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张雯: 作品数：20 被引量：64H指数：5; 供职机构：中国疾病预防控制中心传染病预防控制所更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家科技重大专项艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治专项更多>>; 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术农业科学更多>>

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基于16S rDNA数据库的细菌在线分类鉴定平台的构建被引量：4: 2013年; 目的利用且兼并简化现有16S rDNA基础数据库,建立可用于传染病预防控制及感染性疾病的临床诊疗的细菌快速分类的核糖体基因数据库,构建快速鉴定在线分析平台。方法收集整理已有的包括RDP、GenBank、SILVA、HOMD等国际公认、公开的16S rDNA数据库,进行整理、筛选和去冗余,重新构建16S rDNA数据库。利用生物信息学构建自动化分析流程,并利用先进的web 2.0、JAVAEE等技术开发设计数据库系统及网站,构建了自动化的在线细菌分类鉴定平台。结果通过核酸序列比较,将已公布的1 450 265条16S rDNA序列简化为具有代表性的96 138条序列,并构建了序列数据库。结合序列比较、序列聚类等生物信息方法,建立了基于web的快速检索系统(http://ssu.bioinfo-icdc.org)。结论通过构建基于16S rDNA序列的细菌分类鉴定在线分析平台,具有快速、简单、明确的特征,能够对病原菌进行快速、准确的分类学鉴定,有效提高传染病预防控制和感染性疾病临床诊疗中的病原菌鉴定和疫情溯源的速度,为及时实施有效治疗和控制措施赢得时间。; 陈晨彭珂王海印杜鹏程张雯张媛媛于伟文; 关键词：RDNA 数据库

微生物在线生物信息分析系统的开发及应用被引量：3: 2012年; 目的基于浏览器/服务器模式构建微生物在线生物信息分析系统,应用于传染病预防控制工作。方法将目前在传染病病原微生物研究和传染病分子诊断、溯源中常用的基于客户端/服务器模式的一些开源的或免费提供使用的分析软件,采用远程桌面、分布式处理等"云计算"技术方案,构建成不需要在本地安装,以浏览器/服务器模式直接通过浏览器以点鼠标的方式使用的微生物在线生物信息分析系统。结果构建了包含引物设计、序列比对和进化树构建、数据统计、图形展示四类共15种常用生物信息分析功能的微生物在线生物信息分析系统,实现了通过浏览器进行病原微生物序列数据在线分析及疫情溯源。结论通过构建基于浏览器/服务器模式的微生物在线生物信息分析系统,可为疾病预防控制工作者提供方便快捷的生物信息分析服务,加快病原微生物序列数据的深度挖掘和疫情溯源,提高应对突发疫情的反应速度。; 于伟文杜鹏程陈超陈晨吴一雷张雯; 关键词：传染病预防控制

微生物组测序与分析专家共识被引量：5: 2020年; 在过去的十几年,微生物组相关研究和应用持续升温。微生物组逐渐成为生命科学、环境科学和医学等领域的研究焦点。与此同时,全球多个国家和组织也都积极发起各自的微生物组计划,进行多方面的布局,力争在这一具有广阔前景的领域获得战略地位。此外,无论是科研还是产业应用已经迎来了研究高潮和投融资热潮,微生物组相关产品和服务也不断出现。然而,行业在快速发展的同时,也存在一些不足。由于微生物组测序和分析相关技术和方法发展迅速,各国研究和应用尚未在技术、方案和数据等标准上达成统一,国内行业参与者对微生物组也存在认识不足,对微生物组相关新方法、新技术、新理论等还未能充分掌握和使用。除此之外,已有的一些标准和指南,内容过于简单,实操性也不足,这不仅给科研数据的整合造成了困难和资源浪费,还给相关企业进行不良竞争、以次充好提供了机会。更重要的是,我国尚缺乏微生物组相关的国家标准,国家微生物组计划仍处于筹备过程。在此背景下,中国生物工程学会、中国科学院微生物研究所于2019年6月至2020年3月,共同设立了“微生物组测序与分析专家共识”专项研究课题。中国生物工程学会组织了微生物组相关领域的27位专家以及来自行业内的30多位专业人员,通过分成4个项目小组、召开4轮研讨会后,最终形成了涵盖从微生物采集与保存、DNA提取与建库、高通量基因测序和数据分析以及质控标准品等全流程的“微生物组测序与分析专家共识”。本专家共识具有较强可参考性和可操作性,不仅能指导国内科研和产业机构规范进行微生物组相关产、学、研,还能为国家相关职能部门提供可参考的技术依据,保障规模型和规范化的企业利益,加强行业自律,避免不规范的企业扰乱市场,最终促进微生物组相关产业的良; 段云峰王升跃陈禹保杨瑞馥李后开朱怀球童贻刚杜文斌付钰胡松年王军辛玉华赵方庆鲍一明张雯李娟曾明牛海涛周欣李岩崔生辉袁静李俊桦王加义刘东来倪铭孙青邓晔朱宝利

一种新的定量16S rRNA基因扩增子测序方法被引量：4: 2020年; 近年来,16S扩增子测序技术被广泛应用于肠道微生物菌群结构和多样性研究,同时也常被用于临床样本中未知病原菌的检测。然而其对样本中物种组成的分辨率只能到属水平的相对丰度,且实验过程中多种因素皆可对结果产生一定影响,如样本起始浓度、PCR循环数、扩增引物等。为解决以上问题,本研究采用随机标签和内参法相结合的方法,开发了一套定量16S扩增子测序方法,将常规的16S rRNA编码基因测序结果中的相对丰度转化为绝对定量的拷贝数,有效提高了肠道菌群结构检测的精准性,降低了实验操作对结果的影响,也提高了测序与其他分子生物学方法间的可比性,有利于未来技术的进一步研发和改进。; 韩娜彭贤慧彭贤慧强裕俊张婷婷张雯; 关键词：RRNA 扩增子内参

老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离株多位点可变数目串联重复序列基因分型特征分析被引量：5: 2016年; 目的探讨老年住院患者肺炎克雷伯菌分离株多位点可变数目串联重复序列分析的基因分型特点。方法收集解放军总医院南楼临床部老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离菌株184株,提取基因组DNA,采用多重PCR和毛细管电泳对7个位点进行分析,利用Bio Numerics 5.1软件进行聚类分析。结果 184株肺炎克雷伯菌临床分离株共产生139种基因型,呈现明显的基因多态性;聚类分析结果显示,全部菌株可分为3个基因群,其中Ⅰ群包含93.06%的菌株。结论本医疗中心老年住院患者的肺炎克雷伯菌临床分离株具有明显的优势菌群,其感染来源仍以院内感染为主。; 张媛媛徐雅萍杜鹏程强裕俊张雯陈晨于季红郭军; 关键词：老年住院患者肺炎克雷伯菌

肠杆菌科菌株基因组水平上的遗传差异(ANI)及其在菌种鉴定上的应用: 2013年; 本研究探讨了高通量测序方法在肠杆菌科菌种鉴定中直接应用的可能性,第一次提出并验证了基因组平均遗传相似度(ANI)指标在肠杆菌科鉴定中的有效性,为该技术的进一步发展提供了数据积累。; 张雯杜鹏程王海印于伟文张媛媛陈晨; 关键词：肠杆菌基因组菌种鉴定

卡介苗各亚株间Rv1985c和Rv1986基因缺失的研究被引量：2: 2013年; 目的明确卡介苗群体内在Rv1985c和Rv1986两个位点上的遗传差异。方法基于结核分枝杆菌设计引物,针对21株卡介苗标准株和临床株进行Rv1985c和Rv1986两个位点的PCR鉴定,鉴定基因的缺失情况。结果 21株卡介苗中10株缺失Rv1985c基因,11株缺失Rv1986基因。结论卡介苗中部分菌株中两个基因位点的缺失,为今后的疫苗改造提供了备选位点,同时本研究中所建立的PCR方法也可以在临床上用于部分卡介苗菌株与结核分枝杆菌的快速鉴别。; 张雯张媛媛陈晨; 关键词：结核卡介苗

病原菌基因组岛的预测及相关基因的功能研究: 2013年; 目的通过对病原菌基因组进行预测和对相关基因功能进行研究,探讨病原菌基因组岛对其基因组结构及功能的影响。方法通过生物信息学方法,根据GC含量异常预测基因组岛,对相关基因进行COG功能注释,对基因组岛的分布特点和相关基因功能进行分析。结果在276株病原菌基因组上预测得到了2945个基因组岛,相关基因9219个,以"细胞壁、细胞膜、包膜的生成"、"复制、重组和修复"、"预测的功能蛋白"及"转录"功能最多。结论病原菌基因组岛与水平基因转移密切相关,是病原菌获得新功能特性的重要来源,通过对基因组岛及其相关基因的功能特点进行深入研究,能够极大推动细菌致病性、耐药性的机制研究,对疾病的治疗和预防控制具有重要意义。; 陈晨杜鹏程王海印张雯张媛媛; 关键词：病原菌

基于454高通量测序平台血液、呼吸道、消化道临床样本的快速检测被引量：3: 2016年; 目的探讨454高通量测序平台应用于临床样本快速检测的可能性。方法应用454高通量测序平台测定血液、呼吸道和消化道临床样本中微生物菌群的16S r DNA基因的V3-V4高变异区段序列,采用BLAST方法与RDP数据库进行比对,基于比对结果,获得不同种属的病原菌的所匹配的read数。结果 8份临床模拟样本中,7份检测出目标菌属,检出率为87.5%。在血液、肺泡灌洗液和咽拭子这类正常状态下的无菌体液,检测结果较为明确,检出的细菌较为集中,显示了检测结果的可靠性。而对本身含有较多种类细菌的粪便样本,其目标菌比例明显降低。结论实现了80 h内得到血液、呼吸道和消化道临床样本中含有病原菌情况的检测报告,并探讨了高通量测序技术在今后临床实际应用时进一步提高检测速度和灵敏度的方法。; 韩娜强裕俊张婷婷苗娇娇张雯; 关键词：病原菌

传染病控制中基因组大数据管理的初步构建被引量：1: 2018年; 目的探讨基因组大数据管理架构,提升传染病控制中基因组大数据管理水平。方法收集和参考传染病控制领域基因组大数据的重要科技文献以及政策性资料,采用Delphi法咨询相关专家总结归纳管理要素,建设信息化的管理平台。结果初步构建数据管理方案、试剂耗材及相关服务采购管理信息平台和微生物基因组数据库等协同管理体系,采购管理平台由管理部门、业务部门和测序服务公司组成,并与基因组数据库关联,进行数据的审核、验收和分析,做到数据及时更新和共享,比传统的审核流程快8~9 d。制定平台的基本框架和功能分区,改变其粗放式管理传统做法,提高了科研工作效率。结论基因组大数据管理体系有利于加强平台管理的信息化、规范化及专业化建设,为课题的结题和审计提供统计数据,提升服务保障功能。; 阳波王海涛张婷婷张雯曹立娜李文平罗成旺; 关键词：传染病基因组大数据

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