李德洋
- 作品数：3 被引量：3H指数：1
- 供职机构：第四军医大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 线粒体DNA变异与恶性肿瘤发生及进展关系被引量：2
- 2013年
- 线粒体是细胞进行氧化磷酸化产生ATP的主要场所,在能量代谢、细胞凋亡、氧化应激等生命活动中扮演重要角色。近年来随着研究的不断深入,线粒体DNA(mtDNA)变异在恶性肿瘤发生及进展中的作用机制逐渐引起人们的广泛关注,成为肿瘤基础研究与临床研究领域的新兴热点。研究表明,肿瘤细胞中mtDNA变异包括点突变、缺失、插入以及拷贝数变异,并且这些变异可参与肿瘤细胞的增殖、生长、侵袭和转移。因此,进一步深入理解mtDNA变异的发生规律及作用机制,将为恶性肿瘤诊断、治疗及预后判断提供有意义的参考。
- 王鹏焦健华李德洋黄启超邢金良
- 关键词：线粒体DNA恶性肿瘤活性氧
- 基于新一代测序技术的mtDNA突变检测方法学的建立被引量：1
- 2013年
- 目的:大量研究证实线粒体DNA(mtDNA)突变与肿瘤发生及进展密切相关,但使用传统测序方法难以高通量、高精确度的检测mtDNA突变,为此本研究建立了基于新一代测序技术的mtDNA突变检测方法。方法:提取肝癌患者癌、癌旁组织以及外周血细胞总DNA,利用PCR技术对线粒体基因组进行富集并对PCR产物进行平末端、粘性末端连接或对PCR引物进行氨基修饰,构建mtDNA测序文库。经Illumina HiSeq 2000平台测序后利用生物信息学方法与人类mtDNA参考序列进行比对,并进行测序数据分析。结果:通过对不同质量基因组DNA进行评估后,发现三对引物法适用于大部分DNA样本的mtDNA富集。进一步我们发现PCR引物的氨基修饰可显著提高测序数据覆盖均一性,降低测序成本。结论:本研究利用新一代测序技术通过对线粒体DNA富集方法以及测序覆盖度均一性进行优化,建立了一套灵敏、特异、高通量的mtDNA突变检测策略,为mtDNA突变与疾病研究提供了新方法。
- 李薇薇王晨曲黄启超李德洋尚玉奎邢金良
- 关键词：线粒体DNA突变
- 一种新的线粒体基因组DNA捕获探针的制备及初步应用
- 2016年
- 目的:建立新的线粒体基因组DNA杂交捕获探针制备方法并用进行初步应用。方法:通过PCR技术扩增特异线粒体DNA片段,并与生物素偶联,最后与标记磁珠的亲和素混合获得捕获探针。并自行制备的线粒体基因组DNA文库捕获探针与肝癌全基因组测序文库进行液相杂交。分离捕获产物后PCR扩增并进行测序分析。结果:成功建立了线粒体基因组杂交捕获探针制备方法并成功分离线粒体基因组DNA;对测序数据的分析显示:90%以上测序数据来自线粒体基因组DNA,且覆盖率达到100%,且均一性良好。检测到的同质性变异位点数量和异质性变异位点数量与全基因组测序数据产生的结果接近(P=0.9152,P=0.8409)。结论:新方法制备的线粒体基因组DNA杂交捕获探针可以从全基因组文库中高效捕获线粒体基因组DNA测序文库。
- 翟玉龙李德洋杜小红何显力邢金良
