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家蚕孤雌生殖差异蛋白——热休克相关蛋白的生物信息学分析被引量：6: 2007年; 应用双向凝胶电泳(2-DE)技术研究家蚕孤雌生殖蚁蚕和正常蚁蚕的总蛋白质的差异,得到与孤雌生殖相关的差异蛋白点,并对这些蛋白点进行基质辅助激光解吸电离串联飞行时间质谱(MALDI-TOF-TOF MS)分析,获得了相关差异蛋白的序列特征。将这些序列与已构建的家蚕cDNA文库及蛋白质数据库进行比对,得到3个差异蛋白为热休克相关蛋白。通过5-′RACE的方法克隆到3个差异蛋白的全基因序列,并对它们进行结构和特征分析,有助于进一步研究其与孤雌生殖的关系。; 夏佳音龙晓辉陈健聂作明王丹吕正兵徐杰贺平安张耀洲; 关键词：孤雌生殖双向凝胶电泳差异蛋白热休克蛋白

基于密码子特征的蛋白质序列图形表示: 2018年; 根据密码子碱基位置特征和氨基酸的疏水性指数值,20种氨基酸被映射为3维空间中的向量,提出一种新的迭代函数关系将氨基酸序列转化为三维空间中的一条曲线,获得一种新的蛋白质图形表示方法。对蛋白质图形,利用闵可夫斯基距离刻画两个3维曲线之间的距离,依此推断蛋白序列之间的差异性和物种之间的进化关系。将该方法分别应用在9个物种的ND5蛋白和12个物种的β-珠蛋白序列分析中,所得结果与ClustalW方法的结果以及其他文献中的结果对比后证明该文方法有效可行。; 朱正阳贺平安; 关键词：蛋白质序列

蛋白质序列的图形表示及相似性分析: 2010年; 基于20个氨基酸的3个理化性质,给出了一种蛋白质序列的三维图形表示。在此基础上,进一步利用数学方法对所得到的蛋白质序列曲线进行了数值刻画;最后,基于这种数学描述,对9个不同物种的线粒体NADH脱氢酶进行了相似性分析。; 强静贺平安; 关键词：蛋白质序列数学描述

基于广义迭代函数的蛋白质分析及其应用: 2019年; 通过将蛋白质图形表示中的迭代函数推广到高维空间,提出了一种适用范围更加广泛的广义迭代函数,该函数能反映空间中坐标不同压缩比例与不同氨基酸残基理化性质参数。应用该广义迭代函数和氨基酸残基的某些理化指标,得到了一种新的蛋白质序列图形表示。研究结果表明,该图形表示反映了对应蛋白质序列的主要信息。应用该蛋白质图形表示方法和相应的数值刻画,比较了10种物种的ND5蛋白质序列相似性,并分析这些物种的进化关系。与经典的蛋白质多重序列比对ClustalW方法的比较结果表明,该方法对蛋白序列相似性比较和物种进化分析是可靠且有效的。; 黄嘉禾贺平安; 关键词：蛋白质序列

家蚕核糖体蛋白L7基因cDNA序列的克隆和分析被引量：2: 2008年; 为了研究家蚕孤雌生殖的调节机制,应用二维凝胶电泳(2DE)技术分离正常生殖的家蚕卵与孤雌生殖家蚕卵的差异蛋白质,在蛋白质水平上筛选与家蚕孤雌生殖过程相关的重要蛋白质.利用MALDI-TOF-TOFMS分析这些差异蛋白,获得了大量小肽的序列特征.BLAST搜索本实验室构建的cDNA文库,获得了1个与家蚕孤雌生殖相关的核糖体蛋白L7基因.根据已有的cDNA文库,采用RACE方法克隆得到该核糖体蛋白基因的全长cDNA.利用生物信息学的方法和工具,对这个基因在核酸水平和蛋白质水平分别作了详细的分析和讨论并进行蛋白结构预测.结果表明,核糖体L7基因的cDNA全长为858bp,编码区包含6个外显子,共编码268个氨基酸残基,蛋白的疏水性平均值为-0.586,分子量大小为30kD,极性的最大值为39.616,最小值为0.451,等电点为10.52.分子系统分析显示,该蛋白与Apis,Lysiphlebus和Meladema中的核糖体蛋白L7具有较高的同源性.; 贺平安聂作明吕正兵龙晓辉王丹陈健张耀洲; 关键词：家蚕孤雌生殖生物信息学

蛋白质序列的图形表示及其应用被引量：3: 2010年; 基于DNA序列的chaos game representation(CGR)图形表示,文中给出了一种新的蛋白质序列的3D空间表示,其空间曲线的x、y轴坐标由Randic文章中的方法得到,z轴坐标由蛋白质序列中氨基酸的累积个数得到。蛋白质序列的3D空间表示得到的曲线比Randic的2D图形表示具有更好的可视性。利用不同的数学方法,对所得到的曲线进行了数值刻画;基于得到的数值刻画,比较了9个不同物种的线粒体NADH脱氢酶的相似性。; 张艳萍贺平安; 关键词：蛋白质序列数学描述

与结肠腺癌相关的细胞周期生物标志物的识别: 2023年; 结直肠癌是一种致死率较高的癌症,结肠腺癌是其最常见的病理亚型。挖掘与结肠腺癌相关的细胞周期相关基因、生长因子和激素,对研究结肠腺癌的发病机制以及诊断治疗都具有重要价值。利用加权基因共表达网络分析方法,根据TCGA和GTEx数据库中结肠腺癌样本的转录组数据构建基因共表达网络;利用模块特征相关系数,筛选出与结肠腺癌相关的重要模块;通过基因差异表达分析和富集分析,得到重要模块的差异基因和模块功能信息;利用生存分析识别与结肠腺癌相关的细胞周期生物标志物;进一步根据蛋白互作网络推断诱导结肠腺癌发生的内源性因素。结果表明:结肠腺癌相关的7个细胞周期生物标志物(CDC45、EREG、PBK、TOP2A、PER1、SNCG、NGFR)和4个内源性因素(ANP、BNP、FGF、NGF),这些生物标志物和内源性因素可作为结肠腺癌诊断和治疗的依据。; 俞秋奕贺平安; 关键词：结肠腺癌细胞周期

矩阵填充算法在抗癌药物敏感性研究中的运用被引量：1: 2017年; 从不完整的数据推断完整有效的数据,继而对原始数据给出可靠的分析是一个重要的数学问题。根据低秩矩阵填充算法,提出一种融合癌细胞系基因表达数据相似性信息的低秩矩阵填充算法。应用该算法对癌细胞系与抗癌药物反应的敏感性缺失数据进行恢复,并对相对反应低的数值进行重评估。利用均方根误差和10倍交叉验证法评估该算法,结果显示该算法比已有算法的均方根误差减少22.7%,说明该算法具有很好的数据恢复效果。; 黄莉贺平安; 关键词：抗癌药物敏感性癌细胞系均方根误差

基于GWAS的多元关联分析在精神类疾病遗传相关性分析中的应用被引量：3: 2020年; 基于躁郁症、重度抑郁症、精神分裂症的三种疾病的全基因组关联分析(Genome-wide association study, GWAS)数据,将基于基因的多元全基因组关联分析模型(Multivariate gene-based genome-wide association analysis, MGAS)分别应用于混合线性模型和LD评分回归模型(LD score regression model, LD Hub)提供的遗传相关性数据分析,检测得到两组与三种疾病相关的基因。结果表明:对于混合线性模型和LD Hub模型提供的遗传相关性数据,两者多元关联分析检测出的显著性基因有较强的一致性。因此,作为一种替代策略,在由原始数据计算表型相关性困难的情况下,LD Hub模型得到的遗传相关性可以应用于更多类疾病的多元关联分析。; 侯龙傲贺平安; 关键词：全基因组关联分析躁郁症重度抑郁症精神分裂症

基于网络间随机游走算法的lncRNA与疾病关系预测: 2020年; 通过构造疾病之间、lncRNA之间、基因之间的相似性网络模型,根据已有三者之间的相互关联数据,引入网络间随机游走算法预测潜在与疾病相关的lncRNA。将该算法应用到已有数据库中的lncRNA与疾病关联信息数据上,通过10倍交叉验证和AUC评估该算法。结果表明:与其他算法相比,该算法在10倍交叉验证下有更优的AUC值,显示该算法具有良好的预测性能。进一步应用该算法预测了与胃癌和结直肠癌相关的lncRNA,结果与已知的医学数据一致,表明该算法对于新疾病相关lnRNA的预测结果是有效的。; 尚敏贺平安; 关键词：疾病长链非编码RNA 网络模型

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贺平安

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