徐建震
- 作品数：8 被引量：19H指数：2
- 供职机构：哈尔滨医科大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划黑龙江省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生理学社会学更多>>
- 利用GeneHub软件多角度分析基因功能相关与表达相关的联系被引量：2
- 2006年
- 我们研制的GeneHub软件可以用来评价基因功能分类体系中各个功能单元的表达相关性的显著性,从而筛选与实验条件相关的功能单元。采用不同的相似性测度与不同的数据集,使用GeneHub研究了分别按染色体定位、蛋白质细胞位置与互作、代谢通路、信号传导通路等五个方面分类的基因的表达相关性,结果显示按照这些不同的方面分类的基因显著共表达,并且这种共表达现象往往受相关实验条件影响。为基因表达谱分析中广泛采用的假设“功能相关的基因表达相关”提供了进一步的实验证据。
- 王晨光郭政李霞余辉徐建震
- 关键词：基因芯片基因表达基因功能数据库
- 利用疾病相关功能模块分析癌症的异质性
- 为临床定义的疾病样本发现分子层面的异质性(疾病亚型)对于理解复杂疾病的病理和开展有效治疗都十分关键。最近，人们认识到功能相关的基因组成功能模块协调起来共同决定了表型。认识疾病的模块化机理将有助于分析疾病的亚型
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- 徐建震
- 关键词：聚类分析遗传异质性癌症
- 文献传递
- 根据GO分类体系选择与实验条件相关的差异表达功能结点进行基因功能深化预测被引量：1
- 2005年
- 利用有限个实验条件下的基因表达谱数据,只能对与实验条件相关的基因功能类进行有效预测,所以有必要限定可预测的基因功能类范围。据此,首先基于GeneOntology(GO)选择富集差异表达基因与实验条件相关的功能类。再通过支持向量机分类器,深化预测迄今只注释到实验条件相关功能类的父结点的基因是否属于该实验条件相关功能类。应用于一套酵母基因表达谱数据,结果显示,在剔除了高度不平衡的训练集合后,平均真阳性率(precision)与平均覆盖率(recall)都分别达到了71%与47%以上。
- 刘帅郭政李霞屠康徐建震
- 关键词：基因功能结点支持向量机分类器差异表达基因不平衡阳性率
- 结合基因功能分类体系筛选稳健的疾病相关功能模块
- 利用两套表达谱数据,选择不同程度的高变异基因,结合基因功能分类体系Gene Ontology筛选疾病相关的功能模块,并探讨模块选择结果对高变异基因的不同选择标准的稳健性.结果表明,利用前10﹪高变异基因筛选的功能模块具有...
- 徐建震郭政李永进
- 关键词：基因芯片稳健性
- 文献传递
- 马铃薯密码子用法分析及其在t-PA基因密码子改造上的应用被引量：10
- 2004年
- 采用bioperl 1.0工具在红旗LINUX系统下自编了密码子分析软件;通过对马铃薯98个蛋白质编码基因序列(codonDNAsequence)的分析,计算出了马铃薯的密码子用法,并确定出了马铃薯的4个高表达优越密码子;依据马铃薯密码子用法和高表达优越密码子分析结果,对t PA基因序列进行了密码子的改造,得到了具有马铃薯密码子使用特点的t PA基因序列,从而为以马铃薯为生物反应器高效生产t PA奠定了分子基础。
- 柏锡徐建震李琳郭政李杰朱延明
- 关键词：马铃薯密码子用法
- 功能相关基因模块的共表达分析软件GeneHub
- 2005年
- 介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色体定位、蛋白质互作及蛋白质复合物、调控通路、信号传导通路和细胞位置5个方面的基因功能分类体系下基因组共表达现象.该软件有利于整合其他多种基因组信息源,从而为采用信息融合分析技术挖掘基因表达谱数据和发现新的基因功能知识建立了很好的基础.介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色?
- 郭政张田文李霞屠康喻辉徐建震王辰光
- 关键词：基因芯片基因表达基因功能数据库
- 结合基因功能分类体系筛选聚类特征基因被引量：6
- 2005年
- 使用两套基因表达谱数据,按各基因的表达值方差,选择表达变异基因对样本聚类,发现一般使用方差较大的前10%的基因作为特征基因,就可以较好地对疾病样本聚类。对不同的疾病,包含聚类信息的特征基因有不同的分布特点。在此基础上,结合基因功能分类体系(Gene Ontology,GO),进一步筛选聚类的特征基因。通过检验在Gene Ontology中的每个功能类中的表达变异基因是否非随机地聚集,寻找疾病相关功能类,再根据相关功能类中的表达变异基因进行聚类分析。实验结果显示:结合基因功能体系进一步筛选表达变异基因作为聚类特征基因,可以保持或提高聚类准确性,并使得聚类结果具有明确的生物学意义。另外,发现了一些可能和淋巴瘤和白血病相关的基因。
- 徐建震郭政李霞李永进刘帅屠康
- 关键词：基因表达谱聚类ONTOLOGY
- 基因芯片的功能评价与辅助设计软件GeneHubD被引量：1
- 2004年
- 为了比较特定的基因芯片的功能偏岐 ,我们研制开发了一个简单实用的基因芯片功能评价与辅助设计软件GeneHubD。通过结合GO、KEGG、BIND、MIPS、Unists数据库的基因功能注释信息 。
- 徐建震郭政李霞屠康王辰光
- 关键词：基因芯片基因功能数据库
