欧竑宇
- 作品数：27 被引量：107H指数：5
- 供职机构：上海交通大学生命科学技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金天津市自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学化学工程医药卫生轻工技术与工程更多>>
- Rapid in silico comparative analysis of multiple bacterial genomes using a PC cluster-based tool mGenomeSubtractor
- Bioinformatics- and microarray-facilitated comparative analyses have revealed that some bacterial species poss...
- 欧竑宇
- 文献传递
- 细菌基因组岛研究相关的生物信息学工具和数据库
- 开发和维护了一系列细菌基因组岛的特色在线工具和开放数据库，基于Web的开放数据库SecReT4以PostgreSQL为后台，有效整合了基因簇序列、功能注释、蛋白结构及PubMed文献等异源数据，涵盖了1万多个T4SS组分...
- 欧竑宇
- 关键词：数据库
- Mapping the resistance-associated mobilome of a carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae strain reveals insights into factors shaping these regions
- Dramatic increases in the levels of multiple-antibiotic resistance associated with Klebsiella pneumoniae,parti...
- 毕德玺欧竑宇
- 丝状菌发酵过程中菌体形态变化被引量：2
- 2002年
- 借助图像分析系统可以对丝状菌发酵过程中菌丝体面积、菌丝体几何特性、絮状物群体、细胞体积等进行特征化描述 ,并建立量化菌体形态的方法。文中还介绍了利用计算机识别方法进行菌种的分离筛选 ,以及操作参数与菌体形态的关系。
- 赵树欣欧竑宇
- 关键词：丝状菌发酵过程计算机识别
- 细菌基因组序列中ε-聚赖氨酸合成酶的生物信息学识别与分析被引量：3
- 2015年
- 【目的】ε-聚赖氨酸的合成由ε-聚赖氨酸合成酶(Pls)所控制,考察Pls在细菌中的分布和保守的序列特征。【方法】基于Pls的作用机制,在蛋白序列中识别与底物结合和缩合相关的结构域,以及决定底物特异性的氨基酸残基,进而在已测序基因组中预测Pls。【结果】发现110个已测序的基因组中编码113个预测的Pls,主要分布在放线菌中,也在两株革兰氏阴性菌中被发现。一些亲缘性较高菌株的Pls一致性较高。【结论】Pls在放线菌中可能广泛分布。Pls的腺苷化、巯基化和底物缩合结构域有相对较高的序列保守性,而跨膜结构域和Linker区相对不保守。
- 王静谭之磊毕德玺贾士儒欧竑宇
- 关键词：Ε-聚赖氨酸
- 细菌纤维素发酵培养基的优化被引量：42
- 2003年
- 采用Plackett Burman设计法、响应面分析和最速增长途径法 ,对AcetobacterxylinumX 2静态发酵培养基进行了优化。在确定初始浓度远离最优水平后 ,寻求到最优区域。发酵培养基在最优区域时 ,A .xylinumX 2细菌纤维素的产量达到 4.6g/L ,比其初始区域的结果提高
- 欧竑宇贾士儒马霞
- 关键词：细菌纤维素发酵培养基微生物发酵酒精生产
- A Site-Specific Integrative Plasmid Found in Pseudomonas aeruginosa Clinical Isolate HS87 Along with A Plasmid Carrying An Aminoglycoside-Resistant Gene
- 毕德玺欧竑宇
- Bacterial Type Ⅱ toxin-antitoxin locus distribution and classification
- 欧竑宇卫以青毕德玺邓子新
- 利用不同G+C含量细菌基因组评估细菌ncRNA基因预测工具被引量：1
- 2014年
- 【目的】为识别已完成全测序细菌基因组中的ncRNA基因,对3个常用ncRNA预测工具s RNAPredict、PORTRAIT和s RNAscanner进行评估。【方法】选择了细菌ncRNA数据库BSRD收录的含有已知ncRNA基因数目大于30的9个细菌基因组,并按基因组G+C含量进行分类,比较s RNAPredict和PORTRAIT工具的预测准确性。提取不同G+C含量基因组中ncRNA基因转录起始和终止区的序列特征,对s RNAscanner预测结果进行评估。【结果】s RNAPredict对细菌ncRNA基因的预测特异性和阳性检出率均高于PORTRAIT,而敏感性则较差;两种工具预测效果均随基因组G+C含量不同而产生明显变化。在不同G+C含量的细菌基因组中,ncRNA基因启动子和终止子区域的序列特征有明显差异。利用这些序列特征能提高s RNAscanner预测ncRNA基因的平均水平。【结论】3种ncRNA基因工具预测效果随基因组G+C含量变化而不同。不同G+C含量基因组中ncRNA基因的转录起始和终止区特征可作为ncRNA基因预测的重要参数之一。
- 刘林梦温权欧竑宇
- 利用酵母同源重组系统克隆肺炎克雷伯菌基因组岛
- 2009年
- 利用酵母同源重组系统克隆耐药性条件致病菌肺炎克雷伯菌的基因组岛.具体方法为:对20株从临床中分离的肺炎克雷伯菌进行体外tRIP PCR扩增以搜索外源基因组岛;利用酵母同源重组系统构建作用于arg6 tRNA基因位点的酵母捕捉载体YCV6并克隆该位点的基因组岛.结果表明:在该20株肺炎克雷伯菌中,arg6 tRNA基因位点的tRIP PCR结果都是1.2 kb,没有筛选到大基因组岛插入;所构建的酵母捕捉载体YCV6携带了2个1.8 kb的靶序列,分别与肺炎克雷伯菌arg6 tRNA基因位点两侧的保守序列同源;将线性化的载体YCV6与肺炎克雷伯菌临床株HS04044的总DNA一起转入酵母细胞,利用酵母同源重组克隆临床菌株HS04044染色体上插入arg6位点的小基因组岛.该位点特异性的捕捉载体YCV6可用于克隆肺炎克雷伯菌临床株染色体插入arg6位点的外源DNA序列.
- 易梅陈楠张杰贺新义蒋晓飞贾士儒邓子新秦广雍欧竑宇
- 关键词：重组克隆肺炎克雷伯菌
