敖元云
- 作品数：9 被引量：12H指数：3
- 供职机构：中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金浙江省大学生科技创新活动计划(新苗人才计划)项目南京市医学科技发展项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学更多>>
- 人博卡病毒VP2蛋白的原核表达及血清学检测方法的建立被引量：3
- 2012年
- 目的获得高表达量的人博卡病毒（HBoV1、HBoV2）VP2蛋白，建立血清学检测方法。方法按照大肠埃希菌密码子使用偏性，对HBoV1、HBoV2VP2衣壳蛋白基因编码区序列进行优化合成。将合成的目的基因克隆至表达载体pET30a，构建重组表达质粒pET30a-VP2，转化大肠埃希菌BL21（DE3），使用IPTG诱导表达并摸索最佳表达条件；粗提取蛋白进行Ni亲和层析纯化后建立间接酶联免疫吸附试验（ELISA），进行临床血清标本筛查，分析人群HBoV1、HBoV2感染情况。结果优化合成的HBoV1、HBoV2VP2基因正确连接至pET30a载体，开放阅读框正确，用1mmol／LIPTG过夜诱导表达（25℃）得到高表达量的VP2蛋白，目的蛋白主要以包涵体的形式存在。粗提取蛋白经Ni—NTA亲和层析，在pH4．5时获得较理想的纯化蛋白，以其为抗原建立ELISA检查方法，筛查临床血清标本IgG抗体水平，结果显示健康儿童HBoV1阳性率为62．2％，HBoV2阳性率为55．5％，混合感染率为37％。结论本研究成功将H-BoV1、HBoV2VP2衣壳蛋白基因编码区序列进行优化，得到了较高的蛋白表达量，所建立的ELISA法可以应用于HBoV1、HBoV2人群血清流行病学调查。
- 蒿叶霞高基民金玉李晓乐李金松谢志萍敖元云陈惜倩陈克娜段招军
- 关键词：人博卡病毒密码子酶联免疫吸附试验
- 诺如病毒河北卢龙株NHBGR59全基因组序列分析被引量：1
- 2016年
- 目的 分析河北卢龙县腹泻儿童粪便标本中存在的诺如病毒株NHBGR59的全基因组序列，了解其基因结构特点和进化特征。方法根据454高通量测序获得的两个重叠群（contig）和诺如病毒参考株序列（GenBank登录号KM198534）设计NHBGR59特异性引物，用重叠反转录聚合酶链反应（ReversetranscriptionPCR，RT—PCR）和cDNA末端快速扩增的技术（rapid—amplificationofcDNAends，RACE）的方法扩增其全长基因，经过分子克隆、测序获得全基因组序列，然后进行三个开放阅读框（OpenReadingFrames，ORFs）序列和系统进化树的分析。结果诺如病毒河北卢龙珠HBGR59病毒全基因组全长为7563bp（除了PolyA尾），病毒基因组分为三个ORFs：ORF1（5～5098nt）、ORF2（5079—6731nt）和ORF3（6731～7510nt），其中ORFl和ORF2之间有20bp重叠，ORF2和ORF3之间有lbp重叠。经过全基因组序列分析发现其和基因组II基因型6（genogroupIIGenotypeVI，GII．6）诺如病毒株30443同源性最高（同源性为98．O％）。ORF2以及ORF3核苷酸和氨基酸序列与株30443同源性最高（分别为97．0％，98．0％；99．0％，98．0％）。ORFI的基因和氨基酸序列与台湾暴发的急性胃肠炎GII．6株11-FJ-5（GenBank号KM461694）同源性最高（99．0％，99．3％），只在高突变P2区发生一个氨基酸突变位点：aa308D—N；其中衣壳区的氨基酸序列与其他GII-6型诺如病毒相似度为73．0％～99．3％。进化树分析发现河北卢龙株HBGR59与GII．6型株30443和11-FJ-5亲缘关系最近。结论河北卢龙株HBGR59为诺如病毒GII．6型，进化关系上与已报道的GII.6型株30443和11-FJ-5最近。
- 敖元云虞结梅李莉莉靳淼段招军
- 关键词：诺如病毒进化树基因组
- 一种新型甲型肝炎病毒株及其应用
- 本发明涉及病毒领域，具体讲，涉及一种新型甲型肝炎病毒株及其应用。该病毒株的保藏编号为CGMCC NO.11200，全基因序列如SEQ ID NO：1所示。本发明还涉及该新型甲型肝炎病毒的应用，包括制备用于预防和/或治疗甲...
- 段招军虞结梅李利利敖元云
- 文献传递
- 广西猕猴中发现GⅡ.17型诺如病毒及其全基因组序列分析被引量：1
- 2017年
- 目的 了解广西省龙虎山猕猴粪便标本中的GⅡ.17型诺如病毒的流行情况、基因结构和进化特征.方法 2015年3月～8月收集400份野生猕猴粪便标本,利用建立好的HISEQ高通量测序技术在粪便标本中发现了GⅡ.17型诺如病毒,命名为GX213.采用反转录-聚合酶链反应（Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR）技术对其进行了序列鉴定、全长扩增和检测研究,并对三个开放阅读框（Open reading frames,ORFs）进行了序列和遗传进化分析.结果 筛查结果显示阳性率为0.5％ （2/400）.诺如病毒GX213毒株基因组全长为7 565 bp（包括PloyA尾）,其基因组分为三个ORFs：ORF1（10～5112nt）、ORF2（5093 ～ 6715 nt）和ORF3（6715 ～ 7494nt）,其中ORF1与ORF2之间重叠20 bp,ORF2和ORF3之间重叠1 bp.GX213病毒株全基因组序列分析显示,其与引起2014年至2015年亚洲部分地区暴发的新型人GⅡ.17型诺如病毒变异株CUHK-NS-613（GenBank ID：KU561248）同源性最高（同源性最高为99.5％）.ORF1和ORF3区核苷酸和氨基酸序列都与CUHK-NS-613同源性最高（分别为99.5％,99.4％;99.5％,99.2％）.ORF2区分析序列发现其与CUHK-NS-491毒株（GenBank ID：KP698928）同源性最高,核苷酸和氨基酸同源性分别为99.4％和99.8％,仅P1.1区发现了一个氨基酸的突变aa245P→S.另外,RdRp核苷酸和VP1氨基酸序列进化树分析显示该病毒株与人GⅡ.17型诺如病毒CUHK-NS-613和CUHK-NS-491的进化关系最近,而与首次被发现的猴GⅡ.17型诺如病毒KM1509（GenBank ID：KX356908）次之.结论 本研究发现的GX213属于2014年至2015年在亚洲地区引起暴发的新型人GⅡ.17型诺如病毒变异株,提示GⅡ.17型诺如病毒为人猕猴共患病毒.
- 信云云敖元云李利利虞结梅李金松林琳张兵
- 关键词：猕猴诺如病毒进化分析
- 中国广西龙虎山野生猕猴粪便的病毒宏基因组学分析被引量：3
- 2016年
- 非人灵长类携带的病毒种类繁多,其中部分对人具有致病性。为深入了解我国野生猕猴携带病毒的状况,本研究应用MiSeq高通量测序及生物信息学分析技术,对从广西采集的280份猕猴粪便标本进行了病毒宏基因组学的分析。高通量测序共获得了233 726 79条读长(Reads),其中4641条序列与病毒相关,进一步注释到27个病毒科(包含细小病毒科中的细小病毒亚科和浓核病毒亚科),包括其中5种脊椎动物病毒(占78.2%)、6种昆虫病毒(占5.5%)、11种植物病毒(占10.4%)、其他的病毒(占9.8%);遗传进化分析结果显示,被注释为萨佩罗病毒、肠道病毒、细小病毒、腺相关病毒等序列与已知病毒相似,部分序列呈现明显的差异;应用PCR扩增进一步证实了病毒序列的真实存在。本研究初步确定了广西地区猕猴粪便中病毒的病毒谱,为深入分析和研究其中有潜在公共卫生意义的病毒奠定了基础。
- 刘文彬张翠媛虞结梅李利利敖元云段招军
- 关键词：猕猴高通量测序
- 2017年1月全国突发公共卫生事件及需关注的传染病风险评估被引量：4
- 2017年
- 目的评估2017年1月国内外突发公共卫生事件及需要关注传染病的风险。方法根据国内外突发公共卫生事件报告及重点传染病监测等各种资料和部门通报信息,采用专家会商法,并通过视频会议形式邀请省(直辖市、自治区)疾病预防控制中心专家参与评估。结果根据近期传染病和突发公共卫生事件监测数据,结合既往突发公共卫生事件发生情况及传染病流行特点分析,预计2017年1月全国总报告事件数和病例数将较2016年12月有所下降,事件类别主要以发生在学校的水痘、流行性感冒、流行性腮腺炎、其他感染性腹泻等传染病事件为主。近期我国内地将继续出现人感染H7N9禽流感散发病例,不排除出现H7N9禽流感聚集性病例以及人感染其他亚型动物流感病毒病例的可能。流行性感冒、水痘、流行性腮腺炎等呼吸道传染病将出现季节性升高。病毒性腹泻暴发疫情将持续发生,且诺如病毒仍将为主要致病原。寨卡病毒病输入我国的风险持续存在,输入后在南方蚊媒条件适宜的地区仍有引发本地传播的风险,但导致大规模本地传播的风险极低。中东呼吸综合征从沙特等中东国家输入我国的风险持续存在,但导致大规模疫情的风险低。因燃煤取暖导致的非职业性一氧化碳中毒事件正处于高发时段。结论 2017年1月我国的突发公共卫生事件及传染病疫情发生态势与往年相似,将是全年突发公共卫生事件报告数较少的月份之一;需关注人感染禽流感、流行性感冒、病毒性腹泻、寨卡病毒病、中东呼吸综合征等传染病疫情引发的公共卫生风险。
- 孟玲向妮娟汪立杰赵善露敖元云洪志恒涂文校倪大新金连梅
- 关键词：突发公共卫生事件传染病疫情风险评估
- GIV诺如病毒荧光定量一步RT-PCR方法的建立
- 2016年
- 目的 建立灵敏、特异的GIV诺如病毒的荧光定量检测方法.方法 合成针对GIV诺如病毒的特异性引物以及Taqman探针,优化反应体系及条件,根据我国新发人GIV诺如病毒序列（GenBank序列号：KC894731）构建荧光定量检测的RNA标准品,对其灵敏度、特异性、重复性进行评估,以传统逆转录-聚合酶链反应（Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR）的方法作为参考评价.结果 该方法检测的灵敏度可以达到1.0×102拷贝/μl,检测范围为102 ～ 108拷贝/μl;与GⅠ、GⅡ诺如病毒、肠道腺病毒、轮状病毒、星状病毒等无交叉反应;批内和批间重复性实验的循环阈值（Ct）变异系数（CV）分别小于1.31％和3.68％;在阳性粪便标本的对比检测中发现,该方法与普通RT-PCR相比具有灵敏度高、能够定量的优势.结论 本研究建立的检测GIV诺如病毒的荧光定量一步RT-PCR法,可应用于G1V诺如病毒的检测.
- 敖元云虞结梅周冬梅靳淼李莉莉段招军
- 关键词：诺如病毒荧光定量
- 一种新型甲型肝炎病毒株及其应用
- 本发明涉及病毒领域，具体讲，涉及一种新型甲型肝炎病毒株及其应用。该病毒株的保藏编号为CGMCC？NO.11200，全基因序列如SEQ？ID？NO：1所示。本发明还涉及该新型甲型肝炎病毒的应用，包括制备用于预防和/或治疗甲...
- 段招军虞结梅李利利敖元云
- 我国鼠诺如病毒的分离培养及其基因组序列分析被引量：1
- 2017年
- 目的分离我国鼠诺如病毒(murine norovirus,MNV)(命名SH1603),并进行基因组序列测定和分析。方法利用RAW264.7细胞分离MNV SH1603,参考国外已发表的MNV4(DQ223043)基因组序列设计引物,经重叠的反转录PCR扩增全基因组,利用生物信息学软件对全基因组序列进行分析。结果 MNV SH1603引起RAW264.7细胞病变,其基因组全长7 238个核苷酸,包括4个开放阅读框(open reading frames,ORF),预测的ORF1、ORF2、ORF3、ORF4编码蛋白大小分别为186 000、58 000、22 000和23 000,其中ORF1和ORF2之间有14个核苷酸重叠,ORF2和ORF3之间有1个核苷酸重叠,ORF4包含在ORF2中。NCBI Blast比对发现,SH1603基因组与MNV4同源性最高(94%)。衣壳蛋白区的进化分析发现,SH1603与MNV4(DQ223043)和Berlin0606(EF531291)亲缘关系最近。衣壳蛋白区氨基酸比对发现,SH1603与MNV4比较,有4个位点突变,分别为aa211S→A、aa358I→V、aa404E→L、aa534V→A。结论已分离到1株MNV,与国外报道的MNV4具有高度的进化亲源关系,为我国进一步研究MNV流行和致病机制奠定了基础。
- 王慧敏庞立丽敖元云王莹袁越田婵新燕段招军
- 关键词：全基因组分析
