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郁峰: 作品数：19 被引量：3H指数：1; 供职机构：中国科学院上海应用物理研究所更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划中国科学院知识创新工程更多>>; 相关领域：生物学理学核科学技术农业科学更多>>

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上海光源生物大分子晶体学线站: 上海光源生物大分子晶体学光束线站(BL17U1)是上海光源首批七条线站中专门用于蛋白质晶体结构测定的线站,具有高通量、较小光斑、低发射度、高分辨率、小等特点,可满足从较大晶胞到较小晶体的蛋白质晶体结构测定。为了提升实验站...; 汪启胜郁峰王思胜黄胜孙波徐春艳刘科孙丽华王志军张坤浩潘强岩杨利峰何建华; 文献传递

上海光源生物大分子晶体学光束线站实验技术发展: <正>上海光源生物大分子晶体学线站(BL7U1)作为上海光源第一条蛋白质晶体结构研究线站,建造之时主要技术指标确定为高通量、低发散度、较小聚焦光斑尺寸(30~70?m),以兼顾各种实验需求、实现对常见晶体类型的高分辨、高...; 何建华汪启胜王志军郁峰张坤浩潘强岩杨利峰周欢徐春艳孙波; 文献传递

人胸腺细胞核蛋白1的DUF55结构域的结构功能及孪晶结构解析方法研究: 本论文主要描述了人胸腺细胞核蛋白1的DUF55结构域蛋白的表达、纯化、结晶、结构解析以及蛋白功能的初步研究。　　人胸腺细胞核蛋白1是一种与细胞凋亡相关的蛋白，其具体的生物学功能还不是很清楚。全长的人胸腺细胞核蛋白1在...; 郁峰; 关键词：结构域蛋白表达

阿司匹林及其衍生物与脂肪酸结合蛋白4复合物的晶体学研究: 2016年; 脂肪酸结合蛋白4(Fatty Acid Binding Protein 4,FABP4)作为脂肪酸伴侣,参与调节脂肪酸代谢、运输、脂介导的信号转导以及巨噬细胞的炎症反应。该蛋白的抑制经常作为治疗脂肪代谢疾病的有效方案。本文报道了经典非甾体抗炎药阿司匹林及其水解物水杨酸与FABP4蛋白复合物的晶体结构,从而推测阿司匹林可能通过FABP4蛋白途径抑制动脉粥样硬化的分子机制。结构分析进一步阐明了FABP4蛋白疏水残基Phe16苯环侧链与水杨酸之间的C-H-π相互作用比亲水位点静电相互作用提供更稳定的结合。该发现为设计更高选择性FABP4抑制剂提供了新的途径。; 黄佩李敏军左刚郭豪杰周欢谢牧云郁峰徐春艳何建华; 关键词：蛋白质晶体学

上海光源生物大分子晶体学线站: 汪启胜张坤浩潘强岩杨利峰何建华郁峰王思胜黄胜孙波徐春艳刘科孙丽华王志军

火球菌8-氧鸟嘌呤DNA糖苷酶基因克隆、表达纯化和酶学性质研究: 2014年; 【目的】在大肠杆菌中表达火球菌8-氧鸟嘌呤DNA糖苷酶,纯化得到重组火球菌8-氧鸟嘌呤DNA糖苷酶,在此基础上系统研究火球菌8-氧鸟嘌呤DNA糖苷酶的酶学特征。【方法】构建8-氧鸟嘌呤DNA糖苷酶重组表达质粒,将重组质粒转化Escherichia coli Rosetta(DE3),利用IPTG诱导表达重组蛋白,通过Ni2+亲和层析柱纯化重组蛋白;最后利用含8-氧鸟嘌呤损伤的寡核苷酸作为底物,测定8-氧鸟嘌呤DNA糖苷酶的酶学性质。【结果】在大肠杆菌中成功诱导表达了重组火球菌8-氧鸟嘌呤DNA糖苷酶,经Ni2+亲和纯化后蛋白纯度大于95%。在体外鉴定了重组火球菌8-氧鸟嘌呤DNA糖苷酶的酶学性质。结果表明重组火球菌8-氧鸟嘌呤DNA糖苷酶可以切除DNA中的8-氧鸟嘌呤(8-Oxo-G,GO)损伤碱基,并且具有AP裂解酶活性。重组火球菌8-氧鸟嘌呤DNA糖苷酶催化反应的最适pH值和温度分别是pH 8.5和55°C。除Zn2+对火球菌8-氧鸟嘌呤DNA糖苷酶的酶促反应有明显的抑制作用外,实验中测定的其它二价离子(Mn2+,Mg2+,Ca2+,Ni2+,Co2+,Cu2+)对其没有明显的影响。离子强度在50-100 mmol/L范围内对其酶促反应影响不大,超过100 mmol/L时有明显的抑制作用。与8-氧鸟嘌呤互补的碱基差异对火球菌8-氧鸟嘌呤DNA糖苷酶切除8-氧鸟嘌呤损伤的效率影响不大;但与单链DNA相比,双链DNA是优选底物,切割效率如下:GO/C≈GO/G≈GO/T≈GO/A>GO/-。【结论】在大肠杆菌中成功表达,并Ni2+亲和纯化了火球菌8-氧鸟嘌呤DNA糖苷酶,生化研究表明制备的重组蛋白具有8-氧鸟嘌呤DNA糖苷酶活性,可能负责切除火球菌基因组DNA中的8-氧鸟嘌呤损伤。; 周欢杨敏陈亚星刘亚辉孙丽华徐春艳郁峰何建华; 关键词：碱基切除修复

沼泽红假单胞菌砷(Ⅲ)S-腺苷甲基转移酶的初步晶体学分析: 2012年; 含砷化合物有高毒性,一直是全球性的公共卫生难题。许多微生物能利用S-腺苷甲基转移酶(ArsM酶)催化有剧毒的无机As(Ⅲ)发生甲基化而解毒。为揭示酶促反应的真实机制,我们将来源于沼泽红假单胞菌(Rhodopseudanonas palustris)的ArsM酶(RpArsM)重组表达、纯化及结晶。在上海光源BL17U1线站收集蛋白晶体衍射数据,初步晶体学分析表明,RpArsM酶的晶体属于P212121空间群,晶胞参数分别是a=45.92,b=66.58,c=147.82,α=β=γ=90°,衍射分辨率达2.0。; 黄麟飞郁峰徐春艳唐琳何建华; 关键词：沼泽红假单胞菌

上海光源生物大分子晶体学光束线站实验技术发展: 何建华汪启胜王志军郁峰张坤浩潘强岩杨利峰周欢徐春艳孙波

热休克蛋白90的N端与ATP类似物的晶体结构揭示其功能调控被引量：2: 2012年; 分子伴侣热休克蛋白90(Hsp90)对于许多涉及细胞周期调控、信号转导以及细胞生长调控蛋白质的折叠、成熟及稳定是必需的.Hsp90的N端结构高度保守,包含一个ATP结合口袋并具有ATP酶活性,Hsp90的功能依赖于ATP与Hsp90结合后诱导的构象重排及之后的ATP水解.为了深入研究ATP与Hsp90结合后N端的结构及其功能状态,使用悬滴法共结晶了Hsp90的N端与ATP类似物AMPPNP及ATPγS的复合物,并利用分子置换法对其结构进行了解析.两个复合物晶体结构都捕获到了核苷酸的电子密度,尤其是γ-磷酸的电子密度,从而观察到γ-磷酸与蛋白质之间的相互作用.ATPγS中γ-磷酸的捕获证实了之前报道的结构中没有捕获到γ-磷酸是其处于无序状态而非被水解.单体状态下的人源Hsp90N-AMPPNP与处于二聚体化的酵母Hsp90-AMPPNP结构对比可见S1和ATP lid的位置有明显区别,结构分析表明,E18-K100和N40-D127之间形成的氢键相互作用,在一定程度上阻碍了S1和ATP lid的摆动,很可能阻止了二聚体的形成.; 李健孙丽华徐春艳郁峰周欢唐琳何建华; 关键词：相互作用

生物大分子晶体学在药物发现中的应用: 2021年; 随着结构生物学自动化程度的提高,通过这一学科提供的详细结构信息在药物发现中得到广泛应用。基于同步辐射的生物大分子X射线晶体学已经被证明是一种结构解析的有力工具,结合药物研发模式的发展,尤其是基于片段的药物研发,使得晶体学结构解析也成为一项筛选技术。该技术能够提供靶标蛋白与小分子片段复合物的结构信息,从而为获得更高的研发效率提供结构基础。文章结合研发模式的进展,具体实例综述了生物大分子X射线晶体学在药物研发中的应用进展。同步辐射装置上的大分子晶体学线站是主要的生物大分子晶体数据采集和结构解析的平台,文章简单介绍了上海光源多条晶体学光束线站性能,晶体学实验步骤,并介绍了自行开发的Aquarium自动处理系统,利用该系统不仅可大幅度提高晶体结构解析的速度,而且由于自动化程度高,极大地降低了晶体学结构解析的技术门槛。文章结合近年来的成功案例进一步说明了基于生物大分子晶体学结构研究技术在药物研发中发挥着越来越重要的作用。; 徐琴周欢周欢汪启胜郁峰; 关键词：药物发现上海光源

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