张曦
- 作品数：7 被引量：29H指数：3
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- 牡丹LINE类反转录转座子RT序列的克隆及分析被引量：6
- 2014年
- 利用LINE简并引物从中原牡丹品种‘洛阳红’中扩增出580 bp左右的目的条带,对其回收、克隆、测序及相关生物信息学软件分析后获得32条LINE类牡丹反转录转座子RT（反转录酶）序列。这些序列长度为547 - 593 bp,主要表现为点突变,经Clustal W比对其同源性为25.7% - 94.2%。将其核苷酸序列经聚类后可分为4个家族,其中家族Ⅰ 和Ⅲ分别占总序列数的50%和28%。将32条RT序列翻译成氨基酸序列,在第18氨基酸序列处有1个非常保守的的甘氨酸（Gly）,在138氨基酸序列处有1个半保守的赖氨酸（Lys）位点。32条序列均发生较多的终止密码子突变和移码突变。与其他物种的系统进化树分析,表明牡丹LINE类反转录转座子RT序列既有一定的保守性,同时也与其他物种间存在一定的同源性。
- 宋程威郭大龙张曦郭丽丽侯小改
- 关键词：反转录酶
- 牡丹Ty1-copia类反转录转座子LTR序列的分离及其种质资源评价
- 牡丹（ Paeonia suffruticosa Andrews.）属于芍药科（ Paeoniaceae）芍药属（Paeonia L.）牡丹组（Sect. Mouton DC.）的木本植物，起源古老，是科学界公认的比较原...
- 张曦
- 关键词：种质资源
- 利用iPBS技术克隆牡丹反转录转座子LTR序列被引量：3
- 2014年
- 利用iPBS方法从西北牡丹(Paeonia suffruticosa)品种红绣球和中原牡丹品种洛阳红中扩增出相应片段,经回收、克隆及测序,获得了12条来自牡丹LTR类反转录转座子的LTR序列,并用相关生物信息学软件对序列进行分析。结果表明,这些核苷酸序列表现出较高的异质性,主要表现为缺失突变,序列长度变化范围为313–894 bp,同源性从31.1%–65.8%不等。将其氨基酸序列与已登录的不同植物LTR类反转录转座子LTR氨基酸序列进行聚类分析,结果显示与某些植物相应序列具有较高的同源性,表明可能存在LTR类反转录转座子的横向传递关系。根据克隆出的LTR序列设计SSAP引物,对牡丹29个品种进行了SSAP分子标记分析,结果显示具丰富的多态性。实验验证了用iPBS技术分离牡丹LTR序列的适用性,并为牡丹种质资源评价提供了新的技术手段。
- 张曦侯小改郭大龙宋程威段亚宾
- 一种SSAP分子标记技术在牡丹上的标记方法
- 一种SSAP分子标记技术在牡丹上的标记方法，包括设计引物、牡丹基因组DNA的提取、牡丹基因组DNA酶切、接头的准备、酶切产物和接头的连接、连接产物的预扩增、选择性扩增反应、聚丙烯酰胺凝胶电泳检测等步骤。本发明通过设计牡丹...
- 侯小改郭大龙张曦宋程威刘素云赵威马慧丽
- 文献传递
- 植物LTR类反转录转座子序列分析识别方法被引量：11
- 2012年
- LTR类反转录转座子(Long terminal repeat retrotransponson)是真核生物中的一类重要转座元件,具有分布广泛、异质性高等特点,在真核生物基因组进化中起着重要作用,现广泛应用于植物的基因功能分析和遗传多样性研究等方面。LTR类反转录转座子的序列识别是其应用的前提条件,因此对LTR类反转录转座子的序列鉴定和分析方法的研究具有重要的理论意义和实际应用价值。LTR类反转录转座子序列的生物信息学分析软件按原理可大致分为序列比对分析和相关序列保守区域识别鉴定两类。比对软件如BLAST、DNAstar等,是一种序列相似性搜索程序,通过与已知的反转录转座子序列比对后的序列相似性来判断未知序列是否是反转录转座子序列,但这类软件不能直接获得具体的LTR等特征序列的相关信息,不能对反转录转座子序列的全长进行识别。识别鉴定软件按原理可分为从头算起法、比较基因组法、同源搜索法和结构基础法4种,如LTR-Finder等基于从头算起法的识别鉴定软件,可对LTR类反转录转座子全序列进行较准确地预测和注释,RepeatMasker等基于同源搜索法的软件,通过与数据库中的序列的相似性比对后发现可能存在的LTR类反转录转座子。文章对不同的LTR类反转录转座子预测方法进行了比较和分析,在此基础上归纳总结出一套分析LTR类反转录转座子序列的操作流程,旨在为LTR类反转录转座子序列的分析提供参考。
- 侯小改张曦郭大龙
- 牡丹Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶序列的克隆及分析被引量：13
- 2013年
- 根据 Ty3-gypsy 反转录转座子反转录酶的保守序列设计简并引物,从中原牡丹(Paeonia suffruticosa Andrews)品种‘洛阳红’和野生种卵叶牡丹(Paeonia qiui Y. L. Pei et D. Y. Hong)中扩增出430 bp 左右的目标片段。目的条带经回收、克隆、测序及相关生物信息学软件进行序列分析后,获得了13 条来自牡丹的 Ty3-gypsy 反转录转座子反转录酶序列。这些核苷酸序列具有较高的异质性,主要表现为缺失突变,序列长度变化范围为 412 ～ 446 bp,同源性范围为 71.5% ～ 94.8%。翻译成氨基酸后,有 12 条序列出现 1 ～ 9 个不同程度的终止密码子突变,3 条序列出现移框突变。其核苷酸序列经过系统聚类后可分为 6 个家族。将其氨基酸序列与已登录的不同物种 Ty3-gypsy 反转录转座子反转录酶的氨基酸序列进行聚类分析,结果表明与其他植物具有较高的同源性,表明它们间可能存在着 Ty3-gypsy 反转录转座子的横向传递。
- 侯小改郭大龙黄燕梅张曦
- 关键词：反转录酶
- 一种SSAP分子标记技术在牡丹上的标记方法
- 一种SSAP分子标记技术在牡丹上的标记方法，包括设计引物、牡丹基因组DNA的提取、牡丹基因组DNA酶切、接头的准备、酶切产物和接头的连接、连接产物的预扩增、选择性扩增反应、聚丙烯酰胺凝胶电泳检测等步骤。本发明通过设计牡丹...
- 侯小改郭大龙张曦宋程威刘素云赵威马慧丽
- 文献传递
