孙磊
- 作品数：12 被引量：37H指数：4
- 供职机构：扬州大学信息工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江苏省“六大人才高峰”高层次人才项目江苏省产学研联合创新资金项目更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术文化科学生物学医药卫生更多>>
- 面向专业认证的国际化工程人才培养探索被引量：1
- 2020年
- 中国工程教育长期坚持走国际化人才培养发展道路。以“华盛顿协议”为代表的国际工程教育专业认证明确要求参加认证的工程专业学生在毕业时应具备一定的国际视野,并能够在跨文化背景下进行沟通和交流。对此,各参加认证专业需根据自身情况,制定合理的国际化工程人才培养方案,并通过大学英语、双语或全英文专业课等课程教学实现对国际化工程人才的培养。文章以扬州大学电子信息工程专业的“随机信号处理”全英文课程教学为例,从师资队伍、教学资源、教学方法、学习方法等方面展开讨论,探索专业认证背景下工程专业国际化人才的培养,以期通过全英文课程教学模式的改革和创新提升教学质量,进而帮助提高工程专业大学生的国际化水平。
- 孙磊丁杰
- 关键词：工程教育
- 基于GBrowse的多源长非编码RNA数据可视化系统被引量：1
- 2017年
- 针对长非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)数据类型多样带来的有用信息提取困难的问题,提出基于基因组浏览器GBrowse(Generic Genome Browser)的多源lnc RNA数据可视化系统.该系统主要包括网页服务器和lnc RNA数据存储.其中,网页服务器主要由HTTP服务和GBrowse网页组件构成,支持纯文本、My SQL、SQLite等多种数据存储方式.系统实现流程包括GBrowse安装与配置、多源lnc RNA数据的收集、数据预处理、数据存储、数据访问及可视化配置.原型系统收集了六种人类lnc RNA数据,包括人类基因注释、基因组序列、组蛋白修饰H3K4me3信号及其位点、转录因子CTCF绑定位点信号及其位点的数据,并对数据进行了预处理.通过My SQL、SQLite等建立了lnc RNA数据库,对数据的访问方式和可视化参数进行配置.实验结果表明,多源lnc RNA数据在GBrowse框架下能够得到整合与可视化,并在基因组空间同时呈现,这使得研究者能够以更加直观的方式观测数据,进而建立新的科学假说.
- 孙磊陈璇唐红魏李婷姬岚洋施胜飞杨晓华
- 关键词：数据库可视化
- 人和小鼠长非编码RNA基因的特征分析
- 研究表明长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)参与基因表达调控,在多种细胞过程中有重要功能.为了辅助哺乳动物lncRNA研究,本文以GENCODE注释基因为基础,通过生物信息学方法在全基因...
- 孙磊
- 关键词：哺乳动物生物信息学
- 文献传递
- 翻转课堂模式及其在计算机编程课程中的应用研究被引量：6
- 2019年
- 根据翻转课堂在高校课程教学中应用和效果,在分析国内计算机编程课程教学现状的基础上,阐述基于翻转课堂的计算机编程课程教学设计,并分别从课前准备工作、课堂教学环节和考核评价等方面具体说明设计过程。
- 姚志均陈舒涵孙磊赖重远
- 关键词：教学设计教学评价计算机编程
- 图像处理类课程的混合式教学实践被引量：5
- 2018年
- 本文介绍笔者近年来在图像处理类课程教学中,以混合式教学理念为基础开展课程建设的一些体会。该类课程有涉及教学对象层次多、专业类别有差异、先修课程较多、技术发展快、需要较多的视觉资源、与网上教学方式结合紧密等特点。需要通过精选教学内容,线下课堂教学、实验教学和线上自助学习、扩展知识的混合式教学手段,积极开展案例教学,建设精品教材,各个教学环节相互促进和融合,有效提高课程教学质量,实现在相关专业内培养实践和创新人才的目标。
- 胡学龙陈舒涵孙磊
- 关键词：混合式教学数字图像处理课程建设教材建设
- 基于Linux的长非编码RNA信息系统
- 2016年
- 长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)已成为生物信息学研究领域的热点,涉及lncRNA基因注释、结构预测、功能和机制等研究方向。研究也产生了大量分布零散的lncRNA信息(包括lncRNA知识、研究方法和数据库等),而现有的lncRNA信息平台功能单一,缺乏对信息资源的整合。针对这一问题,文章建立基于Linux的lncRNA信息系统。该系统主要由数据库模块、网页服务模块和软件工具模块等3部分构成。基于此架构,系统通过由lncRNA知识、GBrowse浏览器、分析和计算、工具信息和数据库信息等页面向网络用户提供信息服务。测试结果表明,系统能够提供lncRNA知识的展示、数据可视化、预测和转录分析、常用的工具和数据库信息等服务。该系统能有效整合lncRNA研究相关的多源信息,进而提高lncRNA研究的效率。
- 孙磊马宏辉王诗佳张晓斌李云胡学龙
- 关键词：信息系统数据库数据可视化
- 人和小鼠长非编码RNA基因的特征分析
- 2016年
- 长非编码RNA(lncRNA)与蛋白质编码基因在转录过程中具有相似性,仅通过测序方法难以有效识别.针对这一问题,以高可靠性的GENCODE基因注释数据为基础,通过生物信息学方法在全基因组范围对人和小鼠这2种哺乳动物的lncRNA基因和蛋白质编码基因的特征进行分析研究.结果表明,相对于蛋白质编码基因,lncRNA在基因结构、序列构成、编码蛋白质能力、保守性等方面具有显著特征,这为其准确识别提供了信息.
- 孙磊王龙戴丹马若楠
- 关键词：蛋白质编码哺乳动物生物信息学
- 生物医学大数据处理的云计算解决方案被引量：10
- 2014年
- 随着二代测序、质谱分析、医学影像等生物医学技术的发展和应用,生物医学数据呈现爆炸性增长趋势,其处理面临数据量大、计算强度大、维度高等问题。云计算在资源分配、数据存储、计算、共享等方面具有优势,能够帮助解决生物医学大数据处理的相关问题。深入分析了云计算在生物医学大数据处理方面的特点,归纳总结了常见的生物云计算解决方案,对生物云计算的发展和挑战进行了展望。有望建立能够整合多源生物医学数据的新型计算方法,以解决复杂的生物医学问题。
- 孙磊胡学龙张晓斌李云
- 关键词：生物医学技术医学影像大数据云计算
- 一种基于随机森林的长非编码RNA预测方法被引量：2
- 2016年
- 为了提高长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)预测的准确性,提出一种基于随机森林算法的lncRNA预测方法.在国际通用的基因注释和基因组序列训练数据集中,首先进行特征选取,然后采用随机森林算法对包含特征信息的数据集进行模型训练.选取的特征包含14种三聚核酸序列(ACG、CCG、CGA、CGC、CGG、CGT、CTA、GCG、GGG、GTA、TAA、TAC、TAG、TCG)的占比、终止密码子在3种阅读框中的数量标准差、GC含量、蛋白质编码能力、转录本长度、外显子个数、平均外显子长度和保守性分值.10折交叉验证结果表明,该预测方法在真阳性率、精确率、召回率、F值和AUC值等性能指标方面均优于其他算法.
- 孙磊许驰胡学龙
- 关键词：基因预测
- 基于全基因组序列的弯曲菌特征分析被引量：6
- 2020年
- 空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni)和结肠弯曲菌(Campylobacter coli)是引起人类腹泻的主要致病菌。传统生化方法在鉴定弯曲菌时存在步骤多、耗时长、通量低等问题。本研究通过利用生物信息学方法对弯曲菌全基因组进行序列、基因注释、耐药基因、多位点序列分型以及CRISPR-Cas系统等分析,挖掘能够有效区分空肠弯曲菌和结肠弯曲菌的高分辨力特征。实验结果表明,空肠弯曲菌和结肠弯曲菌在基因组序列长度、GC含量、基因数量、多位点序列分型以及CRISPR-Cas系统等方面存在显著差异。同时,研究还发现了一段在空肠弯曲菌基因组中广泛存在的高分辨力CRISPR重复序列。这些特征可用于构建能够准确鉴别空肠弯曲菌和结肠弯曲菌的生物信息学方法。
- 孙磊杨臻辉恽茜黄金林
- 关键词：弯曲菌全基因组多位点序列分型
