李伍举
- 作品数：68 被引量：229H指数：10
- 供职机构：军事医学科学院基础医学研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金北京市自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术农业科学更多>>
- 基于序列特征预测HIF靶向的铁代谢相关蛋白
- 目的 低氧是常见的病理生理状态,铁代谢紊乱是脑卒中等低氧损伤的重要病理过程.近年来研究发现越来越多的与铁代谢相关的蛋白,并陆续发现多种铁代谢相关蛋白通过低氧反应元件(hypoxia-response element,HR...
- 甘祝军李伍举应晓敏朱玲玲范明
- 关键词：HIFHRE铁低氧
- 低氧对人骨髓间充质干细胞基因表达谱的影响被引量：2
- 2007年
- 低氧可以促进人骨髓间充质干细胞(human bone marrow-derived mesenchymal stem cells,hMSCs)增殖。为探讨其可能机制,本实验采用cDNA芯片技术动态检测低氧促进hMSCs增殖过程中基因表达的变化,用RT-PCR验证芯片结果。结果显示,在含21 329条基因探针的芯片上,检测到282个基因差异表达,其中代谢类基因最多;差异表达基因的数目随低氧时间不同而变化,其中24 h时差异表达基因的数目最多。差异表达基因中4个为已知的低氧诱导因子-1(hypoxia- inducible factor 1,HIF-1)靶基因,在低氧处理36 h时都基本上调。此外,差异表达基因中有10个连续变化的基因,这些基因中既有上调基因也有下调基因。4个HIF-1靶基因和连续变化的基因的RT1-PCR结果大部分与cDNA芯片结果一致。结果提示,低氧促进hMSCs增殖是多基因参与的过程,可能与HIF-1及其下游信号通路有关。
- 吴恩惠李海生赵彤樊俊蝶马鑫熊雷李伍举朱玲玲范明
- 关键词：低氧人骨髓间充质干细胞CDNA芯片差异表达基因
- 蛋白质功能位点预测被引量：5
- 1993年
- 在 IBM-PC 机上开发了蛋白质功能位点预测软件:PROSITE.根据 EMBL发布于激光光盘上的蛋白质功能位点氨基酸片段的保守模式数据库,对给定的蛋白质序列,可按19类443个氨基酸保守模式来探测蛋白质的所属家族,各种功能区的位置和活性部位等性质,通过52个序列的验证结果和 SWWISS 蛋白质数据库相一致.此外该软件还具有操作灵活,多种输入输出方式等特点。
- 李伍举吴加金
- 关键词：蛋白功能位点计算机
- 基于转录终点序列特征预测大肠杆菌sRNA被引量：3
- 2011年
- 细菌sRNA是一类长度在40～500nt的调控RNA,在细菌与环境相互作用中发挥重要功能,因此,细菌sRNA识别研究具有重要意义。然而,与蛋白编码基因具有易于识别的特征不同,目前细菌sRNA识别仍是一件比较困难的事。此方法介绍了一个基于已知细菌sRNA转录终点的碱基频率矩阵来识别sRNA的预测策略,并在大肠杆菌K-12 MG1655中进行了sRNA的预测。结果表明,该模型在独立测试集中具有较高的特异性和阳性检出率,因此,这一方法将为实验发现细菌sRNA提供较好的生物信息学支持。
- 刘倩应晓敏吴佳瑤查磊李伍举
- 利用寡聚核苷酸芯片对急性白血病进行分类预测及初步分型
- ＜正＞ 目的ALL与AML的鉴别诊断是化疗成功的关键。虽然目前基于细胞形态学、组织化学、免疫表型以及细胞遗传学分析的白血病诊断分型方法业已建立,但还远不足以全面反映临床白血病各亚型之间的异质性。基因组分析已成为目前白血病...
- 孙薏董陆佳李伍举田方王升启贾治林黄坚陈泽建
- 文献传递
- BioSun 3.0:一个综合性辅助分子生物学实验设计的软件系统
- 2009年
- 本文介绍了一个综合性辅助分子生物学实验设计的软件系统BioSun。BioSun为一套辅助分子生物学实验设计软件,功能全面,并为生物学研究人员提供了易用的环境。使用BioSun分析数据和设计分子生物学实验可以加快实验进程,提高研究效率。
- 查磊应晓敏曹源李伍举
- 关键词：生物信息学计算机辅助设计
- 用寡核苷酸芯片研究淋巴瘤细胞系细胞与正常淋巴细胞间差异表达的基因
- 2004年
- 陈喜林张伟京董陆佳田芳王升启黄坚李伍举苏航孙薏李莎
- 关键词：寡核苷酸芯片淋巴瘤肿瘤细胞差异表达基因细胞培养
- BioSun:计算机辅助分子生物学实验设计的软件系统被引量：38
- 2004年
- 论述了我们自行研究与开发的分子生物学实验辅助设计的生物信息学软件系统BioSun。该系统运行于Windows环境 ,其主要功能有 :可视化的序列编辑、可接收多种序列格式 (EMBL ,GenBank和FastA)的数据库管理系统、多种方式的序列比较、多种方式的抗原表位预测、基于多种算法的RNA二级结构预测、酶切位点分析及酶切图谱制作、PCR实验辅助设计、辅助寡核苷酸微阵列的探针设计、辅助cDNA微阵列的引物设计和原核系统外源基因高效表达设计等。BioSun系统使用图形用户界面方式 ,可实现对图形与文本文件的灵活管理 ,具有操作灵活、功能多样等特点 ,可用于分子生物学实验的辅助设计 ,对加快实验进程和提高实验的成功率具有重要意义。
- 李伍举应晓敏
- 关键词：生物信息学软件系统
- 基于碱基分布矩阵的序列比较
- 1994年
- 提出了基于碱基分布矩阵的全局性序列比较算法，利用此算法编程时所需的常驻内存仅为一个碱基分布矩阵和一个序列，因此序列个数和长度均有较大增加，可以实现２００个长度为５Ｋｂｐ的核酸序列比较，此外，还论述了在ＰＣＲ模板选择中的应用。
- 李伍举吴加金
- 人心力衰竭心肌细胞基因表达谱分析方法初探
- 2009年
- 目的通过对多中心人类心力衰竭心肌细胞基因表达谱数据整理、分析,探索识别不同表达谱中相同结构蛋白基因的方法。方法选取14个已发表的原发病为扩张型心肌病和(或)缺血性心肌病的心力衰竭基因表达谱,筛选出各表达谱中差异表达≥1.4倍的心肌结构蛋白基因及功能蛋白基因。编写程序自动下载相关基因片段的序列,并建立数据库。根据表达谱中提供的识别号及相关注释信息,用BatchGenAna网站在染色体基因组上进行序列定位,通过定位图显示同一基因不同片段的定位信息。结果通过GenBank序号及芯片中克隆序号得到不同表达谱中相同序号的基因仅有23组,检出率低,漏检了相同基因的不同片段。通过染色体基因组比对、定位,检出不同表达谱中定位在同一染色体区域的相同基因的不同片段共51组,且集中定位在1、2、9、11、12、16号染色体上。通过定位明确显示此基因的编码区及调控区序列。结论基因组定位方法可识别不同表达谱中相同基因的不同片段,明确定位基因编码区及调控区,为后续的功能基因组研究提供可靠信息。
- 吴晓霞应晓敏李伍举万涛吴加金刘惠亮
- 关键词：心力衰竭肌细胞心脏基因表达谱
