常凯
- 作品数：7 被引量：31H指数：3
- 供职机构：中国人民解放军更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金四川省应用基础研究计划项目成都军区总医院院管课题更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 糖尿病肾病相关miR-130b-3p靶点的生物信息学预测被引量：2
- 2018年
- 目的:预测miR-130b-3p靶基因,并对靶基因的分子功能、生物学进程和信号通路进行富集分析,为深入研究糖尿病肾病相关miR-130b-3p的靶基因功能提供理论基础。方法:通过NCBI和miRbase数据库检索基因。应用Vector NTI软件进行miR-130b-3p序列分析,应用Target Scan,pic Tar,RNA22,PITA和miRanda软件预测靶基因,通过DAVID和KEGG数据库进行靶基因功能与信号通路富集分析。结果:已知成熟的不同物种miR-130b-3p核酸序列高度保守。靶基因主要富集在核质和细胞溶质,分子功能主要富集在蛋白绑定和转录因子激活。经典的miR-130b-3p靶基因集合明显富集于KEGG数据库中的TGF-β、AMPK和内吞作用等7个信号转导通路。疾病富集分析与糖尿病高度相关。结论:成功预测miR-130b-3p靶基因,部分靶基因参与的功能及信号通路与糖尿病肾病发生发展过程密切相关。
- 常凯江忠勇任俊龙熊怡淞王艳艳叶雨笙朱紫衣熊杰
- 关键词：糖尿病肾病信号通路
- 基于生物信息学方法的FOX基因家族对比分析被引量：7
- 2015年
- 以FOXA、FOXO和FOXP为核心,利用生物信息学方法对比分析FOX家族成员的分子特征、启动子、蛋白理化性质、蛋白结构、亚细胞定位,构建分析蛋白三维模型并绘制家族系统进化树。结果表明:FOX家族的核酸序列相似性较低,FOXP和FOXN序列内含较多内含子,但仍具有溯源性。蛋白的脂肪族氨基酸指数介于49.71到76.11之间,分子量介于29 084到79 586.1之间,较为离散。GRAVY值介于-0.764到-0.179之间,蛋白均表现为亲水性。p I值在亚家族间非常稳定,可作为蛋白分类的辅助指标。对比统计FOX蛋白高级结构各亚家族的保守结构域和功能位点,可见功能域的差异导致了其调节途径的多样。分析结果可为FOX蛋白的研究提供有价值信息,为进一步研究FOX在人体内的疾病发生途径与作用机理提供依据。
- 常凯熊怡淞曲远青吴艾霖陈清红吴丽娟
- 关键词：生物信息学分子特征
- 醛脱氢酶(ALDH)蛋白家族的信息学比较分析与修饰预测被引量：2
- 2016年
- 以ALDH1~ALDH4为核心,利用生物信息学方法对比分析ALDH家族成员的蛋白理化性质、亚细胞定位、构建分析蛋白三维模型并绘制家族系统进化树。对不稳定蛋白进行修饰预测。结果表明：ALDH家族间的序列相似性较高但同源性相对较低,氨基酸序列差异较大。蛋白的GRAVY值（-0.284~0.01）和分子量（47 974.0~61 810.5）没有典型的规律性分布,但不稳定指数、脂肪系数和等电点差异显著。结构分析催化位点和结合区域有较大差异,这赋予了各家族成员不同的催化活性。最后就不稳定蛋白进行了理想的模拟突变与预测分析。分析结果可为ALDH蛋白的研究提供有价值信息,为进一步研究ALDH在人体内的疾病发生途径与作用机理提供依据。
- 常凯童立冬江忠勇熊怡淞张睿熊杰
- 关键词：醛脱氢酶生物信息学
- 低剂量黄芪提取液联合左氧氟沙星体外抑菌作用及机制研究被引量：9
- 2018年
- 本研究采用低剂量黄芪提取液联合左氧氟沙星进行体外抑菌实验,结合黄芪提取液中微量元素含量及细胞膜通透性实验,探讨了低剂量黄芪提取液联合左氧氟沙星在体外对6种临床常见微生物的抑菌作用及其机制。结果表明黄芪提取液联合左氧氟沙星对大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、变形菌和粪肠球菌均表现出协同抑菌作用,而该剂量黄芪提取液本身不具有抑菌力。检测黄芪提取物的Ca、Zn、Mg、Cu和Fe元素浓度分别为590、224.72、300、0.06和0.4μmol/L。细胞膜通透实验结果表明,黄芪提取物处理的菌液K+浓度随时间延长而增加,Na+和Cl-浓度随时间延长而降低。因而推断在该联合抑菌实验中,低剂量黄芪提取物可能通过增强细胞膜通透性以提高左氧氟沙星在细胞内的有效浓度,进而更有效地抑制DNA解旋酶活性达到协同抑菌的目的。
- 连丽莎欧阳刚向礼恩江忠勇任俊龙王琴熊杰常凯
- 关键词：左氧氟沙星体外抑菌作用细胞膜通透性
- 肿瘤相关Smads家族蛋白的计算机模拟修饰
- 2018年
- 本文旨在比较分析Smad蛋白家族的结构与功能特性,进而对不稳定蛋白进行模拟修饰,为深入开展Smad蛋白功能研究奠定基础;应用生物信息学对比分析Smad蛋白质家族成员的理化特性、结构特点及功能差异,基于各自特征对不稳定蛋白质进行修饰预测并评估其稳定性;结果表明氨基酸序列的相似性在Smad亚家族内极高;亚家族间则较低。家族各成员分子量、等电点、消光系数等理化性质差异显著,各成员均为疏水性蛋白(GRAVY <0)且体外稳定性较差(Instability index>40)。测定Smad蛋白质的p I值和消光系数能够有效对Smad进行快速分类。比较分析亚家族间蛋白质结合位点和三维结构均具有与蛋白质的功能相对应的标志性特征,体现了各成员的功能多样性。最后就研究热点蛋白Smad4,6,7的不稳定结构进行模拟突变,预测蛋白质在体外环境15～50℃区间相对稳定;对Smad蛋白家族进行了系统的对比分析,并对不稳定蛋白进行了理想的模拟修饰,为进一步开展Smad在肿瘤发生途径与作用机制中的研究提供依据。
- 许宏宣刘小强刘小强
- 关键词：SMAD蛋白
- 空肠弯曲菌血红素氧化酶ChuZ促进巨噬细胞NLRP3炎性小体激活被引量：2
- 2017年
- 目的探究空肠弯曲菌血红素氧化酶ChuZ对巨噬细胞炎性小体激活的影响。方法分离野生型C57BL/6小鼠骨髓细胞,诱导分化为骨髓来源的巨噬细胞(bone marrow-derived macrophage,BMM),分别用WT C.jejuni、△ChuZ C.jejuni以及对照刺激BMM 6 h,q RT-PCR和ELISA检测各组IL-1β的表达,q RT-PCR和Western blot检测各组NLRP3、ASC、caspase-1的表达。分离野生型C57BL/6和NLRP3-/-小鼠骨髓细胞,诱导分化为WT BMM、NLRP3-/-BMM,分别用WT C.jejuni和△ChuZ C.jejuni刺激BMM 6 h,ELISA检测各组IL-1β的表达。分离野生型C57BL/6小鼠骨髓细胞,诱导分化为BMM,分别用WT C.jejuni、△ChuZ C.jejuni刺激BMM、BMM+MCC950(NLRP3炎性小体抑制剂)6 h,ELISA检测各组IL-1β的表达。结果与对照组相比,WT C.jejuni、△ChuZ C.jejuni均能显著促进BMM IL-1β、NLRP3、procaspase-1、caspase-1的表达(P<0.01);△ChuZ C.jejuni组与WT C.jejuni组相比,IL-1β、NLRP3、procaspase-1、caspase-1的表达显著降低(P<0.01)。与WT BMM组相比,WT C.jejuni、△ChuZ C.jejuni分别刺激NLRP3-/-BMM后,IL-1β表达均显著降低(P<0.01)。同时,与control组相比,WT C.jejuni、△ChuZ C.jejuni刺激+MCC950组后,IL-1β表达均也显著降低(P<0.01)。结论空肠弯曲菌血红素氧化酶ChuZ与巨噬细胞中NLRP3/ASC/caspase-1炎性小体的激活程度相关,并促进巨噬细胞中IL-1β的表达,参与了空肠弯曲菌对宿主的炎性作用。
- 张睿熊怡淞刘媛江忠勇常凯胡宗海熊杰
- 关键词：空肠弯曲菌IL-1ΒNLRP3
- 四川地区冠心病患者CYP2C19基因多态性检测被引量：9
- 2017年
- 目的检测四川地区冠心病患者CYP2C19基因的多态性,分析基因型与性别、年龄及临床分型之间的相关性。方法采用DNA微阵列芯片法检测131例被确诊为冠心病患者的CYP2C19基因型,结合患者的性别、年龄、临床分型进行分组,探讨这些因素与CYP2C19基因多态性的相关性。结果 131例冠心病患者中,有5种基因型被检测到,分别为CYP2C19*1/*1(636GG,681GG)、CYP2C19*1/*2(636GG,681GA)、CYP2C19*1/*3(636GA,681GG)、CYP2C19*2/*2(636GG,681AA)、CYP2C19*2/*3(636GA,681GA)。分布频率分别为53例(40.5%)、54例(41.2%)、6例(4.6%)、13例(9.9%)、5例(3.8%),而CYP2C19*3/*3(636AA,681GG)未被检测到。不同性别冠心病患者CYP2C19的基因型、等位基因频率差异无统计学意义(P>0.05);不同性别的代谢型患者,其CYP2C19的基因型分布差异具有统计学意义(χ~2=6.527,P=0.038)。不同年龄和临床分型冠心病患者CYP2C19的基因型、等位基因频率、代谢型分布差异无统计学意义(P<0.05)。结论冠心病患者的CYP2C19基因型分布、等位基因频率分布与性别、年龄和疾病临床分型无关。
- 曾敏熊怡淞俞娟常凯吴艾霖
- 关键词：CYP2C19冠心病基因芯片基因多态性
