李晓旭
- 作品数：18 被引量：70H指数：5
- 供职机构：中国农业科学院烟草研究所更多>>
- 发文基金：中央级公益性科研院所基本科研业务费专项国家自然科学基金引进国际先进农业科技计划更多>>
- 相关领域：农业科学轻工技术与工程生物学更多>>
- 马铃薯SBP转录因子家族的全基因组鉴定及进化和表达分析被引量：1
- 2018年
- SBP转录因子家族是植物特有的一类转录因子家族,主要参与植物生长、发育和多种生理生化过程的信号传导。马铃薯是一种重要的经济和粮食作物,但马铃薯SBP转录因子家族的分析尚未见报道。本研究利用生物信息学技术,对马铃薯基因组进行分析,在马铃薯中共鉴定出16个SBP转录因子,并对其系统进化关系、编码基因结构以及基因表达模式进行研究。系统进化分析表明,马铃薯和拟南芥SBP转录因子家族成员共31个成员,被分成7个亚家族(Subgroup);结构分析表明,同一亚家族内的成员的蛋白保守结构域的类别、组成以及编码基因的基因结构具有高度的相似性,但不同亚家族的成员差异较大;基因表达分析表明,编码SBP转录因子家族成员的基因表达模式具有明显的时空特异性,且成员对不同的激素处理有不同的响应模式。本研究为进一步研究马铃薯SBP转录因子的功能以及可能的调控机制研究提供了理论依据。
- 郭存李晓旭刘成李奎李奎
- 关键词：马铃薯拟南芥生物信息学
- 普通烟草WOX转录因子家族的全基因组鉴定及分析被引量：5
- 2021年
- 【背景】WOX(WUSCHEL-related homeobox)转录因子家族是植物特有的一类转录因子家族,被报道参与生长发育、细胞间通讯、干细胞分裂分化稳态调控和器官发育等过程。【方法】利用比较基因组学和生物信息学的方法,在烟草基因组中对WOX转录因子成员进行鉴定,并进行进化分析、共线性分析、保守基序分析以及表达模式等分析。【结果】(1)从烟草基因组中鉴定出23个WOX转录因子家族成员编码基因,其中15个NtWOX基因定位到染色体上;(2)系统发育分析表明,普通烟草和拟南芥的WOX转录因子被分成了3个亚支和9个亚家族;(3)共线性分析发现若干普通烟草NtWOX基因存在于普通烟草与拟南芥基因组的共线性区段中;(4)复制事件分析表明串联重复或者全基因组重复事件在普通烟草WOX家族扩张中起重要作用;(5)保守基序分析表明同一亚家族内NtWOX成员的保守基序的组织形式高度相似;(6)表达分析表明普通烟草NtWOX基因表达具有组织特异性;(7)GO注释分析发现普通烟草NtWOX转录因子参与组织器官发育、细胞间通讯过程和胁迫响应等生物学过程。【结论】本研究在普通烟草中鉴定并系统分析了WOX转录因子家族成员,为其功能研究奠定基础。
- 李晓旭李晓旭蒲文宣刘万峰张银霞孙楠何鑫玺刘成许良涛高军平
- 关键词：普通烟草
- 普通烟草ATⅢ氨基转移酶家族序列鉴定与表达分析
- 2019年
- 氨基转移酶是5'-磷酸吡哆醛依赖酶,在植物的生长发育和非生物胁迫的反应中起重要作用。ATⅢ氨基转移酶家族(classⅢ aminotransferase family)是转氨酶家族中一个非常重要的亚家族。本研究利用普通烟草(Nicotiana tabacum)基因组序列信息,鉴定出26个ATⅢ家族成员,对烟草ATⅢ家族进行理化性质分析表明,普通烟草ATⅢ家族成员之间的理化性质差异较大;系统进化和结构域分析显示,烟草ATⅢ家族成员可形成4个分支,同一分支内ATⅢ家族成员的保守结构域的种类和组织形式高度一致;将19个家族成员定位在12条染色体上;分析普通烟草转录组数据,结果显示大多数家族成员在不同组织中都有表达,主要集中在叶脉、打顶后茎和叶、离体叶片等组织。对NtATⅢ1和NtATⅢ2基因的qRT-PCR分析显示,这两个基因主要在植物地上组织中表达。本研究为普通烟草ATⅢ基因的功能研究提供依据。
- 王晓王大伟夏菲李晓旭吴华姜山孙玉合
- 关键词：普通烟草生物信息学分析
- 普通烟草脂氧合酶基因家族鉴定及表达模式分析被引量：5
- 2021年
- 脂氧合酶(LOX)是脂肪酸代谢途径的关键酶,在植物的生长发育及多种逆境胁迫响应过程中发挥重要作用。本研究对烟草基因组中的LOX家族成员进行鉴定,并利用进化分析、共线性分析和表达分析等方法解析LOX家族成员的潜在生物学功能。结果表明,在普通烟草中共鉴定得到18个LOX基因,其中12个LOX基因被锚定在染色体上。系统进化分析表明,普通烟草中新鉴定的LOX家族成员被分为9-LOX和13-LOX两个亚家族,其中13-LOX又可被分为Type I和Type II两个亚类。共线性分析表明,烟草NtLOX07、NtLOX10基因分别与拟南芥AtLOX05、AtLOX01基因形成同源基因对,并且大部分同源基因之间具有相似的表达模式。表达模式分析发现,普通烟草LOX基因表达具有一定的组织特异性,并且NtLOX06等基因能够被机械损伤和茉莉酸甲脂(MeJA)处理显著诱导。因此,普通烟草LOX家族成员可能在植物胁迫响应过程中发挥着重要的作用。
- 李志远宋青松刘江王德勋范志勇吴新儒李晓旭王奇孙晋浩郭存晁江涛晁江涛刘贯山
- 关键词：烟草脂氧合酶机械损伤
- 普通烟草SBP转录因子家族的全基因组鉴定及其进化和表达分析
- SBP转录因子家族作为植物特异性的转录因子具有重要的生物学功能,广泛参与花和果实发育等诸多生命过程。利用普通烟草(Nicotiana tabacum)TN90基因组数据,通过隐马尔科夫模型检索,SMART和Pfam分析,...
- 刘成李晓旭苏玉龙郭永峰
- 关键词：生物信息学分析普通烟草
- 文献传递
- 耐受高浓度葡萄糖的巨大芽孢杆菌CGMCC No.10669及其应用
- 本发明提供了一种耐受高浓度葡萄糖的巨大芽孢杆菌(Bicillus megaterium.)，其保藏编号为：CGMCC No.10669，保藏日期为2015年3月30日。本发明还提供了利用保藏编号为：CGMCC No.10...
- 王倩刘好宝苏玉龙史素娟毛静静张鸽李晓旭
- 文献传递
- 普通烟草NtNAC042基因克隆、鉴定及功能分析
- 2023年
- 【背景和目的】NAC转录因子是一类植物特有的转录因子,在植物生长发育、生物/非生物胁迫中发挥着十分重要的调控作用,在普通烟草中克隆NtNAC042基因。【方法】进行生物信息学分析、亚细胞定位、转录激活试验和表达模式分析,以及基因功能分析。【结果】(1)生物信息学分析表明,NtNAC042基因编码蛋白具有高度保守的NAC结构域;(2)亚细胞定位和转录激活试验结果表明,NtNAC042定位于细胞核中,具有转录激活活性;(3)表达模式分析表明,NtNAC042基因在根和衰老叶片中表达量较高且受干旱胁迫、盐胁迫、H2O2处理诱导;(4)NtNAC042过表达烟草植株抗盐性显著提高。【结论】NtNAC042作为NAC型转录因子,在烟草衰老落黄及生物和非生物逆境应答中发挥着重要的调控作用。
- 孙晋浩李少鹏田震汪金玲陈悦张莉许强苗晨琳李志远李晓旭徐如彦
- 关键词：烟草NAC转录因子生物胁迫非生物胁迫
- 番茄WOX转录因子家族的鉴定及其进化、表达分析被引量：36
- 2016年
- WUSCHEL相关的同源异型盒(WUSCHEL-related homeobox,WOX)是一类植物特异的转录因子家族,具有调控植物干细胞分裂分化动态平衡等重要功能。本研究利用番茄(Solanum lycopersicum)基因组数据,通过建立隐马尔科夫模型并进行检索,鉴定了番茄10个WOX转录因子家族成员。多序列比对发现,番茄WOX转录因子家族成员具有高度保守的同源异型结构域;以拟南芥WOX转录因子家族成员序列为参照,通过邻接法、极大似然法、贝叶斯法重建了系统发育树,三者呈现出类似的拓扑结构,番茄和拟南芥WOX转录因子家族共25个成员被分为3个进化支(Clade)和9个亚家族(Subgroup);利用MEME和GSDS对WOX转录因子家族成员的蛋白保守结构域和基因结构进行了分析,同一亚家族内的WOX转录因子家族成员的保守结构域的种类、组织形式以及基因结构具有高度的一致性;利用Perl和Orthomcl对家族成员的染色体定位和同源性关系进行分析,结果表明串联重复的Sl WOX3a和Sl WOX3b可能来源于一次复制事件;利用番茄转录组数据和q RT-PCR进行表达分析,结果显示家族成员在不同组织中的表达存在差异,暗示了WOX家族的不同成员在功能上可能具有多样性。本研究对番茄WOX转录因子家族成员进行GO(Gene Ontology)注释和比较分析,结果表明该家族成员作为转录因子,可能在组织器官发育、细胞间通讯等过程中发挥作用。
- 李晓旭刘成李伟张增林高晓明周慧郭永峰
- 关键词：番茄生物信息学分析
- 耐受高浓度葡萄糖的巨大芽孢杆菌CGMCC No.10669及其应用
- 本发明提供了一种耐受高浓度葡萄糖的巨大芽孢杆菌(Bicillus？megaterium.)，其保藏编号为：CGMCC？No.10669，保藏日期为2015年3月30日。本发明还提供了利用保藏编号为：CGMCC？No.10...
- 王倩刘好宝苏玉龙史素娟毛静静张鸽李晓旭
- 普通烟草NtNAC072基因的克隆、鉴定及表达模式分析被引量：8
- 2019年
- NAC转录因子是一类植物特有的转录因子,在植物生长发育、衰老及生物或非生物胁迫中发挥着重要的调控作用。为明确烟草转录因子NtNAC072的生物学功能,在普通烟草中克隆了NtNAC072基因,利用生物信息学分析结合亚细胞定位和转录激活实验对该基因功能进行初步鉴定,并通过实时荧光定量PCR方法研究基因的表达模式。结果表明,NtNAC072转录因子N端有典型的NAC结构域并且较为保守;进化分析表明,普通烟草中NtNAC072与拟南芥AtNAC072同源;亚细胞定位和转录激活实验结果表明,NtNAC072定位于细胞核中并具有转录激活活性;表达模式分析发现,NtNAC072基因表达具有特异性,其在衰老叶片中表达量较高并且受干旱胁迫、盐胁迫、脱落酸处理诱导。因此,作为NAC型转录因子NtNAC072可能在烟草叶片衰老、落黄以及非生物逆境应答中发挥着重要的调控作用。
- 李晓旭郭存刘成李虹李伟蒋勋郭永峰
- 关键词：烟草NAC转录因子叶片衰老非生物胁迫
