黄阳玉
- 作品数：2 被引量：0H指数：0
- 供职机构：华中科技大学物理学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家教育部博士点基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生理学更多>>
- 靶向转化生长因子-βⅡ型受体核酸适配子结合位点预测及相关验证研究
- 2014年
- 目的预测转化生长因子-βⅡ型受体(TRβⅡ)胞外段蛋白与靶向适配子S58的结合位点,并在体外进行验证,证实S58的结构稳定性。方法通过适配子ssDNA序列建立其三维结构,在蛋白质数据库搜索受体蛋白TRβⅡ胞外段的晶体结构,运用计算机辅助技术对两个分子进行对接实验,根据结果指导剪切优化适配子结构,分别用生物传感器技术及蛋白免疫印迹法验证其亲和力。结果核酸适配子ssDNA S58与TRβⅡ胞外段蛋白结合的可信位点包括位点Ⅰ(T4、T5、G6、C7)、位点Ⅱ(G13、A14、T15、C16、G17、C18)、位点Ⅲ(T31、G32、T33、C34)及位点Ⅳ(G40、A41、T42、T43、T44、G45、G46)。S58与TRβⅡ胞外段蛋白的亲和力高,S58的α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)表达明显较DMEM对照降低(P<0.05),根据结果剪切适配子S58后得到优化后的ssDNA亲和力、α-SMA表达均不如S58。结论核酸适配子S58为受体蛋白TβRⅡ的高特异性分子,具有一定稳定性,任何结构的改变均会降低与TβRⅡ的亲和力。计算机辅助的分子对接技术成为一项探索分子间作用的重要手段,为医学基础研究提供了良好的理论依据。
- 王薇黄阳玉朱晓燕陈侠许多肖奕谢琳
- 关键词：寡核苷酸类分子对接结合位点TRANSFORMINGBETA
- 蛋白质-RNA相互作用界面预测与设计
- 2012年
- 蛋白质-RNA之间的相互作用是蛋白质在细胞里面行使功能的重要方式之一.结构生物学家利用实验手段可以得到蛋白质-RNA复合物的三维结构,通过原子水平的晶体结构来解释蛋白质与RNA的识别过程.但实验取得蛋白质-RNA的复合物结构非常困难,耗钱、耗时,同时受限于其相互作用强度.因而利用理论的方法对蛋白质-RNA相互作用界面进行预测与设计在生物医学研究中十分重要.本文主要综述了近期蛋白质-RNA相互作用界面预测与设计方面的进展,包括以下几个方面:(1)蛋白质-RNA分子对接算法以及对接前后存在的构象变化的处理;(2)蛋白质-RNA识别机制的研究;(3)基于蛋白质-RNA相互作用界面的分子设计.蛋白质-RNA分子对接算法逐步完善将有助于我们对大量未知功能的蛋白质与RNA进行功能注释,而基于生物大分子相互作用界面的分子设计将在药物设计领域中有广阔的应用前景.
- 黄阳玉阳秀凤李昊田纪晓峰程洪礼赵蕴杰郭大川李林刘士勇
- 关键词：分子对接
