刘婧
- 作品数：4 被引量：18H指数：2
- 供职机构：华中师范大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金湖北省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学医药卫生更多>>
- 稻瘟菌MgCYP51B基因稀有密码子和mRNA二级结构分析与表达优化被引量：5
- 2014年
- 在大肠杆菌中异源表达稻瘟菌CYP51(P450-14DM,MgCYP51B)基因,通过对MgCYP51B进行跨膜区预测和同源模建分析,并截短稻瘟菌CYP51B基因,构建了9种不同的重组表达质粒以实现蛋白表达.结果表明:只有pET28-MgB-83在3种宿主菌中实现了表达,且在BL21(DE3)pLysS中表达量最大.通过对稀有密码子和mRNA翻译起始区二级结构进行分析,发现稀有密码子和mRNA翻译起始区二级结构稳定性对MgCYP51B蛋白的表达都有影响,适用于稀有密码子表达的Rossetta(DE3)并不适用于MgCYP51B基因的最优表达.同时只有翻译起始区二级结构自由能最低的pET28-MgB-83才能实现表达.本研究实现了稻瘟菌MgCYP51B基因在大肠杆菌中的异源表达,证实密码子的偏爱性和翻译起始区二级结构稳定性影响MgCYP51B蛋白表达.
- 齐婷刘婧李倩余金辉袁永泽刘德立
- 关键词：翻译起始区稀有密码子
- 柑橘青霉菌CYP51B基因和上游调控区克隆及生物信息学分析被引量：1
- 2016年
- 【目的】克隆柑橘青霉菌(意大利青霉菌,Penicillium italicum)CYP51的同源基因,并对基因序列进行生物信息学分析。【方法】通过PCR及染色体步移技术得到基因的完整序列及上下游调控序列。通过生物信息学手段对基因的结构进行分析:使用NNPP分析软件预测转录起始位点,并利用TFSEARCH1.3软件分析转录因子结合位点。利用SWISS-MODEL在线软件对蛋白进行同源模建。【结果】克隆得到了意大利青霉菌CYP51的同源基因,命名为Pi CYP51B。获得的Pi CYP51B及上下游调控区序列总长为3 496 bp,包括上游910 bp和下游834 bp的序列。Pi CYP51B基因的开放阅读框全长1 575 bp,编码524个氨基酸。该基因含有3个分别为74、51、52 bp的内含子,分别位于247 bp与320 bp之间,519 bp与569 bp之间,1 635 bp与1 686 bp之间。Pi CYP51B 5′上游调控区序列的总长为579 bp。生物信息学分析结果显示:转录起始位点位于上游458 bp处;上游调控区不仅包含启动子的核心结构序列TATA盒(位于-25 bp处),也包含多个转录因子结合位点,如Abd-B、ADR1、AP-4、GATA-1、Cdx A、Clox和Oct-1等。在上游调控序列中嘌呤含量高,而且从+387 bp处开始存在4个连续高嘌呤含量的热激转录因子特异性结合位点(HSF);在+106 bp处开始存在3个连续的Cdx A转录因子结合位点。选用人CYP51晶体结构(PDB ID:3LD6)为模板,利用SWISS-MODEL在线软件构建了意大利青霉菌CYP51B蛋白的结构模型。【结论】克隆了意大利青霉Pi CYP51B基因,其上游含有多个热激应答转录因子特异性结合位点(HSF)表明其参与逆境应答。该基因作为意大利青霉菌CYP51的同源基因,可能与青霉菌对真菌药物的抗药性密切相关。
- 牛玉慧刘婧齐婷伍志秦婷婷李青钟靖然张恒王崇武袁永泽刘德立
- 关键词：PI同源模建
- 柑橘指状青霉的抗药性机制及生物防治技术研究
- 柑橘是我国主要的经济果树作物,长期以来,由指状青霉（Penicillium digitatum）引起的柑桔绿霉病是柑橘采后加工、运输和贮存过程中的主要侵染性真菌病害,造成严重的经济损失。因此,探究有效的指状青霉防治方法势...
- 牛玉慧张廷富王胜强刘婧伍志秦婷婷袁永泽刘德立
- 关键词：抗药机制生物防治
- 文献传递
- 柑橘青霉菌的分离鉴定与特性分析被引量：12
- 2014年
- 从发病柑橘表面分离得到了42株青霉致病菌,并分别扩增得到其rDNA转录间隔区序列(ITS).通过对rDNA ITS的生物信息学和系统发育分析,并结合菌落形态特征,这些菌株分别被鉴定为指状青霉(P.digitatum)、意大利青霉(P.italicum)、皮落青霉(P.crustosum)、小刺青霉(P.spinulosum)和草酸青霉(P.oxalicum).分析发现:这些致病菌呈现出明显的区域特异性.该方法可以快速、可靠的鉴定柑橘采后真菌病害,为有效防治提供一定理论依据和指导.
- 张翠香李娜李倩刘婧齐婷袁永泽刘德立
- 关键词：柑橘采后病害RDNA-ITS生物信息学进化分析
