王鹏飞
- 作品数：14 被引量：50H指数：5
- 供职机构：郑州大学公共卫生学院更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项国家自然科学基金河南省医学科技攻关计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 志贺菌成簇的规律间隔的短回文重复序列系统结构特征的生物信息学分析被引量：5
- 2015年
- 利用生物信息学方法探索志贺菌成簇的规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)系统结构的特征。本文通过BLAST、序列比对、RNA二级结构预测等方法对志贺菌CRISPR进行研究。结果显示:志贺菌的4个群中均发现有CRISPR结构,其侧翼上、下游序列可分为相同组群,在leader序列中存在具有回文性质、相对保守的motif;侧翼序列与重复序列具有相同的分组,重复序列有一定的保守性,可以形成以"茎"为主和以"环"为主两类不同的RNA二级结构;间隔序列与质粒或噬菌体有一定的同源性。本研究表明重复序列与侧翼序列间存在相关性,重复序列可能作为一种识别机制来介导外源元素与Cas蛋白间的相互作用。
- 王鹏飞王颖芳段广才薛泽润王琳琳郭向娇杨海燕郗园林
- 关键词：志贺菌侧翼序列
- O26：H11及NM大肠埃希菌CRISPR的分子分布特征及其与stx噬菌体的关系被引量：4
- 2017年
- 目的探讨026：H11及NM血清型大肠埃希菌中成簇规律间隔短回文重复序列（CRISPR）的分子分布特征及其与stx噬菌体的关系。方法135株026：H11及NM血清型大肠埃希菌从NCBI数据库获取，利用CRT软件及CRISPRFinder提取CRISPR信息，并用Excel软件对间隔序列进行编号及分析CRISPR亚型，并分析CRISPR与stx噬菌体之间的关系。结果135株026：H11及NM血清型大肠埃希菌中均存在CRISPR结构，CRISPRl包括19个亚型，CRISPR2．1包括22个亚型，CRISPR2．2包括1个亚型，CRISPR3—4包括1个亚型。stx噬菌体在CRISPR群组C中出现，stx^＋菌株比stx^＋菌株拥有更多的间隔序列。结论CRISPR位点在026：H11或NM血清型大肠埃希菌中广泛存在，且存在着不同的亚型，stx噬菌体与CRISPR的分子分布特征有关，可能作为鉴定高毒菌株的分子靶标。
- 龙金照徐亚珂段广才梁文娟刘慧莹陈帅印郗园林王鹏飞王颖芳
- 关键词：大肠埃希菌
- 临床分离的志贺菌对Hela细胞的致病性分析
- 目的 研究志贺菌中CRISPR位点的分布对细菌毒力的影响.方法 选用23株志贺菌进行PCR扩增和测序等方法检测细菌中CRISPR1位点的分布,并通过台盼蓝染色实验观察菌株对Hela细胞的侵袭能力.
- 洪丽娟张冰段广才梁文娟王鹏飞
- CRISPR/Cas系统间隔序列同源质粒耐药信息与志贺菌耐药的关系被引量：9
- 2016年
- 目的比较志贺菌耐药信息与其spacer同源质粒或噬菌体耐药信息的关系。方法应用CRISPR Target和BLAST寻找spacer同源质粒和噬菌体,根据登记号在NCBI或GenBank中寻找目标质粒或噬菌体上的耐药信息;应用Bioedit软件寻找GenBank中志贺菌的的耐药信息。结果数据库及临床分离株志贺菌共52条spacer中有7个spacer与4个携带耐药基因的质粒同源;间隔序列CRISPR2-mel-3同源质粒pUMNF18_IncFV及携带该间隔序列的志贺菌mel-ss1998011/zz、mel-ss1998024/zz、mel-sf2005082/sx、mel-sf2013004/bj均含有相同耐药基因blaTEM、aadA2和dfrA12,间隔序列CRISPR-Q1-S1、CRISPR-Q4-S1同源的质粒pM5A24P及该间隔序列所在志贺菌sd1012均携带耐药基因ampC和tetB;间隔序列CRISPR3-mel-33同源质粒plasmid:5与该间隔序列所在志贺菌mel-sf2000102/zz均携带相同耐药基因ampH、mrdA,且二者均携带毒力相关基因yafO、yafN、virK、ldrB、ychO。该质粒上还存在I-F型CRISPR/Cas系统。结论志贺菌spacer同源质粒与该菌耐药信息分布存在相似性;CRISPR可能对志贺菌的耐药和毒力实现共调控。因此推测在最初前间隔序列整合到CRISPR基因座形成一个新的间隔序列的过程中,志贺菌可能将携带前间隔序列外源遗传物质的其他基因片段如耐药基因和毒力基因也整合到志贺菌基因组中,影响其生存及性状。
- 张冰王鹏飞段广才梁文娟洪丽娟王琳琳郭向娇杨海燕郗园林
- 关键词：志贺菌耐药
- 基于CRISPR对大肠埃希菌O157∶H7的检测被引量：5
- 2016年
- 目的基于成簇的规律间隔短回文重复序列（CRISPR）,建立对大肠埃希菌O157∶H7的新型检测方法。方法应用PCR扩增实验室保存的443株肠道细菌（310株非O157∶H7大肠埃希菌、35株大肠埃希菌O157∶H7、89株志贺菌和9株沙门菌）的CRISPR1和CRISPR2,并将PCR产物测序;提取CRISPR database数据库中（标准法）100株肠道细菌（47株非O157∶H7大肠埃希菌、5株大肠埃希菌O157∶H7、9株志贺菌和39株沙门菌）的CRISPR1和CRISPR2序列。使用CRISPR Finder在线软件分析PCR产物测序序列和CRISPR database数据库的CRISPR序列。Clustal X软件进行间隔序列比对。比较标准法和PCR扩增CRISPR两种方法检测大肠埃希菌O157∶H7的一致性。结果共分析543株肠道细菌,其中75.6%的非O157∶H7大肠埃希菌、75.5%志贺菌、91.7%沙门菌和95%O157∶H7大肠埃希菌含有CRISPR1,其间隔序列数目为3～26、2～9、2～32、3。57.1%的非O157∶H7大肠埃希菌、77.6%志贺菌、85.4%沙门菌和100%O157∶H7大肠埃希菌含有CRISPR2,其间隔序列数目为1～20、1～6、2～27、1或4个。95%的O157∶H7大肠埃希菌的CRISPR1和90%CRISPR2分别含有3条独特间隔序列（S1-1,S1-2,S1-3）和1条独特间隔序列（S2-1）。间隔序列比对结果显示,S1-1＋S1-2＋S1-3和S2-1检测O157∶H7大肠埃希菌的特异性分别是100%和99.6%。标准法检测和PCR扩增CRISPR1和CRISPR2检测大肠埃希菌O157∶H7的一致性分别达99.6%和99.3%。基于CRISPR检测大肠埃希菌O157∶H7在模拟样品中的应用,结果显示在原样品大肠埃希菌O157∶H7浓度约2.3CFU/mL时,经12h增菌后即能检测出来。大肠埃希菌O157∶H7聚类分析显示,40株O157∶H7大肠埃希菌可分为3类。结论基于CRISPR的大肠埃希菌O157∶H7的检测方法,可以作为监测大肠埃希菌O157∶H7感染和高毒株大肠埃希菌O157∶H7有价值的流行病学工具。
- 梁文娟张荣光段广才王颖芳洪丽娟张冰王鹏飞郗园林杨海燕
- 关键词：聚合酶链反应
- 河南省不同肥胖类型农村居民多代谢异常分析被引量：5
- 2013年
- 目的:探讨河南省农村居民不同肥胖类型人群代谢异常的差别。方法:采用随机整群抽样的方法抽取河南省某农村18岁以上常住居民1158人进行横断面调查。根据体质指数(BMI)和腰围(WC)将其分为正常组、全身性肥胖组、中心性肥胖组和复合型肥胖组。对年龄、血压、血糖、总胆固醇、甘油三酯、高密度脂蛋白及低密度脂蛋白进行分析,对多代谢异常进行聚集性分析。结果:男性的高血压、高总胆固醇、低高密度脂蛋白的患病率均低于女性(P<0.05),男性的血脂异常率(58.6%)低于女性(65.9%)(χ2=6.642,P=0.010)。男性人群中,只有1种代谢异常时中心性肥胖组高血脂患病率最高(χ2=10.669,P=0.014),复合型肥胖组合并高血压、高血脂的患病率和合并高血糖、高血脂的患病率均较高(χ2=12.601,P=0.006;χ2=25.922,P<0.001),合并3种代谢异常时全身性肥胖组的患病率较高(χ2=27.431,P<0.001)。女性人群中,复合型肥胖组合并高血压、高血脂的患病率较高(χ2=35.637,P<0.001),合并3种代谢异常时复合型肥胖组的患病率较高(χ2=34.477,P<0.001)。多重线性回归分析显示WC标准偏回归系数多大于BMI。结论:河南省农村居民肥胖人群多代谢异常患病率较高,多代谢异常个体聚集现象严重;人群多代谢异常与中心性肥胖关系更密切。
- 李琳琳王鹏飞刘卫刚王重建平智广尹磊赵景志冯天平
- 关键词：肥胖类型中心性肥胖多代谢异常
- 血清高尔基体蛋白73对丙型肝炎肝硬化的诊断价值研究被引量：2
- 2022年
- 目的探究血清高尔基体蛋白73(GP73)及基于其构建的诊断模型对丙型肝炎肝硬化患者的诊断价值。方法回顾性收集2010年1月至2017年12月在解放军总医院第五医学中心就诊的271例慢性丙型肝炎病毒感染者为研究对象,其中肝炎患者126例,肝硬化患者145例。患者均进行血清GP73检查和基于肝脏瞬时弹性成像的肝脏硬度测定(LSM),并收集血常规、肝功能、凝血功能等相关指标。采用受试者操作特征曲线(ROC)评估GP73对肝硬化的诊断效能,并与天冬氨酸转氨酶/血小板比值指数(APRI)、FIB-4指数(FIB-4)及LSM的诊断价值进行比较,明确GP73的诊断价值后,通过logistic回归性分析建立基于血清学指标的代偿期丙型肝炎肝硬化诊断模型。结果GP73、LSM、FIB-4和APRI诊断代偿期丙型肝炎肝硬化的受试者操作特征曲线下面积(AUC)依次为0.923、0.839、0.836和0.800,以GP73的诊断效能最优(P<0.001)。LSM、GP73联用可将肝硬化的诊断灵敏度提高到97.24%。多因素logistic回归分析揭示GP73、年龄、血小板是肝硬化的独立预测因素,并据此建立了代偿期丙型肝炎肝硬化诊断模型(GAP):LogitP=1/[1+exp(6.145+0.013×血小板-0.059×年龄-0.059×GP73)],该模型诊断代偿期肝硬化的AUC为0.944,在最佳cut-off值0.56时的灵敏度和特异度分别为84.03%、92.06%,诊断效能也优于APRI、FIB-4、LSM以及GP73单用(P值均<0.05)。结论GP73是诊断丙型肝炎代偿期肝硬化的可靠的血清生物标志物,基于GP73、血小板计数及年龄构建的代偿期丙型肝炎肝硬化的GAP诊断模型可使诊断效能进一步改善,有助于代偿期丙型肝炎肝硬化患者的诊断。
- 王鹏飞刘树红钱相君翟相威文夏杰姚明解赵景民鲁凤民
- 关键词：丙型肝炎病毒肝硬化
- 志贺菌CRISPR的检测及其与耐药的关系被引量：15
- 2015年
- 【目的】检测志贺菌成簇规律间隔的短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR),并分析其与志贺菌耐药的关系。【方法】根据CRISPR DB数据库公布的志贺菌确定的CRISPR结构序列CRISPR-S2、CRISPR-S4和可能的CRISPR结构序列CRISPR-S1、CRISPR-S3设计四对引物,对60株志贺菌进行PCR扩增。采用CRISPR Finder分析CRISPR,采用改良K-B药敏纸片法检测志贺菌耐药情况,并分析CRISPR-S4与耐药的关系。【结果】确定的CRISPR结构的总阳性率为95%,四个CRISPR位点组成12种CRISPR谱型(A-L),除K型外均含确定的CRISPR结构,新发现1种重复序列和12种间隔序列。60株志贺菌的多重耐药率为53.33%。CRISPR-S4阳性菌株与阴性菌株之间,耐药的分布差异无统计学意义,但多重耐药菌株和耐TE菌株CRISPR-S4的重复序列多为R4.1,其3'末端缺失碱基AC;多重耐药菌株CRISPR-S4的间隔序列多为Sp5.1、Sp6.1和Sp7。【结论】CRISPR在志贺菌中广泛分布。CRISPR重复序列的变异和间隔序列的多样性可能与志贺菌耐药有关。
- 王琳琳王颖芳段广才薛泽润郭向娇王鹏飞郗园林杨海燕
- 关键词：志贺菌多重耐药CRISPR
- 志贺菌成簇规律间隔短回文重复序列相关蛋白基因cas1和cas2研究被引量：8
- 2014年
- 目的：研究成簇规律间隔短回文重复序列（CRISPR）相关蛋白基因cas1和cas2在志贺菌中的分布，并分析cas1和cas2基因突变与细菌耐药的关系。方法采用PCR扩增196株志贺菌cas1和cas2基因。对3株志贺菌（Z23、2003135、2008113）的cas2、cas1（a）和cas1（b）基因进行测序，分析其突变与耐药之间的关系。结果196株志贺菌均检出CRISPR相关蛋白基因cas1和cas2。测序结果显示，cas2的一致性为96.44%，cas1（a）的一致性为97.61%，cas1（b）的一致性为96.97%。菌株2003135的cas1（b）基因有2个突变位点：3177129位点（C→G）及3177126位点（G→C），Z23、2008113对应位置没有突变。药敏结果显示菌株2003135的耐抗生素种类和耐抗生素数目均大于菌株Z23、2008113。结论志贺菌中CRISPR基因广泛存在。cas1（b）基因突变菌株与未突变株比较，耐药性增强。cas1（b）基因突变可能是引起耐药程度不同的原因之一。
- 薛泽润王颖芳段广才王鹏飞王琳琳郭向娇郗园林
- 关键词：志贺菌耐药
- 志贺菌中成簇的规律间隔短回文重复序列的特点及其关联性分析被引量：1
- 2018年
- 目的:利用数据库和临床分离的志贺菌菌株分析志贺菌中成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)的特点,探讨CRISPR-Q1的特性及CRISPR间的关联性。方法:根据志贺菌基因组数据库利用引物序列和PCR扩增获得志贺菌的CRISPR序列信息,采用多序列比对等方法获得每个菌株中CRISPR的分布、间隔序列数及序列特点;利用BLAST分析CRISPR-Q1中重复序列和间隔序列,检测重复序列和间隔序列在菌株中的分布特点以及CRISPR-Q1在菌株中的位置及特征;分析数据库和实验室中志贺菌CRISPR-Q1中间隔序列数与CRISPR1或CRISPR2的关系。结果:在数据库107株志贺菌中,106株志贺菌含有CRISPR1或CRISPR2,8株志贺菌的CRISPR1或CRISPR2含有多个间隔序列;106株志贺菌含有CRISPR-Q1,其中有13株志贺菌的CRISPR-Q1中有多个间隔序列。在实验室12株志贺菌中,有6株含有CRISPR1或CRISPR2,12株均含有CRISPR-Q1;CRISPR-Q1间隔序列中的一部分(约35bp)在同一个菌株的染色体基因组上分布广泛,重复序列同样如此,CRISPR-Q1中还存在基因外重复序列(REP)元素。数据库志贺菌中的CRISPR-Q1间隔序列数与CRISPR1和CRISPR2有关联(χ~2=61.6,P<0.01),实验室志贺菌中的CRISPR-Q1间隔序列数与CRISPR1和CRISPR2有关联(P=0.015)。结论:CRISPR-Q1在志贺菌中广泛分布,其序列中存在REP元素;志贺菌的CRISPR1和CRISPR2与CRISPR-Q1有关联。
- 王颖芳王鹏飞王鹏飞段广才郗园林詹煜慧
- 关键词：志贺菌
