薛倩
- 作品数：13 被引量：61H指数：5
- 供职机构：扬州大学动物科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家肉鸡产业技术体系建设专项国家自然科学基金江苏省高校自然科学研究项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 京海黄鸡卵巢转录组研究:基因结构分析与新基因发掘注释被引量：12
- 2016年
- 本试验通过对京海黄鸡卵巢组织进行转录组分析,旨在为完善京海黄鸡部分基因结构和发掘新基因提供参考。选取高、低产京海黄鸡各4只,利用转录组测序(RNA-Seq)技术对其卵巢转录组进行测序,然后对得到的测序数据进行生物信息学分析。测序数据经过质量控制后,8个样品共得到484 992 074条有效数据(Clean Reads),总计61.09Gb。筛选出1 445 264个京海黄鸡品种内SNP位点,其中位于基因区的SNP位点916 108个,位于基因间区的SNP位点552 168个。8个样品中平均新预测的可变剪接12 883个,并对7 481个基因结构进行了优化。与所选的参考基因组序列对比分析,共发掘4 431个新基因,通过与各数据库进行序列对比,1 809个新基因得到功能注释。本研究通过转录组测序技术检测了京海黄鸡卵巢组织的基因结构,为进一步完善京海黄鸡的基因结构信息及发掘潜在的新基因提供分子水平的依据。
- 韩昆鹏段炼李婷婷王金玉张涛李国辉张跟喜薛倩
- 关键词：转录组测序京海黄鸡基因结构SNP新基因
- 肌细胞生成素基因多态性对京海黄鸡繁殖性状的遗传效应研究被引量：1
- 2014年
- 本研究旨在探讨肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因多态性与鸡繁殖性状间的相关性。以378只京海黄鸡为研究对象,采用PCR-SSCP技术研究MyoG基因外显子的多态性。运用最小二乘法分析这些突变位点形成的基因型与京海黄鸡繁殖性状间的相关性。结果表明,MyoG基因外显子1上存在1个G102A突变,外显子3上存在1个T36C突变,分别形成基因型AA、AB、BB和CC、CD、DD。关联分析结果显示,基因型AA、AB和BB在京海黄鸡繁殖性状上无显著差异(P>0.05);基因型CC和DD在京海黄鸡开产体重上存在显著差异(P<0.05),在其余性状上各基因型差异均不显著(P>0.05)。因此,推测MyoG基因对京海黄鸡的繁殖性状无显著影响,为探索鸡育种过程中的标记辅助选择提供参考资料。
- 唐莹王金玉张跟喜葛莹薛倩王亚男王永娟
- 关键词：肌细胞生成素基因多态性京海黄鸡繁殖性状
- 京海黄鸡体重性状全基因组关联分析被引量：5
- 2015年
- 体重性状是肉鸡重要的经济性状。为了寻找可用于京海黄鸡体重性状遗传改良的分子标记及候选基因，本文以400只京海黄鸡核心群母鸡为基础，测定了0～14周龄体重，利用简化基因组测序技术（Specific—locusamplifiedfragmentsequencing，SLAF—seq）对京海黄鸡体重性状进行全基因组关联研究（Genome—wideassociationstndy，GWAS），筛选与京海黄鸡体重性状相关的SNPs位点。结果共检测到100个与京海黄鸡体重相关的SNPs位点，其中15个位点效应达到全基因组显著水平（P〈1．87E-06），85个位点效应达到全基因组潜在显著水平（P〈3．73E-05）。通过筛选每个显著SNP周围1Mb区域内的基因，共找到9个可能的候选基因，其中FAMl24A（Familywithsequencesimilarity124A）、QDPR（Quinoiddihydropteridinereductase）、WDRI（WDrepeatdomain1）和SLC2A9（Solutecarrierfamily2（facilitatedglucosetransporter），member9）4个基因可能是影响体重性状的重要候选基因。同时还发现，4号染色体75．6～80．7Mb区域集中了大部分与京海黄鸡中后期体重性状显著相关的SNPs位点，该区域可能是影响京海黄鸡中后期生长体重的重要候选区域。
- 张涛王文浩张跟喜王金玉薛倩顾玉萍
- 关键词：京海黄鸡全基因组关联分析体重性状
- MyoG与Myf5基因与京海黄鸡生长性状的相关分析被引量：5
- 2015年
- 以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP方法检测MyoG和Myf5基因的单核苷酸多态性(SNPs),并分析基因型间的互作以及基因型对生长性状的遗传效应。结果表明,MyoG基因外显子3上存在一个T36C突变,形成了AA、AB和BB 3种基因型;Myf5基因外显子1上存在一个A1313G突变,形成了CC、CD和DD 3种基因型。对生长性状的最小二乘分析结果显示,BB型个体的2~16周龄均显著或极显著的高于AA型个体(P<0.05或P<0.01)。CD型个体仅在初生体质量上显著优于CC型个体。基因互作分析结果显示,互作效应对6、8周龄体质量的影响达到了极显著水平(P<0.01)。本试验为京海黄鸡生长性状的标记辅助选择提供了参考依据。
- 唐莹张跟喜樊庆灿王金玉张涛魏岳薛倩王文浩王永娟
- 关键词：京海黄鸡MYOG基因基因互作生长性状
- 10个SNPs与京海黄鸡生长性状的关联性分析
- 2015年
- 为了筛选影响京海黄鸡生长性状的SNP标记，寻找影响生长性状的关键基因，本研究利用定制的SNP芯片，对396只京海黄鸡10个SNPs住点直接进行SNP分型，并与京海黄鸡12个生长性状进行关联分析。结果显示，10个SNPs中，共检测到9个SNPs与京海黄鸡1个或多个生长性状显著相关（P〈0．05），这其中有6个SNPs与2个以上的生长性状显著相关（P〈0．05），另外3个SNPs（rs431883888，rs16432721和rs16434767）分别与8周龄体质量（BW8）、0-4周龄平均日增重以及2周龄体质量（BW2）显著相关（P〈0．05）。此外，rs15618356，rs15618356和rs15620544与很长一段时期内（2-16周龄）的生长性状相关（P〈0．05）。rs431883888，rs16438236，rs16432721和rs16434767对京海黄鸡早期生长性状（2-8周龄体质量）有显著影响（P〈0．05），而rs14489341和rs13939265与京海黄鸡后期生长性状（8-16周龄体质量）显著相关（P〈0.05）。遗传学参数表明需要进一步对京海黄鸡进行选育来增加有利基因型的频率。在显著SNPs位点附近共找到8个可能的候选基因，大部分基因在鸡尚属首次报道，其功能尚需进一步研究。本研究验证了之前鸡生长性状的GwAS结果，为京海黄鸡乃至地方鸡种的分子标记辅助选择奠定了基础。
- 张涛樊庆灿张向前张跟喜王金玉唐莹薛倩王永娟
- 关键词：京海黄鸡生长性状
- 边鸡MyoG基因与生长和屠体性状的关联分析被引量：5
- 2014年
- 本实验将肌细胞生成素(MyoG)基因作为研究边鸡生长和屠体性状的候选基因,采用PCR-SSCP技术对边鸡的MyoG基因进行SNPs检测,并利用荧光定量PCR技术探讨MyoG基因的多态性与边鸡生长和屠体性状之间的关系。结果表明:在MyoG基因上发现2处同义突变,MyoG基因多态位点对边鸡生长和屠体性状有显著或极显著影响(P<0.05或P<0.01);MyoG基因在胸肌中的表达量极显著高于腿肌中的表达量(P<0.01)。由此推测,边鸡MyoG基因的多态性对其生长和屠体性状有一定影响,对肌纤维的生长发育存在调控机制,但是否可以作为影响边鸡生产性状的遗传标记需进一步研究。
- 魏岳张跟喜王金玉张涛唐莹樊庆灿薛倩王亚男丁馥香张丽
- 关键词：MYOG基因SNPS生长性状屠体性状实时荧光定量PCR边鸡
- 京海黄鸡甲状腺激素应答蛋白Spot14α基因外显子1多态性与屠体和腹脂性状的相关性分析被引量：1
- 2014年
- 本研究旨在寻找甲状腺激素应答蛋白Spot14α(thyroid hormone responsive Spot14α,THRSPα)基因的多态位点,并分析其对京海黄鸡屠体和腹脂性状产生的影响。针对THRSPα基因外显子区,利用PCR-SSCP结合测序技术对379只140日龄京海黄鸡进行SNP检测,结果发现,该基因第1外显子区存在9bp插入缺失多态位点,形成3种基因型:AA、AB和BB,2种等位基因:A、B,基因频率分别为0.4485、0.5515。相关分析结果表明,该位点对京海黄鸡140日龄活重、屠体性状(包括屠体重、头重、脚重、翅重、胸肌重、腿肌重、全净膛重、半净膛重)和腹脂性状均没有显著影响(P>0.05)。因此推断该多态位点在京海黄鸡分子辅助标记育种中不能作为屠体和腹脂性状筛选的候选分子辅助标记。
- 薛倩王金玉张跟喜王亚男唐莹魏岳施会强
- 关键词：外显子多态性京海黄鸡
- FSHβ基因多态性与京海黄鸡生产性能的遗传相关研究被引量：2
- 2015年
- 研究旨在探讨促卵泡素β亚基(FSHβ)基因与鸡生长和繁殖性状的关联性。以365只京海黄鸡为样本,采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术探讨京海黄鸡FSHβ基因全部外显子的多态性。结果表明:7对引物中,P4扩增产物测序发现FSHβ基因2 049 bp处发生C→T突变和2 050 bp处发生A→T突变,形成AA、AB和BB 3种基因型;A等位基因频率为0.2917,B等位基因频率为0.7082;P6扩增产物测序发现FSHβ基因2 341 bp处发生T→C突变,呈现CC、CD和DD 3种基因型;C等位基因频率为0.8466,D等位基因频率为0.1534;关联分析发现AB型鸡12周龄体重显著高于BB型鸡(P<0.05),CC型鸡2周龄体重极显著高于CD型鸡(P<0.01)。可初步推断,FSHβ基因可能对京海黄鸡的生长性能有一定影响。
- 王亚男王金玉张跟喜薛倩唐莹魏岳施会强
- 关键词：FSHΒ基因多态性京海黄鸡
- MC3R基因对京海黄鸡屠体性状的遗传效应分析被引量：1
- 2015年
- 本研究以MC3R基因为鸡屠体性状的候选基因,旨在探讨其对京海黄鸡屠体性状的影响。运用PCR-SSCP方法结合测序技术,检测了MC3R基因在京海黄鸡群体中的多态性,并采用一般线性模型(GLM)分析基因型与屠体性状的遗传效应。结果显示,MC3R基因CDS序列检测区内,引物MR2、MR3和MR8扩增的片段具有多态性,其中引物MR2和MR3扩增片段均存在2个SNP位点,分别形成AA、AB、AC 3种基因型和EE、EF、FF、EH 4种基因型,引物MR8扩增片段只存在1个SNP位点,形成了KK、KL和LL 3种基因型;检测到的5个SNPs位点分别为CDS区C160A、G192T、C273T、G310A、G762A突变。关联分析结果显示,MR2位点对京海黄鸡各屠体性状(除腹脂质量)均有极显著影响(P<0.01);MR3位点各基因型(排除个体数少于3的基因型)屠体性状间差异均不显著(P<0.05),推断MR3位点对京海黄鸡屠体性状影响不显著(P>0.05);MR8位点对京海黄鸡屠体质量、胸肌质量、腿肌质量、全净膛质量、半净膛质量有极显著影响(P<0.01),对活体质量和腹脂质量有显著影响(P<0.05)。对MR2和MR8 2个位点的效应进行联合分析,结果显示,2个位点组合基因型对所有屠体性状均有显著或极显著影响(P<0.05或P<0.01),其中AB/KK基因型组合为有利基因型组合,AA/LL基因型组合为不利基因型组合。因此,本研究可为京海黄鸡分子标记辅助育种提供依据,有利于加快对京海黄鸡屠体性状选择的育种进程,同时通过本研究可推测MC3R基因对家禽的屠体性状具有很大的遗传效应,为家禽育种工作提供理论依据。
- 薛倩王金玉张跟喜张涛王亚男王文浩李婷婷王永娟
- 关键词：京海黄鸡多态性屠体性状
