汪莉
- 作品数：26 被引量：103H指数：5
- 供职机构：军事医学科学院生物工程研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技重大专项国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- miR-769-3p对甲型H1N1流感病毒核蛋白表达的调控被引量：4
- 2013年
- 目的:预测靶向甲型流感病毒核蛋白(NP)基因的微小RNA(miRNA),并检测其对NP表达的影响。方法:从miRBase数据库中获取人成熟miRNA序列,利用miRanda软件预测潜在靶向流感病毒A/FM/1/47(H1N1)NP基因的人miRNA;通过双萤光素酶报告基因系统及Western印迹验证所预测的miRNA对NP表达的影响。结果:用miRanda软件在流感病毒A/FM/1/47(H1N1)NP基因上预测得到分值及最小结合自由能均较好的miR-769-3p;双萤光素酶报告基因结果显示miR-769-3p能显著降低报告基因载体萤光素酶的表达;Western印迹结果显示miR-769-3p能明显抑制NP的表达,但突变NP基因上的miR-769-3p结合位点后,miR-769-3p不能抑制NP的表达。结论:miR-769-3p可靶向流感病毒A/FM/1/47(H1N1)NP基因并抑制NP的表达,为抗甲型流感病毒的miRNA药物研发提供了依据和潜在药物靶标。
- 郭振东侯小强何涛张维娜高玉伟汪莉王玉民
- 关键词：甲型流感病毒核蛋白微小RNA靶向
- 乙醇合成途径的计算机重构
- 2011年
- 目的:用计算机重构乙醇合成途径,为合成生物燃料乙醇提供理论依据。方法:利用KEGG反应、化合物数据提取反应等式,过滤掉42个通用代谢物参与的反应,然后利用剩下的反应构建反应矩阵;利用广度优先搜索算法在反应矩阵中搜索生成乙醇的代谢途径。结果:计算机重构了23 108条乙醇合成途径,以大肠杆菌作为产乙醇基因工程菌为例,通过限制改构菌整合的关键酶数目,分别得到了78条以酒精O-乙酰基转移酶为关键酶的乙醇合成通路和89条以丙酮酸脱羧酶和乙醇脱氢酶为关键酶的乙醇合成通路,并构建了相应的乙醇合成网络图,标注每个反应的酶及编码该酶的基因。结论:通过计算机方法重构了多种乙醇合成途径,可以为利用微生物工业化生产乙醇提供理论依据。
- 王东何涛汪莉王玉民邵卫东
- 关键词：乙醇基因工程菌合成生物学广度优先搜索算法
- 小鼠精囊自身抗原的原核表达和纯化
- 2009年
- 目的:在原核细胞中表达小鼠精囊自身抗原(SVA),并对表达产物进行鉴定和纯化。方法:提取小鼠附睾组织总RNA,RT-PCR获得SVA的cDNA,设计并合成特异引物序列,进一步扩增出不含信号肽的SVA编码序列,连入原核表达载体pET28a中,经酶切和测序鉴定正确的重组质粒转化大肠杆菌Rosetta(DE3)感受态细胞,IPTG诱导表达,Western印迹分析表达产物His-SVA,采用Ni-NTA纯化融合蛋白His-SVA。结果:原核表达获得融合6个组氨酸的SVA,用抗His单克隆抗体进行Western印迹鉴定,检测到相对分子质量约18×103的目的蛋白,与理论值一致;经Ni-NTA纯化获得较高纯度的His-SVA融合蛋白。结论:获得了在大肠杆菌中表达的小鼠附睾蛋白SVA,为后续研究其对小鼠生殖的影响奠定了基础。
- 田利源李秀丽汪莉王玉民
- 关键词：精子获能原核表达纯化
- 人源化免疫毒素的研究进展被引量：5
- 2009年
- 免疫毒素是通过化学连接或基因融合的方法将细胞选择性配体与毒素分子相连组成的嵌合体蛋白,它能够靶向肿瘤细胞高表达的肿瘤相关抗原、膜受体和糖蛋白。尽管以细菌毒素或植物毒素为基础的免疫毒素显示出良好的应用前景,但细菌毒素和植物毒素的免疫原性和非特异的细胞毒性等因素,阻碍了它们在临床上的应用。针对这些问题,以人源蛋白如促凋亡蛋白与RNA酶为毒素部分的新一代免疫毒素被研发出来,本文对此类人源化免疫毒素的体内外实验研究进展进行综述。
- 卢丽琨田利源汪莉
- 关键词：免疫毒素促凋亡蛋白核糖核酸酶靶向治疗
- 基于RNA-Seq数据识别果蝇剪接位点和可变剪接事件被引量：5
- 2011年
- 完整基因结构的预测是当前生命科学研究的一个重要基础课题,其中一个关键环节是剪接位点和各种可变剪接事件的精确识别.基于转录组测序(RNA-seq)数据,识别剪接位点和可变剪接事件是近几年随着新一代测序技术发展起来的新技术策略和方法.本工作基于黑腹果蝇睾丸RNA-seq数据,使用TopHat软件成功识别出39718个果蝇剪接位点,其中有10584个新剪接位点.同时,基于剪接位点的不同组合,针对各类型可变剪接特征开发出计算识别算法,成功识别了8477个可变剪接事件(其中新识别的可变剪接事件3922个),包括可变供体位点、可变受体位点、内含子保留和外显子缺失4种类型.RT-PCR实验验证了2个果蝇基因上新识别的可变剪接事件,发现了全新的剪接异构体.进一步表明,RNA-seq数据可有效应用于识别剪接位点和可变剪接事件,为深入揭示剪接机制及可变剪接生物学功能提供新思路和新手段.
- 何涛王端青胡亚欧张颖邵卫东汪莉王玉民
- 关键词：剪接位点可变剪接黑腹果蝇RNA-SEQ
- 基于转录组测序数据识别黑猩猩RNA编辑位点
- 2012年
- 使用转录组测序(RNA-Seq)数据识别黑猩猩RNA编辑位点,探索了RNA编辑的识别机制以及潜在的功能影响.基于黑猩猩RNA-Seq数据与基因组序列的比对信息发现RNA-DNA错配位点,并构建编辑位点候选集.从中滤除基因组或转录组测序质量低的位点,其他的过滤条件包括3′端测不准、覆盖度、SNP位点以及估算的编辑水平.构建二项分布统计模型和Bonferroni多重检验滤除候选集中的随机错误,得到RNA编辑位点.选取落在已知基因上的编辑位点进行功能分析,并用Two Sample Logo软件分析编辑位点上下游序列的特征.识别出黑猩猩12种碱基替换型RNA编辑位点8 334个,其中有41个编辑位点改变原有的氨基酸,另有3个编辑位点落在microRNA(miRNA)潜在靶基因的种子结合区.统计学分析表明,分别有640和872个RNA编辑位点存在组织和性别差异.上下游碱基频率分析表明,多种类型的编辑位点紧邻碱基具有显著偏好.结果显示,RNA编辑在黑猩猩体内大量存在,且潜在具有重要的生物学功能,为进一步深入研究灵长类RNA编辑的机制奠定了基础.
- 王端青何涛汪莉王玉民邵卫东
- 关键词：黑猩猩RNA编辑转录组测序
- 小鼠β-防御素30的原核表达和纯化
- 2010年
- 目的:在原核细胞中表达小鼠β-防御素30(DEFB30),并对表达产物进行鉴定和纯化。方法:用RT-PCR方法扩增小鼠Defb30的cDNA序列,将2个拷贝的cDNA序列串联连入原核表达载体pET28(a),构建重组表达载体pET28(a)-Defb30,并将重组表达载体转化至大肠杆菌Rosetta(DE3),IPTG诱导表达,以Western印迹分析表达产物His-DEFB30,用Ni-NTA亲和柱纯化融合蛋白。结果:构建了Defb30基因的原核表达载体,经IPTG诱导,相对分子质量约15×103的融合蛋白获得表达,Western印迹分析证实此蛋白即为目的蛋白,经Ni-NTA柱亲和纯化,获得了高纯度的融合蛋白His-DEFB30。结论:获得了在大肠杆菌中表达的DEFB30,为研究该蛋白的免疫避孕效果、抗菌活性奠定了基础。
- 田利源胡亚欧李秀丽汪莉王玉民
- 关键词：抗菌肽原核表达免疫避孕
- 人A-to-I RNA编辑事件对外显子剪接增强子潜在影响的生物信息学分析被引量：1
- 2010年
- 目的:研究人A-to-I RNA编辑事件对外显子剪接增强子(ESE)的潜在影响。方法:搜集文献报道的人A-to-I RNA编辑位点,并筛选包含有A-to-I RNA编辑位点的ESE,分析人A-to-I RNA编辑前后单碱基变化对ESE的潜在影响。结果:3640个A-to-I RNA编辑位点可能使其所在的ESE功能发生潜在改变;A-to-I RNA编辑事件对不同类型ESE的潜在影响不同。结论:A-to-I RNA编辑事件可能潜在影响ESE的功能,对ESE的潜在影响为量的调节,而非质的改变。
- 艾鼎伦何涛何涛涛汪莉王玉民
- 关键词：生物信息学
- 果蝇非经典剪接位点的生物信息学预测
- 2010年
- 目的:计算识别果蝇中新的非经典剪接位点,以探索未知的剪接机制。方法:基于黑腹果蝇表达序列标签(EST)与其基因组序列比对数据重构基因结构,从中发现非经典的剪接位点,并采用Weblogo软件分析非经典剪接位点上下游序列,以期发现剪接相关的特异性元件。结果:共得到265个非经典的剪接位点,这些剪接位点落在195个蛋白编码基因上。结论:应用生物信息学方法在果蝇中发现了上百个非经典剪接位点,为研究非经典剪接机制奠定了基础。
- 冯桂海何涛汪莉王玉民
- 关键词：黑腹果蝇剪接机制
- SARS病毒S蛋白三维结构预测被引量：6
- 2003年
- 蛋白质结构类型识别方法可以在没有序列同源性的蛋白质之间检测有没有结构相似性。利用蛋白质结构类型识别方法预测了SARS病毒S蛋白N端区域的结构。模建的SARS病毒S蛋白N端区域是一个全折叠的结构。
- 岳俊杰汪莉王月兰李北平梁龙俞炜源黄培堂
- 关键词：SARS病毒S蛋白
