史艳梅
- 作品数：13 被引量：11H指数：2
- 供职机构：上海海洋大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学轻工技术与工程更多>>
- 瘤背石磺Os-NMHC的克隆、表达分析以及NMHC进化节点探讨被引量：1
- 2018年
- 本研究以石磺科贝类转录组数据库为基础,克隆出一条Ⅱ型非肌肉型肌球蛋白重链（NMHCⅡ）基因的全长c DNA,将其命名为Os-NMHC。该序列全长为6 057 bp,包括5 733 bp的开放阅读框,236 bp的5＇端非翻译区,88 bp的3＇端非翻译区,共编码1 910个氨基酸。预测蛋白质等电点为5.26,相对分子质量为220.46 k D。通过Phyre2程序和Pymol软件构建蛋白质三级结构图,预测蛋白质二级结构以α螺旋和β折叠为主;通过Clustalx和dna MAN软件进行氨基酸序列比对,发现其与爪蟾NMHCⅡA序列一致度为60.37%,其与爪蟾NMHCⅡB序列相似度为61.47%;通过Bayes软件构建系统进化树,发现其与加州海兔亲缘关系最近。通过q RT-PCR技术检测,发现该基因在四种石磺的背部、腹部、腹足部、肺囊、心脏、神经节中均有不同程度的表达。种间表达水平与进化趋势相一致,依次为：瘤背石磺≥平疣桑椹石磺〉里氏拟石磺〉紫色疣石磺。
- 李杰史艳梅沈和定杨铁柱顾冰宁许国绿
- 关键词：石磺
- 两种石磺背部皮肤蛋白质组及细胞凋亡相关基因表达差异分析
- 国际上对石磺科贝类的系统分类研究开始较早，国内对石磺的研究已从形态分类研究扩展到系统进化及资源利用等方面。角质层位于皮肤的表面，是生物防御外界物理伤害和化学伤害的重要屏障。本研究选取有代表性的以陆栖为主的瘤背石磺和以水栖...
- 史艳梅
- 关键词：细胞凋亡基因表达瘤背石磺蛋白质组
- 瘤背石磺肌肉生长抑制素基因的克隆及组织表达分析被引量：2
- 2017年
- 为探究石磺由海洋向陆地进化过程中肌肉生长和发育的分子机制,实验以石磺科贝类转录组数据为基础,采用RACE方法从瘤背石磺肌肉中首次克隆到MSTN cDNA的全长并做了相应的组织表达分析。结果显示,瘤背石磺MSTN基因cDNA全长2667 bp,包括1650 bp的开放阅读框,374 bp的5′端非翻译区,643 bp的3'端非翻译区,共编码549个氨基酸。预测该基因编码的蛋白质原子总量为8776,分子式为C2774H4331N783O862S26,分子质量约为63.27 ku,理论等电点为6.02,信号肽预测结果显示,N端具有21个氨基酸长度的信号肽。瘤背石磺MSTN具有MSTN的共同特征,包括蛋白酶水解位点RSRR和C端多肽生物活性区以及9个保守的半胱氨酸残基。通过进化树分析,瘤背石磺MSTN与加州海兔MSTN的亲缘关系最近。RT-PCR结果显示,MSTN基因在各个组织中均有表达;含肌纤维组织中的表达量低于内脏器官的表达量,在肝胰腺中的表达量最高,腹足表达量最低。MSTN基因一级结构具有很高的保守性,说明该基因在进化上的限制性和功能的重要性;同时该基因在石磺非肌肉组织中表达,表明该基因不仅有抑制肌肉生长的作用,还参与其他生命活动的调节。
- 刘欣史艳梅王冬凤沈和定杨铁柱李杰李柏航
- 关键词：瘤背石磺肌肉生长抑制素基因克隆RACE
- 瘤背石磺表皮生长因子基因的克隆、结构及进化分析被引量：2
- 2017年
- 首次在瘤背石磺(Onchidium struma)中克隆得到一种新的表皮生长因子(EGF)的cDNA序列全长。EGF基因cDNA的全长为1158bp,命名为Os-egf1,其中开放阅读框长度为846 bp,编码一条包含281个氨基酸残基的多肽链。根据氨基酸序列比对和结构域分析结果发现其含有2个保守的EGF结构域和1个EGF-like结构域,每个结构域中均包含至少6个半胱氨酸残基,且形成CX7 CX4-5 CX10-13CXCX8 C结构,其结构域由C1~C3、C2~C4和C5~C6之间形成的3个二硫键维持,符合表皮生长因子家族及其相关蛋白的特征结构域,但其余氨基酸序列与现有相关基因差异较大,推测可能是一种新的EGF-like基因。利用MEGA6.0软件构建Os-egf1与EGF家族相关蛋白的系统进化树,表明EGF家族蛋白具有一定的物种特异性。
- 杨铁柱沈和定史艳梅刘欣吴欣李杰
- 关键词：EGF
- 紫色疣石磺微卫星标记及筛选方法
- 本发明公开了一种紫色疣石磺微卫星标记及筛选方法；包括：构建紫色疣石磺转录组测序文库，进行Illumina HiseqTM2000双末端测序；基于测序获得的序列，经MISA对微卫星位点进行分析、筛选；利用SSRHunter...
- 史艳梅顾冰宁许国绿吴欣沈和定
- 文献传递
- 瘤背石磺肌球蛋白重链(MyHC)基因的克隆与表达分析被引量：6
- 2018年
- 肌球蛋白是动物体内重要的功能性马达蛋白,调控机体的信号传导、肌肉收缩和细胞器运动,为探究肌肉在瘤背石磺(Onchidium struma)由海洋向陆地进化过程中发挥作用的分子机制,实验以石磺科4种贝类转录组数据为基础,采用RACE方法从瘤背石磺肌肉中首次克隆到肌球蛋白重链(Myosin heavy chain,MyHC)基因cDNA的全长并进行组织表达分析。研究结果显示,瘤背石磺MyHC基因cDNA全长为7566 bp,包括5895 bp的开放阅读框,228 bp的5'端非翻译区,1443 bp的3'端非翻译区,共编码1964个氨基酸。预测该基因编码的蛋白质由31713个原子组成,分子式为C_(9765)H_(15897)N_(2849)O_(3150)S_(52),分子量约为225.28 kDa,理论等电点为5.56,N端信号肽具有29个氨基酸长度。瘤背石磺MyHC具有2个保守结构域MYSc_class_Ⅱ和Myosin_tail_l,且亲水性氨基酸集中在Myosin_tail_l区。系统进化树分析显示,瘤背石磺MyHC与光滑双脐螺(Biomphalaria glabrata)MyHC的亲缘关系最近。RT-PCR结果显示,MyHC基因在各个组织中均有表达,腹足和背部皮肤表达量最高,腹部皮肤、口球、肺囊中高表达,肝胰腺、蛋白腺、两性腺中微量表达(P<0.05)。MyHC基因在瘤背石磺的主要运动器官腹足中高表达,说明肌肉运动对瘤背石磺湿地环境的两栖适应性具有至关重要的作用。实验结果为今后进一步研究瘤背石磺肌球蛋白重链基因进行原核表达及多克隆抗体的制备奠定了良好基础,更为深入探讨海洋无脊椎动物从海洋向陆地进化的研究提供有参考意义的分子依据。
- 顾冰宁刘欣沈和定王冬凤杨铁柱朱敏史艳梅李柏航
- 关键词：瘤背石磺MYHC基因克隆
- 瘤背石磺和里氏拟石磺背部皮肤蛋白质组差异分析被引量：1
- 2019年
- 从蛋白质水平探讨瘤背石磺和里氏拟石磺背部皮肤蛋白质组差异表达,为完善石磺科贝类从海洋到陆地进化的研究以及解释两种石磺不同的环境适应性提供蛋白质依据。应用Label-free非标定量蛋白质组学技术,结合软件Sequest HT和Proteome Discoverer (Thermo),对瘤背石磺和里氏拟石磺的背部皮肤进行蛋白质组搜库鉴定及定量分析,其中瘤背石磺中鉴定到1 491个蛋白质,里氏拟石磺中鉴定到1 030个蛋白质;用Pfind软件对表达图谱进行同源序列的鉴定及定量分析,检测到928个同源蛋白表达量有差异,瘤背石磺较里氏拟石磺上调表达406个(p<0.05, FC>1.5),下调表达339个(p<0.05, FC<0.5)。适应水下生活的里氏拟石磺背部皮肤角质化程度较低,差异同源蛋白序列分析显示与角质形成、细胞凋亡相关蛋白在里氏拟石磺背部皮肤中高表达,与皮肤保湿性能相关的神经酰胺类物质在瘤背石磺中高表达;KEGG分析显示,嘌呤代谢通路中存在的差异蛋白最多,共73个,其中瘤背石磺较里氏拟石磺上调表达22个,下调表达21个。蛋白组差异分析显示关键酶尿素酶在陆栖性较强的瘤背石磺中高表达,与前人所做动物从水生到陆生进化过程中尿素酶基因完全丢失的研究结论有所出入,属于特殊物种。里氏拟石磺的皮肤辅助呼吸能力和血窦数目均高于瘤背石磺,且背部皮肤中肌纤维更加粗壮,此生理现象在蛋白质组上的表现为两种石磺能量代谢及氧离子运输相关蛋白的差别较大;瘤背石磺背部皮肤中对环境污染反应灵敏的谷胱甘肽S转移酶和谷胱甘肽过氧化物酶的表达量高于里氏拟石磺,推测其与瘤背石磺较强的皮肤免疫能力和环境适应性相关。蛋白表达谱中928个差异表达同源序列为两种石磺表现差异和环境适应的分子机制研究提供了有意义的蛋白质组的基础数据。
- 史艳梅黄笑含杨铁柱许国绿沈和定
- 关键词：瘤背石磺蛋白质组
- 瘤背石磺肌肉粗蛋白的提取方法
- 本发明公开了一种瘤背石磺肌肉粗蛋白的提取方法，具体如下：将瘤背石磺解剖后取出内脏，洗净剩余肌肉并搅碎，用石油醚去脂，并用无水乙醇去除石油醚，过滤后烘干至干粉状，称取一定量的干粉，按照一定的固液比加入蒸馏水，调整pH和温度...
- 刁亚沈和定朱敏史艳梅刘阿娜李杰刘欣李柏航杨铁柱李炼星程知庆姚理想吴欣杜文俊
- 瘤背石磺三种提取物的红外指纹图谱比较研究
- 2018年
- 为探索一种能够全面快速的鉴定瘤背石磺质量的方法,采用红外光谱法(IR)建立六个不同产地瘤背石磺肌肉组织无水乙醇、氯仿、乙酸乙酯三种提取物的红外指纹图谱,使用Nicolet 5700红外光谱仪,结合OPUS分析软件,发现三种提取物的红外指纹图谱可以用于不同产区瘤背石磺的质量评价与产地溯源,其相似度值的大小可作为石磺产地的评价指标,三种提取物的部分特征峰对比,乙酸乙酯提取物的红外指纹图谱能体现出更全面的化学成分信息。三种提取物对瘤背石磺的鉴定体现程度及角度有所不同,双指标法比较显示,氯仿提取物能够更好体现出不同产地、不同样品处理的瘤背石磺间的差异:对于产地相近的SH和ND,WZ和XM的样品共有峰率≥63.4,变异峰率小于等于38.5;产地相距较远的SH和YN,YC和XM的样品共有峰率≤40.9,变异峰率≥50.0;产地相近但样品前处理方式不同的XM和YN共有峰率为38.1,而变异峰率高达125.0,综合分析得出,利用氯仿提取物的共有峰率和变异峰率结合双指标序列分析法可以快速、准确鉴定不同产地、不同处理方式的瘤背石磺。
- 史艳梅顾冰宁姚理想沈和定
- 关键词：瘤背石磺红外光谱指纹图谱
- 两种石磺背部皮肤细胞凋亡现象的初步研究及凋亡基因14-3-3的差异表达分析
- 瘤背石磺和里氏拟石磺背部皮肤形态相似但生理习性不同,从基因水平分析两种石磺背部皮肤组织细胞凋亡现象,为整体水平上了解蜕皮机制的差异提供了科学依据。实验通过TUNEL染色,组织切片观察发现瘤背石磺背部凋亡细胞数目多于里氏拟...
- 黄笑含史艳梅沈和定杨铁柱许国绿顾冰宁
- 关键词：瘤背石磺TUNEL染色
- 文献传递
