闫学兵
- 作品数：4 被引量：28H指数：3
- 供职机构：福建农林大学作物科学学院农业部甘蔗生理生态与遗传改良重点实验室更多>>
- 发文基金：引进国际先进农业科技计划国家现代农业产业技术体系建设项目国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 甘蔗EST序列的SSR信息分析被引量：5
- 2010年
- 从NCBI公共数据库获得262 113条甘蔗EST,通过前处理和聚类拼接得到全长为50 058.89 kb的无冗余Unigene 62 565条。在这些序列中搜索出9 482个SSRs,出现频率是15.15%;平均5.28 kb出现1个SSR。三核苷酸重复是主要的类型,占总SSRs的45.92%。CT和CGC是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的21.22%和8.18%。此外还对筛选出的SSR进行多态性预测,得到了长度在20 bp以上的低级基元一、二、三核苷酸EST-SSR共1 405条,占长度20 bp以上的SSR总数的59.16%。结果为甘蔗EST-SSR标记的开发和相关分子生物学研究提供资料和奠定基础。
- 闫学兵阙友雄许莉萍郭晋隆陈如凯潘永保
- 关键词：甘蔗表达序列标签简单重复序列
- 甘蔗MYB2转录因子的电子克隆和生物信息学分析被引量：20
- 2011年
- 用电子克隆方法获得甘蔗MYB2基因,采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、跨膜结构域、疏水性/亲水性、亚细胞定位、高级结构及功能域等方面进行了预测和分析。结果表明:甘蔗MYB2基因全长991bp,包含570bp的ORF,编码189个氨基酸。甘蔗MYB2基因包含有MYB功能域,在序列组成、高级结构及活性位点等方面,与玉米等其它植物的MYB2基因具有高度的相似性。研究结果为该基因的实验克隆奠定基础。
- 李国印阙友雄许莉萍郭晋隆闫学兵陈如凯
- 关键词：甘蔗电子克隆生物信息学
- 甘蔗EST-SSRs标记的开发与鉴定
- 甘蔗是世界上最重要的糖料作物,蔗糖占我国食糖总产量的90%以上,同时,甘蔗还是一种重要的能源植物。甘蔗种质资源的遗传多样性是甘蔗品种改良的重要基础,而SSR标记是甘蔗遗传多样性评价的重要工具。本研究利用NCBI数据库中甘...
- 闫学兵
- 关键词：EST-SSRS
- 文献传递
- 基于表达序列标签的简单重复序列标记开发策略被引量：3
- 2011年
- 作为一种新型分子标记,表达序列标签-简单重复序列(EST-SSR)来自表达基因,因此除具备来源于传统基因组的SSR标记的所有优势外,还与基因功能表达具有直接或间接的关系,从而强化了SSR标记在遗传研究中的应用。我们简要介绍了EST-SSR标记的开发策略、方法及其应用进展,总结了其中存在的一些问题,目的是为今后该领域的研究提供一定的参考。
- 闫学兵阙友雄许莉萍李国印
- 关键词：表达序列标签简单重复序列
