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应用免培养法研究云南腾冲热海几个高温热泉的细菌多样性: 应用免培养法(culture-independent approach)研究地球上高温地热环境中的微生物多样性具有重要的理论意义和实际意义.为了更加深入地了解高温地热环境中的微生物多样性,同时进一步完善该实验室的免培养方...; 李沁元; 关键词：DGGE 细菌多样性; 文献传递

云南腾冲热海三热泉细菌多样性的研究被引量：12: 2004年; 应用变性梯度凝胶电泳 (DGGE)对云南腾冲热海 3个高温热泉中菌藻席和泉底沉积物的细菌多样性进行了初步研究。直接从环境样品中提取总DNA ,用两套细菌通用引物进行PCR扩增 ,分别得到包含V8和V9高变区的 1 6SrDNA片段 ,进行DGGE分析。结果表明 :菌藻席和泉底沉积物中不仅物种组成差异较大 ,而且都存在丰富的细菌多样性 ;一些关键的生态因子 ,如氧气、温度等会对群落中微生物的物种组成有很大影响。; 李沁元崔晓龙张东华彭谦徐丽华王涛柴丽红姜成林; 关键词：DGGE 细菌多样性

昆明盐矿古老岩盐沉积中的原核生物多样性被引量：11: 2007年; 应用PCR-DGGE和rRNA分析法研究了昆明盐矿古老岩盐沉积中的原核生物多样性。样品的细菌DGGE分析得到27条带,古菌得到18条带。样品与纯培养得到的19个属菌株的DGGE图谱对比分析发现,细菌18个属菌株,只有1个属菌株与样品中的1条带迁移位置都不一致;古菌1个属的菌株不与样品中任何条带迁移位置一致。表明纯培养所得菌株并非该环境中的优势类群。同时,建立了样品细菌和古菌的16S rDNA克隆文库,从中分别挑取36个细菌克隆和20个古菌克隆进行ARDRA分析。细菌可分为10个OTUs,其中3个OTUs是优势类群,分别占38.9%,25.0%,16.7%,其余7个OTUs各含有1个克隆。古菌分为8个OTUs,没有明显的优势类群。每个OTU的代表克隆16S rDNA序列分析表明,细菌分属3大类群:α-Proteobacteria,γ-Proteobacteria和Actinobacteria,以Pseudomonas属菌为优势,含有其它岩盐沉积中没有发现的Actinobacteria。古菌主要是Halorubrum属、Haloterrigena属菌和未培养古菌。本研究表明,昆明盐矿古老岩盐沉积具有较丰富的原核生物多样性,含有大量未知的、未培养或不可培养的原核生物,但在原核生物物种组成和丰度上,免培养与此前的纯培养研究结果存在一定差异。因此,结合使用两类方法才能较全面地认识高盐极端环境微生物的多样性。; 肖炜彭谦刘宏伟文孟良崔晓龙杨亚玲段东成陈维邓岚李沁元陈义光王治刚任禛刘继辉; 关键词：RDNA PCR-DGGE 克隆文库 ARDRA 原核生物多样性

腾冲热海温泉高温菌研究: 彭谦崔晓龙林连兵和致中徐丽华陈朝银李沁元张东华郭春雷王涛柴丽红; 该项目研究发现腾冲热海主要代表性高温环境存在丰富的微生物群落多样性和物种多样性，至少包含了10个细菌门的细菌类群。热泉的水化学成分是影响热泉微生物生态系统群落结构与组成的重要环境因子；热海的微生物菌属与世界其它地热区的微...; 关键词：; 关键词：微生物多样性

云南三种特色地质区域放线菌多样性及生物合成潜力研究: 在实验室多年开展放线菌资源及其天然产物研究的工作基础上,针对“新产地、新技术、新菌种、新基因、新产物、新用途”的科学理念所涉及的科学与技术问题,选择云南元江彩色膏林、元谋土林、陆良彩色沙林作为研究样区,采用免培养和纯培养...; 李沁元; 关键词：放线菌多样性系统发育生物合成基因簇

滇西二高温热泉原核生物多样性的比较分析被引量：4: 2009年; 直接提取腾冲大滚锅热泉壁、龙陵大沸泉泉底沉积物总DNA,PCR扩增获得古菌和细菌16S rDNA的V_8高变区片段,进行DGGE分析。结果显示,细菌和古菌在2个高温热泉中均有一定数量的存在,而且2个热泉古菌的DGGE条带差异度较大,而细菌在2个高温热泉中数量较多,而且相似较大。; 李华兰王涛李沁元张东华彭谦崔晓龙; 关键词：DGGE 细菌古菌

腾冲热海眼镜泉菌藻席细菌ARDRA指纹图谱分析被引量：1: 2004年; 对腾冲热海眼镜泉中粉红色丝状菌藻席进行ARDRA指纹图谱分析,获得其细菌多样性的部分信息。直接提取菌藻席总DNA,以之为模板PCR扩增出细菌的16SrDNA,将其克隆、转化进入大肠杆菌,获得120个克隆子。用限制性内切酶(RsaⅠ、HhaⅠ、HapⅡ)筛选出了29个16SrDNA插入片段酶切带型差异明显的克隆,表明眼镜泉菌藻席细菌组成丰富。聚类分析显示这29个克隆聚为A、B两个大类,表明该菌藻席可能主要由两个遗传多样性丰富的分类群组成。; 张东华李沁元刘杨崔小龙彭谦; 关键词：菌藻席 RESTRICTION 细菌多样性

一平浪盐矿古老岩盐沉积中可培养细菌的系统发育多样性研究被引量：25: 2007年; 运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对云南省一平浪盐矿古老岩盐沉积中可培养细菌的多样性进行了研究。用补充0.5-3.5mol/L NaCl的MBA和ISP2琼脂培养基从卤水、岩盐和盐土样品中分离到38株细菌,用细菌通用引物进行16S rRNA基因扩增和序列测定,用相关软件进行序列相似性搜索、比对和系统发育分析。结果表明,38个分离菌株可分为31个物种,属于4个大的系统发育类群（Proteobacteria,Bacteroidetes,Firmicutes,Actinobacteria）、17个科、24个属。多数菌株属于Proteobacteria门（18株,47.3%;Gamma-Proteobacteria,31.5%;Alpha-Proteobacteria,15.8%）和Firmicutes门（13株,34.2%）。这些分离菌株中,至少有3个菌株可能代表3个不同属的3个新物种：Y3、Y15和Y25分别代表Idiomarina属、Salinicoccus属和Saccharospirillum属的新物种;而菌株Y21有可能代表Staphylococcaceae科的一个新属。从以上结果可以看出,一平浪盐矿古老岩盐沉积中存在较为丰富的微生物物种多样性和系统发育多样性,并且潜藏着新的微生物资源。; 陈义光李汇明李沁元陈维崔晓龙杨亚玲彭谦文孟良徐丽华邓岚王治刚刘继辉任禛肖炜刘宏伟; 关键词：古老岩盐沉积可培养细菌 RRNA基因系统发育分析细菌多样性

腾冲热海眼镜泉粉红色菌藻席的细菌组成分析被引量：7: 2004年; 应用免培养法系统研究眼镜泉粉红色菌藻席的细菌组成。经过克隆筛选 ,测定了 2 3个克隆的 16SrDNA插入片段的近全序列。与GenBank的序列进行比对和相似性分析 ,结果表明 ,组成该菌藻席的细菌分属于Proteobacte ria、Firmicutes、Bacteroidetes、Actinobacter、Deinococcus_thermus、Aquificals 6个类群 (phylum) ,表现出了高度的细菌多样性。结合分析温度相近的 5个热泉 :Octopusspring、HaegindiandFluidirspring、Olkelduhals、Grendalurspring中的菌藻席细菌组成 ,表明生态位相近的不同环境中 ,其物种组成相近。; 张东华李沁元刘杨彭谦; 关键词：热泉菌藻席细菌多样性生态位

怒江大峡谷怒江州段土壤放线菌多样性被引量：7: 2018年; 【背景】怒江大峡谷怒江州段凭借独特的地理环境、丰富的动植物多样性以及极少的人为干扰,拥有很高的生物多样性调查价值,但对于该生境中的放线菌多样性研究尚未见相关报道。【目的】研究怒江大峡谷怒江州段土壤放线菌多样性情况。【方法】利用Illumina Hi Seq平台对怒江州段土壤样品放线菌免培养多样性进行高通量测序,通过相对丰度、物种聚类、主成分分析对不同样品中放线菌组成及其相似性进行了分析。同时通过9种不同类型培养基结合有效的预处理方法和非目的菌抑制剂进行放线菌的纯培养分离。【结果】高通量测序共获得Tag数目474 203条,OTU数目15 671个,它们分布于细菌域下的47个门90个纲170个目320个科561个属。通过不同样品的比较,发现BS、F-G、F-L、L样品的放线菌免培养多样性普遍优于丙中洛样点的BB、BT、BH样品。纯培养分离共获得351株放线菌,分布于放线菌纲下8个目14个科26个属。所用9种培养基中,YIM171培养基的分离效果最好。通过比较不同样品的放线菌纯培养多样性,丙中洛混合样明显优于其他样品。【结论】怒江大峡谷怒江州段土壤样品中放线菌多样性丰富,应进一步挖掘其放线菌资源潜力,为今后放线菌次生代谢产物的开发提供有效的菌株资源。; 徐方继李桂鼎李沁元陈秀陈秀姜成林; 关键词：怒江大峡谷土壤放线菌多样性 RRNA基因

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李沁元

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