陈丹
- 作品数：23 被引量：8H指数：2
- 供职机构：云南大学更多>>
- 发文基金：云南省教育厅科学研究基金国家自然科学基金云南省应用基础研究基金更多>>
- 相关领域：生物学经济管理理学哲学宗教更多>>
- 一般形式下的协方差分析模型的局部影响分析(英文)
- 2004年
- 利用局部影响的方法对一般形式下的协方差分析模型进行了讨论 .把数据点或数据子集的扰动拓展到更广泛的扰动模式并进行了局部影响评价 。
- 王铭陈丹
- 组合调控中过表达模体对距离的统计检验被引量：2
- 2013年
- 揭示真核生物转录调控机制是生物信息学的一项重要研究内容。转录调控的一个重要特征是基因受多个转录因子的组合调控。在用系统生物学和数学建模的方法识别组合调控中的转录因子结合位点时,过表达模体对的距离检验是其关键步骤之一。本文对组合调控模体对距离检验的三种方法进行了综述,同时给出了三种检验的数学模型和具体检验方法。文章为研究基因的组合调控和探测潜在的过表达模体对提供理论支持。
- 陈丹梁振霞李慧敏
- 关键词：数学模型
- 果蝇胚胎不同表达水平基因内含子序列特征的比较分析
- 2013年
- 对果蝇胚胎低表达和高表达水平基因内含子的序列结构进行分析,发现2种表达水平的基因内含子序列特征有明显差异.高表达基因的内含子一般比低表达基因的长,其中高表达基因第1内含子的平均长度是低表达基因的2.62倍,第2内含子的平均长度是低表达基因的1.79倍.两类基因第1内含子中的CpG岛含量最高,并且高表达基因内含子中CpG岛含量要高于低表达基因.此外,与低表达基因相比,TATA box、CAAT box和GC box在高表达基因内含子中出现的频数明显要高些,尤其是在第1内含子中.作者还提取出果蝇胚胎2种表达水平基因第1内含子中高频出现的6-mer简单重复序列,发现一些重复序列与实验得到的转录因子结合位点相符合.这些结果提示内含子特别是第1内含子有可能调控果蝇胚胎基因的转录从而影响基因的表达水平.
- 陈丹李慧敏张静梁振霞
- 关键词：基因表达水平转录调控内含子
- 带非局部边值条件的滞后型微分方程的正解(英文)
- 2003年
- 研究了滞后型微分方程非局部边值问题正解的存在性 .运用Krasnoselskii不动点定理 。
- 刘萍朱立斐陈丹
- 关键词：非局部边值条件正解非局部边值问题KRASNOSELSKII不动点定理凹性存在性
- 基于SVM和平均影响值的人肿瘤信息基因提取被引量：3
- 2013年
- 基于基因表达谱的肿瘤分类信息基因选取是发现肿瘤特异表达基因、探索肿瘤基因表达模式的重要手段。借助由基因表达谱获得的分类信息进行肿瘤诊断是当今生物信息学领域中的一个重要研究方向,有望成为临床医学上一种快速而有效的肿瘤分子诊断方法。鉴于肿瘤基因表达谱样本数据维数高、样本量小以及噪音大等特点,提出一种结合支持向量机应用平均影响值来寻找肿瘤信息基因的算法,其优点是能够搜索到基因数量尽可能少而分类能力尽可能强的多个信息基因子集。采用二分类肿瘤数据集验证算法的可行性和有效性,对于结肠癌样本集,只需3个基因就能获得100%的留一法交叉验证识别准确率。为避免样本集的不同划分对分类性能的影响,进一步采用全折交叉验证方法来评估各信息基因子集的分类性能,优选出更可靠的信息基因子集。与基它肿瘤分类方法相比,实验结果在信息基因数量以及分类性能方面具有明显的优势。
- 李凌波张静陈丹
- 关键词：基因表达谱秩和检验支持向量机
- 浅析活形态神话研究在中国的兴起与发展
- 没有历史的学科是苍自无力的学科，也是无根的学科，在众多的学科群里就会没有地位，也不能为其他学科带来任何值得参考的资源。神话学历史的研究己经成为制约中国神话学发展的重要因素之一。
从上个世纪三、四十年代活形态神话...
- 陈丹
- 关键词：神话神话研究
- 文献传递
- 联邦学习中的本地差分隐私保护和小梯度重采样方法
- 本发明公开了一种联邦学习中的本地差分隐私保护和小梯度重采样方法，包括：输入原始文本，输出处理后的文本和对应文本词向量，实现文本数据的隐私保护；对处理后的文本数据进行小梯度抽样；利用联邦学习FedAVG的思想进行联邦学习任...
- 唐年胜陈燚陈丹
- 小鼠基因内含子中CpG岛和几个转录调控元件分析
- 2012年
- 内含子在基因转录调控中的作用已多次被实验报道,然而对其参与调控的普遍性还缺乏足够的理论支持。本研究利用计算分析方法,对小鼠基因内含子中的CpG岛(CpGisland)、TATA框(TATAbox)、CAAT框(CAATbox)以及GC框(GCbox)等元件的出现频率进行分析。结果发现,分别有56.01%、57.16%、65.88%和41.86%的第一内含子具有CpG岛、TATA框、CAAT框以及GC框,而它们在其它内含子中的平均出现频率则分别为14.07%、45.24%、49.91%和13.19%。即使考虑到不同位置的内含子,这些元件在第一内含子中的出现频率也显著高于它们在其它任何位置内含子中的出现频率。由于CpG岛、TATA框、CAAT框以及GC框均与基因的转录调控有关,据此推测小鼠第一内含子在基因转录调控过程中具有潜在的重要性。本研究结果为内含子参与转录调控提供了更多的理论依据。
- 李慧敏陈丹
- 关键词：小鼠内含子CPG岛调控元件
- 人核糖体蛋白基因启动子区域的转录调控元件分析(英文)
- 2012年
- 一些调控人核糖体蛋白(ribosomal protein,RP)基因转录的元件(如Sp1、YY1和GABP结合位点)已被发现,但人RP基因中很可能含有未知转录调控元件.为进一步了解RP基因的转录调控规律,利用频率比较分析方法和Z-score统计量,在人RP基因启动子序列中抽提出一批高频出现(over-represented)的DNA词(亦称模体).其中大部分模体与TRANSFAC数据库中收集的人基因转录因子结合位点(transcriptional factor binding sites,TFBSs)吻合.分析表明,这些模体主要富含碱基C、G或CG与AT含量相当.考察模体与基因转录起始位点(transcription start sites,TSS)的距离发现:超过60%的模体与TSS距离在400 bp以内,只有不到10%的模体与TSS距离900 bp以上.我们推测,抽提到的模体可能与人RP基因的转录调控有关.这些结果为进一步研究哺乳动物RP基因中的转录调控模式和构建基因调控网络具有理论指导意义.
- 李慧敏陈丹
- 关键词：核糖体蛋白基因转录调控
- 果蝇胚胎不同表达水平基因转录调控位点的统计分析
- 真核基因的启动子区域通常存在多个转录因子结合位点(transcription factorbinding site，TFBS)，它们能够与不同或相同的转录因子结合。这些存在于DNA序列上的转录因子结合位点被称为顺式作用元...
- 陈丹
- 关键词：基因表达
