陈源源
- 作品数：11 被引量：54H指数：4
- 供职机构：江南大学生物工程学院工业生物技术教育部重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科技资源平台项目国家高技术研究发展计划教育部“新世纪优秀人才支持计划”更多>>
- 相关领域：生物学轻工技术与工程化学工程更多>>
- GenBank数据库中微生物rDNA序列准确性研究被引量：4
- 2012年
- rDNA序列同源性分析是目前常用的一种微生物分子鉴定方法。在该方法中,待鉴定微生物的rDNA序列需要与GenBank数据库中的相关序列进行同源性比对,从而得出该菌株的具体种属。从GenBank数据库中收集了细菌16S rDNA序列、丝状真菌ITS序列以及酵母26S rDNA D1/D2区域序列共88条,通过BLAST比对和构建系统发育树的方法对所收集rDNA序列的准确性进行了验证。结果发现有17条序列(19.3%)的长度过短,无法提供足够的系统发育信息;5条序列(5.6%)存在错误命名或测序不准确问题;58条序列(65.9%)没有相关文章发表;62条序列(70.4%)无法获取对应的微生物保藏物。从而提示了GenBank数据库的有限参考价值,在微生物分子鉴定过程中需要对相关rDNA序列的准确性进行验证。
- 陈源源沈微樊游石贵阳王正祥
- 关键词：微生物鉴定GENBANK数据库RDNA序列
- 嗜热菌来源的生淀粉酶分离纯化及其酶学性质被引量：12
- 2008年
- 从嗜热菌库中分离到两株能水解生淀粉的菌株173和174,通过扩增和测定两株菌的16S rDNA序列并进行比对结果表明,所分离两株菌属于Geobacillus属的细菌。液体摇瓶发酵菌株173、174,其产生的生淀粉酶(简称RSDE173、RSDE174)活力分别达14.5 U/mL和12.9 U/mL。通过生淀粉吸附-熟淀粉洗脱系统和TOYOPEARL HW-55F系统进行分离纯化,得到纯化的RSDE173和RSDE174,纯化倍数分别为50和29,活力回收率分别为34%和41%。有关RSDE173和RSDE174酶学性质研究显示,对熟淀粉水解的最适作用温度均为70℃,而对生淀粉水解则分别在50℃～60℃和40℃～60℃下表现出高水解活力;对不同底物的最适作用pH值均为5.0～5.5;它们对大多数试验离子的敏感性较低,但个别离子如Co^(2+)、Cu^(2+)对RSDE173或Cu^(2+)对RSDE174的酶活力有一定的抑制作用。纯化的这两种生淀粉酶对不同来源生淀粉的底物专一性并不相同。RSDE173底物专一性顺序为红薯淀粉>小麦淀粉>玉米淀粉>木薯淀粉>糯米淀粉;而RSDE174的糯米淀粉>小麦淀粉>红薯淀粉>玉米淀粉>木薯淀粉。RSDE173对生红薯淀粉有很好的降解,其水解糊化淀粉与生红薯淀粉的比值为1.48:而RSDE174优先降解生糯米淀粉,其相应比值为1.69。
- 董永存刘洋陈源源牛丹丹张梁石贵阳王正祥
- 关键词：嗜热菌生淀粉酶分离纯化
- 一种快速鉴定细菌的方法被引量：8
- 2007年
- 16S rDNA基因同源性分析是一种常用的细菌分子鉴定方法,16S rDNA基因的扩增需要细菌染色体DNA作为模板。传统的细菌染色体DNA提取方法费时费力,限制了细菌分子鉴定的规模化。文中建立了1种新的快速高效的细菌染色体DNA提取方法,整个提取过程仅耗时20min,从而使得细菌的快速鉴定成为可能。用该方法制备的染色体DNA无需任何处理即可作为模板用于PCR扩增细菌的16S rDNA基因,并获得了良好的扩增结果以及扩增产物的测序结果。
- 陈源源牛丹丹王正祥
- 关键词：细菌DNA扩增
- 16S rDNA序列在大批量细菌分离物分子鉴定中的应用研究被引量：3
- 2013年
- 利用16S rDNA序列同源性分析法对保藏于中国高校工业微生物资源与信息中心(CICIMCU)的3 726株细菌分离物进行了分子鉴定。实验结果显示:其中3 073株细菌分离物可被成功鉴定至种一级水平,分属于210个种,45个属,占整个细菌分离物的82.5%;其余653株细菌分离物可鉴定到属一级,占整个细菌分离物的17.5%。研究中也发现,16S rDNA序列在芽孢杆菌属(Bacillus)和土芽孢杆菌属(Geobacillus)等少数菌属中的部分种间鉴定的敏感性不高。上述结果表明16S rDNA序列在大多数细菌种属鉴定中具有较高的特异性和敏感性,可以作为第一轮分子标识用于大批量细菌分离物的鉴定。
- 陈源源沈微樊游陈献忠Suren Singh石贵阳王正祥
- 关键词：RDNA序列
- ITS序列在酵母批量分子鉴定中的适用性被引量：6
- 2012年
- 内部转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列是目前最常用的酵母分子鉴定标识之一。该文利用ITS序列同源性分析法对保藏于中国高校工业微生物资源与信息中心的623株酵母分离物进行了鉴定。实验结果显示:581株酵母分离物(93.3%)可通过ITS序列直接鉴定到种一级,40株分离物(6.4%)可鉴定至属一级,仅有2株酵母分离物无法通过ITS序列获得有效鉴定。上述结果表明,ITS序列在大多数酵母种属鉴定中具有很高的敏感性和特异性,可以作为第一分子标识用于大批量酵母分离物的分子鉴定。
- 陈源源陈浩石贵阳王正祥
- 关键词：酵母ITS序列分子鉴定
- 传统发酵豆制品中原核微生物多样性的研究被引量：14
- 2011年
- 通过构建16SrDNA基因文库的方法,对2份不同种类的豆酱样品中原核微生物的多样性进行了分析。另外动态监测了一份酱油酱醅样品发酵过程中3个不同阶段原核微生物的变化情况。研究表明,发酵样品中的优势乳酸菌为魏斯氏菌(Weissella cibaria,Weissella confusa,Weissella paramesenteroides)和嗜盐四联球菌(Tetragenococcus halophilus)。另外还检测到芽孢杆菌、葡萄球菌、肠杆菌、柠檬酸杆菌、泛菌、不动杆菌、库特氏菌等细菌种群的存在。
- 陈浩樊游陈源源左志锐王正祥
- 关键词：微生物多样性
- 两种分子标识在酵母分子鉴定中的比较被引量：2
- 2011年
- rDNA序列同源性分析是一种通用的酵母分子鉴定方法,26S rDNA D1/D2区域和rDNA内部转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)是rDNA序列同源性分析中最为常用的两种分子标识。同时使用这两种分子标识对20株分离自水果表面的酵母菌株进行分子鉴定,结果显示19株酵母分离物的鉴定结果相一致,两种分子标识序列在认定酵母种内和种间关系时都拥有足够的差异,能将大部分酵母菌株直接鉴定到种一级水平。
- 陈源源沈微石贵阳王正祥
- 关键词：RDNAITS序列
- 一种快速、高效大规模鉴定真菌的新方法
- 传统的真菌分类主要依靠形态学特征以及生理生化特征进行,这些方法在微生物分类鉴定中发挥过重要作用,但由于真菌的多样性,也存在着鉴定准确性差、繁琐、耗时等缺点。利用微生物在长期进化过程中保留下来的保守基因组序列及其细微变化与...
- 王正祥陈源源沈微陈献忠石贵阳
- 文献传递
- 脱枝酶产生菌的分离鉴定及酶学性质研究
- 2009年
- 目的：从中国高校工业微生物资源与信息中心（CICIM-CU）细菌库中分离具有产脱枝酶酶活的细菌并鉴定,进行酶学性质的研究。方法：通过碘显色平板法筛选产酶菌株,利用16S rDNA确定其属种。对每一株产脱枝酶的细菌进行初步的酶学性质研究。结果：从4005株细菌中筛选出45株产脱枝酶的细菌,建立了产脱枝酶细菌的细菌库。酶学性质表明CICIM B272、CICIMB1-30两株菌产生的脱枝酶,酶反应的最适温度分别为70℃6、0℃,最适pH分别为6.0、5.5,来源于上述两种不同属种的脱枝酶在30-70℃反应条件下,酶在pH 4.5-8.5范围内活性稳定,Li＋、Na＋、K＋、Mg2＋、Mn2＋对两者酶活均有显著的激活作用,而Cu2＋、Fe3＋及EDTA对两者均有显著的抑制作用,Mn2＋、Ca2＋分别对两者的热稳定性具有很好的提升作用。以支链淀粉为底物的动力学常数Km分别为352.883mg/mL、4.5814mg/mL,Vmax分别为30.03mg/min.mL、0.4575mg/min.mL。结论：不同属种的脱枝酶酶学性质差别显著。
- 赵献春陈源源王正祥
- 关键词：酶学性质
- 一种酵母快速批量分子鉴定方法被引量：2
- 2011年
- 26S rDNA D1/D2区域序列同源性分析是一种常用的酵母分子鉴定方法。D1/D2区域序列的扩增需要酵母染色体DNA作为模板,目前常用的酵母染色体DNA提取方法繁琐耗时且难以进行批量操作,限制了酵母分子鉴定的规模化。研究中建立了一种快速高效的批量酵母染色体DNA提取方法,整个提取过程仅耗时20min,从而使得酵母大规模快速分子鉴定成为可能。用该方法制备的染色体DNA不需要任何后续处理即可作为模板用于扩增酵母的26S rDNA D1/D2区域序列,获得了良好的扩增结果以及扩增产物的测序结果。
- 陈源源石贵阳王正祥
- 关键词：酵母染色体DNARDNA
