王玉民
- 作品数：55 被引量：175H指数：8
- 供职机构：军事医学科学院生物工程研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技重大专项国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学军事文化科学更多>>
- RNA-Seq本地分析平台的构建被引量：2
- 2015年
- 目的:构建一个本地化的RNA-Seq数据处理分析平台,为RNA-Seq研究人员提供数据分析平台。方法:在调研现有的RNA-Seq数据分析研究成果的基础上,构建一套本地化的RNA-Seq分析平台,平台首先将测序数据中的低质量数据进行过滤,然后使用Top Hat将过滤后的数据与参考基因组数据进行比对,利用比对结果进行可变剪切分析、基因差异表达分析等,最后通过R语言工具包对分析结果进行可视化绘图。结果:通过对2组小鼠的RNA-Seq测序数据进行分析,构建的分析平台能够较好地过滤低质量测序数据,并且分析出2组数据间的差异表达基因,同时还可以图形化表示这些差异表达基因。结论:分析平台能够实现对RNA-Seq测序数据的质量控制、差异表达分析及分析结果的可视化。
- 李江域陈胜王小磊赵东升王玉民
- 关键词：RNA-SEQ高通量测序生物信息学
- 小鼠精囊自身抗原的原核表达和纯化
- 2009年
- 目的:在原核细胞中表达小鼠精囊自身抗原(SVA),并对表达产物进行鉴定和纯化。方法:提取小鼠附睾组织总RNA,RT-PCR获得SVA的cDNA,设计并合成特异引物序列,进一步扩增出不含信号肽的SVA编码序列,连入原核表达载体pET28a中,经酶切和测序鉴定正确的重组质粒转化大肠杆菌Rosetta(DE3)感受态细胞,IPTG诱导表达,Western印迹分析表达产物His-SVA,采用Ni-NTA纯化融合蛋白His-SVA。结果:原核表达获得融合6个组氨酸的SVA,用抗His单克隆抗体进行Western印迹鉴定,检测到相对分子质量约18×103的目的蛋白,与理论值一致;经Ni-NTA纯化获得较高纯度的His-SVA融合蛋白。结论:获得了在大肠杆菌中表达的小鼠附睾蛋白SVA,为后续研究其对小鼠生殖的影响奠定了基础。
- 田利源李秀丽汪莉王玉民
- 关键词：精子获能原核表达纯化
- SARS冠状病毒N蛋白和CYP4F3的相互作用被引量：1
- 2007年
- 目的:研究SARS冠状病毒(SARS-CoV)N蛋白与CYP4F3的相互作用。方法:应用免疫共沉淀、GST-pulldown、BIACORE实验验证SARS-CoVN蛋白与CYP4F3的相互作用。结果:SARS-CoVN蛋白与CYP4F3能够相互作用,BIA-CORE实验证实CYP4F3与SARS-CoVN蛋白的亲和常数为KD=4.3×10-11。结论:SARS-CoVN蛋白与CYP4F3在细胞内、外均能形成复合物,这为进一步探讨SARS-CoVN蛋白在SARS致病机理中的作用奠定了基础。
- 陈亮许龙曹诚王玉民
- 关键词：SARS冠状病毒N蛋白相互作用
- 移动式生物安全实验室
- 本发明公开了一种安全、可靠、机动、灵活的符合我国生物安全标准的移动式生物安全实验室。本发明由主实验舱和人员净化与技术保障舱通过气密型软联接通道组合而成，通过两舱的转接板实现水管道、气管路和电缆线、信号线的连接。本发明严格...
- 王玉民王政钱军徐新喜祁建城赵四清刘志国赵明李艳菊刘亚军李晗于公义顾爱明夏晴宇
- 文献传递
- 致病菌Ⅲ型分泌系统分子伴侣序列保守性分析及新伴侣的预测被引量：4
- 2005年
- 很多革兰氏阴性致病菌使用Ⅲ型分泌系统(typeⅢsecretionsystem,TTSS)将毒力因子直接注射到宿主细胞质中,其中某些效应蛋白(即毒素)需要专一的Ⅲ型分泌系统分子伴侣才能有效分泌。尽管2000年Cheng等提出这些分子伴侣中应该存在保守的氨基酸序列或保守的分泌信号,但是以往的研究并没有发现保守的氨基酸序列或分泌信号。文章作者通过生物信息学模体搜索对45个Ⅲ型分泌系统分子伴侣的氨基酸序列进行分析,找出5个与Ⅲ型分泌系统分子伴侣功能有关的保守模体和模体组合。其中一个为已知的,一个比已知的34氨基酸多肽重复(tetratricopeptiderepeat,TPR)模体更具有Ⅲ型分泌系统分子伴侣SycD家族特征,其他3个为新的模体。每个Ⅲ型分泌系统分子伴侣家族包含一个或多个模体,这揭示了同类分子伴侣序列中确实存在保守的位点,暗示着同类分子伴侣可能存在相同的空间结构和功能,进一步支持了Birtanlan有关相同的空间结构具有普遍TTSS三维分泌信号的假说,并基于此分析和同源分析预测出27个新的可能的Ⅲ型分泌系统分子伴侣。
- 汪莉王玉民汪琼郭志云梁龙黄培堂
- 关键词：分子伴侣毒力因子
- 生物安全实验室污水处理系统
- 本发明公开了一种在较小空间内实现供水、用水、污水收集、污水处理、排水的生物安全实验室污水处理系统。本发明包括淋浴间和水处理间，所述淋浴间设置洗手池、洗手池污水收集桶、淋浴器、淋浴污水收集箱；所述水处理间包括污水处理罐、真...
- 王玉民王政赵四清刘亚军钱军刘志国祁建城于公义顾爱明夏晴宇
- 文献传递
- 基于RNA-Seq数据识别果蝇剪接位点和可变剪接事件被引量：5
- 2011年
- 完整基因结构的预测是当前生命科学研究的一个重要基础课题,其中一个关键环节是剪接位点和各种可变剪接事件的精确识别.基于转录组测序(RNA-seq)数据,识别剪接位点和可变剪接事件是近几年随着新一代测序技术发展起来的新技术策略和方法.本工作基于黑腹果蝇睾丸RNA-seq数据,使用TopHat软件成功识别出39718个果蝇剪接位点,其中有10584个新剪接位点.同时,基于剪接位点的不同组合,针对各类型可变剪接特征开发出计算识别算法,成功识别了8477个可变剪接事件(其中新识别的可变剪接事件3922个),包括可变供体位点、可变受体位点、内含子保留和外显子缺失4种类型.RT-PCR实验验证了2个果蝇基因上新识别的可变剪接事件,发现了全新的剪接异构体.进一步表明,RNA-seq数据可有效应用于识别剪接位点和可变剪接事件,为深入揭示剪接机制及可变剪接生物学功能提供新思路和新手段.
- 何涛王端青胡亚欧张颖邵卫东汪莉王玉民
- 关键词：剪接位点可变剪接黑腹果蝇RNA-SEQ
- 基于转录组测序数据识别黑猩猩RNA编辑位点
- 2012年
- 使用转录组测序(RNA-Seq)数据识别黑猩猩RNA编辑位点,探索了RNA编辑的识别机制以及潜在的功能影响.基于黑猩猩RNA-Seq数据与基因组序列的比对信息发现RNA-DNA错配位点,并构建编辑位点候选集.从中滤除基因组或转录组测序质量低的位点,其他的过滤条件包括3′端测不准、覆盖度、SNP位点以及估算的编辑水平.构建二项分布统计模型和Bonferroni多重检验滤除候选集中的随机错误,得到RNA编辑位点.选取落在已知基因上的编辑位点进行功能分析,并用Two Sample Logo软件分析编辑位点上下游序列的特征.识别出黑猩猩12种碱基替换型RNA编辑位点8 334个,其中有41个编辑位点改变原有的氨基酸,另有3个编辑位点落在microRNA(miRNA)潜在靶基因的种子结合区.统计学分析表明,分别有640和872个RNA编辑位点存在组织和性别差异.上下游碱基频率分析表明,多种类型的编辑位点紧邻碱基具有显著偏好.结果显示,RNA编辑在黑猩猩体内大量存在,且潜在具有重要的生物学功能,为进一步深入研究灵长类RNA编辑的机制奠定了基础.
- 王端青何涛汪莉王玉民邵卫东
- 关键词：黑猩猩RNA编辑转录组测序
- 小鼠β-防御素30的原核表达和纯化
- 2010年
- 目的:在原核细胞中表达小鼠β-防御素30(DEFB30),并对表达产物进行鉴定和纯化。方法:用RT-PCR方法扩增小鼠Defb30的cDNA序列,将2个拷贝的cDNA序列串联连入原核表达载体pET28(a),构建重组表达载体pET28(a)-Defb30,并将重组表达载体转化至大肠杆菌Rosetta(DE3),IPTG诱导表达,以Western印迹分析表达产物His-DEFB30,用Ni-NTA亲和柱纯化融合蛋白。结果:构建了Defb30基因的原核表达载体,经IPTG诱导,相对分子质量约15×103的融合蛋白获得表达,Western印迹分析证实此蛋白即为目的蛋白,经Ni-NTA柱亲和纯化,获得了高纯度的融合蛋白His-DEFB30。结论:获得了在大肠杆菌中表达的DEFB30,为研究该蛋白的免疫避孕效果、抗菌活性奠定了基础。
- 田利源胡亚欧李秀丽汪莉王玉民
- 关键词：抗菌肽原核表达免疫避孕
- XerCD/dif位点特异性重组研究进展
- 大约10-15％的大肠杆菌在染色体复制过程中会形成染色体二聚体。大肠杆菌染色体编码的酪氨酸整合酶XerC和XerD作用于染色体复制终点区28bp的染色体dif序列，以同源重组的方式将染色体二聚体解离为单体。编码霍乱毒素的...
- 田德桥郑涛王玉民
- 关键词：大肠杆菌基因整合
