吴加金
- 作品数：56 被引量：252H指数：7
- 供职机构：军事医学科学院基础医学研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术理学更多>>
- 基于一级螺旋区的RNA二级结构绘图与自由能计算被引量：2
- 1995年
- 提出了一级螺旋区概念，在此基础上研究了基于正多边形的ＲＮＡ二级结构绘图与自由能计算，并设计了程序，可将相容性螺旋区列表表示的ＲＮＡ二级结构转化为分子生物学家熟悉的图形方式，同时计算出基于Ｓａｌｚｅｒ能量积分系统的自由能数值。经多例运行表明方法合理，运行结果可靠。
- 李伍举吴加金
- 关键词：RNA
- pBV220载体中外源基因二级结构与表达水平关系被引量：3
- 1996年
- 运用极小化自由能RNA二级结构预测方法分析了pBV220载体中以表达水平20％作为分类标准的人白细胞介素2、人白细胞介素4等32个外源基因表达水平,结果表明5′端32～41区域和3′端25～46区域的二级结构自由能与表达水平具有显著的统计学意义,并运用Bays判别分析方法构建了判别函数,判别符合率为87.5％。
- 李伍举吴加金
- 关键词：RNA二级结构
- hIL-6·hIL-6Rα·gp130三元复合物的结构预测被引量：1
- 2000年
- 通过Delphi方法分析人白介素 6 (humaninterleukin 6 ,hIL 6 ) /人白介素 6受体α亚基 (humaninterleukin 6receptorαsubunit,hIL 6Rα)复合物、gp130 (βsubunit)的空间构象的表观静电分布 ,利用分子对接方法研究 gp130与hIL 6 /hIL 6Rα复合物作用形成三元复合物的空间构象 ,经过分子力学优化、分子动力学常温动态模拟借助分子间相互作用 (范德华力、氢键、盐键等 )、反应自由能理论探讨hIL 6·hIL 6Rα·gp130复合物稳定构象结合部位的结构域 .分析结果表明 ,gp130蛋白表面富集较强的负电势 ,复合物hIL 6 /hIL 6R一侧表面富集较强的正电势 ,gp130借助蛋白表面的静电作用结合hIL 6 /hIL 6R复合物 ,介导hIL 6信号 ;hIL 6中的helix C、loop BC、loop CD参与同 gp130中的loopEF、linker、loopA′B′、loopB′C′、loopD′E′作用 ,hIL 6R中的loopA′B′、β strandE′参与同gp130中的loopA′B′、β strandE′作用 .
- 冯健男任蕴芳倪长源吴加金沈倍奋
- 蛋白质功能位点预测被引量：5
- 1993年
- 在 IBM-PC 机上开发了蛋白质功能位点预测软件:PROSITE.根据 EMBL发布于激光光盘上的蛋白质功能位点氨基酸片段的保守模式数据库,对给定的蛋白质序列,可按19类443个氨基酸保守模式来探测蛋白质的所属家族,各种功能区的位置和活性部位等性质,通过52个序列的验证结果和 SWWISS 蛋白质数据库相一致.此外该软件还具有操作灵活,多种输入输出方式等特点。
- 李伍举吴加金
- 关键词：蛋白功能位点计算机
- 大鼠海马LTP电位数据的DMA采集及处理的软件设计被引量：2
- 1992年
- 描述海马的时程突触增强(LTP)电位的数据采集、参数提取和分析处理软件方法。着重介绍DMA方式的数据传送和FORTRAN的数组地址的联系和参数提取、分析处理中值得注意的问题;关于波形中特征点定位,该程序提供多种数据处理方式,便于实验研究中的使用。
- 吴加金娄艾琳左和鸣
- 关键词：海马
- RNA二级结构预测系统构建被引量：13
- 1996年
- 运用下列ＲＮＡ二级结构预测算法：碱基最大配对方法、Ｚｕｋｅｒ极小化自由能方法、螺旋区最优堆积、螺旋区随机堆积和所有可能组合方法与基于一级螺旋区的ＲＮＡ二级结构绘图技术，构建了ＲＮＡ二级结构预测系统Ｒｎａｆｏｌｄ．另外，通过随机选取２０个ｔＲＮＡ序列，从自由能和三叶草结构两个方面比较了前４种二级结构预测算法，并运用ｔ检验方法分析了自由能的统计学差别．从三叶草结构来看，以随机堆积方法最好，其次是螺旋区最优堆积方法和Ｚｕｋｅｒ算法，以碱基最大配对方法最差．最后，分析了两种极小化自由能方法之间的差别．
- 李伍举吴加金
- 关键词：RNA
- 用于聚合酶链式反应(PCR)引物设计的计算机程序被引量：7
- 1992年
- 本文报道了两个用于PCR引物设计的计算机程序PCRDESN和PCRDESNA。PCRDESN程序主要从以下4个方面评价用户自己设计的一对引物的质量:(1)引物内的碱基反向重复或发夹结构,(2)两个引物之间的碱基互补配对,(3)两个引物之间的同源性,(4)引物的碱基组成及特点和T_m值计算。通过用多例文献发表的及本院有关实验室提供的引物对序列的验证,确定了程序的运算参数,证明该程序能较好地检验引物对的质量和解释某些PCR实验失败的原因。PCRDESNA程序采用逐级优化的方法和比PCRDESN所选用的更严紧的引物选择参数对用户提供的核酸序列进行快速检索,以确定所有可能的和合适的引物对。
- 王槐春朱元晓王嘉玺吴加金张海鹰
- 关键词：聚合酶链反应计算机程序
- 单克隆抗体免疫交叉反应现象及其原因探讨被引量：5
- 1992年
- 本文应用免疫双扩散及免疫印染技术证实了组蛋白与抗人FN和抗人CRP单抗之间发生的免疫交叉反应。借助于电子计算机帮助,分析了交叉反应的分子基础,发现组蛋白和FN之间具有5个氨基酸序列同源区域,同源区域与Pollard 1990年所预测的组蛋白抗原决定簇相一致。文章同时讨论了单抗与不相关抗原发生交叉反应的原因,包括分子模拟。构型表位,电荷空间分布及中间介质诱导等因素。
- 王洪海张遵一刘成贵吴加金李伍举
- 关键词：FN组蛋白单克隆抗体
- 用逐步剥离法拟合多指数项曲线的算法
- 1982年
- 在药物代谢的研究中,不同的药物和不同的给药方案,血液中的药物浓度随时间的变化,可用多指数项数学表达式来加以描述。借助于电子计算机可以对这类多指数项的曲线进行拟合。本文报告一种适于在小型电子计算机上使用的近似计算方法,此方法简单,使用方便,已在药物动力学计算中得到应用。
- 陈洪文吴加金
- 关键词：数学表达式计算方法计算机
- 胆管癌相关FXYD6基因功能区在大肠埃希菌表达的初步研究
- 2010年
- 目的对胆管癌相关基因FXYD6基因的功能区进行克隆和表达,以便进一步展开该基因功能研究。方法借助生物信息学方法分析FXYD6基因,设计FXYD6基因信号肽剪切后功能区蛋白体外表达序列,并将其克隆到pBV220表达载体上,继而以大肠埃希菌为表达系统,使功能区蛋白(不含信号肽)获得体外表达。结果该基因主要功能位点位于18～95 aa。PCR扩增出剪切掉信号肽序列的功能区序列(即包含18～95 aa的肽链段),并成功构建pBV220/FXYD6-ex基因功能区重组表达质粒克隆,其在大肠埃希菌DH5α中表达量最高,表达产物主要以包涵体形式存在。结论获得胆管癌相关FXYD6基因融合蛋白表达产物,为后续研究打下基础。
- 万涛周宁新徐东刚吴加金黄志强
- 关键词：胆管癌功能区
