朱瑞新
- 作品数：32 被引量：63H指数：3
- 供职机构：同济大学生命科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家教育部博士点基金中央高校基本科研业务费专项资金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学文化科学理学更多>>
- 基于配体、受体和复合物指纹的虚拟筛选方法比较被引量：3
- 2011年
- 近年来,作为基于配体和基于受体两种方法的补充,以复合物指纹为基础的药物筛选方法相关研究正受到广泛的重视.那么这种新兴的方法相对于传统方法在筛选结果准确率上是否具有优势?同时,由于复合物指纹可以通过复合物结构测定和将相应蛋白和配体进行分子对接两种方式获得,那么基于这两种方式获得的复合物指纹所得的筛选结果准确率是否有显著性差异呢?通过对一系列HIV-1蛋白酶复合物晶体结构同时进行基于配体的相似性搜索、分子对接传统的能量打分、基于复合物晶体结构的复合物指纹的相似性搜索和基于分子对接所得复合物结构的复合物指纹的相似性搜索的筛选比较,结果表明:(1)如果三种方法都是直接基于实验结构,那么复合物指纹和分子对接两种方法都因为是兼顾了受体和配体两个方面,准确率都要高于仅仅基于配体的方法;(2)实际运用中,通过实验测定所有复合物结构并不可行,因此需要进行分子对接才能大量的获得复合物结构并进一步生成相应的复合物指纹,令人兴奋的是,基于此种方式获得的复合物指纹与直接基于实验复合物结构获得的复合物指纹在筛选结果上并无显著性差异,从而可以作为实验复合物指纹筛选方法的有效补充.
- 黄琦康宏张端峰盛振刘琦朱瑞新曹志伟
- 关键词：药物筛选
- 基于实验数据集对常用蛋白抗原空间表位预测工具的测评被引量：2
- 2010年
- 抗体分子对蛋白抗原的结合主要通过表位区域进行,而表位区域的氨基酸残基通常形成不连续的、构象的或者空间的表位区域,而不是抗原表面上的线性连续片段.已有许多算法可以用来预测构象表位,并且基于各自的测试集,各种工具对空间表位的预测都声称取得了杰出的效果.本文收集了由实验方法确定的空间表位数据并建立了一套独立的测试集.基于这套测试集,采用灵敏度、真阳性预测率、成功挑选率和接受者操作特性曲线下面积(AUC)等参数对常用蛋白抗原空间表位预测工具进行了评估,工具包括SEPPA,CEP,DiscoTope,ElliPro,PEPOP和BEpro等.测试集评估结果表明,6种蛋白抗原空间表位预测工具预测性能仍有待提高.其中,SEPPA预测性能相对较好,然而计算得到的灵敏度、真阳性预测率、成功挑选率和平均AUC值也并不理想.评估结果还表明,预测工具采用的空间表位训练和测试数据集以及预测算法对预测结果的准确性有较大影响.以上分析结果为改进B细胞蛋白抗原空间表位预测方法和为免疫原性多肽和新型疫苗分子的设计提供新的启示.
- 徐小莲孙静刘琦王晓婧徐天磊朱瑞新吴迪曹志伟
- 关键词：表位预测
- 结直肠腺瘤生物标志物、试剂盒及生物标志物的筛选方法
- 本发明公开结直肠腺瘤生物标志物、试剂盒及生物标志物的筛选方法，生物标志物包括内脏奥德氏杆菌Odoribacter splanchnicus_62174、解纤维素拟杆菌Bacteroides cellulosilyticu...
- 朱瑞新高文星
- 克罗恩病生物标志物、试剂盒及生物标志物的筛选方法
- 本发明公开了克罗恩病生物标志物、试剂盒及生物标志物的筛选方法，生物标志物包括KEGG数据库中，KO号为：K02761、K00368、K09953、K00285、K18692、K11895、K02796、K06148、K0...
- 朱瑞新高升
- 嘧啶衍生物对牛蒡子苷元片段修饰的研究
- 2012年
- 用一系列具有生物活性的嘧啶衍生物修饰牛蒡子苷元,旨在寻找增强牛蒡苷元子抗肿瘤活性的同时又能降低嘧啶抗肿瘤副作用的先导化合物.本研究通过把卤代后的嘧啶衍生物与牛蒡子苷元酚羟基相接,合成得到11个新的化合物,通过1H NMR与LC-MS表征确定其结构.最终,增加了牛蒡子苷元抗肿瘤化合物库中化合物的数量,为接下来的体外活性筛选做准备.
- 王欢欢吴平康宏许亮朱瑞新康廷国
- 关键词：牛蒡子苷元结构修饰嘧啶衍生物
- 儿童克罗恩病生物标志物、试剂盒及方法
- 本发明公开了儿童克罗恩病生物标志物、试剂盒及方法，儿童克罗恩病的生物标志物包括10种微生物即为普雷沃氏菌属Prevotella copri、粪拟杆菌Bacteroides caccae、拟杆菌属Bacteroides s...
- 朱瑞新沈梦萍高升
- 同济大学教师公寓管理现状浅论及展望被引量：1
- 2004年
- 我校于2000年4月20日经同济大学第六届教代会联席会议审议通过了《同济大学住房制度改革实施办法》,并于2002年4月15日校长办公会通过了《同济大学教师公寓管理暂行办法》 (以下简称《暂行办法》),从而实质性跨出了对教师公寓制度化、规范化管理的第一步。一、我校教师公寓的现状及制定《暂行办法》的背景同济大学经过两次大规模的并校,学校教师公寓相对比较分散。通过前几年的筒子楼改造。
- 朱瑞新汤苹
- 关键词：大学教师公寓管理学校教师居住条件教代会
- AT_1受体的中药活性成分筛选模型及其作用机理研究被引量：10
- 2012年
- 传统中药对治疗心血管类疾病疗效显著,例如钩藤、黄芪、益母草等在临床应用广泛.现代药理研究表明钩藤碱可以降压;黄芪中毛蕊异黄酮能舒张血管平滑肌、保护心脑血管;益母草碱可扩张微血管,改善血液流变异常,但它们分子层面作用机制尚不明确.首先以牛视紫红质蛋白为模板,模建出心血管疾病主要靶点AT1受体的三维结构.然后将AT1受体拮抗剂和中药活性成分与受体模型结合的作用方式进行了对比研究,据此提出了中药活性成分治疗心血管疾病的作用机理,并建立了AT1受体的中药活性成分筛选模型.结果表明:黄芪毛蕊异黄酮等中药活性成分能与AT1受体活性口袋中的残基发生氢键作用,结合方式与AT1受体拮抗剂相似.每一种AT1受体拮抗剂均与His183,Lys199,His256,Gln257,Ser105,Ser109,Tyr113,Asn200中多个发生氢键作用;黄芪毛蕊异黄酮与Try113,Lys199,Gln257,Ser105发生氢键作用.本研究从分子层面上阐释了一些中药活性小分子的治病机理,为进一步挖掘中药资源,研究AT1受体相关的心脑血管类药物,合理设计和筛选AT1受体的拮抗剂提供重要依据.
- 吴琼康宏王欢欢高军朱瑞新康廷国
- 关键词：AT1受体中药活性成分同源模建分子对接分子机理
- 化合物结构特征与其基因表达信息的互补性研究被引量：2
- 2010年
- 化合物分子指纹在化合物相似性比较、生物芯片技术在分子标记识别中都有着重要的应用,因而受到广泛的重视.但是由于这两个研究对象依传统的观点,分属于化学信息学和生物信息学两个不同的研究领域,因此一直未能在同一研究对象中同时得到应用.近年来,小分子刺激的生物芯片数据的大量出现,使得联合化合物的结构特征及其基因表达谱信息共同的用于药物筛选成为可能.为此,根据本质和外延互补的哲学思想,提出了综合运用这两种数据来共同描述化合物的新方法.通过(1)只利用化合物分子指纹,(2)只利用化合物基因表达谱信息和(3)前面两种方法互补等三种方法在化合物相似性比较的研究中,发现本文提出的互补方法比前两种方法的查询结果更准确:(1)使结构和功能两方面均相似的化合物之间的相似性更高,(2)并且能有效使那些仅在某一方面表现非常特殊的化合物能够暴露出来,而得到有效地排除.本研究给化学信息者和生物信息者重新审视以往的数据,联合致力于药物的筛选提供了线索.化合物分子指纹(本质)和基因表达谱(外延)的互补原理则为药物的筛选提供更有效的依据,并最终加快药物的研发进程.
- 盛振康宏戴天力刘琦朱瑞新
- 关键词：分子指纹基因表达药物筛选
- 生物信息学教学机房的管理与维护被引量：1
- 2013年
- 生物信息学教学机房相比高校图书馆机房的计算机配置要求更高,安装软件更具有专业性且种类繁多,有效地维护和管理机房,为生物信息学教学提供一个和谐安全的环境对提高教学质量非常重要。本文主要从生物信息学教学机房管理和维护出发,在实践的基础上介绍健全机房管理制度的必要性,结合生物信息学教学具体应用,介绍了双操作系统和专业应用软件选择和分区以及快速安装软件技巧,总结了计算机系统数据维护的快速有效维护方法和常见的计算机故障恢复方法,最后指出机房环境的保养工作的必要性和方法。
- 刘艳朱瑞新曹志伟钱洁
- 关键词：生物信息学教学机房
