曾滔
- 作品数：8 被引量：21H指数：2
- 供职机构：四川农业大学动物科技学院更多>>
- 发文基金：中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目国家现代农业产业技术体系建设项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 基于群体分化指数F_(ST)的绵羊全基因组选择信号检测被引量：17
- 2013年
- 本研究基于苏尼特羊(n=66)、德国肉用美利奴羊(n=159)和杜泊羊(n=93)3个群体的Illumina Ovine SNP50芯片分型数据,借助群体分化指数FST法进行群体间选择信号的检测分析,应用生物信息学方法分析寻找选择信号区域内的重要基因。结果,共找到343个"离群"位点,通过基因注释找到这些位点对应的365个候选基因。其中部分基因与绵羊生长、繁殖及肉质性状相关,如IGF2PB3、IGF1R、BMP2、BMPR1B、CAPN3等,本研究结果也进一步验证了前期利用CNV和GWAS研究检测到的基因结果。通过GO分析发现,这些基因主要富集在新陈代谢和去甲基化等条目。通过群体分化指数FST能有效地检测到具有选择信号的基因,其中包括绵羊部分重要经济性状的候选基因,研究结果能为绵羊的育种提供参考。
- 曾滔赵福平王光凯吴明明魏彩虹张莉李利张红平杜立新
- 关键词：候选基因
- 利用SNP芯片估计苏尼特羊有效群体大小
- 王光凯魏彩虹张莉曾滔王慧华赵福平杜立新
- 关键词：苏尼特羊
- 绵羊Carwell基因及其QTL的研究进展
- 2012年
- 家畜的重要经济性状大部分是由微效多基因控制的,少部分是由一个或者几个主效基因控制。随着分子生物学技术的快速发展和动物基因组计划的大力开展,控制动物经济性状的众多主效基因被陆续发现,并在畜牧业发展的过程中起到了重大的经济效益和社会效益。当前,人们消费观念在不断改变,对羊肉营养价值的认知逐渐提高,形成了偏爱高蛋白、低脂肪、风味好的优质羊肉。因此寻找绵羊产肉性能的主效基因和定位其QTL成为动物育种专家的重要研究工作。
- 曾滔张红平李利王林杰仲涛
- 关键词：QTL主效基因重要经济性状动物育种产肉性能微卫星标记
- 绵羊Carwell基因及其QTL的研究进展
- 本文就绵羊Carwell基因及其QTL的研究进展进行综述，提出目前已经确定Carwell基因在绵羊染色体上的定位在18号染色体末端区域，在Callipyge基因附近，也知道其与肉质性状的相关关系。但是其在染色体上的精细定...
- 曾滔张红平李利王林杰仲涛
- 关键词：绵羊肉质性状
- 基于SNP芯片进行苏尼特羊选择信号检测
- 目的:通过苏尼特羊全基因组选择信号检测,寻找与选择相关的基因,揭示重要经济性状的遗传机制以及正向选择(Positive selection)在苏尼特羊品种培育过程中的作用机理.方法:文章基于illumina Ovine ...
- 王光凯曾滔王慧华张淑珍张莉魏彩虹赵福平杜立新
- 关键词：苏尼特羊基因芯片信号检测遗传育种
- 文献传递
- 苏尼特羊全基因组选择信号检测被引量：6
- 2014年
- 【目的】选择信号是物种在进化过程中,经历长期的自然和人工选择在基因组上所留下的印迹。选择信号检测不仅能反映选择对品种培育的作用,还可以作为重要经济性状QTL定位的一个有效方法。苏尼特羊是中国内蒙古地区一个优良的地方绵羊品种,适应于恶劣的戈壁自然环境条件。对苏尼特羊全基因组选择信号检测,不仅能够寻找受正向选择(positive selection)相关的候选基因,揭示重要经济性状的遗传机制,还能为苏尼特羊品种培育过程中受正向选择的性状所经历过长期的人工选育提供遗传学证据。【方法】基于Illumina Ovine SNP50K芯片利用基于单倍型信息的单倍型积分值(integrated haplotype score,iHS)方法对苏尼特羊进行全基因组选择信号检测。首先对SNP芯片数据进行经过质控和单倍型推断后,共剩余42 616个SNP标记用于连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)分析和单倍型推断。然后按照祖先等位基因信息进一步筛选后得到30 537个SNP标记估计用于选择信号检测iHS值,并再以500kb长度作为为一个窗口进行划分一个选择区段,计算窗口内iHS均值,然后进行显著性检验。对具有显著|iHS|值的选择区段基因组区域进行基因注释,并对所检测的候选基因进行GO富集分析。【结果】构建了苏尼特羊的连锁不平衡衰减图谱,发现LD值随着两标记间距离的增大而减小,但也发现某些远距离标记之间存在较高水平的连锁不平衡。通过iHS方法在全基因组范围内共检测到204个具有选择信号的基因组区段,这些区段内与845个候选基因紧密相关。其中有与绵羊角的缺失相关的RXFP2基因,调控一系列控制绵羊毛色基因的ASIP,参与机体神经系统发育的HTR4和SOX10,与胚胎时期神经嵴发育密切相关的SOX10,可以激活骨调控中转录因子12进而调节骨骼发育的E2F2,对骨骼与肌肉的发育和形成相关的PLA2G6,促进核糖体蛋�
- 王光凯曾滔王慧华张淑珍张莉魏彩虹赵福平杜立新
- 关键词：全基因组苏尼特羊
- 绵羊Carwell基因及其QTL的研究进展
- 家畜的重要经济性状大部分是由微效多基因控制的,少部分是由一个或者几个主效基因控制。随着分子生物学技术的快速发展和动物基因组计划的大力开展,控制动物经济性状的众多主效基因被陆续发现,并在畜牧业发展的过程中起到了重大的经济效...
- 曾滔张红平李利王林杰仲涛
- 文献传递
- 基于群体分化指数FST的绵羊全基因组选择信号检测
- 选择信号(Selection Signatures)是生物在人工选择过程中，由于选择作用在基因组上留下的选择印迹，通常情况下表现为染色体长范围的连锁不平衡或者遗传多态性的降低。随着高密度全基因组SNP芯片的推出，使得在基...
- 曾滔
- 关键词：绵羊全基因组候选基因
- 文献传递
