常珊
- 作品数：110 被引量：79H指数：5
- 供职机构：江苏理工学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金北京市自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术理学更多>>
- HIV-1整合酶与芳香二酮酸类抑制剂相互作用的分子模拟研究被引量：2
- 2009年
- 用分子对接方法研究了一系列芳香二酮酸类抑制剂与HIV-1整合酶的识别及相互作用.结果表明,抑制剂结合到整合酶Asp64～Leu68,Thr115～Phe121,Gln148～Lys159和Mg2+所构成的口袋区,抑制机理与5CITEP相似.采用分子动力学模拟和MM/PBSA方法计算了芳香二酮酸类抑制剂与整合酶之间的结合自由能,计算结果与实验值相吻合,平均绝对偏差为3.6kJ/mol,体系范德华相互作用和溶剂化效应的非极性项是利于形成复合物的主要因素.相关性分析结果表明,结合自由能值与疏水相互作用有较强的线性相关(R=0.61),基于此,用多元线性回归方法给出了一个能较强预测芳香二酮酸类抑制剂与HIV-1整合酶的结合自由能预测模型,为后续基于抑制剂结构的抗HIV-1药物分子设计提供指导.
- 胡建平张小轶唐典勇常珊
- 关键词：整合酶分子设计
- HIV-1整合酶与抑制剂LCA的结合模式及抗药性研究被引量：5
- 2007年
- Ⅰ型人体免疫缺陷病毒(HIV-1)整合酶(integrase,IN)是病毒生命周期中一个重要的酶,也是研究抗HIV新药的一个重要靶点.运用多构象分子对接和分子动力学(molecular dynamics,MD)模拟,研究了野生型整合酶核心区及G140S点突变的突变态整合酶核心区与抑制剂L-菊苣酸(L-chicoric acid,LCA)的结合模式,并基于该结合模式探讨了G140S突变态整合酶对抑制剂LCA的抗药性.结果表明:LCA结合到G140S突变态整合酶核心区中的位置与结合到野生型整合酶核心区的位置不同,结合位置的差异导致LCA抑制作用的部分丧失;IN功能Loop区的柔性以及Mg2+离子与三个关键残基D64,D116和E152之间的相互作用有助于IN发挥生物学功能;G140S突变态整合酶核心区中的E152与LCA的排斥作用、K159与LCA结合能力的变弱以及Y143指向IN的口袋区是产生抗药性的重要原因.这些模拟结果与实验结果吻合,可为基于IN的抗HIV药物分子设计提供一些有用信息.
- 胡建平常珊陈慰祖王存新
- 关键词：分子对接药物分子设计
- 如何做好数字媒体专业的班主任
- 2015年
- 班主任是班级的管理者和指导者,引导学生在校学习和未来发展。对数字媒体技术专业来说,班主任尤其要注重引导学生提高专业素质和动手实践能力。本文结合高校实际工作,从专业学习和班级管理两方面,探讨如何做好数字媒体专业班主任工作的方法和途径。
- 史航常珊
- 关键词：班主任工作数字媒体技术实践教学教学改革
- 一种测序数据高效处理方法
- 本发明公开了一种测序数据高效处理方法，属于生物医药技术领域，包括如下步骤：根据高通量测序数据为并行计算做准备；根据高通量测序数据为测序数据准备参考序列；通过并行计算过滤掉数据中质量不合格的数据；通过并行计算完成测序数据与...
- 常珊陆旭峰许磊张大为
- 文献传递
- 序列比对的状态监控装置及方法
- 本发明提供了一种序列比对的状态监控装置及方法，其中，在该序列比对的状态监控装置中包括：序列比对模块，用于逐个将比对序列中的碱基与参考序列比对；与序列比对模块连接的比对结果输出模块，用于根据序列比对模块的比对，针对比对序列...
- 常珊陆旭峰
- 文献传递
- 用分子对接方法研究HIV-1整合酶与病毒DNA的结合模式被引量：9
- 2008年
- 用分子对接方法研究了HIV-1整合酶(Integrase,IN)二聚体与3′端加工(3′Processing,3′-P)前的8bp及27bp病毒DNA的相互作用,并获得IN与27bp病毒DNA的特异性结合模式.模拟结果表明,IN有特异性DNA结合区和非特异性DNA结合区;IN二聚体B链的K14,R20,K156,K159,K160,K186,K188,R199和A链的K219,W243,K244,R262,R263是IN结合病毒DNA的关键残基;并从结构上解释了能使IN发挥活性的病毒DNA的最小长度是15bp.通过分析结合能发现,IN与DNA稳定结合的主要因素是非极性相互作用,而关键残基与病毒DNA相互识别主要依赖于极性相互作用.模拟结果与实验数据较吻合.
- 胡建平柯国涛常珊陈慰祖王存新
- 关键词：HIV-1整合酶病毒DNA分子对接药物分子设计
- 甲基苯并唑衍生物与HIV-1逆转录酶相互作用的分子模拟研究
- 2012年
- 对HIV-1逆转录酶(RT)与二氟甲基苯并唑甲基嘧啶硫醚(DFMMT)及甲基苯并唑甲基嘧啶硫醚(MMT)两个甲基苯并唑衍生物的复合物进行了分子动力学模拟,从分子整体、结合模式优化和水分子作用3个角度详细分析了甲基苯并唑衍生物与HIV-1 RT相互识别的机制。结果表明,DFMMT和MMT在RT中的结合位点几乎一致;但DFMMT与RT的π-π堆积作用更强。另外,RT的DFMMT结合口袋中有3个稳定的水分子存在,而MMT结合则没有水分子参与。3个水分子的协同使得DFMMT与RT的相互作用强于MMT,这可能是双氟促进抑制活性的作用机制之一。
- 胡建平唐典勇孙国峰成英常珊
- 关键词：HIV-1逆转录酶分子动力学模拟抑制活性
- HIV-1整合酶G140A/G149A及T66I/S153Y突变后的构象变化被引量：2
- 2010年
- 对HIV-1整合酶(IN)野生体(WT),G140A/G149A和T66I/S153Y突变体分别进行了5ns的分子动力学(MD)模拟,并用成簇和动力学交叉相关图(DCCM)分析了突变前后的构象变化.整体结构分析表明,突变后IN的活性口袋尺寸变化不大,T66I/S153Y突变体分子的整体运动性提高,而G140A/G149A突变体的功能loop区柔性明显上升.INWT的方均根涨落(RMSF)模拟值与B因子实验值的较高相关性证明了柔性分析的合理性.通过成簇分析发现,IN在突变后功能loop区构象有开合运动,构象开放的概率是:体系G140A/G149A>T66I/S153Y>WT.最后DCCM分析结果表明,功能性分区的弱化以及DDE基序残基运动相关性的降低均有可能是突变体G140A/G149A和T66I/S153Y产生抗药性的原因.模拟结果对理解IN突变体的抗药机理以及为基于HIV-1IN的药物分子设计提供了理论帮助。
- 胡建平唐典勇范晶常珊
- 关键词：整合酶突变体构象变化
- 一种多分子同时实现对接的方法
- 本发明公开了一种多分子同时实现对接的方法，属于药物筛选技术领域，根据多分子同时实现对接为并行计算做准备，通过并行计算达到多对分子同时进行对接，使用Hadoop作为并行运算框架，根据hadoop搭建相应的集群用于分子对接，...
- 常珊陆旭峰梅向东史航
- 文献传递
- 一种用于研究新型冠状病毒靶点蛋白的分子对接方法
- 本发明公开了一种用于研究新型冠状病毒靶点蛋白的分子对接方法，确定对接任务的目标COVID‑19数据，选择上传该对接任务对应配体的数据文件，所述配体为小分子或者多肽或抗体蛋白；使用对接引擎将配体与目标COVID‑19数据进...
- 庞明威何王秋刘凯朴莲花孔韧常珊
