张丽菊
- 作品数：7 被引量：52H指数：2
- 供职机构：暨南大学医学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广东省自然科学基金广东省医学科学技术研究基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 基于生物信息学分析微小隐孢子虫含WD40结构域的蛋白功能
- 2014年
- 目的对微小隐孢子虫中含WD40结构域的蛋白进行生物信息学分析,分析该蛋白家族的WD40结构并预测其功能,为微小隐孢子虫基因功能的研究提供一定的基础理论。方法通过隐孢子虫基因组数据库收集数据,获得微小隐孢子虫含WD40结构域蛋白家族的序列信息,搜索每个蛋白的CDD结构域并进行NCBI BLAST比对分析,确定为WD40结构域家族蛋白,分析结构域并预测功能。结果在C.parvum Iowa II中共搜索到50个含有WD40结构域的蛋白,其中cgd1_1930、cgd5_740和cgd4_3360含有CAF1C_H4-bd超家族结构,可能参与DNA修复和DNA复制过程;cgd4_260含有ACE1-Sec16-like超家族,可能参与囊泡的形成和物质运输;cgd1_2600含有TAF5_NTD2结构域,可能参与蛋白与蛋白的相互作用。结论在微小隐孢子虫中,WD40蛋白家族不仅可能单独发挥作用,而且还能通过相互辅助、结合发挥其生物效应。
- 陈川荆春霞张鲍欢张丽菊黄伟煌井立鹏东方杨光
- 关键词：微小隐孢子虫生物信息学分析
- 2型糖尿病大血管病变风险及其交互作用分析被引量：43
- 2015年
- 目的 探讨2型糖尿病病人（type 2 diabetes mellitus,T2DM）合并大血管病变的危险因素以及危险因素之间的交互作用。方法 设计调查问卷,收集1999年1月~2010年12月期间在广州市某医院住院的2型糖尿病患者的病历资料,包括年龄、性别、病程等19个变量。采用分类树对危险因素进行定性的交互作用分析,采用非条件Logistic回归模型定量分析危险因素的交互作用效应。结果 单纯T2DM无并发症的患者595例,T2DM合并大血管病变754例。建立分类树模型,包括3层,7个结点,4个终末节点,筛选出年龄、总胆固醇（total cholesterol,TC）、病程、高密度脂蛋白（high-density lipoprotein,HDL）、TC/HDL、三酰甘油（triacylglycerol,TG）、低密度脂蛋白（low density lipoprotein,LDL）、体重指数（body mass index,BMI）共8个危险因素。而与2型糖尿病大血管病变关联最密切的是年龄、病程和BMI。非条件Logistic回归分析结果显示：年龄与病程（OR=6.215,95%CI：2.867~13.476,P〈0.001）、年龄与BMI（OR=2.484,95%CI：1.465~4.212,P=0.001）在2型糖尿病进展大血管病变中存在交互作用。结论 年龄、病程和BMI相互作用是T2DM合并大血管病变的重要危险因素,年龄超过56岁,病程超过10年的患者应重点监测和干预,以防止大血管病变的发生。
- 黄伟煌张丽菊井立鹏梁文凯东方林汉生聂立红杨光荆春霞
- 关键词：糖尿病血管
- TLR4介导的信号通路基因多态性与2型糖尿病遗传易感性的关联研究
- 研究目的: 2型糖尿病是全球重大公共卫生问题之一,与免疫、炎症密切相关,但是T2DM的病因以及发病机理至今尚未完全阐明。TLR4被认为是胰岛素抵抗及其并发症发生中的一个重要调节受体。动物实验证明,TLR4的激活和下游细...
- 张丽菊
- 关键词：2型糖尿病TOLL样受体4信号通路基因多态性遗传易感性
- 文献传递
- 微小隐孢子虫CRIP基因克隆与分析
- 2013年
- 目的比对分析微小隐孢子虫南京(NJ)株亲环素-RNA相互作用蛋白(CRIP)与其他隐孢子虫株CRIP基因序列的差异。方法根据GenBank微小隐孢子虫IowaⅡ株CRIP基因序列设计并合成2对引物,应用巢式聚合酶链反应(PCR)技术从微小隐孢子虫NJ株基因组DNA中扩增CRIP基因,并将其克隆到pMD18-T载体上,将重组质粒pMD18-T-CpCRIP进行PCR和双酶切鉴定后测序,应用生物信息学方法分析微小隐孢子虫NJ株CRIP基因与其他种属的CRIP基因序列同源性。结果巢式PCR扩增获得的特异性CRIP基因序列,经PCR及双酶切鉴定确为pMD18-T-CpCRIP重组质粒;测序结果显示,该序列有119 bp,微小隐孢子虫NJ株CRIP基因全长为909bp,编码302个氨基酸;测序结果和同源性分析显示,中国微小隐孢子虫NJ株CRIP基因序列与国外的微小隐孢子虫Iowa II株同源性为98%;该隐孢子虫NJ株CRIP基因序列获GenBank登录号JQ396883。结论微小隐孢子虫NJ株CRIP基因与其他微小隐孢子虫株存在基因变异。
- 王穗湘荆春霞陈川郭志云孙小会付芹芹张丽菊杨光
- 关键词：生物信息学
- 微小隐孢子虫亲环素型肽脯氨酰顺反异构酶基因克隆与分析
- 2012年
- 目的克隆微小隐孢子虫(C.parvum)南京株(NJ)亲环素型肽脯氨酰顺反异构酶基因,测序并分析C.parvumNJ株与其他隐孢子虫分离株CyP-type PPIase基因序列的差异以及亲缘关系。方法根据GenBank上C.parvumIowa II株CyP-type PPIase基因序列,设计2对引物,应用巢式PCR扩增目的基因,并将其克隆入pMD18-T载体,对重组子进行双酶切和菌落PCR鉴定并测序,应用生物信息学方法分析C.parvum NJ株CyP-type PPIase基因与其它隐孢子虫株的核苷酸和氨基酸序列差异。结果巢式PCR扩增获得特异的目的基因,双酶切和菌落PCR鉴定获得正确的重组子,测序表明,扩增基因组DNA序列为746bp,含有目的基因ORF全长570bp,编码190个氨基酸。序列分析表明,我国C.parvum NJ株与国外分离的Iowa II株CyP-type PPIase基因的氨基酸序列具有99%的同源性。进化树分析表明,C.parvumNJ株与Iowa II株CyP-type PPIase基因之间的亲缘关系最近,与脑膜炎双球菌的亲缘关系最远。结论成功克隆C.parvumCyP-type PPIase基因,C.parvumCyP-type PPIase基因在氨基酸水平高度保守。
- 付芹芹杨光王穗湘孙小会郭志云张丽菊陈川刘国宁荆春霞
- 关键词：微小隐孢子虫克隆
- 2型糖尿病患者肾功能特征及糖尿病肾病危险因素分析被引量：8
- 2014年
- 目的了解2型糖尿病(T2DM)患者合并不同并发症时的肾功能特征及糖尿病肾病(DN)患病的危险因素,为DN的预防控制提供参考依据。方法收集3 149份T2DM患者的病历资料,根据并发症情况分为单纯T2DM组、T2DM微血管病变组、T2DM大血管病变组和T2DM同时合并微血管病变和大血管病变组;分析4组患者肾功能(尿肌酐、双肾小球滤过率、血尿酸、血肌酐)的特征及差异,并采用多因素非条件Logistic回归模型分析DN的主要危险因素。结果单纯T2DM组、T2DM微血管病变组、T2DM大血管病变组、T2DM同时合并微血管病变和大血管病变组血肌酐、血尿酸含量差异有统计学意义(P<0.05);3 149例T2DM患者中DN患病率为(17.1%);多因素Logistic回归分析结果表明,年龄、病程及肥胖是T2DM患者DN患病的危险因素。结论T2DM患者同时出现微血管和大血管病变时肾脏的代谢功能可严重受损;年龄、病程及肥胖是DN患病的主要危险因素。
- 张丽菊聂立红黄伟煌梁文凯陈川东方井立鹏荆春霞
- 关键词：2型糖尿病肾功能糖尿病肾病
- 微小隐孢子虫20K亲环蛋白基因克隆及分析
- 2013年
- 目的克隆微小隐孢子虫(Cp)南京株(NJ)的20K亲环蛋白(CyP)基因,并对其核苷酸和氨基酸序列进行分析。方法采用昆明种小鼠建立微小隐孢子虫NJ株感染模型,根据微小隐孢子虫Iowa II株20K CyP基因序列设计合成2对引物,应用巢式PCR技术从微小隐孢子虫NJ株基因组DNA中扩增20K CyP基因,并将其克隆到pMD18-T载体上,将阳性克隆重组质粒进行菌落PCR及双酶切鉴定;应用生物信息学方法分析微小隐孢子虫NJ株20K CyP基因与其他虫株核苷酸和氨基酸序列差异,并分析该基因蛋白结构域。结果巢式PCR扩增得到特异的20K CyP基因,经PCR及双酶切鉴定获得了正确的pMD18-T-20K CyP重组质粒;测序结果显示,微小隐孢子虫NJ株20K CyP基因全长519 bp,编码173个氨基酸,该基因已登录GenBank,登录号为JQ284431;氨基酸序列分析表明,微小隐孢子虫NJ株与Iowa II株20K CyP基因编码的氨基酸序列具有100%同源性;对20K Cyp基因进行蛋白结构域分析,显示该基因序列所编码的蛋白具有特异性类亲环蛋白A、B、H的肽脯氨酰顺反异构酶(PPIase)区域,该区域与人的亲环蛋白A、B、H具有相似性。结论成功克隆微小隐孢子虫NJ株20K CyP基因,该基因具有高度保守性。
- 孙小会杨光王穗湘张丽菊付芹芹郭志云陈川荆春霞
- 关键词：克隆生物信息学
