李永进
- 作品数：7 被引量：11H指数：2
- 供职机构：哈尔滨医科大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金哈尔滨市科技攻关计划项目国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 结合基因表达数据从蛋白质互作网络中寻找实验条件相关子网
- 蛋白质互作在生物学进程中起着重要的作用,因为任何蛋白质要发挥功能就必须与其他的生物分子发生互作。随着高通量检测技术的发展,产生了大量的蛋白质互作数据,因而成为生物信息学的重要研究对像。由蛋白质数据构建成的蛋白质互作网络,...
- 李永进
- 关键词：基因表达蛋白质全局搜索基因芯片
- 从酵母蛋白质互作网络中鉴别对特定实验条件应答的蛋白质子网
- 采用3种方法利用特定实验条件下基因的表达信息从酵母互作组中提取当前实验条件下应答的互作网络.M1方法是基于互作对间的表达相关性对网络中边进行筛选,M2是根据基因表达的变异对网络中的结点进行筛选,M3方法是结合以上两种方法...
- 王磊郭政钟国才李永进姜文张毛毛
- 关键词：相关系数协方差
- 文献传递
- 采用基于Gene Ontology的聚类方法研究白血病的遗传异质性被引量：3
- 2008年
- 采用基因表达谱可以研究基因功能模块与疾病异质性之间的关系。根据两套白血病基因表达谱数据,将富集高变异基因的Gene Ontology基因功能模块作为特征功能模块,将疾病样本聚为两类。通过对比原始多类标签,采用聚类评估指标来分析两类化聚类结果的效果,并探讨特征功能模块与疾病异质性之间的关系。实验结果显示:在两套不同的白血病基因表达谱数据中得到的特征功能模块类似,它们对白血病亚型有较强的分型能力。
- 肖国华李永进郭政彭春方王栋朱晶杨达姚晨王靖
- 关键词：基因表达谱GENEONTOLOGY遗传异质性
- 结合基因功能分类体系筛选聚类特征基因被引量：6
- 2005年
- 使用两套基因表达谱数据,按各基因的表达值方差,选择表达变异基因对样本聚类,发现一般使用方差较大的前10%的基因作为特征基因,就可以较好地对疾病样本聚类。对不同的疾病,包含聚类信息的特征基因有不同的分布特点。在此基础上,结合基因功能分类体系(Gene Ontology,GO),进一步筛选聚类的特征基因。通过检验在Gene Ontology中的每个功能类中的表达变异基因是否非随机地聚集,寻找疾病相关功能类,再根据相关功能类中的表达变异基因进行聚类分析。实验结果显示:结合基因功能体系进一步筛选表达变异基因作为聚类特征基因,可以保持或提高聚类准确性,并使得聚类结果具有明确的生物学意义。另外,发现了一些可能和淋巴瘤和白血病相关的基因。
- 徐建震郭政李霞李永进刘帅屠康
- 关键词：基因表达谱聚类ONTOLOGY
- 染色体上聚集的microRNAs具有更多共同的靶基因
- 2007年
- miRNAs是一类￣22nt、在转录后调节mRNAs表达的内源性非编码RNA。人类miRNA具有成簇聚集于染色体上的特点。文章系统分析了人基因组簇内miRNA各成员的预测靶基因之间的关系,发现簇内miRNA各成员具有更多共同的靶基因,表明簇内miRNA各成员功能相似。仔细分析簇内miRNA和mRNA的结合位点,发现有两种类型:一种是簇内miRNAs可能竞争性结合同一个靶基因的同一个结合位点;另一种是簇内miRNAs可能协同结合于同一个靶基因的不同结合位点。
- 李永庆徐建震孟志刚李永进
- 关键词：MICRORNA
- 通过蛋白质互作网络预测已知部分功能的蛋白质的精细功能被引量：2
- 2007年
- 基于高通量数据,研究人员已经设计了许多算法用于寻找功能完全未知蛋白质的功能.然而,这些算法的效率受到一些根本因素的制约,包括:(ⅰ)功能完全未知的蛋白质参与一个精细功能的先验概率低;(ⅱ)高通量互作数据中有大量的假阳性互作;(ⅲ)蛋白质互作数据对功能类的覆盖不完全;(ⅳ)训练算法的大量阴性样本数据是异质的;(ⅴ)训练算法的蛋白质的精细功能知识不足.因此,本研究提出一种新的方法对已知部分功能的蛋白质进行功能预测,即利用功能特异的蛋白质互作子网或者基因表达模式信息来寻找蛋白质更为精细的功能.该方法能够通过恰当地定义预测范围和过滤假阳性数据减少上述提到的问题,因此可以高效地发现蛋白质的新功能.对于几千个已知部分功能的酵母与人类蛋白质,该方法能够以超过90%的精确率找到它们更为精细的功能.预测的精细功能对于指导随后的湿实验和提供必要的功能知识来学习其他蛋白质的功能都具有重要的意义.
- 李彦辉郭政马文财杨达王栋张敏朱晶钟国才李永进姚晨王靖
- 关键词：GENEONTOLOGY基因功能
- 结合基因功能分类体系筛选稳健的疾病相关功能模块
- 利用两套表达谱数据,选择不同程度的高变异基因,结合基因功能分类体系Gene Ontology筛选疾病相关的功能模块,并探讨模块选择结果对高变异基因的不同选择标准的稳健性.结果表明,利用前10﹪高变异基因筛选的功能模块具有...
- 徐建震郭政李永进
- 关键词：基因芯片稳健性
- 文献传递
