张晓林
- 作品数：11 被引量：97H指数：7
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- 玉米Dof转录因子家族的全基因组鉴定与分析被引量：11
- 2014年
- 【目的】全基因组水平鉴定并解析玉米Dof(DNA binding with one finger)基因家族。【方法】基于玉米V3基因组数据鉴定玉米Dof基因家族,并从基因的结构、系统发育关系、染色体的位置分布、玉米不同组织和不同生理发育阶段基因的表达谱以及在充足氮(sufficient nitrogen,SN)和低氮(limiting nitrogen,LN)条件下V3期叶组织基因的差异表达5个方面分析玉米Dof基因家族。【结果】玉米参考基因组中存在46个Dof结构域基因,命名为Zm V3Dof1—Zm V3Dof46。通过系统发育关系和序列相似性将该基因家族分为8个亚类(Subgroup)S1—S8,每个亚类有3—8个Dof基因。通过分析该家族染色体分布,发现玉米10条染色体,除Chr.9外,均有Dof基因的分布,其中,在Chr.1上分布最为密集,有12个Zm V3Dofs;在Chr.5和Chr.3上分布次之,分别为8和7个Zm V3Dofs;在其他染色体上则分布较少,此外,Dofs在Chr.1的底部、Chr.5的顶部和底部分布密度相对较高。表达谱分析结果表明,Dof基因家族成员在不同组织及不同发育阶段均有差异表达,预示不同Dof基因功能的多样性以及在植物发育过程中扮演着不同角色,且同一亚类Dof基因表达模式存在一定程度的相似性。此外,玉米Dof基因家族对氮响应较为敏感,充足氮(SN)和低氮(LN)条件下,V3期叶组织基因的RNAseq表达结果显示35个Dof基因在2种氮处理下表达量存在差异,其中13个基因表达量差异较大。值得注意的是21个Dof基因在低氮处理下表达量上调,其中8个基因只在低氮条件下表达。【结论】基于最新版基因组数据鉴定玉米在自交系B73基因组中存在46个Dof基因,Dof基因家族成员参与玉米不同生理发育过程中,部分基因可能在氮代谢调控中发挥积极作用。
- 葛敏吕远大李坦张体付张晓林赵涵
- 关键词：玉米DOF转录因子基因家族
- 玉米籽粒主要性状与蛋白质含量的相关性被引量：7
- 2014年
- 为了探明玉米籽粒主要性状之间的相关性,以蛋白含量不同的2个亲本进行杂交的F2群体367个单株的籽粒蛋白质含量与百粒质量、籽粒面积、淀粉含量、含油量的相关性进行了系统研究,旨在为玉米高蛋白育种杂交后代选择提供理论依据。结果表明,蛋白含量与百粒质量、籽粒面积、含油量之间均为负相关,但相关程度不显著;与淀粉含量呈现显著负相关。因此可用低淀粉含量作为高蛋白育种中的间接选择性状。
- 张晓林徐韦李坦吕远大赵涵
- 关键词：高蛋白玉米蛋白质含量籽粒性状淀粉含量
- 控制玉米籽粒淀粉含量QTL定位
- 玉米是我国第一大粮食作物,在国民经济中占有重要的作用。玉米籽粒主要由蛋白质、淀粉、油分及维生素等成分组成。其中,淀粉含量约为75%。目前控制淀粉含量的基因或位点尚不明确。我们利用玉米重组自交系群体(211个单株)对玉米淀...
- 张晓林吕远大李坦赵涵
- 文献传递
- 利用玉米高通量RNA-Seq数据预测长链非编码RNA(LncRNA)被引量：4
- 2013年
- 非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)是指不具备编码蛋白质能力的RNA。其中,一类长度大于200 nt的长链非编码RNA(Long noncoding RNA,LncRNA)因其在多层面对基因表达存在调控作用而逐渐成为研究热点。但是由于缺乏有效、准确的预测手段,植物中LncRNA研究相对滞后。本研究结合植物基因组特点以及高通量RNA测序数据,通过生物信息学手段发展、优化了一套基于RNA-Seq数据的植物LncRNA筛选及鉴定方法。随后,利用玉米B73顶端分生组织RNA-Seq数据,预测了6 122条玉米LncRNA,并对其进行了全基因组物理定位。该方法为LncRNA鉴定和后续的功能分析提供了重要的基础。
- 吕远大李坦张晓林赵涵
- 关键词：长链非编码RNA生物信息学玉米
- 检测增强型绿色荧光蛋白基因的引物及其筛选方法与应用
- 本发明针对转基因作物，依据EGFP基因核苷酸序列开发设计强专化性引物，在EGFP基因上下游分别设计12个和13个引物，上下游引物共组合156对引物。通过3轮筛选出2对便于检测EGFP的引物EGFP1和EGFP2。利用EG...
- 葛敏张晓林赵涵
- 文献传递
- 92份甜玉米自交系的SSR遗传多样性分析被引量：11
- 2013年
- 甜玉米（Zea mays L.saccharata Sturt）是玉米属的一个甜质型玉米亚种,具有较高的营养和经济价值,但由于甜玉米育种在中国起步较晚,其遗传多样性研究严重滞后于普通玉米.因此,为研究甜玉米自交系的遗传多样性,确定杂种优势类群划分,利用64对玉米SSR引物对92份优异甜玉米自交系和2份普通玉米自交系（B73和Mo17）进行了遗传多样性分析,共检测到154个等位基因变异位点,每对引物检测到1～5个多态性片段,平均为2.41个.每个位点多态性信息量（PIC）为0.43 ～0.88,平均为0.72.94份玉米自交系遗传相似系数变化范围为0.300到0.974,平均为0.630.按UPGMA类平均方法进行聚类分析,供试自交系可分为5大类群,3个亚类,遗传聚类结果与自交系谱系及来源基本一致.研究结果为甜玉米自交系选育、杂交种选配以及资源收集与管理提供了理论依据和参考.
- 胡俏强张晓林陈舜权戴惠学
- 关键词：SSR标记聚类分析
- 利用Insertion/Deletion(InDel)分子标记检测玉米互交种混杂的原理及应用被引量：19
- 2013年
- 尽管分子标记广泛用于玉米品种纯度鉴定,但由于互交种基因组具有相同的基因,现有的分子标记技术尚不能对互交种的混杂进行有效判定。本研究基于玉米互交种胚乳等位基因二倍剂量关系,利用Insertion/Deletion(InDel)标记在PCR指数扩增期对等位基因扩增相对量的观察值与理论值进行统计分析,通过概率对互交种进行判定。经过筛选,亲本B73、Mo17间存在共显性差异的8个InDel标记中,5个标记的PCR扩增质量满足互交种样本(正交种:B73×Mo17,反交种:Mo17×B73)的鉴定要求。这些标记以不同的循环数进行PCR扩增,发现37个循环是处于指数扩增期的最佳鉴定时期。同一标记在每个样本中以37个循环数进行3次扩增重复,统计分析发现:不同标记在杂交种叶片DNA中等位基因扩增相对量与理论比1的统计概率值从6.50E-08到1.000不等,证实标记在等位基因间的扩增效率并不完全一致。对互交种胚乳等位基因扩增相对量进行卡方测验,4个InDel标记能够对互交种样本进行准确区分,所得概率符合判定标准。标记110仅能准确判定正交种,对反交种样本的统计概率不满足反交种判定的概率标准。结果显示,该分子标记方法可成功用于玉米互交种的判定。
- 葛敏蒋璐张晓林赵涵张体付
- 关键词：分子标记反交玉米
- 玉米YABBY基因家族的全基因组鉴定与分析被引量：12
- 2014年
- YABBY基因家族作为植物特有的转录因子家族,在调控植物侧生器官发育中发挥重要作用。本研究利用玉米全基因组数据分析玉米YABBY基因家族,阐明该基因家族成员结构、系统进化发育关系以及基因家族成员在玉米不同组织及不同发育时期的表达谱。结果显示,玉米参考基因组中存在13个YABBY基因,命名为Zm YABBY1~Zm YABBY13,根据系统发育关系和序列相似性将该基因家族分为4亚类S1~S4。RNAseq数据显示玉米YABBY基因在籽粒、茎和茎端分生组织（Shoot apical meristem,SAM）、幼胚及叶片中有较高表达,预示玉米YABBY基因可能在上述器官发育中发挥调控作用。本研究结果为进一步解析该基因家族的功能奠定了研究基础。
- 葛敏吕远大张体付李坦张晓林赵涵
- 关键词：玉米YABBY转录因子表达谱
- 藜麦EST-SSR的开发及通用性分析被引量：20
- 2016年
- 藜麦因营养均衡受到越来越多的关注,但尚未深入开展其基础研究。开发微卫星序列重复SSR分子标记将为藜麦的遗传分析提供重要资源。本研究利用NCBI数据库中藜麦RNA测序RNA-Seq及表达序列标签EST数据挖掘、验证及评价藜麦EST-SSR,共发现1862个藜麦非单核苷酸EST-SSR。其中,二核苷酸重复最多(38.3%),六核苷酸重复最少(11.7%)。不同重复类型SSR的数量随着核苷酸数目的增加呈下降趋势。在随机选取验证的119个EST-SSR标记中,66(55.9%)个能够扩增出清晰条带,39个在4份藜麦资源中具有多态性,且其多态性与重复序列长度不具有显著相关性。t测验显示,多态性EST-SSR在藜麦与其他藜科种质间不存在显著差异,说明其具有良好的通用性,可用于藜科物种的遗传关系分析。
- 张体付戚维聪顾闽峰张晓林李坦赵涵
- 关键词：EST-SSR分子标记
- 玉米籽粒主要性状的相关性研究及淀粉含量QTL精细定位
- 玉米是我国第一大粮食作物，在国民经济中占有重要的作用。玉米籽粒主要由蛋白、淀粉、油分及维生素等成分组成。其中，蛋白含量为10％左右，淀粉含量约为75％。 1)玉米籽粒中蛋白可作为食品、饲料生产原料。为探明玉米籽粒的蛋白...
- 张晓林
- 关键词：玉米籽粒性状淀粉含量数量性状基因座
