范航
- 作品数：13 被引量：32H指数：3
- 供职机构：军事医学科学院微生物流行病研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划国家重点实验室开放基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学理学更多>>
- 利用小RNA高通量测序筛查媒介昆虫携带的病原体被引量：1
- 2013年
- 高通量测序方法筛查媒介昆虫携带病原体是一种新的重要方法。研究表明小RNA高通量测序可用于昆虫携带病毒的检测。本工作尝试用小RNA高通量测序法筛查昆虫携带的病毒，发现该方法不仅可用于媒介昆虫携带病毒的检测，也可以用于原核和真核病原体的筛查。用该方法对野外采集的3种蚊虫和3种蜱进行分析，用blast程序对NCBI核酸序列库（nt）进行比对搜索，从测序结果中查找到多种病毒、原核及真核的病原体。上述结果表明，小RNA高通量测序可以用于各种病原体的发现，有望发展成为一种通用的病原体筛查技术。
- 张志毅安小平庄璐马麦卷米志强黄勇范航刘玮童贻刚
- 关键词：小RNA高通量测序媒介昆虫病原体
- 我国人群感染指环病毒的高通量测序分析被引量：2
- 2016年
- 目的分析我国人群感染指环病毒的多样性,为研究指环病毒科的感染与不同疾病发生以及宿主免疫状态之间的关系提供基础资料。方法从33份血液标本中提取病毒核酸,使用多重置换扩增技术富集指环病毒核酸,然后使用Ion Torrent PGM平台进行高通量测序,并进行生物信息学分析。结果共得到226个新的指环病毒序列,包括130条全序和96个ORF1。受检血液标本均检出包括TTV,TTMDV和TTMV等指环病毒;测序显示指环病毒中81.9%为TTV,48.5%的标本感染两个属以上的指环病毒。指环病毒ORF1至少81.13%发生变异,其中TTV属内也存在75.66%的变异,13.27%的序列在NCBI的核酸数据库中同源比对未成功。进化分析显示TTV基因3型又可分为3.1、3.2、3.3等3个亚型,以往命名的基因2型是基因3.3型的一个子分枝。新型TTV中51.9%属于基因3型。结论我国人群普遍感染指环病毒,以基因3型感染居多且基因组多样性高。
- 程实范航孙强裴广倩安小平米志强张湘莉兰黄勇童贻刚
- 应用高通量测序技术对蜱携带RNA病毒的检测研究被引量：3
- 2018年
- 利用高通量测序技术,对来源于不同边境地区的蜱类进行宏基因组测序,对所携带的病原基因序列进行鉴定和分类。不经事先筛选,直接对含有未知病原体的蜱类样本提取核酸并进行高通量测序,对测序得到的数据采用与病原体数据库比对的方法进行潜在病原体筛查。结果显示,在4组样本中,有3组样本发现一种或一种以上的可疑病毒,且在2个样本中检测到致病性的发热伴血小板减少综合征病毒（SFTS病毒）及白蛉病毒。结果表明,高通量测序技术可以初步描绘蜱类所携带病毒的多样性,为口岸虫媒携带病原体快速筛查提供依据。
- 王慧煜何鲖鲖刘佳佳范航林祥梅梅琳童贻刚韩雪清
- 关键词：高通量测序RNA病毒
- 高通量测序技术在口岸传染病检测中的应用前景被引量：2
- 2017年
- 本文对高通量测序技术及其在口岸传染病监测的应用前景进行了概述,提出国境口岸在应对突发新发传染病疫情时可以将传统的分子生物学检测技术与高通量测序技术相结合,实现对未知病原体的快速筛查和鉴别、对已知未分型病原体毒力与耐药基因等分子信息的精准分析。高通量测序技术可提高未知病原体的检测能力,提升国境口岸传染病防控水平。
- 刘翌王飞张绍福范航刘建礼童贻刚
- 关键词：高通量传染病病原体测序
- 采用高通量测序技术分析尾病毒目噬菌体基因组末端序列特点被引量：3
- 2013年
- 证明噬菌体高通量测序中高频出现的序列即是噬菌体基因组的末端序列。在T3噬菌体基因组末端连接特异性序列接头,然后进行高通量测序,同时将不加接头的T3基因组也进行高通量测序,对测序结果进行生物信息学比较分析。采用类似高通量测序技术分析N4样噬菌体的全基因组序列。加接头的序列与无接头序列中的高频序列完全一致,证明了高通量测序过程中得到的高频序列就是加接头的基因组末端序列,同时证明T4样噬菌体的末端具有序列特异性而非完全随机,此外我们还发现N4样噬菌体基因组左侧末端具有唯一序列,而其基因组右侧末端不均一。高通量测序技术方便快捷,可用于噬菌体基因组末端和全基因组序列的同时测定。
- 李莎莎范航安小平范华昊姜焕焕米志强童贻刚
- 关键词：高通量测序
- 基于rDNA靶向测序和鸟枪法测序相结合的致病菌筛查
- 2017年
- 目的基于高通量测序技术,建立靶向测序和鸟枪法测序相结合的致病菌筛查方法,以期用于临床感染标本中可疑致病菌的快速检测。为临床治疗提供参考。方法通过计算机模拟建立分析策略并研究其可行性,然后通过已知细菌进行验证;应用该方法对临床样品进行检测,分析样品中可疑的致病菌。结果在计算机模拟分析的四组标本中,相对应的细菌种属的reads检出比例在总细菌reads数中均为最高。在用已知细菌进行验证的结果中,四种细菌相对应的属reads比例均达到标本总reads数的88%以上,种reads比例均达到标本总reads数的51%以上;三个真菌标本中相对应的真菌属reads比例均达到标本总reads数的91%以上,种reads比例均达到标本总reads数的40%以上。四个细菌样本和三个真菌样本相对应的细菌和真菌属reads和种reads检出比例分别是对应样本中含量最高的属和种,与实际操作的细菌投入量基本相符。计算机模拟分析和用已知细菌测试结果表明,利用16S/ITS全长序列扩增产物进行打断建库可用于细菌和真菌的检测。将rDNA靶向测序和鸟枪法测序相结合,在临床脑脊液中检出红球菌和假单胞菌,在血液和唾液中检出金黄色葡萄球菌。结论靶向测序提高了检测的灵敏性,rDNA靶向测序和鸟枪法测序结果相互印证,提高了病原体检测的准确性。两种测序方法相结合用于病原体检测更加合理有效。
- 何鮦鮦孙强范航裴广倩王媛媛安小平米志强张湘莉兰黄勇童贻刚
- 关键词：病原体检测
- 利用高通量测序快速检测H7N9禽流感病毒及基因组序列分析被引量：6
- 2014年
- 目的探索用高通量测序技术检测咽拭子样本中H7N9禽流感病毒的方法。方法分别提取编号为106、089及024 3份样本RNA,反转录,cDNA扩增,用Ion Torrent进行高通量测序,对测序结果进行生物信息学分析。结果 3个咽拭子样本的测序结果中均能检测出禽流感病毒,拼接出的基因组序列可以进行生物信息学分析。结论利用高通量测序技术可以快速地检测H7N9禽流感病毒,并可用生物信息学软件拼接基因组序列及进行序列分析。
- 裴广倩范航安小平王伟徐晓蒙史套兴童贻刚
- 关键词：高通量测序生物信息学分析
- 一种粪肠球菌噬菌体裂解酶及其编码基因与应用
- 本发明公开了一种粪肠球菌噬菌体裂解酶及其编码基因与应用。本发明所提供的粪肠球菌噬菌体裂解酶是如下a）或b）的蛋白质：a）由序列表中序列1所示的氨基酸序列组成的蛋白质；b）将序列1的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代...
- 童贻刚米志强张文惠安小平张志毅黄勇李玉元范航范华昊
- 文献传递
- 应用高通量测序技术对蚊携带RNA病毒的检测研究被引量：1
- 2017年
- 目的:基于高通量测序技术,分析我国不同边境地区蚊虫携带病原的多样性,为快速筛查蚊媒病原提供参考依据。方法:将采自不同边境地区的田间样品随机分为6组,提取病毒核酸,然后使用Ion S5 XL测序仪进行高通量测序,并进行生物信息学分析。结果:在6个蚊类混合样本中,有4个混合样本发现2种及2种以上的可疑病毒。结论:高通量测序检测体系有效地检测出蚊媒病毒的存在,初步揭示了蚊类所携带的病原体种类的多样性。
- 王慧煜何鮦鮦刘佳佳范航宋锋林梅琳童贻刚韩雪清
- 关键词：高通量测序RNA病毒
- 微生物全基因组测序组装中的gap填补方法被引量：1
- 2013年
- 目的:研究和开发高通量测序全基因组组装过程中的填补gap的方法。方法:研究组装软件的算法,使用Perl语言编写自动填补gap的程序,并建立全基因组组装的流程。结果:提出了填补gap的末端延伸法,并使用Perl语言进行了编程;在对立克次体高通量测序的组装过程中,这些方法能大大减少gap的数量。结论:本研究提出的末端延伸法能够高效填补全序列组装过程中出现的gap,具有很强的实用性。
- 黄勇范航张志毅童贻刚周育森
- 关键词：测序
