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基于454 ESTs的麻黄转录组研究被引量：1: 2016年; 该研究应用454 GS FLX Titanium高通量测序技术对5年生草麻黄Ephedra sinica的草质茎进行转录组测序,共获得48 389条表达序列标签(express sequence tags,ESTs),序列平均长度为373 bp。所得序列与Gen Bank中麻黄的EST合并拼接,获得18 801条一致性序列(unigene)。通过与公共数据库中的序列进行同源性比较分析对所得转录本进行功能注释,结果表明其中56.0%(10 531条)的unigenes与其他生物的已知基因具有一定程度的同源性。进一步分析获得了19条可能参与麻黄生物碱生物合成的序列(共编码9个关键酶),97条细胞色素P450序列,以及大量转录因子序列。该研究为麻黄生物碱类化合物的生物合成研究奠定了基础,同时为麻黄转录组学的研究提供了海量数据,对于麻黄的功能基因组学研究具有重要意义。; 闫海霞罗红梅李滢孙永珍孙超钱忠直陈士林; 关键词：草麻黄 GS 转录组

本草基因组计划研究策略被引量：43: 2010年; 本草基因组计划(HerbGP)是针对具有重大经济价值和典型次生代谢途径的药用植物进行的全基因组测序和后基因组学研究的系列计划。本文从物种选择,全基因组测序、组装和生物信息学分析,后基因组研究等方面系统阐述了本草基因组计划的研究策略。该计划将推动一批具有典型次生代谢途径的模式植物研究平台的建立,促进各种"组学"研究方法在药用植物研究领域中的应用,推动中国传统药学进入生命科学研究前沿领域。本草基因组计划为占领中药基础研究领域的科技制高点提供了难得的机遇,还将通过对药用植物有效成分生物合成路径的解析和药用植物优良品种的选育对我国天然药物的研发和中药农业的发展产生巨大而深远的影响。; 陈士林孙永珍徐江罗红梅孙超何柳程翔林张伯礼肖培根; 关键词：药用植物全基因组测序后基因组学次生代谢

转录组学在药用植物研究中的应用被引量：51: 2010年; 药用植物转录组学研究已经成为药用植物基因组研究中最活跃的领域之一。以转录组学的产生、发展和研究方法为基础,介绍了药用植物中转录组学的应用现状,重点介绍了转录组学当前采用的技术手段以及在西洋参、丹参、乌拉尔甘草功能基因组学中的研究进展。同时对转录组学在药用植物中的发展前景进行了讨论。; 吴琼孙超陈士林罗红梅李滢孙永珍牛云云; 关键词：药用植物转录组学功能基因组学 GS 表达序列标签

西洋参PqERF1基因的克隆和生物信息学分析被引量：13: 2011年; 乙烯响应因子(ethylene response factor,ERF)是具有PETALA2(AP2)结构域的转录因子。本研究通过西洋参(Panax quinquefolius L)的转录组高通量测序结果分析获得75条具有AP2结构域的转录因子序列,并克隆到一条开放阅读框为933对碱基的基因序列,定名为PqERF1。基因表达分析结果表明PqERF1基因受茉莉酸甲酯(MeJA)的诱导,这与人参皂苷含量的受诱导模式相同。蛋白结构预测结果表明PqERF1是定位于细胞核的具有完整保守的AP2结构域的转录因子,InterproScan蛋白功能结构域分析结果表明PqERF1很可能为发病机制相关蛋白;序列比对和进化关系分析结果也显示PqERF1与发病机制相关蛋白(烟草NtERF4)、次生代谢产物相关合成蛋白(野胡萝卜DcERF1)和花衰老相关蛋白(矮牵牛PhERF12)的相似性高,且系统进化关系较近。因此,推测PqERF1基因可能是参与西洋参次生代谢产物合成调节、抗病性和衰老相关的重要基因。; 孙永珍牛云云李滢朱英杰罗红梅陈士林; 关键词：西洋参实时荧光定量PCR 次生代谢植物防御

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孙永珍