王海芸
- 作品数：7 被引量：24H指数：3
- 供职机构：同济大学生命科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划黑龙江省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生文化科学自动化与计算机技术更多>>
- 基于功能模块的基因表达谱聚类分析被引量：2
- 2006年
- 按GENE ONTOLOGY基因功能分类体系,将基因模块化地组织成具有显著生物意义的低维功能模块单元,并将其作为新的分析指标用于分类微阵列疾病样本,从而提出了基于功能表达谱的聚类分析新途径.采用NC I60数据集,通过功能表达谱对组织样本进行聚类分析.结果显示,新算法不但得到高准确度的样本分型结果,而且能够直接从功能水平上给出相应的生物学解释.同时,用基于功能表达谱对组织样本进行聚类分析可以显著降低特征维数,有效地处理高检测误差与基因表达变异问题.
- 郭政张田文王琦王海芸
- 关键词：基因表达谱聚类
- 蛋白质结构与功能研究中的分子模拟技术被引量：10
- 2006年
- 分子模拟技术为蛋白质的研究提供了一种崭新的手段,在理论上解决了结构预测和功能分析以及蛋白质工程实施方面所面临的难题。它在蛋白质的结构预测和模建工作中占有举足轻重的地位,实现了生物技术与计算机技术的完美结合。本文简要阐述了该技术的基本步骤和工作原理,并以目前应用最广的生物大分子领域的商品化分子模拟软件Accelrys公司基于Linux系统开发的InsightII为例,介绍了相关程序模块的功能和作用,同时结合该技术在蛋白质的结构预测和模建、结构与功能关系分析、分子设计等过程中的开发与应用,加以具体说明和展望。
- 刘伟丁祖泉王海芸
- 关键词：分子模拟技术同源模建
- 四种模式分类方法应用于基因表达谱分析的比较研究被引量：4
- 2005年
- 利用基因表达谱数据借助于模式分类的方法识别癌症等疾病的类型及不同亚型是DNA芯片技术的一个应用方面。在这篇文章中,我们研究比较了在不同的特征基因选择方法的情况下,Fisher线性判别,Logit非线性判别,最小距离和K-最近邻四种模式分类方法对疾病分型效能的影响及四种模式分类方法的泛化能力,同时研究了在样本构成变化的情况下,模式分类方法的稳定性。结果发现:运用t检验法和分类树选择的特征基因,明显优于随机选择的基因在四种不同的分类器中分类效果;四种分类器中,K最近邻分类器的分类效能最优;基于最小距离的分类器和K最近邻分类器有较强的泛化能力;四种模式分类对样本构成的变化呈较好的稳定性。
- 王海芸李霞郭政张瑞杰
- 关键词：基因表达谱癌症
- 学研相长的课程改革与实践探索——以生物信息学实验为例
- 2023年
- 生物信息学实验是生物科学类专业的必修课,教学内容包括常用的生物信息学数据库和分析软件。针对数据库与软件种类繁多、更新换代快、全英文界面、信息量庞大等学习难点,课程将教学实践与学生的创新项目、综合大实验等有机结合,将各种生物信息学资源整合贯通,推动学生对科研项目的纵深探索,以研促学,以学导研,实现学生在学习、科研及个人综合能力的协同发展。
- 吕爱平张敬刘艳唐凯临王海芸冷晔
- 关键词：课程改革
- 两种过滤特征基因选择算法的有效性研究被引量：7
- 2003年
- 对基因表达谱进行特征基因选择不仅能改善疾病分类方法的效能,而且为寻找与疾病相关的特征基因提供新的途径.通过比较用调整p值的t检验、非参数评分两种特征基因选择算法后和未进行选择时支持向量机(SVM)分类器的分类性能、支持向量(SV)的吻合度、错分样本ID的吻合度和对样本均匀翻倍后的稳定性.结果发现:特征选择后线性、核函数为二阶多项式和径向基的SVM分类性能明显提高;特征选择前后的SV及错分样本ID的吻合度均较高;SVM的稳定性较好.由此得出结论:这两种特征选择算法具有一定的有效性.
- 李丽李霞郭政汪强虎王海芸
- 关键词：特征基因有效性支持向量机DNA芯片技术
- 基于基因芯片数据的特征基因选择及其功能研究
- 目的:基因表达谱芯片技术的产生,为复杂疾病致病机理的研究提供了全局化的新视角,而计算机数据挖掘技术能够从这些大量的基因表达谱芯片数据中挖掘有用的信息和总结生命的规律,从而也就开创了数据挖掘技术中的特征选择方法在分子生物学...
- 王海芸
- 关键词：决策树特征基因
- 文献传递
- 生物信息本科专业课程体系建设的调研与建设方案被引量：1
- 2022年
- 大数据和人工智能的飞速发展使得生物信息学成为突破精准医疗的关键技术方法,其专业人才的需求不断扩大,生物信息学的本科专业成为热门专业。为了探索更加合理的生物信息本科专业课程体系,以高等教育评价专业机构软科发布的生物信息专业2021年度排名靠前的学校为调研对象,通过对比课程设置的属性、选修课比例、实践课比例的调研结果,对国内生物信息学本科专业课题体系提出一些建设方案,也期望为国内其他高校生物信息学本科教育提供参考。
- 刘艳王海芸唐凯临徐越乔可盈
- 关键词：生物信息学本科教育专业课程课程体系建设
