王靖
- 作品数：3 被引量：1H指数：1
- 供职机构：中国科学院软件研究所更多>>
- 发文基金：中国科学院知识创新工程重要方向项目更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术更多>>
- 基于MPI和CUDA的蛋白质定量软件的设计和分析
- 2013年
- 介绍了蛋白质定量软件的设计及测试结果,分析结果表明:P-QuantWiz软件在曙光6000的Intel集群部分,测试规模达到2048核,在256核加速比仍在增加。相对P-QuantWiz软件在单CPU运行的结果,PG-QuantWiz软件在单GPU运行的加速比为8.1,在16个GPU上运行的加速比为14.18,并行效率为89%。
- 詹科王靖袁良张云泉
- 关键词：MPICUDA
- P-QuantWiz:一种基于质谱的并行非标记定量软件被引量：1
- 2009年
- 本文设计并实现了基于质谱的非标记定量软件QuantWiz,通过改变肽段定量的顺序,提高了定量软件的时间局部性和质谱数据缓存的命中次数。分析了QuantWiz的多种数据并行策略,设计并实现了按保留时间划分的并行定量软件P-QuantWiz。通过实验验证P-QuantWiz具有良好的并行效率,当进程数为32时,并行效率为63%。
- 胡泽林张云泉王靖张先轶
- 关键词：质谱色谱峰并行化
- 基于GPU的非标记定量软件QuantWiz并行化实现
- 2012年
- QuantWiz是一款基于质谱的非标记定量软件,可很好地应用于定量蛋白质组学。实验数据的日益增大,使定量的计算量巨大,耗费时间长。GPU以几百GFlops甚至上TFlops的运算能力,为定量蛋白质组学这样的计算密集型应用提供了良好的加速方案。对QuantWiz软件做了深入的研究与分析,找到了软件性能的热点模块所在,提出了该软件在GPU上的加速方案———GPU-QuantWiz,并进行了实现。性能测试显示,在Tesla C1060上,该方案的平均加速比达到9.66倍,得到了良好的加速效果。同时,该方案还可以扩展到两块及以上的GPU上,具有良好的可扩展性。
- 费辉张云泉王靖
- 关键词：蛋白质组GPU并行计算
