李天亮
- 作品数：1 被引量：1H指数：1
- 供职机构：山东省医药生物技术研究中心更多>>
- 发文基金：山东省医药卫生科技发展计划项目山东省自然科学基金更多>>
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- 胰腺癌Panc-1细胞microRNA差异表达谱生物信息学的分析被引量：1
- 2011年
- 目的:对胰腺癌细胞差异miRNAs表达谱进行生物信息学分析,以期从整体水平揭示microRNA在胰腺癌癌变和进展中的作用。方法:采用含有924条探针的microRNA微阵列检测胰腺癌Panc-1细胞,以3T3成纤维细胞为对照,筛选Panc-1细胞特异性microRNA表达谱;然后对上调和下调microRNA的靶基因进行Gene Ontology、Pathway和TFBS转录因子结合位点分析,以及构建microRNA和靶基因相互作用网络。结果:与3T3成纤维细胞的microRNA表达谱比较,筛选出9个Panc-1上调microR-NA,20个下调microRNA。TargetScan和mi-Randa软件预测出1 166个microRNA靶基因在Panc-1细胞中上调,212个靶基因下调。以上靶基因在DNA代谢、细胞间信号和胞质溶胶3种GO中富集显著;靶基因共涉及50条信号通路,其中富集度P<0.05的信号通路有6条;转录因子结合位点分析表明,CEBP-β、NF-κB和p53等对于上调以及下调的microRNA可能都有调节作用;microRNA和靶基因的相互作用网络分析表明,HIF-1A等基因连接度高。结论:利用生物信息学方法对胰腺癌细胞microRNA表达谱进行数据分析,可以为进一步了解胰腺癌的发病机制提供新的思路。
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- 关键词：胰腺肿瘤微RNAS基因表达谱计算生物学
