丛肖静
- 作品数：6 被引量：3H指数：1
- 供职机构：北京工业大学生命科学与生物工程学院更多>>
- 发文基金：北京市自然科学基金国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生理学生物学化学工程更多>>
- HIV-1 gp41蛋白与其抑制剂NB-2的结合模式
- 2010年
- 为了设计以HIV-1跨膜蛋白gp41为靶点的抑制剂,采用分子对接、分子动力学模拟及自由能计算方法研究了gp41与其抑制剂NB-2的结合模式,利用从头药物设计方法,通过改造NB-2的结构,设计了有效的gp41选择性抑制剂,并用分子对接方法评价了这些新化合物的结合模式和能力.从分子对接结果得到2种主要的NB-2与gp41的结合模式.分子动力学模拟和自由能计算结果表明,结合模式1优于模式2,所以模式1是比较合理的结合模式.从结合模式1出发设计了103个新的化合物,这些化合物具有已知gp41抑制剂所没有的结构特征且大部分化合物比NB-2与gp41的结合自由能低.得到的结合模式合理解释了NB-2与gp41的相互作用.
- 王存新丛肖静孔韧谭建军陈慰祖
- 关键词：HIV-1GP41抑制剂分子模拟
- 用从头药物设计方法合理设计HIV-1 gp41抑制剂
- 目的：合理设计新的以HIV-1跨膜蛋白gp41为靶点的抑制剂。
方法：采用两种分子对接方法研究gp41与其抑制剂NB-2的结合模式，利用从头药物设计方法(LeapFrog)改造NB-2的结构以设计新型有效的gp...
- 丛肖静孔韧陈慰祖王存新
- 关键词：分子对接药物设计结构特征
- 文献传递
- 8-异戊烯基槲皮素-3-O-苷的合成及抗病毒活性研究
- ＜正＞黄酮苷类化合物广泛存在于自然界,具有显著的生物活性,是一类重要的天然有机化合物。研究表明槲皮素具有抗病毒活性（如抗HIV-1）。利用计算机辅助药物分子设计和虚拟筛选,我们对槲皮
- 罗再刚杨磊夫李晓朋丛肖静胡利明
- 关键词：槲皮素HIV抑制活性
- 文献传递
- 以HIV-1 gp41与CCR5为靶点的药物设计研究
- 自1981年6月世界发现首例艾滋病患者至今，已有2500万人死于由HIV病毒引起的疾病。2000年以来，尽管全球范围内的艾滋病传播已基本稳定，但每年仍有极高的HIV感染率和AIDS死亡率。联合国艾滋病报告显示，2007年...
- 丛肖静
- 关键词：靶向疗法药物设计
- 文献传递
- 用从头药物设计方法合理设计HIV-1 gp41抑制剂
- 目的合理设计新的以HIV-1跨膜蛋白gp41为靶点的抑制剂。方法采用两种分子对接方法研究gp41与其抑制剂NB-2的结合模式,利用从头药物设计方法（LeapFrog）改造NB-2的结构以设计新型有效的gp41选择性抑制剂...
- 丛肖静孔韧陈慰祖王存新
- 关键词：HIVGP41抑制剂分子对接
- 文献传递
- HIV-1跨膜蛋白gp41与N-取代吡咯衍生物的结合模式研究(英文)被引量：3
- 2010年
- 采用分子对接,分子动力学(MD)模拟和分子力学/泊松-波尔兹曼溶剂可有面积方法与分子力学/广义伯恩溶剂可及面积方法(MM-PBSA/MM-GBSA),预测两种N-取代吡咯衍生物与HIV-1跨膜蛋白gp41疏水口袋的结合模式与作用机理.分子对接采用多种受体构象,并从结果中选取几种可能的结合模式进行MD模拟,然后通过MM-PBSA计算结合能的方法识别最优的结合模式.MM-PBSA计算结果表明,范德华相互作用是结合的主要驱动力,而极性相互作用决定了配体在结合过程中的取向.进一步的结合能分解显示,配体的羧基与gp41残基Arg579的静电相互作用对结合有重要贡献.上述工作为进一步优化N-取代吡咯衍生物类的HIV-1融合抑制剂建立了良好的理论基础。
- 丛肖静谭建军刘明陈慰祖王存新
- 关键词：分子对接分子动力学模拟
