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低密度cDNA芯片技术的优化被引量：2: 2004年; 为了建立稳定的低密度cDNA芯片技术平台,研究靶基因的最适长度、浓度、点样溶液种类及杂交反应动力学,并了解该芯片的重复性与可靠性.结果表明,杂交具有较好的特异性,不同长度(189～1078bp)、浓度(0.5g/L、1.0g/L、1.5g/L)的同一靶基因杂交信号强度无明显差别;以50%DMSO为点样溶液者杂交信号最好(P=0.0001).60℃杂交18h信号最佳(P<0.001).重复2次检测结果差异无显著性(P=0.348),重复性较好,其相关系数为0.588.与RT-PCR结果相比,相关系数为-0.778(P<0.0001),特异性为100%,灵敏度为80%(16/20),可靠性较好.; 赵雨杰黄宝俊徐惠绵何群; 关键词：CDNA芯片可靠性

SARS冠状病毒M蛋白的生物信息学研究被引量：5: 2004年; 针对GenBank上发布的来自不同国家地区的 39条SARSCoV推测M蛋白 ,采用生物信息学软件分析其核酸和氨基酸序列 ,获得其分子生物学特征 ,确定突变位点 ,预测功能结构区、Motif及抗原决定簇 ,比较基因突变对这些功能结构的影响。结果表明 :在 39个病毒株M蛋白的 6 6 6bp中 ,共有 18个病毒株在 7个位点上发生了 2 5次变异。在M蛋白序列上预测获得 3个跨膜螺旋序列和一个可能的信号肽序列。氨基酸序列的变异主要发生在其跨膜和胞外区域 ,胞内区域相对较少。预测发现 12个Motif和 7个抗原决定簇。提示突变对M蛋白的结构功能区的影响不大 ,也未造成M蛋白的Motif的数量和构成发生改变。对抗原决定簇的影响也主要体现在序列成分构成的改变上 ,在设计疫苗时 ,应考虑由其导致的抗原特性改变。; 刘树春赵雨杰张学; 关键词：严重急性呼吸综合征 SARS冠状病毒膜蛋白生物信息学

应用凝集素芯片检测胃正常黏膜上皮细胞与胃癌细胞膜表面糖链表达被引量：2: 2009年; 目的应用凝集素芯片检测胃正常黏膜上皮细胞系GES-1和胃癌细胞系SGC7901、MKN45细胞膜表面糖链表达,并对芯片上捕获的细胞进行初步的免疫荧光研究。方法用胶原酶Ⅱ消化细胞系,利用芯片上的凝集素位点对糖链的亲和特异性捕获荧光标记的细胞,激光共聚焦扫描仪扫描检测细胞膜表面糖链表达。结果在大多数凝集素位点上,这几种细胞均显示出荧光信号;在凝集素位点WBA、EEL、MAH-Ⅱ上均未显示荧光信号;其中,与GES-1相比,胃癌细胞系SGC7901和MKN45在LTL、HHL位点上基本没有荧光信号。结论根据凝集素的亲和特异性说明,这几种细胞系膜表面共同表达的糖链包括:唾液酸、乙酰葡萄糖/葡萄糖、乙酰半乳糖/半乳糖、甘露糖等糖链。其中,胃癌细胞系SGC7901和MKN45可能较少表达岩藻糖。; 李春辉何群马静红潘忠诚王天骄张玉魁赵雨杰; 关键词：胃癌免疫荧光

应用低密度芯片初步筛选胃癌淋巴转移相关基因的研究被引量：2: 2006年; 目的:运用低密度cDNA芯片技术初步筛选影响胃癌淋巴结转移的分子标志。方法:运用自制低密度cDNA芯片检测15例胃癌患者原发癌灶和淋巴结转移癌中多个基因mRNA表达,并用RT-PCR方法进行验证,分析其与胃癌侵袭和淋巴结转移的相关性。结果:hTERT在淋巴结转移癌中表达明显高于胃原发癌灶(P= 0．001)。原发癌灶中MMP-7和Heparanase表达在小结节孤立型淋巴结病例中明显高于大结节融合型者(P值分别为0．022和0．002),而CDH1表达明显降低(P= 0．002);淋巴结转移癌灶中CDH1表达在小结节孤立型淋巴结病例中亦明显降低(P=0．046)。按淋巴结转移个数分成轻重两组(≤6个为轻度转移,≥7个为重度转移),原发癌灶中MMP-7和hTERT表达在重组明显高于轻组(P值分别为0．001和0．005);淋巴结转移癌灶中MMP-7、S100A4和hTERT基因表达在重组明显增高(P值分别为0．000 05、0．007和0．016),而nm23H1和CDH1表达明显降低(P值分别为0．013和0．001)。胃原发癌中MMP-7、Heparanase、S100A4过表达和(或)nm23H1、CDH1、KAI-1表达降低或缺失者,胃癌多侵透浆膜,且浆膜受侵面积较大。结论:hTERT、MMP-7、S100A4、Heparanase、CDH1和nm23H1基因表达与胃癌淋巴结转移关系密切,可望成为胃癌淋巴结转移诊断和治疗的分子靶点。; 黄宝俊徐惠绵赵雨杰; 关键词：淋巴转移 CDNA芯片

SARS-CoV推测N蛋白功能结构的生物信息学研究被引量：6: 2003年; 目的 :利用生物信息学方法理论分析不同地区来源的SARS冠状病毒 (SARS CoV)推断N蛋白的基因组与氨基酸序列的差异及分子生物学特征以及基因突变对蛋白结构功能的影响。方法 :针对GenBank上发布的来自不同国家地区的 1 5条SARS CoV基因组序列 ,采用生物信息学软件分析其推测N蛋白的CDS和氨基酸序列 ,分别找出突变位点并预测其等电点及功能结构域。结果 :SARS CoV推测N蛋白基因组序列存在 5个变异位点导致蛋白序列有 4个位点发生突变。在该蛋白上发现四个有意义的低成分复杂性区域 ;未发现卷曲螺旋、跨膜螺旋和信号肽序列。基因突变造成 4条序列在功能位点数量上减少 ,但未影响抗原决定簇。预测发现两个保守的Domain和一个丝氨酸富集区。结论 :不同地区来源的 1 5条推测N蛋白序列的变异很少。基因突变导致部分序列功能位点数量发生改变 ,但未影响抗原决定簇的数量。; 刘树春赵雨杰张学罗阳; 关键词：严重急性呼吸综合征冠状病毒核衣壳蛋白生物信息学

一种高密度基因芯片的优化方法被引量：4: 2000年; Gene chip is the fusion of molecular biology,microelectronics and micromechanics.Mask board is the key to high-density gene chip fabrication.By using masks ,DNA probes can be synthesized in situ with high density and accurate location.But it is costly to make the masks.A method of chip optimization is proposed to reduce the number of masks needed for gene chip synthesis,to reduce the synthesiscycles,and then to increase the efficiency of chip making.It is very important to gene chip applications.; 孙啸何农跃赵雨杰陆祖宏; 关键词：基因芯片优化技术高密度基因芯片

应用细胞芯片捕获人正常胃细胞系、胃癌细胞系细胞并检测其细胞表面CD表型的差异被引量：2: 2010年; 目的构建一种细胞芯片,根据芯片表面固定的CD抗体与细胞膜表面CD抗原免疫结合原理捕获细胞,检测人正常胃黏膜细胞系GES-1、胃腺癌细胞系7901细胞表面CD抗原表达的差异。方法将64种CD抗体蛋白固定在化学修饰醛基玻片上制成抗体阵列,将GES-1、7901细胞用胶原酶消化制成单个细胞悬液,用吖啶橙荧光标记后与芯片进行孵育,洗去芯片上游离的细胞,激光扫描仪检测芯片上CD抗体各点捕获到细胞的荧光信号,以此判定GES-1、7901细胞膜表面CD表型情况。结果发现CD9、CD13、CD29、CD44、CD49e、CD55、CD71、CD95抗体点均捕获到GES-1、7901细胞;CD15、CD24抗体点仅捕获到GES-1细胞;CD77、CD133、CD103、CD64抗体点仅捕获到7901细胞。结论 CD15和CD24可能是人正常胃黏膜细胞系GES-1细胞的表面标志物,CD77、CD133、CD103、CD64可能是人胃癌细胞系7901细胞的标志物。; 马静红何群徐晓雪王天骄潘忠诚钟连声张玉魁赵雨杰; 关键词：细胞芯片 GES-1细胞

HLA-DQα基因多态性检测芯片的制作及其应用性的探讨: 2002年; 为了制作适合于法医学应用的 DNA 芯片,选择了法医学常用的基因位点-HLA-DQα位点,设计了特异性地扩增该位点特定部位的 PCR 引物,以及该位点各等位基因亚型的特异性探针,制作了检查该基因位点等位基因型的芯片,结果显示了所设计的 PCR 引物和各等位基因型探针的特异性,以及实际应用的可能性。; 林子清李树张璐王彤赵雨杰; 关键词：法医学应用 HLA

辐射对淋巴细胞RNA、蛋白质合成的影响及其诱导的适应性反应被引量：1: 1999年; 目的　观察电离辐射对淋巴细胞ＲＮＡ、蛋白质合成的影响及其诱导的适应性反应。方法　采用体外培养的淋巴细胞，经丝裂原ＰＨＡ刺激后，　１４Ｃ－ＵＲ、　３Ｈ－Ｔｙｒｏｓｉｎｅ双标记掺入法观察０．５～８．０Ｇｙ　γ射线照射后，ＲＮＡ和蛋白质合成速率的变化及低剂量（Ｄ１＝４．８ｃＧｙ）照射后相继攻击剂量（Ｄ２）照射，淋巴细胞所表现的适应性反应。结果　体外培养的淋巴细胞随着照射剂量的增加，ＲＮＡ和蛋白质合成速度下降，并表现出对低剂量辐射诱导的适应性反应。结论　电离辐射可致淋巴细胞ＲＮＡ、蛋白质合成速度下降。; 赵雨杰苏燎原刘芬菊孔向蓉; 关键词：淋巴细胞蛋白质合成

利用光波导模式光谱生物传感器研究二级结构对固-液界面DNA杂交动力学的影响: 2011年; 目的探讨探针和靶分子二级结构对基因芯片杂交过程的影响,并完善基因芯片设计方法,提高基因芯片的重复性和特异性。方法应用二级结构分析软件Mfold设计3对25-mer完全互补的具有不同二级结构的探针和靶分子(P0T0、P3T3、P4T4)及1对尾端有2个碱基错配的探针和靶分子(P4T3)。制备醛基化传感器芯片,将终浓度为1、2、5、10、20μmol/L的探针分别固定在芯片上,与浓度为5μmol/L的N,N′-对羧苄基吲哚三菁(Cy5)标记靶分子杂交,荧光图像扫描仪检测确定最佳杂交探针浓度;以最佳探针浓度构建芯片,分别与终浓度为0.1、0.2、0.5、1.0、2.0、5.0μmol/L的Cy5标记靶分子杂交,荧光图像扫描仪检测确定最佳杂交靶分子浓度;同时用光波导模式光谱生物传感器(OWLS)实时监测其杂交过程。以0.4%SDS和0.1%NaOH分别处理杂交后芯片10、20、30、60min,荧光图像扫描仪检测芯片再生稳定性。控制靶分子进样速度和杂交时间分别为15μl/h、7h和180μl/h、0.5h,OWLS测定杂交复合物质量、杂交效率和反应速率。结果荧光图像扫描结果显示,最佳杂交探针和靶分子浓度分别为10、1μmol/L,传感器芯片构建成功且具有再生稳定性。15μl/h、7h和180μl/h、0.5h条件下,P0T0、P3T3、P4T4、P4T3杂交复合物的质量(ng/cm2)分别为45和30、43和20、40和13、42和18;杂交效率(%)分别为40.9和27.3、39.1和18.2、36.4和11.8、38.2和16.4;杂交7h时的反应速率常数[K,105L/(mol·s)]值分别为0.465、0.247、0.081、0.247。结论在一定时间内,探针和靶分子二级结构增多可导致杂交时间延长,杂交速率和效率降低。应用OWLS成功建立了一种研究固-液界面DNA杂交过程的新平台,为研究基因芯片的杂交过程提供了一个新方法。; 钟连声齐华文潘忠诚马汝海何群姜雪赵雨杰; 关键词：寡核苷酸序列分析核酸杂交

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赵雨杰

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