樊庆灿
- 作品数：17 被引量：60H指数：5
- 供职机构：扬州大学动物科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家肉鸡产业技术体系建设专项江苏省高校自然科学研究项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 京海黄鸡MyoG基因密码子特性分析被引量：5
- 2014年
- 为了解鸡MyoG基因的密码子特性,以便于为MyoG基因的表达选择合适的外源表达系统,使用在线工具CUSP和CHIPS以及codonW软件对鸡MyoG基因进行分析,并与鸡基因、模式动物基因组和其他动物MyoG基因进行比较。结果表明,MyoG基因偏好于G/C结尾的密码子,CDS序列中,GC含量大于AT含量。MyoG基因与鸡其他31个基因密码子偏好性相似,均偏好于G/C结尾的密码子。与其他物种基因组密码子偏好性比较结果显示,密码子偏好性与小鼠差异最小,说明小鼠可以作为MyoG基因外源表达的宿主。与其他动物MyoG基因密码子偏好性比较显示,MyoG基因在包括京海黄鸡在内的32个物种中均有较高表达,几乎所有MyoG基因编码区对GC有较强的偏好性。基于RSCU值的聚类和基于CDS区系统发育树结果显示,亲缘关系近的物种之间倾向于拥有相似的密码子偏好性。
- 张涛张跟喜韩昆鹏王金玉樊庆灿李婷婷段炼王永娟
- 关键词：京海黄鸡MYOG密码子聚类分析
- 边鸡MyoG基因与生长和屠体性状的关联分析被引量：5
- 2014年
- 本实验将肌细胞生成素(MyoG)基因作为研究边鸡生长和屠体性状的候选基因,采用PCR-SSCP技术对边鸡的MyoG基因进行SNPs检测,并利用荧光定量PCR技术探讨MyoG基因的多态性与边鸡生长和屠体性状之间的关系。结果表明:在MyoG基因上发现2处同义突变,MyoG基因多态位点对边鸡生长和屠体性状有显著或极显著影响(P<0.05或P<0.01);MyoG基因在胸肌中的表达量极显著高于腿肌中的表达量(P<0.01)。由此推测,边鸡MyoG基因的多态性对其生长和屠体性状有一定影响,对肌纤维的生长发育存在调控机制,但是否可以作为影响边鸡生产性状的遗传标记需进一步研究。
- 魏岳张跟喜王金玉张涛唐莹樊庆灿薛倩王亚男丁馥香张丽
- 关键词：MYOG基因SNPS生长性状屠体性状实时荧光定量PCR边鸡
- 运用四种线性模型对京海黄鸡上市体重进行全基因组关联分析被引量：3
- 2014年
- 旨在使用4种模型对京海黄鸡的16周龄体重进行全基因组关联分析(GWAS)。试验以京海黄鸡母鸡为试验材料,通过60KSNP芯片分型,并使用2种线性回归模型和广义线性模型(GLM)、混合线性模型(MLM)4种模型对基因型数据和京海黄鸡16周龄体重进行关联分析。结果表明,虽然4种模型识别出的显著SNPs(P<0.05)数目不同,但各有优缺点。此外,本研究共识别20个与京海黄鸡上市体重关联显著的SNPs(P<0.05)。这些SNPs主要分布于1、4、19、25和Z染色体上,其中,1号染色体50.6~53.6Mb和Z染色体33.6~44.8Mb区域是显著SNPs(P<0.05)分布较为集中的区域。另外还有部分显著SNPs(P<0.05)位于之前报道的影响鸡生长性状的QTL内。最后,本研究还找到了17个候选基因,同时还探讨了FAM184B、NCAPG和NLK的功能,所有的这些结果将促进鸡生长性状标记的研究。
- 樊庆灿王金玉张跟喜唐莹张涛顾玉萍施会强
- 关键词：京海黄鸡GWASGLM
- 京海黄鸡体组成性状的全基因组关联分析被引量：6
- 2015年
- 为了获得影响京海黄鸡体组成性状的SNPs标记及候选基因,为京海黄鸡的进一步遗传改良提供新的方法,本研究使用Illumina公司的鸡60KSNP芯片,对京海黄鸡13个体组成性状进行全基因组关联分析。共筛选出13个与体组成性状达到5%Bonferroni全基因组显著相关的SNPs(P<1.8E-6),130个达到5%Bonferroni全基因组潜在相关的SNPs(P<3.59E-5)。13个显著SNPs位于GRIK1、NCAPG、KCNIP4和CACNA2 D2等12个基因的附近或内部,其中6个SNPs位于4号染色体上一个1.6Mb区域(74.3~75.9Mb)。130个潜在显著的SNPs中,有25个集中分布在4号染色体上的一个7.4Mb(71.5~78.9Mb)的区域内。共构建了5 650种单倍型,其中,14个与京海黄鸡6个体组成性状显著相关,14个单倍型中,9个位于4号染色体74.3~75.9Mb区域内,该区域内包括LCORL、QDPR、KCNIP4、LDB2和FAM184B在内的多个功能基因。本研究结果表明,位于4号染色体的71.5~78.9 Mb区域以及该区域附近的GRIK1、NCAPG、KCNIP4、CACNA2 D2、LCORL、QDPR、KCNIP4、LDB2和FAM184B基因对京海黄鸡的体组成有重要影响。
- 张涛樊庆灿张向前张向前王金玉张跟喜
- 关键词：京海黄鸡全基因组关联分析体组成单倍型
- 京海黄鸡肌细胞生成素基因的克隆和生物信息学分析
- 2014年
- 本试验根据GenBank中公布的原鸡肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因序列设计1对引物,采用RT-PCR方法,从京海黄鸡肌肉组织中克隆MyoG基因的编码区序列,并使用多种生物软件和在线工具对目的序列进行生物信息学分析,分析MyoG基因与其他物种的同源性、蛋白质的理化性质、蛋白质序列的跨膜区、亚细胞定位、亲水性、潜在的磷酸化位点、保守结构域及该基因编码蛋白的二级结构和三级结构。最终获得了包括编码区在内的长754bp的MyoG基因序列,生物信息学分析显示,京海黄鸡MyoG基因的保守性较低,与GenBank中原鸡、火鸡、鹌鹑、马、人、野猪、牛、山羊、大鼠、绵羊的同源性分别为99.7%、94.4%、92.0%、70.0%、70.0%、73.3%、69.0%、67.9%、67.8%、73.5%;氨基酸分析发现,MyoG蛋白为水溶性蛋白,分子质量为25854u,理论等电点为5.46,不属于跨膜蛋白;亚细胞定位显示,大部分蛋白位于细胞质内,不属于分泌蛋白;预测含有6个潜在的磷酸化位点,1段碱性序列,1段HLH序列,1段低复杂度序列;二级结构以无规则卷曲为主,三级结构显示MyoG蛋白的结构域呈螺旋状。
- 张涛张跟喜王金玉樊庆灿王文浩魏岳陈学森唐莹王永娟
- 关键词：京海黄鸡肌细胞生成素克隆生物信息学分析
- 边鸡Myf-3基因与生长性状的关联分析
- 2014年
- 本实验采用PCR-SSCP技术检测边鸡生肌决定因子3(Myf-3)的多态性,并分析其对边鸡生长性状的遗传效应。结果表明:在P3位点上发现C576T的突变;在P4位点上发现C1837T和G1846A的突变。P3和P4位点均属于低度多态,其中P3位点处于哈代-温伯格平衡(P>0.05);P4位点偏离了哈代-温伯格平衡(P<0.05)。利用PHASE软件对其进行单倍型分析后结果显示,共产生4种单倍型H1(TCG)、H2(TTA)、H3(CCG)、H4(CTA)。经关联分析发现,单倍型组合H1H1型和H2H2型对所测定的边鸡各周龄体重具有显著或极显著影响。由此推测,边鸡Myf-3基因的多态性对其生长性状有一定影响,但是否可以作为影响边鸡生长性状的遗传标记仍需进一步研究。
- 魏岳张跟喜王金玉樊庆灿唐莹丁馥香张丽
- 关键词：SNPS生长性状边鸡
- MyoG与Myf5基因与京海黄鸡生长性状的相关分析被引量：4
- 2015年
- 以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP方法检测MyoG和Myf5基因的单核苷酸多态性(SNPs),并分析基因型间的互作以及基因型对生长性状的遗传效应。结果表明,MyoG基因外显子3上存在一个T36C突变,形成了AA、AB和BB 3种基因型;Myf5基因外显子1上存在一个A1313G突变,形成了CC、CD和DD 3种基因型。对生长性状的最小二乘分析结果显示,BB型个体的2~16周龄均显著或极显著的高于AA型个体(P<0.05或P<0.01)。CD型个体仅在初生体质量上显著优于CC型个体。基因互作分析结果显示,互作效应对6、8周龄体质量的影响达到了极显著水平(P<0.01)。本试验为京海黄鸡生长性状的标记辅助选择提供了参考依据。
- 唐莹张跟喜樊庆灿王金玉张涛魏岳薛倩王文浩王永娟
- 关键词：京海黄鸡MYOG基因基因互作生长性状
- 10个SNPs与京海黄鸡生长性状的关联性分析
- 2015年
- 为了筛选影响京海黄鸡生长性状的SNP标记，寻找影响生长性状的关键基因，本研究利用定制的SNP芯片，对396只京海黄鸡10个SNPs住点直接进行SNP分型，并与京海黄鸡12个生长性状进行关联分析。结果显示，10个SNPs中，共检测到9个SNPs与京海黄鸡1个或多个生长性状显著相关（P〈0．05），这其中有6个SNPs与2个以上的生长性状显著相关（P〈0．05），另外3个SNPs（rs431883888，rs16432721和rs16434767）分别与8周龄体质量（BW8）、0-4周龄平均日增重以及2周龄体质量（BW2）显著相关（P〈0．05）。此外，rs15618356，rs15618356和rs15620544与很长一段时期内（2-16周龄）的生长性状相关（P〈0．05）。rs431883888，rs16438236，rs16432721和rs16434767对京海黄鸡早期生长性状（2-8周龄体质量）有显著影响（P〈0．05），而rs14489341和rs13939265与京海黄鸡后期生长性状（8-16周龄体质量）显著相关（P〈0.05）。遗传学参数表明需要进一步对京海黄鸡进行选育来增加有利基因型的频率。在显著SNPs位点附近共找到8个可能的候选基因，大部分基因在鸡尚属首次报道，其功能尚需进一步研究。本研究验证了之前鸡生长性状的GwAS结果，为京海黄鸡乃至地方鸡种的分子标记辅助选择奠定了基础。
- 张涛樊庆灿张向前张跟喜王金玉唐莹薛倩王永娟
- 关键词：京海黄鸡生长性状
- 京海黄鸡新城疫和传染性支气管炎抗病性状的全基因组关联分析
- 2015年
- 旨在寻找影响京海黄鸡新城疫和传染性支气管炎抗病性状的SNP位点。本研究采用简化基因组测序的方法,检测京海黄鸡基因组的SNP位点,并对这些位点与新城疫和传染性支气管炎性状进行关联分析。结果表明:在基因组水平上有1个与京海黄鸡新城疫抗病性状显著相关的SNP位点,7个与该性状潜在显著的SNPs位点,并将这些位点定位到5个基因上,分别为EEA1、CARS2、SCML2、GRP20以及TOMIL2基因,这些基因均可能影响或调控机体的抗病及免疫能力,可以考虑作为京海黄鸡新城疫抗病性状的候选基因作为后续研究。没有发现与京海黄鸡传染性支气管炎显著相关的SNP位点,该性状可能是复杂性状,受到多种因素的影响。因此,本研究发现的几个标记位点可能对京海黄鸡的新城疫抗病性状存在一定的影响,可以作为候选基因,为京海黄鸡抗病育种过程中的标记辅助选择提供参考资料。
- 王文浩张涛王金玉张跟喜樊庆灿陈学森韩鲲鹏王永娟
- 关键词：京海黄鸡抗病性状SNPS
- 京海黄鸡GnRHR基因克隆、生物信息学及组织表达分析被引量：3
- 2014年
- 旨在根据GenBank上公布的原鸡GnRHR基因序列设计2对引物,采用RT-PCR方法,从京海黄鸡肌肉组织中克隆GnRHR基因的编码区序列,并使用多种生物软件和在线工具对目的序列进行生物信息学分析,分析GnRHR基因与其他物种的同源性、蛋白质的理化性质、蛋白质序列的跨膜区、亚细胞定位、亲水性、潜在的磷酸化位点、保守结构域及该基因编码蛋白的二级结构、三级结构等。同时为GnRHR基因和β-actin基因各设计1对引物,采用RT-qPCR的方法研究GnRHR基因在京海黄鸡12个组织和器官中的表达情况。最终成功克隆了京海黄鸡GnRHR基因完整的编码区序列和部分侧翼序列,Blast结果显示,京海黄鸡GnRHR基因与原鸡、番鸭、藏羚羊、野猪、马、小鼠、大鼠、家兔、绵羊、人、牛、黑猩猩和斑马鱼的同源性分别为99.7%,86.7%,55.7%,54.6%,52%,51.6%,50.8%,50%,49.9%,49.6%,49.4%,47.4%和39.3%,并成功构建系统发育树。蛋白质结构分析显示,GnRHR蛋白分子量为45.432 kDa,理论等电点为9.55,包含20种氨基酸,其中,亮氨酸含量最高,占13.8%,赖氨酸含量最低,占0.7%;不稳定系数为65.35,显示该蛋白不稳定;脂溶指数为95.54,总平均疏水指数为0.312,为非水溶性蛋白;该蛋白不属于分泌型蛋白,主要存在于胞膜上,没有信号肽结构,存在16个潜在磷酸化位点和11个糖基化位点;保守结构域分析显示存在2个低复杂度序列和7段跨膜结构,跨膜分析显示该蛋白为7次跨膜蛋白,二级结构预测结果显示,在GnRHR二级结构中,α-螺旋占29.83%,β-折叠占17.18%,无规则卷曲占52.98%,GnRHR蛋白三级结构为复杂的7次跨膜螺旋结构,且为单链蛋白。组织表达分析显示,GnRHR基因主要在垂体中高表达,表达量显著高于其他组织,在其他11个组织和器官中表达量较低。
- 张涛张跟喜王金玉樊庆灿王文浩韩昆鹏王永娟
- 关键词：京海黄鸡克隆生物信息学分析
