方苓 作品数:81 被引量:570 H指数:13 供职机构: 广东省疾病预防控制中心 更多>> 发文基金: 广东省医学科学技术研究基金 广东省科技计划工业攻关项目 国家自然科学基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 农业科学 生物学 更多>>
广东省2008-2015年诺如病毒感染暴发的危险因素分析 被引量:41 2017年 目的研究2008-2015年广东省诺如病毒感染暴发疫情的危险因素,为诺如病毒感染的预防控制工作提供参考依据。方法通过“突发公共卫生事件报告管理信息系统”收集2008年1月1日至2015年12月31日广东省报告的诺如病毒感染暴发疫情资料,并进行流行病学分析。采用RT-PCR方法对2012--2015年73起诺如病毒感染暴发疫情的372份阳性标本进行基因测序亚型分析。结果2008--2015年广东省共报告96起诺如病毒感染暴发疫情,其中2013—2015年共报告80起(占83.3%,80/96)。暴发地点在学校的占全部疫情的85.4%(82/96);传播途径为食源性传播占40.6%(39/96),接触传播占24.0%(23/96),水源性传播占7.3%(8/96)。基因测序亚型分析显示,2012—2013年的暴发主要由GⅡ.4/Sydney2012型诺如病毒感染引起(占30.0%,6/20),2014—2015年的暴发主要由GⅡ.17型诺如病毒感染引起(占62.3%,33/53)。结论食源性和接触传播及新出现的2种诺如病毒变异株GⅡ.4/Sydney2012变异株和GⅡ.17是引起广东省诺如病毒感染暴发的主要原因。 杨芬 孙立梅 李晖 郭丽丽 方苓 谭小华 龙遗芳 柯昌文 何剑峰关键词:诺如病毒 流行病学 基因分型 人禽流感H5N1毒株NS基因特征和分子进化 目的通过对人禽流感H5N1毒株NS基因序列的变异分析,揭示毒株NS基因特征与进化。方法检测广东地区人禽流感H5N1毒株NS基因核苷酸序列,同时检索全球人禽流感H5N1毒株NS基因序列,采用DNAStar5.0软件对检索的... 方苓 邹丽容 黄平 陈秋霞 李晖 柯昌文关键词:人禽流感 NS基因 进化 文献传递 A组轮状病毒G1和G9亚型的二重qPCR检测 被引量:1 2013年 目的建立快速检测A组轮状病毒G1和G9亚型的二重实时荧光定量PCR(qPCR)检测法。方法针对A组轮状病毒G1和G9亚型VP7基因的保守区域与高变区域,设计特异的引物、探针。构建含A组轮状病毒G1和G9亚型VP7基因的质粒,将其作为该检测系统的阳性标准品,优化A组轮状病毒G1和G9亚型的qPCR检测系统。结果该方法检测A组轮状病毒G1和G9亚型阳性样本的灵敏度为103copies/μL,对其他亚型的标准质粒检测呈阴性。结论本实验建立的A组轮状病毒G1和G9亚型的二重qPCR检测方法具有良好的特异度、敏感度和重复性,该方法的应用有助于A组轮状病毒G1与G9亚型感染的早期快速诊断。 徐垚 曹以诚 李晖 方苓 祖冬梅关键词:轮状病毒属 聚合酶链反应 核酸探针 2015-2017年广州市生活污水肠道病毒监测 被引量:5 2021年 目的了解广州市生活污水肠道病毒(Enterovirus,EV)型别。方法2015-2017年每月采集广州市某污水处理厂生活污水样本,采用阴离子膜吸附-超声波振荡法对样本进行病毒富集,接种于RD、L20B和HEp-2细胞进行EV分离,通过RT-PCR和VP1编码区核苷酸序列测定进行型别鉴定,分析脊髓灰质炎(脊灰)病毒(Poliovirus,PV)和非脊灰肠道病毒(Non-polio enterovirus,NPEV)分离阳性率和型别构成。结果在144份生活污水样本中,PV和NPEV分离阳性率分别为69.44%(100份)和79.86%(115份)。共分离到233株PV疫苗相关株,其中PV1、PV2和PV3血清型分别占20.60%(48株)、12.45%(29株)和66.95%(156株);发现3株PV1和1株PV3脊灰疫苗高变异株以及1株II型疫苗衍生脊灰病毒(Vaccine-derived poliovirus,VDPV);2015年、2016年和2017年PV2疫苗相关株分别为25株、4株和0株。共分离到339株NPEV,其中埃可病毒(Echovirus,E)、柯萨奇病毒B组(Coxsackievirus group B,CVB)、柯萨奇病毒A组(Coxsackievirus group A,CVA)、未分型毒株分别占59.59%、34.22%、0.29%、5.90%;E、CVB和CVA分别鉴定出10种、5种和1种基因型,优势基因型为E6(85株)、E11(65株)和CVB3(55株)。结论2015-2017年广州市生活污水EV检出率较高,PV2疫苗相关株显著减少。仍需持续开展外环境EV监测以评估脊灰或NPEV相关疾病的风险。 李彩霞 郑焕英 祝双利 郭雪 曾汉日 方苓 李晖 张勇 邓小玲关键词:肠道病毒 脊髓灰质炎病毒 非脊髓灰质炎肠道病毒 生活污水 人禽流感H_5N_1毒株PB1基因突变分析 被引量:3 2007年 目的通过对人禽流感H5N1毒株PB1基因序列的变异分析,揭示毒株PB1基因的特征与进化。方法检测广东地区人禽流感H5N1毒株PB1基因核苷酸序列,同时检索全球人禽流感H5N1毒株PB1基因序列,采用DNAStarLa-sergene软件对检索的人禽流感H5N1毒株PB1基因核苷酸序列进行比对和分析,并结合流行病学资料对变异毒株进行进化速度分析。结果将50株毒株PB1基因核苷酸序列按同源性分成两组:1997-1998年毒株为第1组(G1),2003-2006年毒株为第2组(G2)。PB1基因74个氨基酸发生位点置换,占9.78%(74/757)。PB1基因Ks值为26.1×10^-6~39.8×10~Nt/d,Ka值为3.91×10^-6~5.59×10^-6~Nt/d,检验结果显示,基因进化受到负选择性压力。2003-2006年毒株(G2)丢失G757,引起氨基酸结构改变;同时糖基化位点也较1997-1998年毒株减少了1个糖基化位点NES382-384。结论目前PB1基因进化分成两组,自发突变作用影响PB1基因进化;PB1基因与PB2基因的进化途径在时间特征和区域特征方面类似。2003-2006年毒株PB1基因氨基酸结构和糖基化位点均有改变。 黄平 俞守义 柯昌文 邹丽容 方苓 李晖 陈秋霞关键词:人禽流感 突变 进化 2006-2008年广东省病毒性脑炎监测情况分析 被引量:14 2009年 目的了解广东省病毒性脑炎的病原学特征和流行病学特点。方法分别选择位于广东省中部、西部和东部的各1家三甲医院为监测点,以临床诊断为病毒性脑炎的病例为监测对象,于2006年9月至2008年9月收集有关病例信息,并采集病例的血清和脑脊液,分别采用ELISA和RT—PCR(或PCR)的方法进行病原学检测,ELISA法检测单纯疱疹病毒(HSV)、乙脑病毒(JEV)、腺病毒(ADV)、埃可病毒(ECOH)、柯萨奇病毒(COX)、巨细胞病毒(CMV)IgM抗体;RT—PCR(或PCR)法检测黄病毒(包括乙脑病毒和西尼罗病毒WNV)、肠道病毒(包括埃可病毒和柯萨奇病毒)、单纯疱疹病毒Ⅰ和Ⅱ型、腺病毒、巨细胞病毒和Colti病毒的病毒核酸。同时收集同期广东省报告乙脑病例资料进行比较分析。结果2006年9月至2008年9月3家监测医院共收治病毒性脑炎病例195例,男女性别比为1.6:1(120/75),各年龄段均有发病,但以10岁及以下儿童为多,占26.67%;同期广东省共报告乙脑发病例数296例,其中以10岁及以下和11~14岁儿童为主,分别占70.27%、26.01%。对3家监测医院收集的152例病毒性脑炎病例的血清进行病毒IgM抗体检测,共有47例病毒IgM抗体阳性,阳性率为30.92%。其中腺病毒IgM抗体阳性的最多,共有20例,占血清阳性病例数的42.55%,其次是单纯疱疹病毒IgM抗体阳性15例,占31.91%,乙脑病毒、巨细胞病毒、埃可病毒、柯萨奇病毒IgM抗体检测阳性数分别为5、3、3、1例;检测109例脑脊液,均未检测到病毒核酸;75.90%的监测病例未能检测出病毒抗体或病毒核酸。结论乙脑病例主要以1~14岁儿童为主,而其他病毒性脑炎在各年龄组均有发病;除乙脑外,腺病毒、单纯疱疹病毒是广东省病毒性脑炎常见的病原体。应建立快速敏感的检测方法以进一步明确病毒性脑� 陈秋霞 莫艳玲 邹丽容 方苓 吴德 李晖 黄平 柯昌文关键词:流行病学 2006-2009年广州急性呼吸道感染患者病毒病原学调查 被引量:11 2011年 目的了解广州地区2006-2009年急性呼吸道感染(ARI)患者各病毒病原体的感染状况。方法于2006年9月至2009年9月在广州医学院附属第二医院收集1554例ARI患者发病1~3d内的咽拭子和鼻拭子各1根,共收集1554份。应用荧光定量PCR方法检测标本中流感病毒A型和B型(FluA、FluB)、腺病毒(ADV)、鼻病毒(HRV)、呼吸道合胞病毒(RSV)、副流感病毒1、2、3型(HPIVl、HPIV2、HPIV3)、偏肺病毒(MPV)、冠状病毒(HCoV)229E型(229E)、HCoVOC43感染等11种病毒的核酸。分析各病原体感染的流行病学特征及主要临床症状。结果1554份标本的病毒总检出率为65.9%(1024/1554),RSV检出率最高,为16.8%(261/1554),其他病毒的检出率从高到低依次为HRV[13.9%(216/1554)]、FluA[11.6%(181/1554)]、MPV[6.5%(101/1554)]、FluB[6.4%(99/1554)]、HPIV[4.9%(76/1554)]、ADV[3.5%(55/1554)]、HCoVl2.3%(35/1554)j。HPIV和HCoV在各年龄组人群中的感染率相近;FluA和FluB感染率在15—24岁人群中最高,分别为16.5%(29/176)、7.4%(13/176);MPV、RSV和HRV在4岁以下儿童中的感染率最高,分别为9.7%(49/503)、21.7%(109/503)、18.9%(95/503);ADV的感染率在5~14岁人群中感染率最高,为6.0%(19/318)。HPIV和HRV的发病率无明显季节特征,FluA、FluB、RSV、ADV、MPV和HCoV的流行有~定的季节特征。ARI患者中存在22.2%(227/1024)的患者合并感染其他呼吸道病毒。FluA、FluB、ADV感染患者出现高热症状的比例较高,分别为90.1%(163/181)、88.9%(88/99)、92.7%(51/55)。结论RSV是引起ARI的主要病毒病原体,新发现的病原体如MPV也是引起ARI的重要病原体;部分病原体的感染与年龄和季节有一定的关联;ARI患者中部分合并感染其他呼吸道病毒。 邹丽容 周杰 李晖 莫艳玲 陈秋霞 方苓 武婕 吴德 黄平 柯昌文关键词:呼吸道感染 急性病 病毒 广东省一株新型肠道病毒EV-B83型的全基因组序列进化分析及重组分析 被引量:1 2020年 本研究对2001年广东省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例中分离到的一株肠道病毒AFP341GD-CHN2001株进行了高通量测序后,获取该全基因组序列,经鉴定该毒株为EV-B83。为了解该广东省首株EV-B83分离株的全基因组特征及其重组特点,本研究对AFP341GD-CHN2001毒株通过最大似然法构建系统进化树,利用bootscanning分析该毒株与其它型别肠道病毒的重组位点,最后根据该重组位点分区段构建系统进化树,进一步验证重组分析结果。全长VP1序列构建的分子进化树表明,AFP341GD-CHN2001毒株与EV-B83原型株及柬埔寨SEP025KH2012分离株形成一簇;初步构建P1、P2、P3编码区序列系统进化树,提示该分离株在其分子进化中可能存在基因重组,而bootscanning分析表明非结构蛋白编码区是其发生基因重组的区域。根据bootscanning分析的断裂点对该毒株的全基因组序列分成3段构建系统进化树,该系统进化分析结果进一步明确该分离株于2B、2C、3D非结构编码区存在型间重组,与AFP341GD-CHN2001发生重组的毒株为CV-A9分离株NSW-V20AU2008、CV-B2分离株NSW-V53AU2010以及CV-B3分离株SSMJL-CHN2006。当前GenBank数据库中仅有来自美国以及中国云南的两株EV-B83全基因组序列,缺乏对该基因型的分子进化特征描述,本研究中的AFP341GD-CHN2001毒株为广东省首株EV-B83分离株,扩展了EV-B83数据信息,为今后EV-B83的研究提供了基础性资料。 彭金菊 李彩霞 曾汉日 方苓 林惠芳 李晖 陆靖 郑焕英关键词:高通量测序 1种洁厕剂杀灭微生物效果及毒性的试验观察 2002年 廖如燕 林锦炎 方苓 胡永成 张里君关键词:消毒效果 定量杀菌试验 毒性 稳定性 一步法微滴数字PCR检测生菜中GII型诺如病毒 被引量:11 2019年 目的:采用逆转录微滴数字聚合酶链式反应(reverse transcription droplet digital polymerase chain reaction,RT-ddPCR)技术和QX200 Droplet Digital PCR System,建立一步法RT-ddPCR高灵敏快速检测生菜中GII型诺如病毒(norovirus genegroup II,NoV GII)的方法。方法:优化RT-ddPCR检测NoV GII的反应体系;通过10倍梯度稀释的NoV GII线性阳性质粒确定RT-ddPCR的检测范围;利用其他常见的肠道病毒核酸(非GII型诺如病毒)作为反应模板,与NoV GII核酸同时进行RT-ddPCR,判定反应体系的特异性,并通过不同时间多次检测样品的方式判断该检测方法的稳定性。采用ISO/TS 15216-1:2013食品中诺如病毒RNA提取方法,对人工染毒不同水平(高、中、低)的NoVGII生菜样品进行检测,同时研究去除抑制物前后对RT-ddPCR检测的影响,并与逆转录定量聚合酶链式反应(reverse transcription quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)进行检测回收率的对比,探究RT-ddPCR在食品中NoV GII快速与定量检测上的发展潜力与应用前景。结果:RT-ddPCR的最高检测限为8.47×104 copies/μL,最低检测限为2.12 copies/μL,RT-ddPCR扩增效率为95.44%,标准曲线相关系数为0.997 3。在不同浓度人工染毒生菜样品中,抑制物的存在对ddPCR回收率检测结果没有显著性差异。在高、中染毒浓度下,抑制物对RT-qPCR与RT-ddPCR回收率检测结果影响不显著。低浓度下,未去除抑制物的RT-qPCR法平均回收率仅1.43%,与去除抑制物后的RT-qPCR检测结果(平均回收率为9.71%)有显著差异,且与RT-ddPCR的检测结果(未去除抑制物的RT-ddPCR平均回收率为11.80%,去除抑制物后平均回收率为12.53%)存在显著性差异。结论:生菜抑制物对RT-ddPCR的检测影响不显著,利用RT-ddPCR可有效测出低浓度的受污染样品,避免用现有的RT-qPCR方法因抑制物带来的"假阴性"检测结果。本实验建立的RT-ddPCR方法能高效、灵敏地检测出受污染食品中NoV GII的低病毒� 陈嘉茵 方苓 吴诗微 唐书泽 张志强 李晖 吴希阳关键词:一步法 生菜