曹小利
- 作品数：45 被引量：121H指数：7
- 供职机构：南京大学医学院附属鼓楼医院更多>>
- 发文基金：南京市医学科技发展项目国家自然科学基金江苏省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学更多>>
- 基于NCBI数据库的皮氏不动杆菌分子分型及blaOXA基因分析
- 2024年
- 目的分析全球皮氏不动杆菌的分布特点、序列分型(ST)及blaOXA基因分布,为感染防控及临床用药提供参考。方法采用Aspera软件从NCBI批量下载所有皮氏不动杆菌基因组序列(截止日期为2023年11月30日),并使用perl脚本从下载的gbk文件中批量提取菌株元信息。使用自制的Perl程序从每个皮氏不动杆菌基因组序列文件中提取该基因的核苷酸编码序列作为分析数据库。从网站下载不动杆菌属7个管家基因的等位基因序列作为查询数据库进行BLASTN比较分析,确定每个基因组的ST。从NCBI病原细菌耐药基因数据库下载耐药基因blaOXA的核苷酸序列,采用自我编写的AMRG软件进行blaOXA基因的分布分析。结果共获取305株皮氏不动杆菌的基因组,主要分离自1990年至2020年,分离率呈逐年增长趋势,其中2015年分离率最高。美国、中国、德国的分离率位居前三位,分别为29.5%(90株)、15.7%(48株)、13.4%(41株)。180株(59.0%)标本来源为人类,其中,痰液[42株(23.3%)]、血液[27株(15.0%)]和皮肤软组织[15株(8.3%)]位居前三位。305株皮氏不动杆菌共鉴定出79种ST,其中,ST93(14.4%)、ST64(12.1%)和ST63(11.8%)占比较高。美国、中国、德国分别以ST64、ST63、ST93流行分布为主。305株皮氏不动杆菌中除6株不携带blaOXA基因外,其余299株菌共携带31种blaOXA变异体,其中252个blaOXA基因具有碳青霉烯酶水解活性,另有146株携带blaOXA-500基因。结论皮氏不动杆菌全球流行分布存在地域差异,D型碳青霉烯酶基因blaOXA的高度流行提示其潜在多药耐药趋势,值得临床监测。
- 纪静茹曹小利吴超
- 血培养大肠埃希菌的耐药特点、毒力基因分布及种系分型
- 2024年
- 目的检测并分析血培养大肠埃希菌的耐药特点、种系分型和毒力基因分布。方法收集我院2019年1月1日至2020年12月13日连续且非重复血培养大肠埃希菌。采用微量肉汤法测定大肠埃希菌对17种抗菌药物的敏感性;水煮法提取细菌基因组DNA,采用PCR法检测arpA、chuA、yjaA、TspE4C2、ArpAgpE和trpAgpC基因以确定细菌的种系分型;采用多重PCR法检测毒力基因iutA、fimH、fyuA、kpsMTⅡ、cnf1、cvac、hlyA、traT、kpsMTⅢ和PAI;使用卡方检验分析种系分型之间的耐药率及毒力基因分布差异。结果270株血培养大肠埃希菌对头孢曲松、复方新诺明、氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦、头孢唑林和环丙沙星的耐药率较高,均大于50.0%;对亚胺培南、厄他培南、阿米卡星和哌拉西林/他唑巴坦的敏感性较高,耐药率均低于5.0%。在种系分型方面,最常见的型别是B2型和D型,分别占总数的38.0%和16.2%,而E型和隐分支Ⅰ型占比<1.0%,较为少见。毒力基因分析发现,fimH和fyuA基因的分布率最高,均在99.0%以上,而kpsMTⅢ、hlyA和cvaC 3种基因的分布率较低,均低于20.0%。卡方检验显示,毒力基因iutA、fimH、fyuA、kpsMTⅡ、cnf1、PAI在B2型的分布显著高于非B2型(P<0.05),且B2型携带的iutA、fyuA、kpsMTⅡ、cnf1、PAI基因显著高于D型(P<0.05)。结论在治疗引起血流感染的大肠埃希菌时,应慎用头孢曲松、复方新诺明、氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦、头孢唑林和环丙沙星等药物。血流感染的大肠埃希菌为B2型时,应同时进行中段尿培养以确认感染源并监测治疗的成功率。
- 马小轩翟俊斌曹小利张燕郑洁张之烽沈瀚
- 关键词：大肠埃希菌耐药毒力基因
- 碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌基因型检测研究
- 2023年
- 目的 分析碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)不同基因型耐药性及临床特征差异,为临床预防及治疗CRKP感染提供参考。方法 回顾性分析我院2018年9月—2021年8月收治的56例分离出CRKP菌株患者的临床资料,检测其耐药基因,并分析不同基因型CRKP的耐药性和临床特征。结果 56株CRKP中检出47株KPC型耐药基因(83.93%)、9株NDM-1型耐药基因(16.07%),未检出IMP、VIM以及OXA-48耐药基因;耐药性分析结果发现,KPC和NMD-1型耐药基因对氨曲南耐药性差异有统计学意义(P<0.05);KPC和NMD-1型耐药基因对应患者年龄、性别、收治科室、标本来源分布情况、合并基础疾病、抗菌药物使用时间、3种及以上抗菌药物联用史、住院时间以及侵入性操作比较差异均无统计学意义(P>0.05)。结论 CRKP基因型主要以KPC型最常见,不同基因型CRKP临床特征无明显差异,不同基因型CRKP对常用抗菌药物耐药性存在异质性,临床抗感染治疗需结合基因检测及耐药性分析制定合理方案。
- 万会林曹小利王小梅韩亚飞孔燕赵丹妹诸君
- 关键词：肺炎克雷伯菌碳青霉烯基因型检测
- 基于平均核苷酸相似度和16S rDNA技术对全球沙门氏菌的鉴定比对分析
- 2024年
- 目的评估平均核苷酸相似度(average nucleotide identity,ANI)和16S rDNA技术对沙门氏菌的鉴定能力。方法从GenBank数据库批量下载全球沙门氏菌基因组和相应血清型,以沙门氏菌典型菌株的基因组作为分型菌株。利用fastANI软件,根据默认参数进行ANI分析。使用在线软件SpeciesFinder针对细菌的16S rDNA进行物种和血清型鉴定。结果在下载的2306个基因组中,1767株沙门氏菌存在178种血清型,以鼠伤寒沙门菌323株(18.3%)和肠炎沙门菌300株(17.0%)最为常见。ANI分析显示,以95%为界值时,仅有30株(1.3%)沙门氏菌被分配到1个特定的亚种,其余2276株(98.7%)沙门氏菌均可分配到2~5个亚种;以97%为界值时,2306株(100%)沙门氏菌均可被鉴定到唯一的亚种。基于16S rDNA的分析仅鉴定出1072株(46.5%)沙门氏菌,其中95.2%(1021/1072)的沙门氏菌鉴定的亚种结果与ANI(≥97%)分析鉴定的结果完全一致;与已知的血清型相比,仅有2.4%(19/784)的沙门氏菌与已知的血清型结果一致。结论ANI更适合沙门氏菌的种及亚种鉴定,ANI≥97%可作为沙门氏菌亚种的鉴定标准。16S rDNA技术对于沙门氏菌鉴定的敏感性尚有待提高。
- 华苗苗曹小利曹小利胡金曹
- 关键词：沙门氏菌亚种血清型
- 亚胺培南不敏感大肠埃希菌碳青霉烯酶基因的检测被引量：2
- 2013年
- 目的了解碳青霉烯酶基因在亚胺培南不敏感大肠埃希菌中的分布情况。方法收集亚胺培南不敏感的大肠埃希菌25株,K-B纸片法测定菌株对药物的敏感性;采用EDTA协同试验及改良Hodge试验进行碳青霉烯酶表型检测;PCR法扩增碳青霉烯酶基因并进行序列分析。结果 25株大肠埃希菌呈现泛耐药现象,其中亚胺培南耐药15株,中度敏感10株;改良Hodge试验阳性15株,金属酶表型试验全部阴性;15株菌株检出KPC-2酶基因,未检出其它碳青霉烯酶基因。结论产KPC-2酶是造成该院大肠埃希菌对碳青霉烯类抗菌药物耐药的主要原因。
- 沈瀚宁明哲周万青曹小利张之烽张葵
- 关键词：药物敏感性测定聚合酶链反应
- 产CTX-M-14和CTX-M-15大肠埃希菌毒力基因分布差异被引量：4
- 2016年
- 目的分析尿培养产CTX-M-14和产CTX-M-15大肠埃希菌毒力基因分布的差异。方法收集南京鼓楼医院2012年临床尿培养分离大肠埃希菌162株，双环协同试验检测超广谱β内酰胺酶（ESBLs）；采用PCR和DNA测序对CTX-M。编码基因及毒力基因iutA、ompT、fyuA、fdeC、fimH、traT、cvaC,pap、kpsMr、PAls、usp、aer、hlyA、cnf和chuA进行分析；用脉冲场凝胶电泳（PFGE）分析产CTX-M-14和产CTX-M-15大肠埃希菌遗传相关性；将细菌分为产CTX-M-14和产CTX-M-15大肠埃希菌2组，统计学分析毒力基因在这2组之间的分布差异。结果162株大肠埃希菌中，126株产ESBLs，91株产CTX-M酶，其中blaCTX-M-14和blaCTX-M-15编码基因分别检出49株和36株。PFGE分析显示，产CTX-M酶大肠埃希菌具有遗传多样性。毒力基因iutA、fyuA、fimH、traT及chuA在2组中的检出率均较高（〉65％）；pap、kpsMV、ompT在2组中的检出率约为20％-60％；cvaC和PAls在2组中的检出率较低（〈20％）；毒力基因fedC在产CTX-M-14大肠埃希菌组中分布高于产CTX-M-15大肠埃希菌组（P=0．017）；未检出aeF、hlyA和cnf毒力基因。结论在尿培养大肠埃希菌中，产CTX-M-14菌株fedc毒力基因分布较产CTX-M-15菌株更高。
- 许元元沈瀚张之烽宁明哲周万青曹小利
- 关键词：毒力大肠埃希菌
- 利奈唑胺耐药金黄色葡萄球菌耐药机制分析被引量：5
- 2020年
- 目的调查临床分离金黄色葡萄球菌对利奈唑胺的耐药情况及耐药机制。方法用Vitek 2系统GP67卡对2019年1月至12月南京鼓楼医院临床分离905株金黄色葡萄球菌进行药敏试验,对检出的利奈唑胺耐药菌株用E-test法复测利奈唑胺最低抑菌浓度(MIC);用PCR扩增及测序技术分析利奈唑胺耐药决定基因cfr、optr A及23S rRNA基因V区;对菌株基因组DNA进行全基因组测序分析,对耐药基因、毒力基因进行生物信息学分析;用多位点序列分型(MLST)技术获得菌株ST分型。结果 905株金黄色葡萄球菌检出1株(0.1%)利奈唑胺耐药株(MIC为16 mg/L),该菌株除对万古霉素和复方磺胺甲噁唑敏感外,对其余常用抗菌药物均耐药。PCR及测序技术显示该菌株携带cfr基因,23S rRNA V区存在T2337G和C2370G核苷酸突变位点;全基因组序列分析显示基因组包含碱基数为2 949 411 bp,总基因数为3 023个,包含59个tRNA编码基因以及7个完整的rRNA基因编码操纵子,获得Gen Bank登录号JAANYO000000000,且该菌株携带包括cfr在内的多种耐药决定基因和毒力基因;MLST分型为新型ST5985。结论利奈唑胺耐药金黄色葡萄球菌临床分离率较低。检出由cfr基因和23S rRNA V区突变介导的新ST型利奈唑胺耐药株。
- 高硕周万青朱宏周辉张燕张之烽曹小利沈瀚
- 关键词：金黄色葡萄球菌全基因组测序
- 尿路感染大肠埃希菌耐药特点与种系分型和遗传相关性分析被引量：9
- 2013年
- 目的分析尿路感染大肠埃希菌的耐药特点、种系分型和遗传相关性,并对比其在医院和社区感染中的差异。方法对2010年非重复分离185株尿路感染大肠埃希菌进行敏感性测定、超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)筛查、种系分型、同源性及统计学分析。结果细菌对多种药物的耐药率>49.0%。185株细菌均有很大的遗传多样性,产酶率为78.4%。D型大肠埃希菌最为常见(49.7%),其ESBLs的产生率与头孢噻肟等的耐药性相关(P<0.05)。上述各因子在医院和社区感染菌株中差异无统计学意义(P>0.05)。结论本研究尿路感染主要由D型大肠埃希菌引起,这些细菌呈遗传多样性,高产ESBLs,对多种抗菌药物耐药。
- 郑齐锶曹小利周爱平张之烽沈翰张葵
- 关键词：大肠埃希菌尿路感染
- 碳青霉烯耐药大肠埃希菌的药物敏感性、耐药基因及多位点序列分型分析被引量：4
- 2020年
- 目的 分析碳青霉烯耐药大肠埃希菌的药物敏感性、碳青霉烯耐药基因的分布及多位点序列分型。方法 收集连续非重复分离碳青霉烯耐药大肠埃希菌11株,使用Vitek 2 Compact仪器测定细菌的药物敏感性;PCR和DNA测序技术检测碳青霉烯耐药基因;多位点序列分型方法对细菌进行序列分型;接合实验分析blaNDM基因的转移性。结果 碳青霉烯耐药大肠埃希菌对临床常用的多种抗菌药物耐药;11株碳青霉烯耐药大肠埃希菌中,9株携带blaNDM基因,其中有2株细菌同时携带blaKPC基因;多位点序列分型显示,9株细菌检出7种序列分型,分别为ST167(n=3)、ST6349(n=1)、ST361 (n=1)、ST6335(n=1)、ST617(n=1)、ST7016(n=1)和ST354(n=1);接合实验发现,blaNDM基因均可转移,但blaNDM基因的转移不伴有blaKPC的转移。结论 NDM的产生是大肠埃希菌对碳青霉烯耐药的主要原因,其容易在细菌中播散,需要进一步加强感染的预防与控制措施。
- 谢晖曹小利陈雨欣周万青沈瀚
- 关键词：大肠埃希菌碳青霉烯耐药多位点序列分型
- 头孢西丁不敏感大肠埃希菌的耐药性及质粒型AmpC酶基因分析被引量：3
- 2015年
- 目的 对107株头孢西丁不敏感大肠埃希菌的耐药特点及质粒型AmpC酶基因的流行性进行分析。方法 使用WHONET5.6软件分析2012年4~9月头孢西丁不敏感大肠埃希菌的耐药性,并与同期分离的头孢西丁敏感大肠埃希菌的耐药性进行比对分析;PCR扩增和DNA测序分析blaDHA、blaACT、blaCMY、blaFOX等质粒型AmpC酶基因的流行性。结果 头孢西丁不敏感大肠埃希菌对阿米卡星,第三、四代头孢菌素和氟喹诺酮类等药物均具有较高的耐药性（P〈0.05）。25株（23.3%）细菌携带质粒型ApmC酶基因。其中23株为blaCMY基因（17株为blaCMY-2,6株为blaCMY-42）,2株为blaDHA-1。结论 头孢西丁不敏感大肠埃希菌对多种抗菌药物具有较高的耐药性,且有质粒型AmpC酶基因的广泛流行,应加强监护,预防播散。
- 徐学静曹小利张之烽沈翰宁明哲周万青张葵
- 关键词：AMPC酶头孢西丁耐药性大肠埃希菌
