王光凯
- 作品数：7 被引量：27H指数：4
- 供职机构：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目国家现代农业产业技术体系建设项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 基于群体分化指数F_(ST)的绵羊全基因组选择信号检测被引量：17
- 2013年
- 本研究基于苏尼特羊(n=66)、德国肉用美利奴羊(n=159)和杜泊羊(n=93)3个群体的Illumina Ovine SNP50芯片分型数据,借助群体分化指数FST法进行群体间选择信号的检测分析,应用生物信息学方法分析寻找选择信号区域内的重要基因。结果,共找到343个"离群"位点,通过基因注释找到这些位点对应的365个候选基因。其中部分基因与绵羊生长、繁殖及肉质性状相关,如IGF2PB3、IGF1R、BMP2、BMPR1B、CAPN3等,本研究结果也进一步验证了前期利用CNV和GWAS研究检测到的基因结果。通过GO分析发现,这些基因主要富集在新陈代谢和去甲基化等条目。通过群体分化指数FST能有效地检测到具有选择信号的基因,其中包括绵羊部分重要经济性状的候选基因,研究结果能为绵羊的育种提供参考。
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- 关键词：候选基因
- 利用SNP芯片估计苏尼特羊有效群体大小
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- 关键词：苏尼特羊
- 深度测序鉴定绵羊microRNA转录组被引量：4
- 2013年
- 本研究采集的Texel绵羊胎儿的背最长肌样品包括5个发育阶段:70、85、100、120和135 d。通过采用Solexa测序技术对混池样品进行了microRNA(miRNA)深度测序,获得了16532850条原始序列读数。使用ACGT101-miR v4.2分析软件对miRNA测序数据进行了深度发掘;通过与最新的哺乳动物成熟miRNA序列(miRNA数据库:miRBase v17.0)、miRNA前体序列、绵羊基因组序列(绵羊基因组数据库,2010年2月)的比对分析,对绵羊microRNA转录组数据库进行了大幅更新,pre-miRNA(miRNA前体)序列增至1529条,编码的miRNA成熟体序列增至1999条。通过实时荧光定量PCR技术对深度测序获得的5个miRNA在混池样品中进行了验证。绵羊miRNA的研究起步较晚,而miRNA的发现与鉴定将促进基因调控机制及miRNA功能的研究。
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- 基于SNP芯片进行苏尼特羊选择信号检测
- 目的:通过苏尼特羊全基因组选择信号检测,寻找与选择相关的基因,揭示重要经济性状的遗传机制以及正向选择(Positive selection)在苏尼特羊品种培育过程中的作用机理.方法:文章基于illumina Ovine ...
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- 关键词：苏尼特羊基因芯片信号检测遗传育种
- 文献传递
- 绵羊全基因组连锁不平衡分析和选择信号检测
- 选择信号是物种在进化过程中,经历长期的自然和人工选择在基因组上所留下的印迹。通过绵羊全基因组选择信号检测,不仅能够寻找受正向选择（positive selection）相关的候选基因,还能为绵羊品种培育过程中受正向选择的...
- 王光凯
- 关键词：全基因组绵羊
- 文献传递
- 绵羊全基因组连锁不平衡分析
- <正>引言连锁不平衡(LD)分析在数量性状基因座定位、全基因组关联分析、全基因组选择以及有效群体大小估计中扮演着重要角色。本研究基于SNP芯片基因组数据构建了绵羊的连锁不平衡图谱,了解不同绵羊品种全基因组范围内的LD程度...
- 王光凯朱才业樊红樱张莉魏彩虹赵福平杜立新
- 关键词：绵羊
- 文献传递
- 苏尼特羊全基因组选择信号检测被引量：6
- 2014年
- 【目的】选择信号是物种在进化过程中,经历长期的自然和人工选择在基因组上所留下的印迹。选择信号检测不仅能反映选择对品种培育的作用,还可以作为重要经济性状QTL定位的一个有效方法。苏尼特羊是中国内蒙古地区一个优良的地方绵羊品种,适应于恶劣的戈壁自然环境条件。对苏尼特羊全基因组选择信号检测,不仅能够寻找受正向选择(positive selection)相关的候选基因,揭示重要经济性状的遗传机制,还能为苏尼特羊品种培育过程中受正向选择的性状所经历过长期的人工选育提供遗传学证据。【方法】基于Illumina Ovine SNP50K芯片利用基于单倍型信息的单倍型积分值(integrated haplotype score,iHS)方法对苏尼特羊进行全基因组选择信号检测。首先对SNP芯片数据进行经过质控和单倍型推断后,共剩余42 616个SNP标记用于连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)分析和单倍型推断。然后按照祖先等位基因信息进一步筛选后得到30 537个SNP标记估计用于选择信号检测iHS值,并再以500kb长度作为为一个窗口进行划分一个选择区段,计算窗口内iHS均值,然后进行显著性检验。对具有显著|iHS|值的选择区段基因组区域进行基因注释,并对所检测的候选基因进行GO富集分析。【结果】构建了苏尼特羊的连锁不平衡衰减图谱,发现LD值随着两标记间距离的增大而减小,但也发现某些远距离标记之间存在较高水平的连锁不平衡。通过iHS方法在全基因组范围内共检测到204个具有选择信号的基因组区段,这些区段内与845个候选基因紧密相关。其中有与绵羊角的缺失相关的RXFP2基因,调控一系列控制绵羊毛色基因的ASIP,参与机体神经系统发育的HTR4和SOX10,与胚胎时期神经嵴发育密切相关的SOX10,可以激活骨调控中转录因子12进而调节骨骼发育的E2F2,对骨骼与肌肉的发育和形成相关的PLA2G6,促进核糖体蛋�
- 王光凯曾滔王慧华张淑珍张莉魏彩虹赵福平杜立新
- 关键词：全基因组苏尼特羊
