孙倩
- 作品数：14 被引量：117H指数：4
- 供职机构：北京市昌平区结核病防治所更多>>
- 发文基金：首都卫生发展科研专项国家科技重大专项北京市科技计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 扩增子测序技术检测石蜡包埋组织标本耐药结核基因的研究被引量：5
- 2020年
- 目的 用基于多重PCR (multiplex PCR,mPCR)扩增子的二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术(mPCR-NGS)检测MTB的耐药基因突变,并评估其检测石蜡包埋组织标本诊断耐药结核病的临床应用价值.方法 选取北京市昌平区结核病防治所2013年4月至2015年10月常规进行了利福平、异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星和氧氟沙星比例法检测且具有药敏试验结果的50株MTB临床分离株,包括42株耐药MTB和8株敏感MTB菌株.参考耐药基因数据库及相关文献,针对以上8种抗结核药物主要耐药基因及常见位点设计耐药基因组合,建立有效的检测方案.收集首都医科大学附属北京胸科医院病理科2017年11月至2018年9月耐药结核病患者55例的石蜡包埋组织标本,探针熔解曲线法检测结果为利福平、异烟肼、乙胺丁醇和氟喹诺酮类至少存在一种耐药相关基因突变.首先对已知表型药敏试验结果的MTB临床分离株进行mPCR-NGS检测,验证该方法检测纯菌样本的有效性,再进一步检测结核病患者石蜡包埋组织标本进行临床验证.主要评价指标为敏感度和特异度以及一致性.结果 以比例法为金标准,mPCR-NGS检测利福平、异烟肼、链霉素和乙胺丁醇的敏感度分别为95% (38/40)、93%(27/29)、93% (27/29)和72%(13/18),特异度分别为100%(10/10)、95% (20/21)、100%(21/21)和94%(30/32);二线注射类药物卷曲霉素、卡那霉素和阿米卡星敏感度均为100% (2/2,3/3,3/3),特异度分别为98%(47/48)、100%(33/33)和100%(47/47);氧氟沙星的敏感度为70%(7/10),特异度为100%(40/40).总符合率为94%,一致性检验Kappa值为0.87.纳入的55例石蜡包埋组织标本经探针熔解曲线法检测,28例利福平耐药,37例异烟肼耐药,13例乙胺丁醇耐药,17例氟喹诺酮类耐药.mPCR-NGS与探针熔解曲线法比较,利福平、异烟肼、乙胺丁醇和氟喹诺酮类的敏感度分别为100%(28/28)、95%(35/37)、100%(13
- 宋婧张治国董宇杰杜伟丽王宇轩刘子臣李琨张倩孙倩车南颖
- 关键词：分枝杆菌结核石蜡包埋组织基因测定
- 2016-2020年北京市昌平区结核分枝杆菌耐药状况分析
- 2023年
- 目的分析2016年-2020年近五年期间北京市昌平区就诊患者的耐药情况。方法对2016-2020年期间痰培养阳性患者分离株进行固体药物敏感性试验,并对这五年期间结核和非结核分枝杆菌构成比、相应药敏结果的抗结核药物耐药状况及耐药结核相关因素等指标进行系统分析。结果北京市昌平区2016-2020年五年间非结核分枝杆菌构成比无统计学意义(P>0.05)。在分析各年份不同药物组耐药状况中,在耐一种药物组中,异烟肼耐药构成比具有统计学差异(χ^(2)=10.261,P=0.036),利福平耐药构成比同样具有统计学差异(χ^(2)=10.520,P=0.033);在耐两种药物组中,异烟肼和利福平组(H+R)及异烟肼和链霉素组(H+S)具有统计学差异(χ^(2)=11.220,P=0.024;χ^(2)=13.369,P=0.010);在耐三种药物组中,异烟肼、利福平和链霉素组合(HRS)具有统计学差异(χ^(2)=9.823,P=0.041);其他药物及药物组合不具有统计学差异(P>0.05),此外,各年份间总的耐药构成比具有统计学差异(χ^(2)=15.165,P=0.004)。各年龄组之间结核患者的耐药情况不具有统计学差异(P>0.05)。在耐药结核病相关因素分析中,性别相关因素中,整体来看女性耐药构成比稍高于男性,年龄组相关因素中,各年份耐药构成比无统计学差异(P>0.05)。结论耐药结核病在该地区仍然是重要挑战,其中女性是耐药监测关注的重点,重点人群筛查、耐药监测应是当地结核病防控治疗中重要举措。
- 孙倩张治国
- 关键词：耐药结核病耐药监测非结核分枝杆菌抗结核药物
- GeneXpert MTB/RIF技术对结核病及对利福平耐药性检测的价值被引量：9
- 2020年
- 目的分析基层结核病防治所采用GeneXpert MTB/RIF(简称"GeneXpert")技术对结核病及其对利福平耐药性检测的可行性。方法回顾性分析2019年1月1日至12月31日就诊于北京市昌平区结核病防治所的全部肺结核可疑症状者,共计1719例。对1719例肺结核可疑症状者开展痰涂片、罗氏固体培养、GeneXpert检查,其中经临床和实验室检测结果证实为其他疾病的患者587例,非活动性肺结核患者550例,共确诊582例活动性肺结核患者。582例活动性肺结核患者中,237例患者有实验室病原学依据(同一例患者同一份痰标本同时经过罗氏固体培养后采用结核分枝杆菌MPB64抗原进行菌种鉴定,以及采用GeneXpert检测系统进行检测),诊断为病原学阳性患者,其余345例患者为临床诊断患者。对237例患者的痰标本分别进行阳性检出率的比较,以及采用罗氏固体比例法和GeneXpert技术对利福平耐药性进行检测。采用χ^2检验对计数资料进行比较;当理论频数小于5时,采用Fisher精确概率法进行比较,以P<0.05为差异有统计学意义。结果237例病原学阳性患者中,痰涂片阳性检出率为25.3%(60/237),罗氏固体培养为79.7%(189/237),GeneXpert技术为96.2%(228/237);GeneXpert的阳性检出率明显高于罗氏固体培养和痰涂片检查,差异均有统计学意义(χ^2=249.742,P<0.001;χ^2=30.332,P<0.001)。以罗氏固体比例法利福平耐药性检测结果为参考标准,GeneXpert技术对利福平耐药的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值、一致率分别为99.6%(232/233)、100.0%(4/4)、100.0%(232/232)、80.0%(4/5)、99.6%(236/237)。结论GeneXpert技术对病原学阳性患者的检出率和对利福平耐药性检出率均较高,对基层开展结核病检测及耐利福平结核病检测具有较高的价值。
- 唐桂华孙倩王潇凡咸海滨张倩杨小薇王莉
- 关键词：微生物敏感性试验利福平核酸扩增技术
- 重组结核杆菌融合蛋白在大学生结核潜伏感染筛查中的应用分析
- 2022年
- 目的通过分析重组结核杆菌融合蛋白(recombinant mycobacterium tuberculosis fusion protein,EC)皮肤试验和γ干扰素释放试验(interferon-gamma release assay,IGRA)结果,探讨EC皮肤试验在筛查学生结核杆菌感染中的实用性,为进一步做好学校结核病疫情控制提供建议。方法选取1924例同学的IGRA和EC皮肤试验结果进行分析,检验结果一致性采用Kappa检验,采用配对χ2检验两组检测方法之间的差异,以P<0.05为差异有统计学意义。结果共纳入1924例研究对象,其中男生1274例,女生650例;IGRA阳性率5.35%;EC皮肤试验阳性率9.10%,不同检测方法阳性率之间差异具有统计学意义(配对χ^(2)=37.57,P<0.01),Kappa值为0.47,两种检测方法检测结果为中度一致性。以γ干扰素检测作为结核感染的金标准,EC皮肤试验的敏感度为67.96%、特异度为94.23%、阳性预测值为40.00%、阴性预测值为98.11%。结论EC皮肤试验具有较强的特异性,可用于大学生结核病筛查。
- 杨震孙倩韩露包城王雪张治国
- 关键词：结核杆菌感染结核感染皮肤试验KAPPA值TUBERCULOSIS
- 北京市昌平区耐多药结核分枝杆菌对新抗结核药品的耐药情况分析
- 2021年
- 目的探讨北京市昌平区耐多药结核分枝杆菌对左氧氟沙星(levofloxacin,Lfx)、莫西沙星(moxifloxacin,Mfx)、贝达喹啉(bedaquiline,Bdq)、利奈唑胺(linezolid,Lzd)、氯法齐明(clofazimine,Cfz)和德拉马尼(delamanid,Dlm)的耐药特点和耐药突变类型,为临床用药提供依据。方法收集2011—2015年北京市昌平区结核病防治所收治的经分离培养及菌种鉴定后获得的83株耐多药结核分枝杆菌。采用最低药物浓度法对耐多药结核分枝杆菌进行药物敏感性检测,并扩增耐药相关基因序列,将耐药基因测序结果与标准株进行比对分析。结果 83株耐多药结核分枝杆菌菌株对Lfx和Mfx的耐药率最高,均为41.0%(34/83);对Bdq的耐药率最低,为2.4%(2/83),对Lzd、Cfz和Dlm的耐药率分别为4.8%(4/83)、3.6%(3/83)和4.8%(4/83)。39株对Lfx和Mfx耐药的菌株中,gyrA基因第94位密码子的碱基替换是最常见的突变类型,占87.2%(34/39)。2株Cfz-Bdq交叉耐药菌株均在Rv0678基因中存在突变。4株Lzd耐药菌株中有2株存在rplC基因突变。4株Dlm耐药菌株中,1株突变发生在fbiC基因的第318位密码子,2株发生在ddn基因的第81位密码子。结论北京市昌平区耐多药结核分枝杆菌对Lfx或Mfx耐药率较高,对Bdq的耐药率较低;应根据本地区耐多药结核病患者的特点选择耐药率较低的药品。
- 刘新宇张倩孙倩
- 关键词：分枝杆菌结核结核抗多种药物性
- 2016—2018年北京市昌平区MTB分离株对氧氟沙星耐药情况分析被引量：1
- 2019年
- 目的分析北京市昌平区MTB对氧氟沙星耐药的情况,以便为临床防治耐药结核病提供参考.方法本研究搜集2016-2018年昌平区结核病防治机构701株MTB临床分离株,采用比例法药物敏感性试验(简称“药敏试验”)检测其耐药性,耐多药MTB51株,非耐多药MTB650株.同时对氧氟沙星耐药菌株的gyrA基因进行测序分析.统计各年MTB对氧氟沙星的耐药率,各年间耐药率的比较采用x2趋势检验,以P<0.05为差异有统计学意义.结果701株MTB临床分离菌株中,对氧氟沙星耐药者41株,耐药率为5.8%.3年中MTB对氧氟沙星的耐药率呈显著增长,2016年耐药率为2.9%(7/243),2017年为6.9%(16/232),2018年为8.0%(18/226),X^2趋势=5.567,P=0.018.耐多药和非耐多药结核分枝杆菌对氧氟沙星耐药率分别为37.2%(19/51)和3.4%(22/650),耐多药MTB对氧氟沙星的耐药率显著高于非耐多药MTB(X^2=92.462,P<0.01).在41株对氧氟沙星耐药的MTB菌株中,总计有31株(75.6%)检测到gyrA基因突变.其中最常见的突变在94位密码子(15株,36.6%)和90位点(14株,34.1%).结论北京市昌平区MTB临床分离菌株对氧氟沙星的耐药率2016-2018年呈逐年上升的趋势,gyrA基因突变是本区MTB菌株对氧氟沙星耐药的最主要的耐药机制.
- 王燕飞吴进凤孙倩韩露马树波张治国
- 关键词：氧氟沙星微生物敏感性试验DNA突变分析
- 扩增子测序技术检测石蜡包埋组织标本耐药结核基因的研究
- 2020年
- 目的用基于多重PCR(mutiplex PCR,mPCR)扩增子的二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术(mPCR-NGS)检测MTB的耐药基因突变,并评估其检测石端包埋组织标本诊断耐药结核病的临床应用价值。方法选取北京市昌平区结核病防治所2013年4月至2015年10月常规进行了利福平、异烟阱、乙胺丁醇、链霉素、卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星和氧氟沙星比例法检测且具有药敏试验结果的50栋MTB临床分离株,包括42株耐药MTB和8株敏感MTB菌株。参考耐药基因数据库及相关文献,针对以上8种抗结核药物主要耐药基因及常见位点设计耐药基因组合,建立有效的检测方案。收集首都医科大学附属北京胸科医院病理科2017年11月至2018年9月耐药结核病患者55例的石蜡包埋组织标本,探针熔解曲线法检测结果为利福平、异烟腓、乙胺丁醇和氟喹诺酮类至少存在一种耐药相关基因突变。首先对已知表型药敏试验结果的MTB临床分离株进行mPCR-NGS检测,验证该方法检测纯菌样本的有效性,再进一步检测结核病患者石蜡包埋组织标本进行临床验证。主要评价指标为敏感度和特异度以及一致性。结果以比例法为金标准,mPCR-NGS检测利福平、异烟阱、链霉素和乙胺丁酶的敏感度分别为95%(3840)、93%(2729)、93%(217129)和72%(13/18),特异度分别为100%(10/10)、95%(20/21)、100%(21/21)和94%(30/32);二线注射类药物卷曲霉素、卡那霉素和阿米卡星敏感度均为100%(22,3/3,3/3),特异度分别为9%(47148)、100%(3/33)和100%(4747),氧氟沙星的敏感度为70%(710),特异度为100%(40/40)。总符合率为94%,一致性检验Kappa值为0.87。纳人的55例石蜡包埋组织标本经探针熔解曲线法检测,28例利福平耐药,37例异烟腆耐药,13例乙胺丁醇耐药,17例氟喹诺酮类耐药。mPCR-NGS与探针熔解曲线法比较,利福平、异烟阱、乙胺丁醇和氟喹诺郦类的敏感度分别为100%(28/28)95%(35/37)、:100%(1
- 宋婧张治国董宇杰杜伟丽王宇轩刘子臣李琨张倩孙倩车南颖
- 关键词：石蜡包埋组织抗药性基因测定
- 利福平耐药实时荧光定量核酸扩增技术检测痰标本中结核分枝杆菌及其耐药性的研究被引量：96
- 2013年
- 目的评估利福平耐药实时荧光定量核酸扩增检测技术(Xpert Mtb/RIF)对结核病及利福平耐药性的检测效能。方法选取588例初诊患者痰标本,分别进行涂片镜检、固体培养、传统比例法药敏试验和XpertMtb/RIF检测,分析Xpert Mtb/RIF方法检测痰标本中Mtb及其耐药性的敏感度和特异度。结果以固体培养试验结果作为金标准,Xpert Mtb/RIF方法检测痰标本Mtb的敏感度和特异度为95.0%(345/363)和89.6%(147/164),以传统比例法药敏试验结果为金标准,Xpert Mtb/RIF方法检测利福平耐药的敏感度和特异度分别为89.1%(41/46)和96.3%(289/300)。结论Xpert Mtb/RIF检测敏感度和特异度较高,在Mtb及其利福平耐药快速检测方面具有比较好的应用前景。
- 张治国欧喜超孙倩杜春英高铁杰赵雁林
- 关键词：分枝杆菌利福平核酸扩增技术
- Genotype MTBDRplus检测结核分枝杆菌耐药性的临床应用研究被引量：4
- 2018年
- 目的探讨Genotype MTBDRplus检测结核分枝杆菌(MTB)耐药性的临床适用性。方法对2013-2015年昌平区结核病防治所479株培养分离菌株进行Genotype MTBDRplus检测和比例法药敏试验,并对结果进行分析比较。结果479株培养分离株中,有434株两种检测方法均显示为MTB,对这434例MTB的分离株使用Genotype MTBDRplus检测进行分析,其对利福平(RIF)耐药性的灵敏度和特异度分别为96.55%(28/29)和99.51%(403/405),两种检测方法的符合率为99.31%(431/434);突变位点主要为S531L;对异烟肼(INH)耐药性的灵敏度和特异度的分别为88.14%(52/59)和94.93%(356/375),两种检测方法的符合率为94.01%(408/434),突变位点主要为C15T和S315T1。结论 Genotype MTBDRplus检测能快速提供RIF和INH耐药结果,是传统比例法药敏试验的有效补充。
- 孙倩张倩张治国
- 关键词：结核分枝杆菌GENOTYPE耐药突变
- 基于全基因组测序的昌平区高校结核病传播链确定研究
- 2023年
- 目的 对北京市昌平区高校内出现的结核分枝杆菌培养阳性患者进行调查,以期从流行病学角度和分子生物学角度评价病例之间是否存在传播关系。方法 纳入2018年1月1日至2019年12月31日北京市昌平区27所高校出现的结核病患者为指示病例,通过密切接触者调查尽量筛查出密切接触者中的结核病患者。对发现的结核分枝杆菌培养阳性患者提取细菌的DNA并进行全基因组测序,通过与标准菌株比对,以评价菌株之间是否同源。结果在101例指示病例中,有44例细菌学阳性的患者,但仅有29例培养阳性,且其中1例被诊断为非结核分枝杆菌感染。在29例培养阳性指示病例的64例密切接触者中,并未发现结核病患者。而72例培养阴性指示病例的250例密切接触者中,有3例被诊断为结核病,且其中2例培养阳性。因此,提取培养阳性的28例指示病例和2例密切接触者中的结核分枝杆菌DNA并进行全基因组测序。全基因组测序结果显示30例菌株核心基因组SNP的差异均≥100SNPs,按照本研究分子生物学鉴定标准,30例菌株被认为非相同菌株传播,不存在同源性。结论本研究未找到指示病例和密切接触者具有相同细菌的证据,因此无法从分子生物学角度鉴定其存在传播关系的可能。
- 张治国杨震孙倩包城赵飞
- 关键词：结核分枝杆菌全基因组测序高校
