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2012年-2013年云南边境禽流感病毒 H5N1亚型血凝素基因分析被引量：2: 2014年; 为了解2012年-2013年云南边境禽流感病毒 H5N1亚型血凝素（HA）基因变异及进化特征，在云南边境采集境外家禽和野生鸟类棉拭子样品1500份，经禽流感病毒 H5N1亚型特异性多重 RT-PCR 检测，选择代表性阳性样品，进行病毒 HA 基因扩增、纯化、克隆和测序，并与已知毒株和参考毒株序列进行序列比对及系统遗传进化分析。结果自1500份样品中检出 H5N1亚型阳性样品60份，60份阳性样品病毒 HA基因测序获得23种 HA 序列，可划分为2个不同进化分支（2．3．2，2．3．4），2．3．2进一步可划分为3个进化小分支（Ⅱ-1～Ⅱ-3），在23份代表性阳性样品中，17份样品属于进化小分支2．3．2Ⅱ-1，3份属于2．3．2Ⅱ-2，其余3份属于2．3．4；阳性样品中病毒 HA 裂解位点序列均具有高致病性禽流感病毒分子结构特征，HA受体结合位点、糖基化位点、表位关键性氨基酸位点及其他氨基酸位点存在变异，部分位点的变异具有分支或亚（小）分支特异性。2012年-2013年期间云南边境禽流感病毒 H5N1亚型间具有遗传差异，进化分支2．3．2Ⅱ-1成为当地流行的优势毒株。; 刘庆亮张文东赵焕云胡挺松段博芳曾伟胡媛媛邱薇范泉水张应国宋建领张富强; 关键词：禽流感病毒 H5N1亚型血凝素分子特征

2013年云南省禽流感病毒H9N2亚型监测及其血凝素基因序列分析被引量：4: 2015年; 为了解H9N2亚型禽流感病毒（AⅣ）的变异情况,本研究对2013年云南省16个地区的3 622份家禽临床样品进行AⅣ的鸡胚分离和RT-PCR检测,其中分离鉴定到97份H9N2亚型AⅣ分离株,并选取21个分离株进行HA基因测序及系统进化分析,结果表明：21份H9N2亚型AⅣ分离株的HA基因核苷酸序列同源性为86.0 ％～99.4％,均属于欧亚分支的类A/Chicken/BeiJing/1/1994亚分支,而且又进一步划分为Ⅲ-1、Ⅲ-2两个小分支.其中Ⅲ-2分支为云南地区新出现的进化分支.氨基酸比对分析显示,测序的21个HA基因编码蛋白的裂解位点基序均具有低致病性病毒分子特征;与现用疫苗株相比,HA推导氨基酸序列中存在多个氨基酸位点差异;其中,Ⅲ-1与Ⅲ-2分支的AⅣ的HA氨基酸序列多个位点存在各自特有的点突变（氨基酸替换）,这种变异具有一定的进化（亚）分支特异性.此外,HA基因多个受体结合位点氨基酸存在变异,其中234位氨基酸全部变为L,呈现了人流感受体结合特性;部分糖基化位点、抗原表位关键性氨基酸也存在变异.; 胡媛媛张文东宋建领刘庆亮曾伟王锐郑锦玲彭洁保志鹏张应国范泉水赵焕云张富强; 关键词：禽流感监测 H9N2亚型血凝素

2009年-2014年云南边境禽流感病毒H5N1亚型神经氨酸酶基因进化分析被引量：2: 2015年; 为了解云南边境禽流感病毒H5N1亚型神经氨酸酶(NA)基因变异及进化特征,2009年-2014年期间在云南边境采集境外家禽和野生鸟类棉拭子样品1 500份,经禽流感H5/N1亚型病毒特异性多重RT-PCR检测,对阳性样品进行病毒NA基因扩增、纯化、克隆和测序,并与已知毒株和参考毒株进行序列比对及系统进化分析。结果从1 500份样品中检出禽流感病毒H5N1亚型阳性样品60份;60阳性样品病毒HA基因测序获得21种NA序列,可划分为4个不同进化分支。NA基因与HA基因呈现不同进化关系;云南边境毒株NA aa275位点未发生变异,因此变异毒株对神经氨酸酶抑制剂Oseltamivir(达菲)类抗病毒药物可能无抗性或耐药性;2009年-2014年期间云南边境H5N1亚型病毒NA间具有遗传差异,NA基因进化分支4已成为当地流行的优势毒株。; 曾伟刘庆亮孔强张文东胡媛媛胡挺松赵焕云段博芳邱薇范泉水张应国宋建领张富强; 关键词：禽流感病毒 H5N1亚型神经氨酸酶基因

某规模场产蛋量下降鸡群新城疫病毒分离与鉴定被引量：4: 2016年; 对某规模场鸡群采集的23份鸡咽喉或泄殖腔棉拭子进行病原分离,通过血凝、血凝抑制试验和RT-PCR检测,证实分离出17株新城疫病毒（NDV）。对F、HN基因经RT-PCR扩增、克隆并对其进行测序,选取具有代表性的4个毒株进行序列比对及遗传演化分析。系统发育分析结果表明,4株病毒均属于基因Ⅶe型,F基因裂解位点的氨基酸序列为^112R-R-Q-K-R-F^117,具备NDV强毒株裂解位点氨基酸排列特征。其F基因与XZ-12-08-Ch株核苷酸和氨基酸的同源性分别介于96.1%-96.7%、97.3%-98.0%;与P1株核苷酸和氨基酸的同源性分别介于95.0%-95.4%、96.2%-96.7%,其HN基因与XZ-12-08-Ch株核苷酸和氨基酸的同源性介于96.2%-96.5%、95.3%-95.9%;与SN-5-08-Ch株核苷酸和氨基酸的同源性介于94.9%-95.3%、96.4%-96.8%。血清学交叉试验显示,NDV分离毒株为抗原测得的同批血清样品抗体效价存在显著差异。近年流行的新城疫疫情主要由基因Ⅶ型NDV引起的,该规模场产蛋量下降可能与F和HN基因的变异有关。; 孔强曾伟赵焕云段博芳胡挺松范泉水张应国胡媛媛宋建领张文东张富强; 关键词：新城疫病毒进化分析

2014年云南省禽流感H5N1亚型病毒进化分析: 2014年1-3月云南省发生H5N1亚型禽流感疫情。为了解病毒全基因变异特征及遗传进化关系,在云南通海、安宁采集死亡家禽喉气管20份,经禽流感H5N1亚型病毒特异性多重RT-PCR检测,对阳性样品进行病毒全基因扩增、克隆...; 孔强曾伟赵焕云段博芳胡挺松范泉水张应国宋建领张文东张富强; 关键词：禽流感病毒 H5N1亚型全基因分子特征; 文献传递

2014年云南地区禽流感H5N1亚型病毒全基因进化及分子结构特征分析被引量：1: 2016年; 2014年3月云南地区发生H5N1亚型禽流感疫情。为了解引起该疫情的病毒全基因变异特征及遗传进化关系，我们在云南通海、安宁、大理采集死亡鸡喉气管40份，经H5N1亚型禽流感病毒（AIV）特异性多重RT-PCR检测。从检测结果呈阳性的26份样品中每个地区挑选2份病毒阳性样品进行全基因测序分析，结果显示6株AIVs均属于2．3．4．4进化小分支。同一病毒株不同基因节段呈现不同进化关系。蛋白序列的变化主要为：HA的受体结合位点和表位关键性氨基酸位点存在变异，新增加2个糖基化位点；NA缺失4个糖基化位点；PB2的aa627为谷氨酸（E）；NS在aa80-aa84发生缺失；PB1、PA、NP、M关键性氨基酸位点均存在部分替代或突变。本研究测序的6个H5N1亚型AIVs与之前的AIVs间具有遗传差异，这种进化小分支2．3．4．4的AIVs已成为当地流行的优势病毒株。; 孔强曾伟赵焕云段博芳胡挺松范泉水张应国胡媛媛张文东张富强; 关键词：禽流感病毒 H5N1亚型全基因进化分析

云南2株基因Ⅱ型新城疫病毒F基因变异特性分析被引量：5: 2014年; 对云南省2个发病鸡场的组织病料进行病原分离，通过血凝、血凝抑制试验和RT-PCR检测，证明分离毒株为新城疫病毒（Newcastle disease virus，NDV）。采用特异性引物经RT-PCR扩增F基因，纯化后克隆至pMD18-T载体，并对其进行测序。序列比对及系统发育分析结果表明，分离获得的云南省2株NDV毒株F基因核苷酸与La Sota株的核苷酸同源性为99．4％～99．6％，与国内外分离的流行毒株SP13和NDV027344核苷酸同源性均为99．7％～99．8％，与F48E9株的核苷酸同源性为89．0％～89．1％；F蛋白氨基酸与La Sota株的氨基酸同源性为99．3％～99．5％，与流行毒株SP13和NDV027344的氨基酸同源性均为99．5％～99．6％，与F48E9株的氨基酸同源性为91．8％～92．0％。系统发育分析结果表明，2株病毒均属于基因Ⅱ型，裂解位点氨基酸为G-R-Q-G-R L，属于弱毒株裂解位点氨基酸排列特征。; 张文东宋建领赵焕云刘庆亮胡媛媛曾伟张富强; 关键词：新城疫病毒 F基因

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曾伟

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