陈科
- 作品数：8 被引量：5H指数：2
- 供职机构：东华大学更多>>
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- 应用1号染色体替换系小鼠优选血脂QTLs内功能基因
- 2018年
- 目的:利用野生小鼠来源1号染色体替换系B6-Chr1^(SJ)和受体品系C57BL/6J (B6)筛选已知相关数量性状基因座(quantitative trait loci, QTL)内表达差异蛋白编码基因和功能突变基因,再结合人类全基因组关联分析(genome wide association study,GWAS)数据和相关文献优选出候选基因。方法:采用表达谱芯片技术对B6-Chr1^(SJ)和B6进行肝脏基因表达谱检测;运用Transcriptome Analysis Console软件从基因水平进行表达差异分析,鉴定出表达差异蛋白编码基因;运用Ensembl Variant Effect Predictor软件对B6-Chr1^(SJ)小鼠1号染色体上的遗传变异进行功能注释,鉴定功能突变基因;利用小鼠系统遗传学资源数据库,筛选出已鉴定的血脂相关QTLs;利用bedtools中的intersectbed将鉴定的表达差异蛋白编码基因及功能突变基因与已鉴定的QTLs区段进行比较,并结合人类GWAS数据和相关文献优选出血脂相关候选基因。结果:在血脂相关QTLs内,共筛选出34个差异表达蛋白编码基因,分别有32、11和20个位于胆固醇(cholesterol, CHOL)、高密度脂蛋白胆固醇(High-density lipoprotein cholesterol, HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(Low-density lipoprotein cholesterol, LDL-C)相关的QTLs内;共筛选出47个功能突变基因,分别有21、41和14个位于CHOL、HDL-C、LDL-C相关的QTLs内。在上述基因中,共优选出两个候选基因。其中,Marc1在人类GWAS研究中为阳性位点,Soat1已有报道与小鼠血脂代谢有关。结论:Marc1和Soat1可能是引起B6-Chr1^(SJ)血脂异常的功能基因,其中Marc1未明确报道与血脂代谢相关,可作为候选基因进行进一步的功能验证。
- 陆佳涛徐福意胡世贤陈科朱豆豆李凯周宇荀肖君华
- 关键词：GWAS
- 一种单面96孔易于多孔道移液器取样的离心管架
- 本实用新型提供了一种单面96孔易于多孔道移液器取样的离心管架，其特征在于，包括长方体形的底座，底座的上表面为孔洞排布面，孔洞排布面上设有96个孔洞，所述的96个孔洞沿孔洞排布面的长度方向排列为12列，沿孔洞排布面的宽度方...
- 肖君华陈科徐福义晁天柱周宇荀李凯
- 文献传递
- 二代测序平台进行核酸检测的新技术研究
- 核酸检测（nucleic acid test)的对象是脱氧核糖核酸（deoxyribonucleic acid，DNA）和核糖核酸（ribonucleic acid，RNA）。对于 DNA 检测，包括 DNA 序列分析、...
- 陈科
- 关键词：核酸检测单核苷酸多态性拷贝数变异
- 基于△-∑调制的S波段频率合成器的设计与实现
- 基于Δ-Σ调制的频率合成技术是在传统小数分频频率合成基础上发展而来的新型技术。该技术将Δ-Σ调制应用于锁相式频率合成器中，将因小数分频而产生的相位噪声进行整形，再通过锁相环本身的低通滤波特性加以滤除，从而在不降低参考频率...
- 陈科
- 关键词：小数分频锁相环噪声整形
- 文献传递
- ATPllC基因诱捕小鼠遗传背景的研究
- Atp11c作为脂类的翻转酶，在新陈代谢和机体免疫等多种生命活动中起重要作用。目前研究证实Atp11c对淋巴B细胞的分化和体内胆汁转运起关键作用;同时Atp11c缺陷会导致个体体重降低和雌性难产等症状，显示Atp11c可...
- 陈科
- 文献传递
- ATP11C基因诱捕小鼠遗传背景的研究
- Atp11c作为脂类的翻转酶,在新陈代谢和机体免疫等多种生命活动中起重要作用。目前研究证实Atp11c对淋巴B细胞的分化和体内胆汁转运起关键作用；同时Atp11c缺陷会导致个体体重降低和雌性难产等症状,显示Atp11c可...
- 陈科
- 关键词：基因诱捕
- 文献传递
- Atp11c基因诱捕小鼠遗传背景分析被引量：1
- 2013年
- 目的利用PCR(polymerase chain reaction,PCR)和荧光竞争性PCR技术对构建的Atp11c基因诱捕小鼠的遗传背景进行分析。方法通过PCR技术鉴定基因诱捕载体的插入位点和宿主染色体的缺失状态;利用荧光竞争性PCR技术检测宿主染色体内的诱捕载体拷贝数。结果 54对引物的PCR结果确定了诱捕载体在Atp11c第一个内含子中的插入位点,测序结果显示伴随着基因诱捕载体两端大于200 bp的碱基缺失,宿主染色体片段出现了418 bp的碱基删除;荧光竞争性PCR证实诱捕载体为单拷贝整合。结论成功解析了Atp11c基因诱捕小鼠的遗传背景,建立了快速、准确检测诱捕小鼠遗传背景的方案。
- 陈科肖君华周宇荀李凯
- 关键词：基因诱捕小鼠
- 利用二代测序数据判定SNP基因型被引量：2
- 2017年
- 通过将二代测序数据与连接酶检测反应(ligase detection reaction,LDR)对单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)基因分型的结果进行比对,确定二代测序数据判定SNP基因型的经验性阈值.利用多重聚合酶链式反应(multiplex polymerase chain reaction,multiplex PCR)对91个样本进行19个SNP位点的扩增,扩增的产物混匀纯化后在Ion torrent PGM仪器上进行二代测序.利用LDR技术对相应的SNP位点进行检测,将其分型结果作为二代测序数据判定SNP基因型的标准,确定了二代测序数据判定SNP基因型的阈值:测序深度≥6X,等位基因比率在15%~85%的位点为杂合子,在范围之外的为纯合子,该阈值准确度达到99.6%;针对等位基因频率分布在阈值边缘的数据,结合聚类分析可将正确率提升至100%.研究结果为利用二代测序数据判定SNP基因型提供了一个准确、快捷和经验性的阈值与方案.
- 陈科李凯周宇荀肖君华
