（P〉0.05）。开发的SSR标记可用于里氏拟石磺群体遗传学和石磺科贝类间的系统发生研究,并为里氏拟石磺的群体种质保护提供数据支持。
- 吴欣沈和定王冬凤刘宸杨铁柱刁亚
- 关键词：转录组微卫星标记
- 瘤背石磺肌肉生长抑制素基因的克隆及组织表达分析被引量：2
- 2017年
- 为探究石磺由海洋向陆地进化过程中肌肉生长和发育的分子机制,实验以石磺科贝类转录组数据为基础,采用RACE方法从瘤背石磺肌肉中首次克隆到MSTN cDNA的全长并做了相应的组织表达分析。结果显示,瘤背石磺MSTN基因cDNA全长2667 bp,包括1650 bp的开放阅读框,374 bp的5′端非翻译区,643 bp的3'端非翻译区,共编码549个氨基酸。预测该基因编码的蛋白质原子总量为8776,分子式为C2774H4331N783O862S26,分子质量约为63.27 ku,理论等电点为6.02,信号肽预测结果显示,N端具有21个氨基酸长度的信号肽。瘤背石磺MSTN具有MSTN的共同特征,包括蛋白酶水解位点RSRR和C端多肽生物活性区以及9个保守的半胱氨酸残基。通过进化树分析,瘤背石磺MSTN与加州海兔MSTN的亲缘关系最近。RT-PCR结果显示,MSTN基因在各个组织中均有表达;含肌纤维组织中的表达量低于内脏器官的表达量,在肝胰腺中的表达量最高,腹足表达量最低。MSTN基因一级结构具有很高的保守性,说明该基因在进化上的限制性和功能的重要性;同时该基因在石磺非肌肉组织中表达,表明该基因不仅有抑制肌肉生长的作用,还参与其他生命活动的调节。
- 刘欣史艳梅王冬凤沈和定杨铁柱李杰李柏航
- 关键词：瘤背石磺肌肉生长抑制素基因克隆RACE
- 瘤背石磺表皮生长因子基因的克隆、结构及进化分析被引量：2
- 2017年
- 首次在瘤背石磺(Onchidium struma)中克隆得到一种新的表皮生长因子(EGF)的cDNA序列全长。EGF基因cDNA的全长为1158bp,命名为Os-egf1,其中开放阅读框长度为846 bp,编码一条包含281个氨基酸残基的多肽链。根据氨基酸序列比对和结构域分析结果发现其含有2个保守的EGF结构域和1个EGF-like结构域,每个结构域中均包含至少6个半胱氨酸残基,且形成CX7 CX4-5 CX10-13CXCX8 C结构,其结构域由C1~C3、C2~C4和C5~C6之间形成的3个二硫键维持,符合表皮生长因子家族及其相关蛋白的特征结构域,但其余氨基酸序列与现有相关基因差异较大,推测可能是一种新的EGF-like基因。利用MEGA6.0软件构建Os-egf1与EGF家族相关蛋白的系统进化树,表明EGF家族蛋白具有一定的物种特异性。
- 杨铁柱沈和定史艳梅刘欣吴欣李杰
- 关键词：EGF
- 瘤背石磺肌球蛋白重链(MyHC)基因的克隆与表达分析被引量：6
- 2018年
- 肌球蛋白是动物体内重要的功能性马达蛋白,调控机体的信号传导、肌肉收缩和细胞器运动,为探究肌肉在瘤背石磺(Onchidium struma)由海洋向陆地进化过程中发挥作用的分子机制,实验以石磺科4种贝类转录组数据为基础,采用RACE方法从瘤背石磺肌肉中首次克隆到肌球蛋白重链(Myosin heavy chain,MyHC)基因cDNA的全长并进行组织表达分析。研究结果显示,瘤背石磺MyHC基因cDNA全长为7566 bp,包括5895 bp的开放阅读框,228 bp的5'端非翻译区,1443 bp的3'端非翻译区,共编码1964个氨基酸。预测该基因编码的蛋白质由31713个原子组成,分子式为C_(9765)H_(15897)N_(2849)O_(3150)S_(52),分子量约为225.28 kDa,理论等电点为5.56,N端信号肽具有29个氨基酸长度。瘤背石磺MyHC具有2个保守结构域MYSc_class_Ⅱ和Myosin_tail_l,且亲水性氨基酸集中在Myosin_tail_l区。系统进化树分析显示,瘤背石磺MyHC与光滑双脐螺(Biomphalaria glabrata)MyHC的亲缘关系最近。RT-PCR结果显示,MyHC基因在各个组织中均有表达,腹足和背部皮肤表达量最高,腹部皮肤、口球、肺囊中高表达,肝胰腺、蛋白腺、两性腺中微量表达(P<0.05)。MyHC基因在瘤背石磺的主要运动器官腹足中高表达,说明肌肉运动对瘤背石磺湿地环境的两栖适应性具有至关重要的作用。实验结果为今后进一步研究瘤背石磺肌球蛋白重链基因进行原核表达及多克隆抗体的制备奠定了良好基础,更为深入探讨海洋无脊椎动物从海洋向陆地进化的研究提供有参考意义的分子依据。
- 顾冰宁刘欣沈和定王冬凤杨铁柱朱敏史艳梅李柏航
- 关键词：瘤背石磺MYHC基因克隆
- 瘤背石磺Egr-1基因的克隆、分析及低频声音刺激对其表达的影响被引量：1
- 2021年
- 早期生长反应因子1(Egr-1)基因又名为Zif268、NGFI-A、Krox-24、Tis8、ZENK,分布于脊椎动物的神经细胞中,参与识别功能相关的神经活动。本研究通过c DNA末端快速扩增法(RACE)获得瘤背石磺(Onchidium reevesii)Egr-1基因全长序列,进行蛋白质特征分析、氨基酸序列预测以及Egr-1基因的组织差异表达,并检测了不同低频声音(0~200 Hz)刺激0~24 h后Egr-1基因表达量的变化。结果显示:瘤背石磺Egr-1基因c DNA序列全长2556 bp,含134 bp的5’端非编码区、709 bp的3’端非编码区和1713 bp的开放阅读框,编码570个氨基酸。瘤背石磺Egr-1蛋白分子质量为61.31 kD,理论等电点为6.14,平均疏水指数-0.491,不含信号肽;二级结构和三级结构预测显示有琢螺旋和茁折叠。瘤背石磺Egr-1基因在其腹足、背部皮肤、神经节、肝胰腺、两性腺中均有表达,在神经节和两性腺中高表达,背部皮肤和肝胰腺中组织表达量最低(P<0.05)。相比对照组,受到低频声音刺激0.5 h,后瘤背石磺神经节中Egr-1基因的表达量显著升高,且不同频率声音间表达量差异显著(P<0.05),推测Egr-1基因参与了瘤背石磺识别低频声音功能相关的神经活动,所得结果为进一步研究瘤背石磺识别处理声音信息的分子机制提供重要的基础数据。
- 吴容宇梁威梁威杨铁柱杨铁柱
- 关键词：瘤背石磺EGR-1基因克隆
- 石磺钙调蛋白Os-IP_3R和Os-RyR基因的克隆、相对表达量及进化关系被引量：6
- 2018年
- 为明确石磺钙通道蛋白1,4,5-三磷酸肌醇受体(IP3R)基因和蓝尼碱受体(RyR)基因的序列和结构信息,初步研究不同石磺中的Onchidium struma-IP3R/Onchidium struma-RyR(Os-IP3R/Os-RyR)基因表达量百分比与石磺系统进化的相关性,实验在瘤背石磺表皮转录组数据库的基础上,克隆得到2条钙通道蛋白基因Os-IP3R和Os-RyR,利用生物信息学技术对该基因及所编码蛋白的结构特征进行分析,并通过qRT-PCR技术分析2个基因在瘤背石磺、平疣桑椹石磺和紫色疣石磺各组织中的表达情况。结果显示,Os-IP3R核酸序列为4 574 bp,包括2 808 bp的开放阅读框,共编码935个氨基酸,预测编码的蛋白有6个跨膜区;Os-RyR核酸序列为1 253 bp,包括1 131 bp的开放阅读框,共编码376个氨基酸,预测编码的蛋白有3个跨膜区。将瘤背石磺IP3R和RyR的氨基酸序列进行比对,发现位于钙离子通道区的G*R*GGG*GD序列处高度保守;发现3种石磺Os-IP3R/Os-RyR的相对表达百分比的高低顺序与各石磺从陆地到浅海的梯度分布趋势相一致,依次为瘤背石磺>平疣桑椹石磺>紫色疣石磺;石磺的陆栖性越强,则Os-IP3R/Os-RyR的相对表达百分比越高。不同种石磺的Os-IP3R/Os-RyR表达量百分比的研究能为分析海洋无脊椎动物由海洋向陆地进化学说提供新的分子生物学线索。
- 李杰许国绿沈和定顾冰宁杨铁柱
- 关键词：石磺
- 瘤背石磺内参基因筛选和皮肤发育相关基因EGF和IF的克隆与表达分析
- 瘤背石磺（Onchidium struma）是生活于滩涂湿地的半咸水两栖性生物，隶属于软体动物门（Mollusca）、腹足纲（Gastropoda）、肺螺亚纲（Pulmonata）、缩眼目（Systellommatoph...
- 杨铁柱
- 关键词：瘤背石磺内参基因中间丝蛋白
- 文献传递
